AMCG00010028


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00010028
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030129.1
NCBI id CM030129.1
chromosome length 41163702
location 10894209 ~ 10909942 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00010028
GAAGGACcccattttgttgttttgcagatgACTGGTTTGACGTCATGTCCAGGCTTTCTGATTGTCTCTCTCATCATTGCCCTCGTTTCTATCCCTGTCAAGACAGAAATATGGAGCAATGAAGTTTCAGACATTCAATATGGAGCGCTAGGATCCAATGTTACCCTGGCGTGCGGCAGTTCCAGAGGCAGGCCTTCTGTGGAGTGGCAGCTCAACGGCAGTGGAGTAGGCTCCTCACAGACCCTGTTACAGAATGGAGACCTCGTCCTCATTAATGCAGATTTATCTATGGAAGGAAACTACAGCTGCCATGATAGAAGAGGAAACCTTCTCTGGGCAACAAAATTAAGACTTGGGTATTTTCCAGGGTTTCTGAATATTACCTGCATGACCCCAAATTACATCAGCATCACCTGTGCCTGGGAGCAAACACTGAAGACCTTTCTTCCCACCAAGTATATCATGACCTATAGGGATGGAGGACAGAGATCAGAGCCTTGCCGCCAGGAGTTCTATACAATAaattcatgcaaaataaatgccacAAAAATCTGGCACCACAACCATCTTATTAATATCACAGAGGTCAACCCCCTTGgatcaaaatatacaatatcaAAGATAGAGATTCATGATATAGTCAAACCTGACCCCCCAGAAGAGATTTCAGTGGAGCCCATCATTGGCCAGCCCACAAGACTTTTGGTCAGCTGGAGATACCCAGCTTCCTGGAGCAACGAGATACACTTTCAACTCAACTTCCAGCTCCGCCACAAGCCCGTGGGCTCAGAGTCCTGGTCTAAGctGAAAACTACAAACACAAACGTCACAGTTAACGATGTTCTGGCTGGTCACAATCACATCATCCAAGTGCAAGCAATAGATTACACTGAAAATGGGCATTGGAGTGAATGGAGCCCAGAAGTCAAGGCCTTACCTTGGATTGAACCAACCCTTCCACCAAGTGAGACGAGcaattatgaaaatgtcagtGAAGAACTGGACCaatctacaaaaaataaaactacagACATTAGTATGGAACAATATGAGAAACTGGGAATGCTCATTTCACTGGGATTGTTTGCAGGAATGCACAGCTTGGTGCTTTCCAGTGTCAGCCCTTATAGGGTGTCCTCGAAGGGAACTATCACCACTGCCAGTAACAGCAATAAAACAGAGCAAAGTACTGGAGATTCCCAGCATCTCTCTCAAATGGCTGCTATTCCTGGTCTCAGCATCCTCATTTTCAGTGGATAAACCTGCAGCAGCTCTGAAGCACAAGATCTTAGACTAGAACAGCATGTTCAGCCTAAGACTCAACAGATGTACCTTCTCTTGCCAGCAcctgaaaaactgttttttttttaaatcatcaagAAGTATTTCTGGACAGTTCTCCACATGTTTCTGATTGCTGATGAACAGCTGTGAAAGAAGCACACATGTTCATCTAAAAAGCCAATATGATGTAGGGGCATTATGTACAGATAAGATTTTATAGCattcttttacaaaaatatacagaagTTTGGACTCAAAGGTCTTAATGCCTTTACTTTGGATATGAATATTCAAGTtagatgtgtctgtgtgcagatgTATCTGGCCTGTTTTTAAGCTCTTACAAACCCTCACAGCGGAGAGTGCAGAAACAGTACTACGCTTTAGGGGTGGAGTCGGGGGGGTTGTGGCATGGCTGGATTCAAGCACAGGACATACACCTTGACAGAttatacaagttttttttttttgggagcaCAGTACAAGCACTGAAGCATGTGTAAACCAGTAATGAAGACAGCGGACCCTCGCTTTGACTACATACATCGTGGCTGTCTGTGTTTCTCCTGTGCTTGACCACATTGGCAGAGGTGACCTTGCGGTGGATCCTCTGATTTGAAGTAGATAAGTAGAGGATCTGCCTGGATTGGGAGGTCAGAAGACGTCCATTGATTCGTCCACACTTCACTGAGATACAGACTGCAGGGGTAAAAGGAGGAGAGAGTGACATATTCTATGGGggtgcaggttttttttttaattttattttttacaagattcaacaaaatgtttaagaaaatgctgaagaataaacaaactttAAAGTGAGACAACTGCAGAAAGTAGTCAGATATCAGATCATGTCTGGTATGGTCCAGATCTAATATGCACAGAATGCCacttttttattgaaattcacaaACTGTTAATTCTGTTACTGTGCCGTTCTGTTACATTTTCTGCCAAAGGGATGGTCTACTAAAATAGTTAATTTCTTACTAAGGAAAAGACCATTAAGCCTGAGAATGTAGGCTCAGCTGTAGAGTAAGAGACAAAACTGTGTGGTGTTTGCTATTCTAAATAGCTGCACCTCAACTCATGTGTGTAATCCTGCAGTTGACTTGATTTTTACTGAATTGTAAAGCATCTCAGGTTATTCTGAGTGTTGTatcaatacaaagtgtaaagtTGTTTTTCTCCTGTAAGTTAATTCTGACCTTTAATATTCTTATCTGTATGGCATATACATCATCACAGGTATAAGGCAGGAGTTTGGTATGTTTCTGATATGCGTGGGACATGGTTTaatatccttttaaaatgtttatatgcaTAAAAATATTGTGGCCCTTTTGTGTCTATTGGAAGACAGCCCAAGAATTTCTGTAGTGTGTAAAACACTTAATCTGTATTCTTAATTTTCACCATTGTCTGAAGCATTGCAGTAAGATGTGTGGCTGTCTGGAGTGTTGTGGTTCTCTCTGCCATATGTCTCACCAGCCTACAACATGCAGGGCTAACAGAAATTAATCGTTTAATGTTGTATATAGGCGATGAGAGAACAGTAAACCTTATAGACCATTCGTCAGCTGCTACATGTGCAGAGTGGGGAGACATTCTTGATAAAAATCAGAAGATCAAAGGTTGCACTGCCAGCTGACTTTGAAAAAGTGAATCGCATGCaaatattattgtgttttattttatttttctttcggatattttatggttttataatTCTACACCAGCTGTAAAGGTTAACCCAAGACAAAACTCTTGTCTTTACCTATAAACAGAAGTGACAGTTTGTCTTGCACAGTGAACTCCCCCACAGGAAGTGATTTTATCTTGGGCATAACGCAGCTTCTGTCTGTAGGTGACTGCCAGTTCATCTAGGGAAAAACATCtcacaaacttattttttggTGTAAATccttcatattatttttttgaaacaaaagacagtgattgatttaatgttttgaaactgATATATGTCTAAGCCTCTTTTTGGTTGCTGTGTTGCCTCCTATATATCCAGGACTACAATTAATCCTAGTTTCAAATGGAAAccctgttttaatgtgttttattcaatAATGCAGTCCCCAGGGCTCTATCTTAGCTTTACAGTTTCACCTTTCTTTTCTCAAGCAAAGCTAAGATGCAAGCAATGCAAAtgggctttatttttaaagctgatataaatatattcaaaatacatttcaatgaaacctctatattttacttttttaatatattttgttactttCATAAAGCATGAACAACATAGCTAAATGTAATGCTGATGTAAAATTAGTACCGTGAAATAAGACACTAGAGTACATTTACGTTCAACTTTGTTATTGCTTCACTAACATCCCACTGGATAGTTTGAAGACATAGCAGGTTAATAAGGACATGGAAAGCAGCTATTTCacctttttaattatgtaatctCATTAATGTTTTACCCATAGTATGTCTATGAGCTATTTTTCAGCTCCATTCTTAAATTATGTTGCTGATTAATCTTTGTGCAATCCACTAAGAATTTAGGCaccagaatatatatttaaagaagaTACAGTAACTAATTAAGAGTGCAAAGGAATTCTCCCTGAATTGATGGAATAAATGTAGATATTATTGAGTTTTAATCTGAGGATTCTTTAGTTTTACTTGATATTCTGCTGATGTTTGTTGGGATTGAATGAGCAAAATCTTTATATCTCAGGAACACATTCAGAATTTTACATCCTAAAAAagattttaactttaaaacagaTTATGGAGTTTAGTACTTTTAGTACTTAGTACTAATTAGGTCGTAATAGGCTAATTGGCAAATAGCATTCTAAAGATgtacatgtataatatatatatattttttttagtattatgtgttttagttttgtcaaaTGTTTGCCAGTAAATGAGTATATACAGTAGGGGATATGACTATTAAATATTCCATGGGAATTGCTGCATACAACTTTTAAACCATGTAAAggttaaaaaccaaaacaaatatttgaaagttAAAGGCATTTCCAGGTATAGATGAAGACCACCTCAGTGCTGTGGGATACATCCCTACAGTACCACAATATCAAACTTTTTCTTGTGTTGATGTAAGTGATATATGTCAAAAGCCAGCTAGGGCAAGTAGGAACCAATTCAGTATCTCCAAAATAATATTCTAACACTCTTTTAAATGTGAGCTTTATGACCAATTTGTTGTGAAACTTTCCTGATATTTTAAACCTCTGTTGACAATATTACAGTCATAAACGGAACAGGTTACAATAGTAACTAAATTCATTGGAAGCGTTAAAGCATAATATCATCCAGCACCTCCCCTCTTTACACCTGTCATTTAAGAAAGGTATTGAAAGAGTAATTATATGCTAAGtgatgaatgtttttttcttcttcttttcaaatactgaaaataactCAGGGGGGTGATAACCTTCAAGCAGTTTTTTTTCACaagcttttcatatttttcagatGTATCGTTtcctttaatgtattgtatgaaAATATTGCCCCGAGGCAAATAATGGTAATTGTGTTAGTGGTGTACACAACAGTCTGCACATGAAGGAAGTATGCTATGCGAAGCTTTTTTCCAATGGTGTTTTTAACCATCTATCTACAGTCCGACTTCAATGTGTCCGATATTGGAAACACATTTTTGGCTATCCGTGTTTCACCGATTTTTTCCGTCAGGCTAGCGCTCGAGTGAAAGACAAACCTTGCTCTGTCAGCAACTTATTGGAGGTTTGCGATGCTTTGAGGCATGAGAGTGAAAAGTTCTGGCTCATCTGGTTTTTGCACCGGGTACAGTTCATGGGCCTTACTGTTATTCACGTGTTAAGGCACAGATGTGCGCGTGCTGCATACGTGGCAAGACTGTCTGTGCCATCCTTGAGGAATGGAATTGCTGCTCAATCCACAACTTTACAAACCTGATCCAGATTAACTTTagtttcacacatttatttcataagCAAACGGATCTGcttatgtgtgtctgtgtgtgttttgtgttaagTTGCAACTTCGTTTGTATAATTCCATTCTCTGTGACTCATCAGATGCGCTCTTGCTTTGCATTATGATGTGATTTtacttgtttatattttgtgacTGCCTCGAATCATAGTTGTGGAGCATACTTACTAGTACGTAAGTATCCTAATGAATATTGCAAAGGTTTCGGTTGTTTCTGTAGTAATTTGAGGCCAAGGTGTTAAAGAGAGACATGGTGTTGTGATACATGTGTGCTGTGCAAGTGTTGATGACTGAAACCAAATGGAAAGAACAGACAATCACAAATCTACAATTGTCCAAATACGAGTAGGCCAACCTACCTCTGTGATGTTTGAAAATAGAATTCCACATCTGTGCTAGAAAACGTGTCGCTTTTCATATAGGCAGCTTGTACGCTGTATGTGGTGAGGTGGggtttgattaaaatgtatcgCTTCCATTGTTGGTTCAAAAAGTGTAGGTGGGGGGATCTGGAAAGAAACACTGTTAAATGtcttttgtgcttttgtgtacGACAATATAATGAATAAGCTGTTTTGTTactctctgtgtttgtatttctgtgaaataaatgttattttaactcTGTA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K05056 IL11RA; interleukin 11 receptor alpha

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00010028 True 5936 mRNA 0.38 10 10894209 10909942

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00010024 cntfr,LOC106572571 coding upstream 95530 10793932 ~ 10798679 (+)
AMCG00010026 NA coding upstream 139661 10753792 ~ 10754548 (+)
AMCG00010027 NA coding upstream 482099 10411706 ~ 10412110 (+)
AMCG00010025 NA coding upstream 534635 10333220 ~ 10359574 (+)
AMCG00010020 NA coding upstream 594566 10291974 ~ 10299643 (+)
AMCG00010034 rxfp3,LOC107589282,LOC107681130,LOC107579623,LOC107706441,LOC107750484,LOC107703594 coding downstream 174738 11084680 ~ 11085921 (+)
AMCG00010037 NA coding downstream 267150 11177092 ~ 11181005 (+)
AMCG00010036 NA coding downstream 305769 11215711 ~ 11244369 (+)
AMCG00010043 NA coding downstream 518617 11428559 ~ 11439004 (+)
AMCG00010048 NA coding downstream 530697 11440639 ~ 11457795 (+)
G77349 sigmar1,LOC107573076 non-coding upstream 561711 10330720 ~ 10332498 (+)
G77346 NA non-coding upstream 578111 10315346 ~ 10316098 (+)
G77285 fras1 non-coding upstream 896324 9996354 ~ 9997885 (+)
G77253 NA non-coding upstream 953774 9874868 ~ 9940435 (+)
G77395 NA non-coding downstream 67721 10977663 ~ 10978504 (+)
G77445 NA non-coding downstream 445149 11355091 ~ 11355362 (+)
G77517 NA non-coding downstream 675012 11584954 ~ 11586100 (+)
G77515 NA non-coding downstream 681276 11591218 ~ 11639790 (+)
G77543 NA non-coding downstream 831706 11741648 ~ 11743415 (+)
AMCG00010021 hdhd2,ier3ip1,LOC107743237,LOC107738843,LOC102780036,LOC106633120,LOC103397450,LOC106527492 other upstream 580723 10302926 ~ 10313486 (+)
AMCG00009959 NA other upstream 3831475 7042597 ~ 7062734 (+)
AMCG00009929 sv2c,LOC107755746,LOC107748435,LOC107565680 other upstream 4808403 6059242 ~ 6085806 (+)
AMCG00009915 NA other upstream 5125157 5766337 ~ 5769052 (+)
AMCG00009897 NA other upstream 5646028 5232632 ~ 5248181 (+)
G77423 NA other downstream 239684 11149626 ~ 11155469 (+)
AMCG00010041 NA other downstream 379961 11289903 ~ 11389245 (+)
G77541 NA other downstream 790764 11700706 ~ 11701081 (+)
AMCG00010101 NA other downstream 4081977 14991919 ~ 15032181 (+)
AMCG00010116 LOC104924827,LOC102229495,LOC106923526,LOC105930787,LOC102305543 other downstream 4614504 15524446 ~ 15534087 (+)

Expression


Co-expression Network