AMCG00011259 (pcbd2,LOC107386701,LOC105890513,LOC106941140,LOC103129816)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00011259
gene name pcbd2,LOC107386701,LOC105890513,LOC106941140,LOC103129816
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030133.1
NCBI id CM030133.1
chromosome length 32682731
location 15963338 ~ 15973872 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00011259
AGTTAACCATGCGCCAGTTAATGTTTATACGCAACTGCAATTCTCTATTACAGAGCACTCTCTTAAAACATTGCAACACACTTCTACCCAGACACTCGTCCAAGATGGATGTTAAACTTGCAGGCACAAGTGGAGGCCAAAGAGGGAATAAACAACTAGGAGGTTCGAATGATGGAAAGGCTGAGAATTGCAGTCAGGCATGCTTTGGCCTCAGACTCGCAGTGGCTGTccccaggagagagagaacagctTCTACTGGAGTTGAAAGCGACAGGATGGGTGGAGGTGGAAGACCGGGACGCCCTTTACAAAGAACTCAACTTTAAAACCTTCAATCAGgctTTTGGATTCATGACTCGGGTGGCTTTACAAGCAGAGAAAATGAACCATCATCCCGAGTGGTTTAATGTTTATAACAAGgtTCAGATAACACTGACATCTCATGACTGTGGCGGACTCtcaaaaaaagacattaaaatggCCAAGTTTATTGACAAAGTAGCTCTAACTAtgtagatttatttaattttgtgttaggTGGAAAATTAGATGTTGATAGAAATGTGACCATGTCTGAAGATTGTACAGCTTCGAAGAACAATGATCATTTTAGAAGACAACCTCTTACTATCTTGTGAAGCCGAGGAATATTTGGAGCTCCCTCTGGGTAACCACAGGTTGTGAGTGTTCCTGTAACACTTTACAGGAAGATGTGCGTGTTACTGATGTACAGTGACTGAAAGGCTTTGATTGTGGTCTCTTGTgacattatgatttattataatgtgaTCTGTAGCTTCTGCTGGTTATTATTGTCTACTCTTTTCCTGTTCCATCTATTAACatacaatgttacattttttgacttttgtttttggtatttagatttaataaataagaataacatGCCAGTGACTGAATTTCAGCTGTTGTAAACACAAGTGtaattctgctttttaaaagaaacGCATGCTTTTAACAAAATGGgatctggatgttttttttttttaatgtataaaaggttgtgtatttgtttagaaaggcagtttgtttaaaccacaaacacaatatattaaagATGTTTTAGCTCAGATATCTAGCATGCTTTCTTGTTAGTGGAAATATTTGCCTAAATGGCAGAAAGTATACTTGCACTTTAGCAGTGCTGGAAATCCTGTAGaataaaaagctctttgcaGTTATGAGGTTTCTCTGAATTTTGCACCTATGTTTTTCttgagtttagttttttcttcttctgtgctGCTTTGCATATTGCATCTTATCTTGCAATATCGTGCAAGTCACAGATTTGTATTAACAGCTCTGTAATACCCGCACCAAAGAACAAGGATACACTCTGTATTTAAAAGTTCAAAAACAAGATGAGCTGTTTTGCCCTCTCCAAATGCTGAAAACTATCTattaatgttgtaaaatgtcttCCTCTATAACAGTTATTCTGATCTTAAAATCATGTTGTCATTCTGTGGTGGAAATGAGGAAGTATACAATCCTGTTCTCAAATCTGGTATTCCTTAGCCATATGTGATTTTGTAAATGCAGTTTTaagaatactaaataaaaaactttttttaattgatgtttggatttttgttttatgctttttcGTTTATTAACTGAAATATTCTGTTATATTTAAATGGTATCAGTAAAAGGCAAATGGATaaatataggtttttttttttcacatgctCACTAAATTGAAGGTTCTTGGATTCAACAAGCTACACTTGATATCTGGTTACTATGTACTTTAAATTCTTAGGCTGTAATGAAAGGGATGGTAATATTAATATGCATCACTGTGTCATGGttcagtaaatgtttttgttttgtgttttttgcattttaatgttaatatgtGTAATACCGAAGTACAAACTTCTGAGCCAG
>TU131861
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>TU131862
AACTTCAATGAAATCAAGTTGCAAACTAGTTAACCATGCGCCAGTTAATGTTTATACGCAACTGCAATTCTCTATTACAGAGCACTCTCTTAAAACATTGCAACACACTTCTACCCAGACACTCGTCCAAGATGGCCTCAGACTCGCAGTGGCTGTccccaggagagagagaacagctTCTACTGGAGTTGAAAGCGACAGGATGGGTGGAGGTGGAAGACCGGGACGCCCTTTACAAAGAACTCAACTTTAAAACCTTCAATCAGgtTCAGATAACACTGACATCTCATGACTGTGGCGGACTCtcaaaaaaagacattaaaatggCCAAGTTTATTGACAAAGTAGCTCTAACTAtgtagatttatttaattttgtgttaggTGGAAAATTAGATGTTGATAGAAATGTGACCATGTCTGAAGATTGTACAGCTTCGAAGAACAATGATCATTTTAGAAGACAACCTCTTACTATCTTGTGAAGCCGAGGAATATTTGGAGCTCCCTCTGGGTAACCACAGGTTGTGAGTGTTCCTGTAACACTTTACAGGAAGATGTGCGTGTTACTGATGTACAGTGACTGAAAGGCTTTGATTGTGGTCTCTTGTgacattatgatttattataatgtgaTCTGTAGCTTCTGCTGGTTATTATTGTCTACTCTTTTCCTGTTCCATCTATTAACatacaatgttacattttttgacttttgtttttggtatttagatttaataaataagaataacatGCCAGTGACTGAATTTCAGCTGTTGTAAACACAAGTGtaattctgctttttaaaagaaacGCATGCTTTTAACAAAATGGgatctggatgttttttttttttaatgtataaaaggttgtgtatttgtttagaaaggcagtttgtttaaaccacaaacacaatatattaaagATGTTTTAGCTCAGATATCTAGCATGCTTTCTTGTTAGTGGAAATATTTGCCTAAATGGCAGAAAGTATACTTGCACTTTAGCAGTGCTGGAAATCCTGTAGaataaaaagctctttgcaGTTATGAGGTTTCTCTGAATTTTGCACCTATGTTTTTCttgagtttagttttttcttcttctgtgctGCTTTGCATATTGCATCTTATCTTGCAATATCGTGCAAGTCACAGATTTGTATTAACAGCTCTGTAATACCCGCACCAAAGAACAAGGATACACTCTGTATTTAAAAGTTCAAAAACAAGATGAGCTGTTTTGCCCTCTCCAAATGCTGAAAACTATCTattaatgttgtaaaatgtcttCCTCTATAACAGTTATTCTGATCTTAAAATCATGTTGTCATTCTGTGGTGGAAATGAGGAAGTATACAATCCTGTTCTCAAATCTGGTATTCCTTAGCCATATGTGATTTTGTAAATGCAGTTTTaagaatactaaataaaaaactttttttaattgatgtttggatttttgttttatgctttttcGTTTATTAACTGAAATATTCTGTTATATTTAAATGGTATCAGTAAAAGGCAAATGGATaaatataggtttttttttttcacatgctCACTAAATTGAAGGTTCTTGGATTCAACAAGCTACACTTGATATCTGGTTACTATGTACTTTAAATTCTTAGGCTGTAATGAAAGGGATGGTAATATTAATATGCATCACTGTGTCATGGttcagtaaatgtttttgttttgtgttttttgcattttaatgttaatatgtGTAATACCGAAGTACAAACTTCTGAGCCAGAACAATAAAATGACGATGTATTAATCA

Function

symbol description
pcbd2 Predicted to enable 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity. Involved in positive regulation of transcription, DNA-templated. Predicted to be located in nucleus.

NR:

description
pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase 2 isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0006729 tetrahydrobiopterin biosynthetic process biological_process
GO:0008124 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity molecular_function

KEGG:

id description
K01724 PCBD, phhB; 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00011259 True 1917 mRNA 0.35 5 15963365 15973845
TU131861 False 1757 TUCP 0.35 4 15963452 15973872
TU131862 False 1790 TUCP 0.34 3 15963338 15973872

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00011261 NA coding downstream 25881 15802473 ~ 15937457 (-)
AMCG00011248 NA coding downstream 519213 15443190 ~ 15444125 (-)
AMCG00011244 NA coding downstream 598448 15361316 ~ 15364890 (-)
AMCG00011246 NA coding downstream 616374 15328336 ~ 15346964 (-)
AMCG00011245 NA coding downstream 667833 15282577 ~ 15295505 (-)
AMCG00011260 NA coding upstream 1159 15975031 ~ 15977007 (-)
AMCG00011263 cssa04h5orf24 coding upstream 4825 15978697 ~ 15985898 (-)
AMCG00011265 ddx46,LOC107757870,LOC107571605,LOC107713612 coding upstream 13206 15987078 ~ 16000017 (-)
AMCG00011266 NA coding upstream 26272 16000144 ~ 16004390 (-)
AMCG00011264 sec24a,LOC102796029 coding upstream 31100 16004972 ~ 16024749 (-)
G105326 NA non-coding downstream 394214 15535370 ~ 15569124 (-)
G105282 NA non-coding downstream 559105 15385716 ~ 15404233 (-)
G105298 NA non-coding downstream 566946 15391732 ~ 15396392 (-)
G105291 NA non-coding downstream 588575 15373347 ~ 15374763 (-)
G105261 NA non-coding downstream 640626 15298645 ~ 15322712 (-)
G105427 sar1b,LOC106940938,LOC107657201 non-coding upstream 58379 16032251 ~ 16035023 (-)
G105454 zgc:56064,LOC102205414,LOC107684868,LOC107564119 non-coding upstream 165227 16139099 ~ 16141338 (-)
G105473 vdac1,LOC106567523,LOC107557296 non-coding upstream 262256 16236128 ~ 16237685 (-)
G105479 NA non-coding upstream 270824 16244696 ~ 16247301 (-)
G105553 NA non-coding upstream 681375 16655247 ~ 16725153 (-)
AMCG00011251 gfpt2,LOC106611946,LOC105024910,LOC108240504,LOC107375897 other downstream 447663 15499534 ~ 15515675 (-)
G105290 LOC108429417 other downstream 590159 15370402 ~ 15373179 (-)
G105050 NA other downstream 1894777 14067215 ~ 14068561 (-)
AMCG00011211 NA other downstream 1966749 13993983 ~ 13996589 (-)
G104929 NA other downstream 2284076 13665795 ~ 13679262 (-)
AMCG00011271 LOC107562913 other upstream 69499 16043371 ~ 16098179 (-)
AMCG00011290 rbm27,LOC106567487 other upstream 970060 16943932 ~ 16961069 (-)
AMCG00011313 NA other upstream 1743754 17717626 ~ 17751099 (-)
G105770 NA other upstream 1777381 17751253 ~ 17751502 (-)
G105793 NA other upstream 2025796 17999668 ~ 18000445 (-)

Expression


Co-expression Network