AMCG00011051


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00011051
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030133.1
NCBI id CM030133.1
chromosome length 32682731
location 8819551 ~ 8864051 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00011051
atatttttaaatatacgattagaaaGTTGGAAgctatcatttaattaatttgaagtagtatcctataaaactaggaggtgatattaacgaatagtgtatttcaaaattattattattactattttaattaaatacaaatacaagaaaagactgcatagGTACTTTGtcagacaaaggcaaaggcgctgaatgctggcGCTGAAGTCcgtcccattgagcgcttttatcttcacctgcaccctcctcactctgtgacgtcagcataACGTCACCCgtcgaagggtgtaggagcGAGGGTGCGGTTTGGGACGCAGCCGCAGAGGGTGCCGGTGCTTCGTCATAACAGCTGCGCTGCACAGGACTTGATTGTCCTGACTGAGATATGCGGAAGTGGCCGTGCATATAGTCCGTCATATACGAAACTACTGTAGCACTCAGATACGCTGGGAAGATTGTTTAcctttttacattaattaaactacatccatctatataaatataatactttAGTCGCCTATTGtccttatatttatttattttccttttcagcgTACACAAATGAACTTAAaaaCTATAGCAGTGATCGCGGTTGGGGCAGGTGCCTCGGTGGCCGCTGTACCATTGATTCTTGGTGGAATCGGCTTCACTGCCGGGGGGATAGCGGCCGGATCTTATGCGGCTGGCATGATGTCGTCCGCTGCAGTTGCCAACGGCGGGGCAGTTGCAGCGGGCAGTACAGTGGCAGTGCTCCAGTCAATCGGAGCAGCTGGACTTTCCACAGCAGCCACTGGTGCTGTAGCAAGTGTTGGTGGAGCTGTAGGGGCCTCTGTGGTCGGCTTACCATTGATTCTTGGTGGAATCGGCTTCACTGCCGGGGGGATAGCGGTTGGATCTTATGCGGCTGGCATGATGTCGTCCGCTGCAGTTGCCAACGGCGGGGCAGTTGCAGCGGGCAGTACAGTGGCAGTGCTCCAGTCAATCGGAGCAGCTGGACTTTCCACAGCAGCCACTGGTGCTGTAGCAAGTGTTGGTGGAGCTGTAGGTGCAGTCTTGGCACTACTGTGAAGACAAAAAACGATGTAACCAGTGCTTAATATGTGCCTGATCCTGCTCTCATATTCTGCACTGTTCTGTTCCAGGACATGCGCCTGCCTCGTCACCCCTCCGCTCTCATATATGCTTTGCGTTCCAGCACcttctgatttacaaattaagcactgaaTGTAACCATATTTTAACCTTTCTGGTGAAATTATTGCATGTCTCCAATAAAAGCTGATTTAATTGTTCTGCACAGaattgctgttgttgctgtatgcatcttgtttttgtttcatttttaaatttctaaTCCAAATGCAGATGTAAGGTATGTTTTGTCCCTCAATGTAGTCTACACCATTTTACCAAAAGCATAGCCATAATAAATTACTCTTGCTGTATAGTCACACCCTGATAACATGTATTACTTAGTGGCAGAAGAGACATCCAGAGTATTTGGTTAACTGAAATTCAGTCAATTGATTTATTGCAAATTGCATTCAGTAATACAGTCTTTAAGAGTGGGGTTTCCCCTTCACTGTTTGCAACCCTCTATGCCTACCACAGCACAGTGCCCCCCCCCAGCTCTCACAAtgtcagcaccccccacccaccctgcTCTTagaccgaaaaaaaaaaaacctcagcaCTCGCACAACCCCCTCCCAGCCCCCAGGCAGCCACACAATTTATGAATTTAACAATATTATTCAAAAAGGCCAGTTTCAGACTTTTATTCAATGCTGCATGACAATGAGTGCTGGTCCAAAAACTGGTTACAAAATGATACTGGGTAAcctaaaaacagaaacattacttattttcagaaatagaATGACCAGAAATAATCCCACatataaagaaacaagaaatcaaaataataaaattacctAATAATATTGACAGTTGCCAATTTGAATTTCTTTCATTAGATATTTAGATAACAGAACATTAacctgaatgtttttttctttgtcatgtTTATCTTTCTAGATGTCAAATCAATGTAGTTAATTTCAATTTGCCCTTTAAGGAGTTGAGATTTCTGGTGGCAGAATTCTAAATTAGAGAAGACCGAAGCCGGTGTCCACAGTATTCGGTATACAGGAAAAAGATAAACCTCAAATGATGAGTAATGAAAGTAGTGTCTGAGTAGCTTAATGGTGTGGAACTTGTGGATGTTTTGGGGAGTTTGTTATCTTTGGCCTCAACAGACAGCTCCAAGTCAGCTTTatgaaaattaagaaataataataatatcctatTTTTGAATACTTCTGCTTATGTAATTGTGCTCCTTATTGTaacatgtaacacatttttcCCTATGCCTTTTACATGTTTGTGTTATTccacattgtatttttgtacGTGACCACATGGTGTCGCTATAGTTTTCATAATGGCGCTCCAGTCTGCTCTTCAAACAATACTGGCACAAAAAGCCTGTCTTCATTAGTCTTGTTAACTTCAATGGGTTGGCTTCCTGCATTTCTTCTTTGAAAACAATCTTGttgagatgcatttaaaagtatggagaaacaaacaaacacttcatCTAGCAGCAGTTAGTCCTTTATGATGGTAGTAGCTGGACTGCTTCCTAACAACTGCAAAGGGCAAGTGATTAACagcacacacattacacacatttgtttaagtCACATACTTTTACCGTTAGTAACCTAGTGGTATTGCTTATTTAATGTCAGTATTTGATATGTTGGTGATTTTTATGTACTGTTGTATATATTGGTGCTACAGCAAGTGGAATGAATGAGCCAGTCACCATTTGTAATCTCCAAAAAAAGGTTACCACAATCGGTCCACTTTATTTCATAAGGTACAGAAGACATGTAAACAAAGTCTTGAAACTCTGAACAGATCACAAGATGAATCTTTGTACTCCGTttctaagattttaaaatagtcTATTGATATGTAATCCATATATCTGAGGTATCTATCCATGGTACTAGAGAGGCCCAGTGCTTCACCTTTAGAAGGTTTTTAATTGAGTGACTAAAAATCTTCTTGATgtgcattaattaataaagtgaaGGTAATTACTGAAACCGGGTGTTGATTCACATAGCAACACACCCTGTAACTCTCAAGTAGCAGTATACTCTTCACTTATTACAGCATACTCTTCACTTATTTCTGTACGGTCCTGCAAAGTTACAGGTTTTAATTCCCcaccaacccccacccccagttaTCTCTTGCAGTAAGATGTCTccaagcatttaaaatgttgtggGGGGTAAagtcataaaaaaacatgaatgactAAGGTCCACCAcgtaacaatatttattatcaCATGTTCCGCTCTCCTATACAGgcggagaaaaaaaacattgacaaagtgatttaattttctcttcGCAGTTGATCTAATACATGaatcatttgaataaaaaaaagacatatatATGCAGGGCCATTCACTTTTGCTTGATTCACTAGTAAGCCATGTGGCCAGACACCCTAAAGAAGACTTGGGCTTAATCTGTGATGCTGCCCTGCACTCGGGCCTTGTTTATTGACTGTAAAAGGAGTGAGAACATGACAAACAAAGGATCACTGCACAGGtttcagccctggtcctggggtAGGTGGGTGATATCTGGGTTTTATTCCAACTCATTTCTCAAGGGCTTCTACATGGGCAATCTTTCTTTGTTCTAATAAAGTTAAGGACGGGATGAAAAGGCTCTCTTTACTGAACCTCTTGGTATGTTTCTGAAACCAAGGACTAGGCACAGAACACCTTTAGACAGATCAAACTAAGAAAATAGATACATAATCTGCTCTTTTCACAGACCCTGATTATCATTAATCTTGGACTACTTTATCTAAGATTACATTGGGTAGTCCAATGTTCGACAAGACCAAGTCAGTAAGCGTTCACcttgaacaacaaaaacataagacTGAGACTTCTACAGGACCACAGCACACCCTGCTCTATGCTACACTTAACACACCAGTGACAATGCAGATTACACAtaacactttcattttc
>TU129987
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>TU129988
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>TU129989
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04622 RIG-I-like receptor signaling pathway
ko05164 Influenza A

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00011051 True 4072 mRNA 0.40 6 8843189 8864051
TU129987 False 1493 lncRNA 0.38 4 8845964 8849961
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TU129989 False 567 TUCP 0.45 5 8819551 8863666

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00011046 LOC106589091,LOC103035846,LOC105892259,LOC103143294,LOC108257369,LOC105006285,LOC107691525 coding downstream 83968 8721384 ~ 8735583 (-)
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AMCG00011040 NA coding downstream 236837 8578631 ~ 8582714 (-)
AMCG00011041 yars,LOC107687080,LOC107724337,LOC107691530 coding downstream 264020 8548833 ~ 8555531 (-)
AMCG00011034 NA coding downstream 355053 8463214 ~ 8464498 (-)
AMCG00011049 ldlrap1,arhb,LOC106579967 coding upstream 2290 8866341 ~ 8886705 (-)
AMCG00011050 tmem57,tmem57a,LOC106610893,LOC107584286,LOC107687072 coding upstream 49390 8913441 ~ 8930598 (-)
AMCG00011052 NA coding upstream 77065 8941116 ~ 8952749 (-)
AMCG00011054 NA coding upstream 101766 8965817 ~ 8970772 (-)
AMCG00011057 clic4 coding upstream 323659 9187710 ~ 9200667 (-)
G103999 NA non-coding downstream 8529 8806470 ~ 8811022 (-)
G103929 NA non-coding downstream 356889 8460930 ~ 8462662 (-)
G103903 NA non-coding downstream 476733 8342584 ~ 8342818 (-)
G103900 NA non-coding downstream 477963 8341363 ~ 8341588 (-)
G103893 NA non-coding downstream 651627 8167695 ~ 8167924 (-)
G104054 NA non-coding upstream 100666 8964717 ~ 8965281 (-)
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G104098 NA non-coding upstream 373740 9237791 ~ 9265487 (-)
G104126 NA non-coding upstream 546538 9410589 ~ 9412922 (-)
G104272 NA non-coding upstream 1859539 10723590 ~ 10723956 (-)
G103832 NA other downstream 792520 7938137 ~ 8027031 (-)
AMCG00010988 NA other downstream 2174828 6628570 ~ 6644723 (-)
AMCG00010966 NA other downstream 2845244 5965133 ~ 5974307 (-)
G103395 NA other downstream 3070987 5704770 ~ 5748564 (-)
AMCG00010946 NA other downstream 3494127 5284330 ~ 5325424 (-)
AMCG00011058 srrm1,LOC107583602,LOC107721297,LOC106579139 other upstream 358217 9222268 ~ 9236228 (-)
AMCG00011084 dlgap3,LOC106933674,LOC106958363 other upstream 737326 9601377 ~ 9619279 (-)
AMCG00011086 NA other upstream 877082 9741133 ~ 9743785 (-)
AMCG00011125 eef1a1l2,LOC107589444,LOC107706209,LOC107654701,LOC100136525,LOC105027913 other upstream 3095187 11959238 ~ 11971002 (-)
AMCG00011140 NA other upstream 3126778 11990829 ~ 11997786 (-)

Expression


Co-expression Network