G103413


Basic Information

Item Value
gene id G103413
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030133.1
NCBI id CM030133.1
chromosome length 32682731
location 5963089 ~ 5965939 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU129213
cagcaacGAGTATCAATTTTCGCATCACTtgataatagaaaaataaaataaaaatcacgaTAGttccaaaaatacataaaataatttaactctTTAAGTTGCACTtcaatttttttccctttttaaggagcaaaaacacattgtcaataaacatacagcaacagatggattacagttgtcacaaataaaacaaagtcagAAGTGTATGTAACTGCATTAGCTCAGCTGACAATGTCCTTAATACACTTACttattgtacatgtttttgttcagaTAGATTAACAGAATGCCTGTACTGATATTGTCTCTAATAGCATAACATGTCTACCTTCTTTTGACAGTGTTACAAAATGACTTATCGAAGTAGCGcagtcttcatttaaaaaaaggagaaaatgtgTACAGGTGAAACAGAGCATGAAACAGGTGCTACATGTGCAACAAACTCTGGTTCTGATGCCTTATCCACATGGCCAGACCATCCAGATGAGTTCAAGCCAAATTTAAATGGATTATTACATAAATGATCTTTCCCttttagagaaaaaaacatcacactgttcattttatgtttatgtgGTGTGTATTTCTTTAACTGGATGTtttctcatgcatttttggCAACCTCTGAGATGTGCAGTGATTACTTTCCCTATATGGATTTAATTAGATCAGTCGTTTCTTCTGCCAACTTTTTACTAACAAAGAAAAGttgaaaatactaaatatttatatatttatatttatttattcatttatatatttatgatggtGTATTTTCCATTGGCAATCCCAGTTTATCTCAGAATATTCTGGACAGAGCAAAAGTGTAAATTATAACCttcaagttattattttacGCTCTGTAAAATCTCTCAAAGTAGGAAGCTTTGTGCATACATTGAAAATGGTGCATTGTTCATACTGTGGGTTAGGGACTAATATCCAGTGACAGGGTAAATTAATTGCTAATCTGCTATCTGCTTTGAAGTTAACAGTTTTACCAGGTTCTCctttgatttgaatttgaaatcagCATAATTGTTCTTCATATTATACAATACTGGCAATTGTTAATCATCTCCTCTCACCGTGAGGTCTAATGTGCTTAACCCCAGCTGCCCGTTTCTGTTCACTGTCCAGCTCCACAACACATGTGGTTAAAGCCATCAGGACCCCGAATACATGCAGTTTTCAAAGTAAACTCTTGGTTGCAGGTTGGATCAAATTTCTGGCAAAATCCTGACCTACTATCCTGACTATCATCACATAATTACACAAGCATGTCTATTTctaactgtaataaaaattcTGTACCTTACAATTACAGAATCAGTATGTTTGACTGAACcttcaaaataatcaaatatatccGCTTCAAGAACGAAATAGCAAAACTGTCACAAGAAAATTATCCCTTCTTACTTGTGAGAACTAGCTGTAAATGctacataaaaaaagataagGTAAGCCTTCTGATGCTTTTCCCTAATTAGCACAAACtgagtgttttttgttctttttctttcaaactatTGTGTAAAATGCTACATGTTAGTAGTTTGGATCCAGTCCAAAACTCTCTAAACTCATGTTGaaacacaattttgtttaatgtggaTGCAACTATAATTTACGGTGAAGAACAATTCAAGTCTTTGTATTCTGTAAGATCCCCAAAACATACAGAACTGGTTTTAAATTCATGAGAAAGAATGTAAAACCTGTGTAAGAATGTCTCTGTGTAAATCCAACATAAGTGCACTGTGGCTGGCAACCAAAATCAGTGCCTAAGAAGAGCAATTatagcattttatatataagggAATGTATACATGCTAATTGCCACATAATCACAATCAATCTGACTGCACGAGAATAGCACGAGAATTATAATAGGTTTTCTCTTACAGTGAACCACTATCAGCAaggtttaaatatgtttttgggtTCTTCTCTGGTATCCCACAGCGAACATTCAGACAAGTGCAGCTATATAGATTAAAACAACGTGAAGATGCCACCCATGAAGCAGTTTCCTCTATTCCTGGGGTGGCTTGAGTTGTTCCATCAGCTGGCCGTTGGGTTTGTATTCTATGGAAACACCTGTTTCTGACGTGTACCTGGAGCACTTGCGGCTGCCATTAAATATCTTCAGCCGGGACAAGAAGTGGATTTGGAATTTCCTGGTGGCAAAGCAGTAGACAATGGGGTCTAGGATGCAGTTGAGGCCCATCAGACACAGAGTGATCTGGTGTGCATCATTTAGGGCCTTATCATTGCCCCACAGGACGGCCAGTGTCCAGGGCCCCTGGACGATGTGGTGGGGGATGAAGCAGACGACAAATACCACCAGCACCGCGCACACCATCCACAAGGCTCTCTGTTTGACCCCTCTCTTTCGGTTTCCCTGCTGTTTCACCGTCTGGGAGAGCAGAGTGCGGATGATGAGGAGGTTGCAGACCACCACCAGGAGGAAAACGCAGAAGAACATGCCGATTATCGCAAAATTGAGGACGGCCACTTTTTTCTTTGCTGACTCATCTTGGTAGTGGTAGCCCTCAAAACAGCGGCATAACTCGCCATCACTGTTGAGGTGGTCATCGAAAAGAGAAGAGAATGCAGACGCCAGGATTAAGACCCAGATGGTGGCTGACACCACTATGCCTCGTTTGATCTGGGTAGACCTGACAGTCTCCAATGGCTTCGTCACGGCCCTGCAGCGGTTGAAGCTGATGACTCCCAGGAATAAGACCGAGCAGTATCCATTGATGAAGAACAAGGAGCCCGAAATGCTGCACAGGAAGCCCGAGAATAACCAGTTCCCTTCCTTAATGTAATAGACAATCCN
>TU129216
cagcaacGAGTATCAATTTTCGCATCACTtgataatagaaaaataaaataaaaatcacgaTAGttccaaaaatacataaaataatttaactctTTAAGTTGCACTtcaatttttttccctttttaaggagcaaaaacacattgtcaataaacatacagcaacagatggattacagttgtcacaaataaaacaaagtcagAAGTGTATGTAACTGCATTAGCTCAGCTGACAATGTCCTTAATACACTTACttattgtacatgtttttgttcagaTAGATTAACAGAATGCCTGTACTGATATTGTCTCTAATAGCATAACATGTCTACCTTCTTTTGACAGTGTTACAAAATGACTTATCGAAGTAGCGcagtcttcatttaaaaaaaggagaaaatgtgTACAGGTGAAACAGAGCATGAAACAGGTGCTACATGTGCAACAAACTCTGGTTCTGATGCCTTATCCACATGGCCAGACCATCCAGATGAGTTCAAGCCAAATTTAAATGGATTATTACATAAATGATCTTTCCCttttagagaaaaaaacatcacactgttcattttatgtttatgtgGTGTGTATTTCTTTAACTGGATGTtttctcatgcatttttggCAACCTCTGAGATGTGCAGTGATTACTTTCCCTATATGGATTTAATTAGATCAGTCGTTTCTTCTGCCAACTTTTTACTAACAAAGAAAAGttgaaaatactaaatatttatatatttatatttatttattcatttatatatttatgatggtGTATTTTCCATTGGCAATCCCAGTTTATCTCAGAATATTCTGGACAGAGCAAAAGTGTAAATTATAACCttcaagttattattttacGCTCTGTAAAATCTCTCAAAGTAGGAAGCTTTGTGCATACATTGAAAATGGTGCATTGTTCATACTGTGGGTTAGGGACTAATATCCAGTGACAGGGTAAATTAATTGCTAATCTGCTATCTGCTTTGAAGTTAACAGTTTTACCAGGTTCTCctttgatttgaatttgaaatcagCATAATTGTTCTTCATATTATACAATACTGGCAATTGTTAATCATCTCCTCTCACCGTGAGGTCTAATGTGCTTAACCCCAGCTGCCCGTTTCTGTTCACTGTCCAGCTCCACAACACATGTGGTTAAAGCCATCAGGACCCCGAATACATGCAGTTTTCAAAGTAAACTCTTGGTTGCAGGTTGGATCAAATTTCTGGCAAAATCCTGACCTACTATCCTGACTATCATCACATAATTACACAAGCATGTCTATTTctaactgtaataaaaattcTGTACCTTACAATTACAGAATCAGTATGTTTGACTGAACcttcaaaataatcaaatatatccGCTTCAAGAACGAAATAGCAAAACTGTCACAAGAAAATTATCCCTTCTTACTTGTGAGAACTAGCTGTAAATGctacataaaaaaagataagGTAAGCCTTCTGATGCTTTTCCCTAATTAGCACAAACtgagtgttttttgttctttttctttcaaactatTGTGTAAAATGCTACATGTTAGTAGTTTGGATCCAGTCCAAAACTCTCTAAACTCATGTTGaaacacaattttgtttaatgtggaTGCAACTATAATTTACGGTGAAGAACAATTCAAGTCTTTGTATTCTGTAAGATCCCCAAAACATACAGAACTGGTTTTAAATTCATGAGAAAGAATGTAAAACCTGTGTAAGAATGTCTCTGTGTAAATCCAACATAAGTGCACTGTGGCTGGCAACCAAAATCAGTGCCTAAGAAGAGCAATTatagcattttatatataagggAATGTATACATGCTAATTGCCACATAATCACAATCAATCTGACTGCACGAGAATAGCACGAGAATTATAATAGGTTTTCTCTTACAGTGAACCACTATCAGCAaggtttaaatatgtttttgggtTCTTCTCTGGTATCCCACAGCGAACATTCAGACAAGTGCAGCTATATAGATTAAAACAACGTGAAGATGCCACCCATGAAGCAGTTTCCTCTATTCCTGGGGTGGCTTGAGTTGTTCCATCAGCTGGCCGTTGGGTTTGTATTCTATGGAAACACCTGTTTCTGACGTGTACCTGGAGCACTTGCGGCTGCCATTAAATATCTTCAGCCGGGACAAGAAGTGGATTTGGAATTTCCTGGTGGCAAAGCAGTAGACAATGGGGTCTAGGATGCAGTTGAGGCCCATCAGACACAGAGTGATCTGGTGTGCATCATTTAGGGCCTTATCATTGCCCCACAGGACGGCCAGTGTCCAGGGCCCCTGGACGATGTGGTGGGGGATGAAGCAGACGACAAATACCACCAGCACCGCGCACACCATCCACAAGGCTCTCTGTTTGACCCCTCTCTTTCGGTTTCCCTGCTGTTTCACCGTCTGGGAGAGCAGAGTGCGGATGATGAGGAGGTTGCAGACCACCACCAGGAGGAAAACGCAGAAGAACATGCCGATTATCGCAAAATTGAGGACGGCCACTTTTTTCTTTGCTGACTCATCTTGGTAGTGGTAGCCCTCAAAACAGCGGCATAACTCGCCATCACTGTTGAGGTGGTCATCGAAAAGAGAAGAGAATGCAGACGCCAGGATTAAGACCCAGATGGTGGCTGACACCACTATGCCTCGTTTGATCTGGGTAGACCTGACAGTCTCCAATGGCTTCGTCACGGCCCTGCAGCGGTTGAAGCTGATGACTCCCAGGAATAAGACCGAGCAGTATCCATTGATGAAGAACAAGGAGCCCGAAATGCTGCACAGGAAGCCCGAGAATAACCAGTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU129213 True 2851 lncRNA 0.39 1 5963089 5965939
TU129216 False 2824 lncRNA 0.39 1 5963089 5965912

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00010963 NA coding upstream 3117 5950426 ~ 5959972 (+)
AMCG00010962 NA coding upstream 23729 5934098 ~ 5939360 (+)
AMCG00010957 NA coding upstream 361876 5599919 ~ 5601213 (+)
AMCG00010956 NA coding upstream 363221 5593933 ~ 5599868 (+)
AMCG00010951 NA coding upstream 451407 5504377 ~ 5511682 (+)
AMCG00010967 NA coding downstream 11141 5977080 ~ 5977815 (+)
AMCG00010964 NA coding downstream 11911 5977850 ~ 5987680 (+)
AMCG00010969 kdm1a coding downstream 69552 6035491 ~ 6051667 (+)
AMCG00010974 NA coding downstream 442979 6408918 ~ 6411796 (+)
AMCG00010981 NA coding downstream 527677 6493616 ~ 6509962 (+)
G103360 LOC101158568,LOC103376478,LOC107695181,LOC102780806 non-coding upstream 268967 5669125 ~ 5694122 (+)
G103354 qki,LOC106922399,LOC103458862,LOC103144233,LOC107094928,LOC101469882,LOC107721620,LOC106947196,LOC107590898,LOC107697705 non-coding upstream 310268 5617058 ~ 5652821 (+)
G103348 NA non-coding upstream 349655 5550058 ~ 5613434 (+)
G103333 NA non-coding upstream 502516 5456358 ~ 5460573 (+)
G103316 id3,LOC102304963,LOC106610662,LOC101474249,LOC100706678 non-coding upstream 607425 5353769 ~ 5355664 (+)
G103416 NA non-coding downstream 1578 5967517 ~ 5990587 (+)
G103431 NA non-coding downstream 61021 6026960 ~ 6029057 (+)
G103459 NA non-coding downstream 187054 6152993 ~ 6153266 (+)
G103463 NA non-coding downstream 289285 6255224 ~ 6255538 (+)
G103470 rpl13a,LOC107720993 non-coding downstream 434699 6400638 ~ 6404303 (+)
AMCG00010922 NA other upstream 1320686 4634472 ~ 4642403 (+)
G103078 NA other upstream 1879503 4049938 ~ 4083586 (+)
G103030 NA other upstream 2382812 3577235 ~ 3580277 (+)
G102947 NA other upstream 2519555 3436618 ~ 3443534 (+)
AMCG00010888 NA other upstream 2534660 3421082 ~ 3428429 (+)
AMCG00010979 NA other downstream 421097 6387036 ~ 6395484 (+)
G103542 NA other downstream 676044 6641983 ~ 6642628 (+)
AMCG00010990 pum1 other downstream 926458 6892397 ~ 6920931 (+)
AMCG00010994 NA other downstream 1105494 7071433 ~ 7103508 (+)
G103939 yars,LOC107724337,LOC107687080,LOC107709269 other downstream 2582424 8548363 ~ 8552605 (+)

Expression


Co-expression Network