AMCG00009880 (LOC106585770)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00009880
gene name LOC106585770
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030129.1
NCBI id CM030129.1
chromosome length 41163702
location 3628889 ~ 3659237 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00009880
GGTAGGTTGTGTTGGTTAAGTCAAAGTTATTATTTGCAAATATCAACAACATCAAGAAGGCTTTATGTGCTCCGAGCCGCTGGATTTCCGACTCGGGGTGTTCAGTAAGACAGCTGGCGTGAAACAGTTGAGTCCTACACTGCTTCAACATGGGTGTAATTGGTGTGCAGCTGGTGTTTACGATGGTAATGGCCAGTctcattcagaaaataataccTCACTACTCCTTTGCCCGATGGCTTCTTTGCAGTGGAAGTTTGAGGTGGTACCAACATCCTACAGAAGATGAGCTTAGAAGCCTTGCTgggaaacaacaaaaaggaaaaaataaaaaggatagGAAGTATAATGGGCACATTGAAATCAAACCAATGACCATTCCTAAGGACATTGATTTGCAGCTGGAGACAAAGTCAATTGCTGAAGTGGACACGCTAGCTCTACACTACTTTCCTGAGTACCAGTGGTTGGTAGACTTCACAGTTGCGGCCACAATAGTGTACCTCATTACTGAACTGTACTACAGCCTGGTGGAGCCCTCCGGTGAAATGAACATCAGCGTTGTCTGGTGCCTGCTGGTCTTAGCCTTTGTGATaaaGGTGCTCTTCTCACTAACTGCCCATTACTTCAAGGTGGAAGAAGGAGGGGAGCGTTCTCTCTGCATCAcgtttgcatttttctttttcgtgAAAGCCATGGCGATTCTGATTGTGACTGAGAATTACTTGGAGTTTGGGCTTGAAACGGGGTTTGCAAATTTCTCTGAAAGTGCCGTGCAGTTTCTTGAAAAGCAGGGTCTGGAATCCCAGGGACCCATATCCAAGCTTACATTCAAGCTGCTGCTAGCGCTGTTGTGTTCTCTCATCGGTGCTTTCCTAACATTTCCTGGCCTGCGTTTAGCTCAGATGCACCTTGATGCGCTGAACTTGGCAACTGCAAAAGTAACACAAATGACCGAGAGCACCTATGACACGCTGCGGCTCTGGGTAATTATCCTGCTCTGCGTCCTGCGGCTGGCAATGATGCGGCACCATTTGCAAGCCTACCTGAACCTGGCGCAGAAGTGTGTGGACCAGATGAAGAAAGAGGCTGGCAGGATCAGCACTGTGGAGCTGCAGAAGATGGTTGCTCGAGTGTTTTATTACTTGTGTGTGATAGCACTTCAGTATGTGGCTCCTCTGGTGATGTTGCTTCACACAACATTGCTACTAAAAACATTAGGTGGCCACTCCTGGGGCGTGTACACCGAGCCCGAATCACCCTCTCCCTTACTGACAGACTCTGACCCTTCAGCCCCAAGTCCCGAGCTGCTTGCTGCTCAGGCACGGCCCCAGGCCTCGATGGCCCACATCACCACTACGCTGGGGGGCCTCAGGAACGTTTTCACTCCTCTGCTCTTTCGTGGGCTCCTCTCGTTCCTCACCTGGTGGATCGCTGCCTGCCTCTTCTCCACCAGCCTCTTCGGGCTTTTCTATCACCAGTATCTTACAGCAGCATAGGAGCACGGCCGGGAGAGCTCGTCCGCACAGCTCGACCCCAGGGGACAGACGCACACTTTTAATGAGAGCGAAAGACGCACACAGACCATATCAGCAGAGTGCTtcctattattttttctattcagATGGATAAATGGATCATTactaaaattttaaaaaaatattcgaATTACACGGATGACCTTATCTCTGTAGTGTGAGAGGAAGGTAACCATGCTGATTTCTTAAGGAACTTGTGATCTTAacaagtgagaaaaaaaaaaggtcatcGCAATTTGGCCTTCGTGGTTTGATACTGCCTGCGGTGGGTGGGGTGGGAAACTAAGGTTTGAACACTTGAGACTGTTAGGATAACTTTCAGATACTGAACGGGTGTATATTCATGGAATgcgaactttttttttttatatatgtatatatatatacacatttgtttgtttctgtagaaACTGAGCCATATTTAACAAaggtagtatatatatataatatttgtgtcATTACCTTCAGCTTTGTGAGGGAAACTTCCAACAGGACTGGAGATTAATACTACTGTATATTACAGTAAAGTGCGATGGCTGGATTATGGATGTGAATGAGCGTGATTGTGattcatgatttttatttagGTGTATGCAAGCACGAGCAATGCTGGTCGTAGCAATGTTGGCAAAGTCTGTAAAAGTGACTTCATTGCATTTGCCCCCCCGGTTCCTTTCCAAATGTGGTTTATCAGTTTCTTTAATCAACATGTAGTGCTGATATACTTCATGTCTTAATCTAGTCTTGTCTGGTTGTTATTGTTCTCTGATTCTTATAAACAtactttaactttttaaatcaaGGGATGCTTCAGTGGTTTTTATAAGAGGTGCCAAGTTTTAGGATGTCTCCCCTTTTGGATTGAATTATAAATTATGTACTGAATCATTAGCTGCTGCTAAAGTCCTCGTCTAAGACTgaggatacattttttttttttttttttgttaatttaatctcCGTTAGGATGTTCTATAGCTTTGATGAACTAAAATGTCAGAGTTGCGCTGCCTATACATAATCTCCCTTTAATGACAACTTCTGGTGTTTCAGTTCTGCATTGCAGTTGTTAACATATTTTAGGTTTTGTAAGGGTGTGTGaatgttgtatatttatgttGGATTATTAAATCTATTATTAAGTAATGGATTCTACTTTTGGAATTCCACAGAGTTTCATTCAGAATTGTCtgtgaaatgcttttcattgaaccagaaaattcatattttttaaatggctccCCTTACAGGCTCTTACAAGATTAAAGTTAGTTTTAAAGTCACtgaaatccatttttttttttttttaaatttgtatgacTAATATGGTTCTATTAGTCATAACAAACatctgaaacttttttttattactaataTGGTATTGGTGGCTACAATGCTGAATTTAAAGTTGATTACTTTAATCATGTCACTTCATTCGGTTTGTGTACAGAAATAGTTGCACTCATccaattatttagtttttgtttgctggtgTGAATTGAGAAATGTGTGGAGATGTACAtcctgactttttattttattgtattagtacttctgaaatatgaataactTTGTTTGGCACTGTGTATGTATCACAGGAACATTCCAACCCCTTCACAGTACTTCAGACAAAGCCAGCCTGGTACTGAAACGGCCCGCTGTCATTTCAACCACAGAACAACCTGCACTGCATATTGTAGGAACGTCTTACAGtatttgtgattgttttaatttgcatctGTCAGTAAATTGGCATTCGGGTGGTTTTAAAACAATCGTACAGTATTTGAGTAGCTTTTTCaggtatattaaaataatggtcATTATGAAGACATACTAGATAGGTTAATCCTCTCTGACCCATTGAGTTTTAGAAACGGTCTGTAAGCTGTCATCTGCATTTTAATGGGACAAATGATATTAGCTTTGCAGAACTTCCCAGACCAAGAGCTCCTATATTCATACAATATAGATCTTGGCGTGTCTGACTAATGTATATTCTAGATACGTGGGTAATAGGATAtgttcttgtattatttttttaatctcaaagattctaaataaataatttgtttatactAGTAAAGGCTGGTATAATTAATTGGTTTTCAGCTGGTTTCTTGCCAACTTCATAGTCTTCagtgtaaacaaataaagattaaacaaattaaagacgTGTCTCCAGTTCTCTTGGCGACGTGTATATGATTgtcagctggtttcacagacctcgattAGCACTAATCTTGCAGTACCCTGCCTAAATTAAGTGGCTAGTCCAAGCCCagtattaatgtgtgtgtgaaaccagTCCTATATTTTCAGCATGATTTTGGAGAGGAACgcgaaaaaaaacacatctgccgtttgtatttttttaatttcccattaCTTCGTGACTGTTTTGATCAGATGCTTTCAGTCAACAACCTTAGAAAGTATGTCGCAATGCTGTTTTTATGCAGAAGCCATTTTTTTACTGtgtgaaatgctttttgaaggtttaaatgtgttaatgtcacattttgttttccttaacaTTGGCTGTACAgtactgaatgtttttttaaatttatttccTGTGTGTTTCCAGCAATCAAACTAATCTCCTAATTTTCTTTGTcgttaatttattaatattctaATCTTGATCAAATGTATCAGTATAACCCTGGTTCTGTCCAAAGGTCTTCAGGTTCACACACCAATCCTTGAAGGCATGAAGCCAAACATTTTGGGAAAAATTGCATGAGGGTCAGGACTGTGAATTTAGATCAATACccaaacagtttttatttatatatttattttgtatgcttttAATGTTGGGGCGGGGGGCGATATAATTACTGAGCTCTCTAGTCTGTAAGGACTTTGAAAAGCTGTTGGGAGCAGCCATTTCTAACCATGAACGTTATTTTCCGTGTGATGAAGGACTCCTTATGGGGCTACTTTTGTGTGGGTACTGTAAATAAAGGCATGTAACTGCATTTCTTGGGTGTGTGTTGAAATCCATGTGTGGACAGGTAAACACTTCCTGCTGTACCACATATACATACAGGTTGAGAATAACATAATGGGACAAGATGGACTTTGAATCCGTAAAGTATTTCTCTGCAGATTTGACTGCTTCAGGATTCTCTGCCTTTTGTATTGTCCTTGACCAATTCTGTcgacacaaatacatatttttactgCACAGCAAAAGCAATATAGTAAATGAAATCTAAGATTCCACAGAATGTATCATTTCCATTTTTAGAAATCTAGGAATGCACGTTCAATTTCACCCAATAGTAattcatgatttttattttacatttgcattttgttagtTCATTATCTGTCTTGTTGTGATGAAGGTGGTACAGATAGTGTGCTTAGTGGTTTAATGGTGATCGTTAAATTTGACCAGGTCTCCATATTTCCCTCGATGTACTTCAGAATCCAGCAATAATCGAA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Function

NR:

description
PREDICTED: transmembrane protein 161B-like isoform X3

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00009880 True 6540 mRNA 0.38 11 3628889 3659237

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00009879 NA coding upstream 116558 3494369 ~ 3512331 (+)
AMCG00009878 NA coding upstream 146293 3481976 ~ 3482596 (+)
AMCG00009871 cetn3,LOC106563079 coding upstream 481395 3141929 ~ 3147494 (+)
AMCG00009869 NA coding upstream 492434 3129940 ~ 3136455 (+)
AMCG00009870 NA coding upstream 505839 3119111 ~ 3123050 (+)
AMCG00009881 NA coding downstream 69042 3728279 ~ 3736645 (+)
AMCG00009885 NA coding downstream 657801 4317038 ~ 4317867 (+)
AMCG00009890 NA coding downstream 687427 4346664 ~ 4471973 (+)
AMCG00009889 NA coding downstream 816055 4475292 ~ 4476458 (+)
AMCG00009891 NA coding downstream 818384 4477621 ~ 4478723 (+)
G76105 NA non-coding upstream 25284 3538497 ~ 3603605 (+)
G76077 NA non-coding upstream 208063 3420612 ~ 3420826 (+)
G76054 NA non-coding upstream 488996 3138953 ~ 3139893 (+)
G76052 NA non-coding upstream 499186 3129165 ~ 3129703 (+)
G76050 NA non-coding upstream 500783 3127122 ~ 3128106 (+)
G76163 NA non-coding downstream 137314 3796551 ~ 3797008 (+)
G76168 NA non-coding downstream 231924 3891161 ~ 3894819 (+)
G76186 NA non-coding downstream 594000 4253237 ~ 4253554 (+)
G76266 NA non-coding downstream 1499151 5158388 ~ 5228786 (+)
G76346 NA non-coding downstream 1803286 5462523 ~ 5462811 (+)
AMCG00009863 NA other upstream 860381 2752260 ~ 2768508 (+)
AMCG00009852 NA other upstream 2205767 1409180 ~ 1423122 (+)
AMCG00009851 NA other upstream 2260074 1360536 ~ 1368815 (+)
G75807 NA other upstream 2293839 1333967 ~ 1335050 (+)
AMCG00009844 NA other upstream 2301296 1322618 ~ 1327593 (+)
AMCG00009898 tmem167a other downstream 1251733 4910970 ~ 4920884 (+)
AMCG00009897 NA other downstream 1573395 5232632 ~ 5248181 (+)
AMCG00009915 NA other downstream 2107100 5766337 ~ 5769052 (+)
AMCG00009929 sv2c,LOC107755746,LOC107748435,LOC107565680 other downstream 2400005 6059242 ~ 6085806 (+)
AMCG00009959 NA other downstream 3383360 7042597 ~ 7062734 (+)

Expression


Co-expression Network