AMCG00010467


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00010467
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030129.1
NCBI id CM030129.1
chromosome length 41163702
location 30766337 ~ 30817603 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00010467
agggagagccaGCGAGTCGGCGAGGGTGTGCGCGCGATGGAGGTAGTAGCTGTAAATTGAAGTGACATCATATGTATTTCTCCCATTGATCTGCTTTTAGACTCCAGCCAGGATAAAAGGAAATGGCATCAGGGAGGAAGTATGCATCATTTAGGCACAGATCCCAGTGTGATAATGGAGTAATAATAGAAATCACGCCACTGTCAATCGGCTGCTGCATCAGTTTCCCTTCAGAGCTGCCTCTCAATGATTTCATTCAAGAGCAGGCTCCGGCAGGCGGGATGTTCAGTGTACCAGCTGTACTTCTTTAGGGTGATTTGTGCCCTGTCTGTGGTCGCACTGCAAGCTGTCCCCTCCAGGATGCATAAGTGCATCACTGTGGCAGATTCTGCAACGCCGAAAGGGGCAGACCACAAAAGACAGCTGTGTAAAATAGCCCCTGAGCAGTTGGTGCTGCTACTGGAGCTGCTATTGGAGGAGCCCGATCTGAGCGTGGGGACACTGCGCAGTCTGGTCCAGAGCTACGGTCTGCAGACGCAGGATGCTGAGgtGAGACATCGCTGGTGTGAGCTtgttattaaacacaaacacactgaagcATATGGACATGTGGGACATTTTCTAAAGCAGGATCAGGCTATGGGGGTCTATCTGTATGGGGAACTGATGGTCAATGAGGATGGCAAGCAGCAGGACTTGGCCAGACGGTGCTTCTCAGCAGTGCAGGAGGAAATGGACCCGACTTCCAAGCAAGTTGTGGAGGAGATGATTTTCTGAACAGAGGGCCGGTGTGAAGCTGCGAGTCAAGGAGAGCCCCAAAGAGCTGCTCACTGGATCTCACTACAAAGCTTCACAGGAGCTCATACTAGCAGGGCAGAACTATTATAGatatataagagcaatacatcACTGGAATGGAACTTATTGGGTCATGGGAAATTGTGTGGATCTGAATAATTGAGTAGCGTGTGAACAAATATAAACCAGTTTATCTCCGAAATGATGTTTCAATAGgattctttttatatttttgtaataaaactgaATAGCGGGCCTGATTCGGTTTTGTATGCTATATTAAATTTAACAGTGTTTGGCTTCTCAGATAAGAACTGTTGTTATCAGGAGAGCAATACCACCCTTTTGTGTCAAGTATACAGCGTTCATTAAAGACCCCATTAAAGCTAAAGGCtaaaatatgcagttttatatttaattgcacagtAATTCTTGAAATGTTGAGTAAAGAGTTCACGGtgggtataaaaatatattttaggggttcaggcaaaaataaatattcagaataCATAACTGCATTCAACTTTCCATGGAACAAGAcgaacaataatgttttttcaatCAGTATGCTTTGACAATACACAAACTCTCaccaaacatttgcatttaaaagaacGTAAGTGTGTACATGGCTAAAAAGCCTTTAATGTAAGATCTGGCCTCCAGCTTCTTGAGCTGAAGGTAAATGTCAAACACTATAAATCAGTAGTATAAATATAAGAGATTTACACAGGCCTGGatgacacagacagaaagaatgTGAATGCAGATGTCTGCTTCTAAAACCTGCACTCGGCCTCGGAAGCTCAGCTTTGTGGAGCCCAGTCATAAAAAGCAATGAAAGCGGTTCCTGCCCTTCTGGACACGCTTCTGGAAGTGGGCTTTGAGTTTCAAAAGCAATCCTGTATAGGGAATTTATAGAAAATACAGCTTTTACGAATTACATTTCACACTATTCTCGCAAGGTGACTAATTAAGATAAGATCATGGATAAATACATCTGCTTAAGTAGGATAAATTACCTATTATCTACAGAATATCATAATTAAAGAGCTGCCCAAAAGCCTTGTAATATGCTATGTTCATAGTTTAATAACTGAACAGGTTCGAGAGCCATCATACCTTCATTTAGAACAGTATTGTACTCTGTTTAGCTGGTAAAAAGGGGAAACCCAAGGGCTTGATTAGCACATCCATGTagagaacatttattttgtgagtcTAACTCCTGTACACTTGCTAAAATATTTTTGACTGCTAGGGGTAATGAATATTTGTATGGTGCCATACAGTATCACAATTCTGCATGATCTCACCTACTGTGATACAGCTGTTGGACTTTGAGATATGGCATTGGTCTAACAACTCACAAGAGATTTATCTAGAGCCTGTTGGAAAATTTAGCTATGAATATACGTAATTAATACCTCCAGTTAATTTCTTATCAGGGTATTCAGAATTACTAATGACAAAATGCCGGGAACagatatatacattgttttagcTTGTAGATTAAGGCATTGGGCTATTTGTTTTACTTCCCAGAAATTATTTTGACccagtgtttaaatatttacattaaatatttacatcagGCATAGAATATATCacttttaattacaaacaaatatcaaatgttgttttacaatagtgtatataaaatatctgACAGATGAGTGTTTAATATAGTTTTCCTGTATGGATGTTAATACAGTCATGACAAATCTGTGTCAGTATGTGGCATGTTTTATGTTCTCGGTTTCACCTCACTGCTTCTGAAGACTTTCCTGCATTGTCCTCAGTCTTGAAAGAGCTTTGACGTCCATTAATCCGTATCTGTTTAGTCTATATTCAACACCAGCTAGGAGAGCAGACAGTCCATTTGTTGAACTTTCTTGCATCATCTgctagaaagaaaaagaaaacagccttTCTGAAAGGTGGTCTATCTTTTTGATGTTGTGTTACAGGCTAAATACAGCTCCTGTGTTTCAGCTAAAATCACAGACCCTATcagtctacacttaaaaaacGAGTGGGGAGAAACAGACAGAGCACAGTGACTCGAATACTTAAACCCCATATTTCATAAAATCATGTGTAAAAAAAGCTGTCTGTATTTCCTCCATATAGGATGCACTGTGTTCCTAAAATTAATGTATGTCTCTTTGATTTACAATATACATGCAGACTATGCAAATAggtcaattacaaataattgaaatggaTCTTTTTGGAATTTTACACTGGTTGATTTTACTCAGAAGAAAATTATTCACTCCAACCAAACGAAATCCCCCAAAACCAGCACAGCTACGTAGCTCATCATAAATACGggattatacaaatatttacggATCATGATCACCATGTaacgaacaaacaaaccacTCACTGTCTCAAGCCTTCATTACCAACGTTCTATTAGAACCGAGTCTTACCGCTTGGACAGCCTCCTTGGCAACAGTGTGTCCACCATCAGAGAAGAGCACAAAGTTCACGAAGAGCTGCTGAATGAGGGGCGCTGTGTGGCGGTGCTGAGAGCCGGCTGCTGCGCGGCCGAAAAACTTCTCAAGATGCaacagagagggagaagtgCTGCTGAAGAGCACCTTCAGCTGATCACACACGTCTCTAGCCGCCACCTGCGGGGAATTGAAGGGGATTAAAGACGCAGGGTTTATAAGAGCACAGTGGTGGTTTCATTATGTTCATCCCCTCTAAGCAAACCCCTGAGTAAGGGAAGTGAGCACTTTTGTTGGAAATTGAAACACTACAGCGGTCATTGGGAAACGAATTAATAGCATATGGGTGCAATGGAAATTTCTCCGGACTTTGGTCCCTAACAATTACAGGCCCAGGGCATGGAGCCAGGTTCTGCCTTCTTTATATAATCAGAACGTAAACCGGTGTAGTGTGAGCTGTGGGAAGAGGAGTCGGACTCCTCCTCGAGGAGACgctacacacactgcagactCGGATCAATACCTCCCCCTCACAGAGCAATCTGACCTTAAGTGATGAGAGACTGATAACAAAAGCCTTTGtggttttctcttttctttctagTCTTAGTGCttaacaacattaataaattactaaattaaacatCCCATGTAGAATTATGGGTGAAAATGTAAACTATTTGGTTCTGCTCTGCAGCCAGCCAGCACATGGTTTTCACCCAGACAAATGGGTGACGAATCAGTTCAAGAGCAACTGAGATCAGAGAAAAACCTACAAAGGAGCGTTATTCTAATCAGATCCTTATACAGAAACAGATGTGATTATGTAGAACTGAGATATgtgaattatgaaaatgtaaggTAAATAAGTAAGTTTTTGtatatctatttaaaatgctttattacatattttaaaataaaacaaaaattgttttCTGATTTACTCGTATACTCTTTAAATGTGGACTATAGCTTTAATTAGTactaaaatcaattaaatatatattctaaaaaaatagaataaaaaag
>TU100911
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>TU100916
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>TU100917
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00010467 True 4295 mRNA 0.40 6 30793128 30817603
TU100911 False 1569 lncRNA 0.45 5 30792963 30814741
TU100916 False 1217 lncRNA 0.43 7 30766337 30814741
TU100917 False 1786 lncRNA 0.42 7 30766337 30814741

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00010470 NA coding upstream 7537 30739193 ~ 30758800 (+)
AMCG00010469 NA coding upstream 31264 30708690 ~ 30735073 (+)
AMCG00010468 NA coding upstream 68716 30686967 ~ 30697621 (+)
AMCG00010456 NA coding upstream 154756 30607329 ~ 30611581 (+)
AMCG00010457 unc45b coding upstream 163444 30585941 ~ 30602893 (+)
AMCG00010474 NA coding downstream 74782 30892385 ~ 30927540 (+)
AMCG00010475 NA coding downstream 176000 30993603 ~ 31012828 (+)
AMCG00010476 NA coding downstream 220037 31037640 ~ 31040193 (+)
AMCG00010477 NA coding downstream 247034 31064637 ~ 31071620 (+)
AMCG00010480 NA coding downstream 265280 31082883 ~ 31087934 (+)
G80830 NA non-coding upstream 246709 30517273 ~ 30519628 (+)
G80746 NA non-coding upstream 458950 30306485 ~ 30307387 (+)
G80663 NA non-coding upstream 905955 29858773 ~ 29860382 (+)
G80652 NA non-coding upstream 990538 29771427 ~ 29775799 (+)
G80599 NA non-coding upstream 1281996 29483291 ~ 29484341 (+)
G80969 NA non-coding downstream 229123 31046726 ~ 31070527 (+)
G80988 NA non-coding downstream 289457 31107060 ~ 31107603 (+)
G80989 NA non-coding downstream 292165 31109768 ~ 31110142 (+)
G81020 NA non-coding downstream 741113 31558716 ~ 31627547 (+)
G81026 NA non-coding downstream 954551 31772154 ~ 31772357 (+)
AMCG00010431 NA other upstream 1262814 29494563 ~ 29503523 (+)
AMCG00010407 NA other upstream 2500894 28242989 ~ 28265443 (+)
G80326 NA other upstream 2859508 27906497 ~ 27906829 (+)
AMCG00010393 isca1,LOC107662049 other upstream 2891406 27869439 ~ 27874931 (+)
G80249 NA other upstream 3209330 27556415 ~ 27557007 (+)
AMCG00010497 dcp2,LOC107568646,LOC104944318 other downstream 1656430 32474033 ~ 32530266 (+)
AMCG00010529 NA other downstream 3086212 33903815 ~ 33938237 (+)
G81496 NA other downstream 3883835 34701438 ~ 34707394 (+)
AMCG00010545 megf10 other downstream 3938916 34756519 ~ 34845876 (+)
G81576 NA other downstream 4194712 35012315 ~ 35012693 (+)

Expression


Co-expression Network