G105373 (cssa04h5orf24,pcbd2,LOC105890513,LOC100699409)


Basic Information

Item Value
gene id G105373
gene name cssa04h5orf24,pcbd2,LOC105890513,LOC100699409
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030133.1
NCBI id CM030133.1
chromosome length 32682731
location 15963340 ~ 15984079 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU131802
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>TU131803
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Function

symbol description
pcbd2 Predicted to enable 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity. Involved in positive regulation of transcription, DNA-templated. Predicted to be located in nucleus.

NR:

description
PREDICTED: UPF0461 protein C5orf24 homolog isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU131802 False 5371 lncRNA 0.37 2 15978689 15984079
TU131803 True 5489 TUCP 0.39 5 15963340 15984079

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00011258 pitx1 coding upstream 9563 15948639 ~ 15953777 (+)
AMCG00011256 NA coding upstream 136771 15825613 ~ 15826569 (+)
AMCG00011254 NA coding upstream 163847 15755286 ~ 15799493 (+)
AMCG00011257 NA coding upstream 299299 15649737 ~ 15664041 (+)
AMCG00011249 cnot6 coding upstream 397484 15556848 ~ 15565856 (+)
AMCG00011262 sar1b,LOC107603246,LOC107713617,LOC107668454,LOC107657201 coding downstream 46995 16031074 ~ 16033025 (+)
AMCG00011270 NA coding downstream 135789 16119868 ~ 16124691 (+)
AMCG00011269 ppp2ca,LOC107603261,LOC107692973,LOC107728270 coding downstream 149373 16133452 ~ 16141505 (+)
AMCG00011267 skp1,Skp1,SKP1 coding downstream 159760 16143839 ~ 16148914 (+)
AMCG00011276 vdac1,LOC107557296,LOC106603817,LOC106567523 coding downstream 249526 16233605 ~ 16240750 (+)
G105370 NA non-coding upstream 101650 15859758 ~ 15861690 (+)
G105365 NA non-coding upstream 124235 15821308 ~ 15839105 (+)
G105238 NA non-coding upstream 679592 15280455 ~ 15283748 (+)
G105226 NA non-coding upstream 706718 15249738 ~ 15256622 (+)
G105186 NA non-coding upstream 1034400 14928643 ~ 14928940 (+)
G105390 ddx46 non-coding downstream 12298 15996377 ~ 15997732 (+)
G105434 NA non-coding downstream 72086 16056165 ~ 16056449 (+)
G105436 NA non-coding downstream 78835 16062914 ~ 16063749 (+)
G105438 NA non-coding downstream 83154 16067233 ~ 16067442 (+)
G105448 NA non-coding downstream 148679 16132758 ~ 16132987 (+)
AMCG00011255 LOC106603967,LOC105011194,LOC108410970 other upstream 89851 15863032 ~ 15873489 (+)
AMCG00011252 NA other upstream 107556 15853764 ~ 15855784 (+)
AMCG00011253 NA other upstream 110951 15850646 ~ 15852389 (+)
AMCG00011250 NA other upstream 475968 15472259 ~ 15487372 (+)
AMCG00011241 LOC102221627,LOC107740141,LOC107680337,LOC107593202 other upstream 640682 15320780 ~ 15322658 (+)
AMCG00011268 NA other downstream 121507 16105586 ~ 16110381 (+)
AMCG00011293 plac8l1 other downstream 994413 16978492 ~ 16982241 (+)
G105778 LOC105024433,LOC107752029,LOC107743918,LOC106604409 other downstream 1800084 17784163 ~ 17788050 (+)
AMCG00011328 NA other downstream 3123194 19107273 ~ 19117369 (+)
G105916 NA other downstream 3237976 19222055 ~ 19222421 (+)

Expression


Co-expression Network