G54408


Basic Information

Item Value
gene id G54408
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030126.1
NCBI id CM030126.1
chromosome length 46242406
location 24627839 ~ 24710773 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU68011
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>TU68013
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>TU68014
TCCTTCTGACATTCCATTGGGGCATGATTATACTTTACTTTATAGAATATTTTAACAAGAGTTTAACATCTCTCAATTCTTTGCATGATGAAGAACACTGAAAACTGGTATCtaagaatttaaaatgtaagaatcatttttcatttttcctatCAAACTACTGATCAAATTTCAGGGCACATATAACCTAGAAGAtggacaataataaaaaaaagtatactttATAGAGTTCAGTGGATACAGTCCATTTTAACATGGCATACagatttatggatttattgtaattgtttttaaaactatatgtTGCCCTACAAATGTTACTTGCCACAGTAAGTTCAAGTTGGGACTTATGCATTTATACCTCCCGTTATAGAAAACTATTACTAATAAATATCAAGAGGCTTACACTATAGGTTGATTTCCACATTTCTGTGCATATAATCAGTTGGTGATCCGATTCCATTATGTTGCCAATGTACCATTAGAAATATCATGACCATAAGAGAATTTCAAATACACCGCACCTACACATACTTCTCAagatattaataaaacagaacagcatatgctatttttttccattaacttTATTGCTAAATATTAGTCTCTATTTATAGTTACCCCATCAGAGGTGTTTAATATAATGGGCGATGAGCACTTGTTATAAAACTGCAACCAGAACACCACAATTCAAGACATGCCCCAACCCTCCCCAAGAAATCAACAGCAGGCAATCTGAACCTGGATTTCCACTTGGAAATACTGCCGAGTGCTGGATAAACCCACGTTGCTATTGAACTGTCTGGGATTTAGGTTTTGTGTAATCGATTAACTTAGTTGCTGCTCATTTATCCACTCCTTTCCTTAACATTTTaactagttttaaaataaatgataaaaaaaccacaaacatatgtaactataattacatttaagaagATAAGGCAGGTTGTTTAAACTTTTTAACAAATCTGGCTTATATCACTAATTACCATATACAGTGGCATCACCAAGTCTCTGAAAGACAAAAAGACTTGAACACAAAATCAAGATGAACAAGTGATAGATAGATGAAAAACATTGTCCCCCATTAGTccaaatgttatgtttatttgatgtattagCAAATTGTATTCACCAAAAGGTGGGATTTTCctttattcagaaaataaacagaccTAGAGGAGACTGAGATTTCATCAGTTTATAATGACATGCCAATGATGACCAAGTTCACAATCAAGGGTGTACAACTCAAATCCAAAGAGGTCACAAGTAGGAAAACcaaaattggaaaataatgtttaattaagcaaatgctGAGAATTAATGAGATGGAATGCAAACCAGAGCCATTGGCCCTCAATGACCAGAAACAAACAACTATTCCAGCATGTAAAACAGGCAGTTTGTAACTTATAAAAGCATAAATGCTAACAAAAGGCCAACTTCCCTTAGTATTATATGCagaatttgaataaattatgtaaccaaaacaagaaaagttgCTACTCTCAAGAGGATACAAAAAGACTTCAAGAGCTGTACTTTGCGATATATAATGCTACTCGGCTCTTGTAGGAGcagtttttaaaactaaataggACCGTGTAGAATATTTCCAGTACTGGTTTTGCAATGTAGAGAAGATTTATGGGACCTTAAAAGTTGTTAATACCTGTGgttctattttgtgttttgcactttgaaAACCAATAACCTCAGTTCAGTGGTTTCCCCAAATCAAGGAACATATAGAAGTATTTTAAGCTACCAACATCAGCATTTGATACCAACACACTGATCAGTGCTTAAATGATGCACGTTTTTCTAAGGTAGGATGagaaataacacttttaaatacataaacaaaatcagACCTCAATATATACTTTTCCCCCTCACATTGGAAAATATACATCAGAGTGTATAGGGAGGAGAAAAGCTTAATAGTATTGTAAAAGTTACAGAAACTTTACATGGTCAGTTGGTTGTAACACCTTTGAGAAGAGCTTCTGATGTACACATATGCAATGGAATGGTTGTGGGAACAAGGAATTACAATTAACAAATTCTATGCGACATTGACAGTCTCCCATGATGTGATAAATTACATACTGAAAACATGGTTGAATACTGTATCAAATAGAAAAatcttttgaagaaaaaaataaaaataaaaatgcagcgTATAATTCACCTGGATTCCTCTGTACAGACTAAAAGGGAAATTCACATATTACATAACCATTCAGTATTGAGACCAAATCAAGTATTTGTCAAAGTTTTACCAGAAGACAACTCCTTTAAACACATTCCAGAATAAATCTGTAAGTgcctacaaatacaaaatgagggACTTGAAAGAAAACccttatttaaatgttccctcCAAAGCAACATTTTGGGGAGGTTGTCCCCCCAGAATATTAACAAAGCTAGAAATTGAGGTCATGTGAAGGagtgaaattagaaaaataaaaacaaaccaaaatcaaaactaGGCAATAGATTTCTAAGAAACCTTGGTACCTctgaacacaacaaaaaaaaaaaaaaaaaagtttaaattgagATTGAGCTTCTTTACAGAAGCTTGATCTTATGGACTACTTGAGCTTGATTAACCAAGCAGTTCAGAGACCTCTTAATCTTGCGATTCATACAATGCAGTAAACAAATGGGGCTGGCCTAAAGCAAGCTCAAGACATTAAGTGGCTATATcagttaaaaaggaaatgagTTAAAGAAGCATTTTGCTACAGGGCCACAGGTCACTGGGATTTTGTTAAAAAGGCCAAAGACAGAGCCATTCATTTCTCACCAGGATGGAAGTTAAAACAAAGGACAAGagcattcaaattcaaataagaGCATGTCCGATAGCCATTAAGCTGAATctgatgagaaaacaaaaaaacacccaacTTGATTCACAAGTAAAACCTGGCtcacaaaaagcatttcaaagttGCGGTGCCTCAAAAGCCATCCTGCTGCACAATAACAATTGACATCTGTGGGAAATGGCAGGACATCACAGCCAACAGTAGATAGTGACAATAATTCTCAGCCTTGATATAGATTTTAACTCTTAATGGGAGGGCTCCAAATGATCAAATACCTTGAGagatcccccccccacacaagtTTTTTCCAAACAGCTTGGCTGATGCACTTTGATTACACTGGAGAGGGAAAAATAGCTGCAATTACATTAGCATTTTTCACCTCAACTAACACTCTTGGGTCACATGCACCTCAGGAGTTTTCTTTAATGATTAAAGTCCTGATTCTGACATGCGATTAATGTACAGACTTGGTCTTGATAATGCATGCAAATCAAAAATGGAATGAGAGCCAACATGCTTActagaggaaagaaagaaaataaaaaagaacacaagCTGCAGGGGGGAAGAGTTCTTGactcattttaatttcactgcatgataaatacaataaaagaaatAAGCAACTGAaaagtttttctatttttttttattttttattttttactccaGTCTGGTGACAAAGGCCTCGAGTGAAAATTTCTGTAACTTTAAATGCCCCTCCCCCAGGTTGAGTCCCTCTTAAGCACGCCACATGGCGTCAGCACAACATTCAGAAAGCCTATCTAGCTGAGACATGTACAGGCTTTGACACGGTTTTATTAAGGATGCCAATGACAGCCAACAAAGTTGGCTTTTTGTACAGAGGTAATAATTGCACATGGCCACCAGGTCTTACTTGGCTGCAAGTTTTTAAGGCAGACTGGCatttaggaaaacaaaacaaaaaaaaaacaaaacaaaaaaaaaatcactgaagTTTGTTTTCTAGGGTGTAAAAATGTTTGGTTGTACCCAAGGCCTGCTCTTAAGTGCTAACTACCGATAATCAGCAATTCCAGCTGCATCAGTTCCAGGGCATTAACATCTCTGCACCAACAGGAGGTGGCATCAACACTCAATATGTTGATTACCATATGGCCTCcaggggaagaaaaataaatctgggcACCttgtcagttaaaataaaatatataaaccaaaATGCATATCtcctggggggtggggagggatgaacaccaaataataaaaaaaaatactgtttaggTTTCAAAATTGGATCCcatcaatttaaacatttaggaATGTAAGTGGTAAGACTGACATCTTGAAGGCAAGAActcaattaaaaaggcaaaaaacaaaacctcagtGATTTGGCAGAATGCCAATCAGCCTACAAGACAGTTGTAAAAGTCCAGCACggttttgggaaaaaaaaaaaaaaaagaaaaaagaaattgaGGTTGTTTGTGAAGGCCATAGCTTTGGTGACAATTAGAACCAAAATTTAAGATTTGTGGTAGGTCTCAGCCTGAGCAGCCAGTCTCTTCCTATTTACTTGGTCATGGGCTTGATGGCAACTGCAGACTCCTCTCCCATGGCTGAAAGCACTGAGATCTGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU68011 True 7799 lncRNA 0.39 5 24645630 24658532
TU68013 False 2748 lncRNA 0.38 3 24627839 24710773
TU68014 False 4476 lncRNA 0.36 2 24653614 24658532

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00009075 NA coding downstream 198090 24395954 ~ 24429749 (-)
AMCG00009073 fndc3b,LOC105908526,LOC106591582 coding downstream 310263 24313154 ~ 24317576 (-)
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AMCG00009071 NA coding downstream 385406 24235545 ~ 24242433 (-)
AMCG00009068 NA coding downstream 516260 24107205 ~ 24111579 (-)
AMCG00009082 NA coding upstream 72737 24783510 ~ 24787089 (-)
AMCG00009086 NA coding upstream 81629 24792402 ~ 24805280 (-)
AMCG00009093 NA coding upstream 179158 24889931 ~ 24895400 (-)
AMCG00009090 sec62,LOC107684396,LOC107738178,LOC107558802 coding upstream 210454 24921227 ~ 24933161 (-)
AMCG00009091 NA coding upstream 223448 24934221 ~ 24942274 (-)
G54363 NA non-coding downstream 349303 24277883 ~ 24278536 (-)
G54273 NA non-coding downstream 808049 23817062 ~ 23819790 (-)
G54179 NA non-coding downstream 1325154 23302454 ~ 23302685 (-)
G54168 NA non-coding downstream 1436344 23180327 ~ 23191495 (-)
G54167 LOC103376870 non-coding downstream 1458010 23169439 ~ 23169829 (-)
G54447 NA non-coding upstream 77622 24788395 ~ 24791263 (-)
G54450 NA non-coding upstream 102780 24813553 ~ 24847829 (-)
G54466 NA non-coding upstream 171266 24882039 ~ 24884725 (-)
G54548 NA non-coding upstream 459458 25170231 ~ 25172840 (-)
G54561 NA non-coding upstream 572904 25283677 ~ 25284103 (-)
AMCG00009060 hltf other downstream 764804 23825229 ~ 23863035 (-)
G54003 LOC107575789 other downstream 2444274 22183088 ~ 22183565 (-)
G53809 NA other downstream 4356025 20179799 ~ 20271814 (-)
AMCG00009027 NA other downstream 4565660 20061524 ~ 20062179 (-)
AMCG00009029 NA other downstream 4657563 19961027 ~ 19970276 (-)
G54544 NA other upstream 442493 25153266 ~ 25156338 (-)
AMCG00009100 NA other upstream 462904 25173677 ~ 25176378 (-)
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AMCG00009121 NA other upstream 1811860 26522633 ~ 26532410 (-)

Expression


Co-expression Network