G105752


Basic Information

Item Value
gene id G105752
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030133.1
NCBI id CM030133.1
chromosome length 32682731
location 17559402 ~ 17561795 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU132276
TAATGGCTGGTTTTATACTTTATTTCATAGACAATTTCAAGCACTCACtttacaaaaaagaacaaaaatctaGAAATTAGTGACATTTCAGGCAAACTGTTAAAACACAGTATAAATTACacattcaatatatacattctAAACACAGATACATCAGCTTAAGCAGTAGTGAAAGAGCTAAAGAGGTATAGGAATTGCTGGGGTGGTTTGGGGGGGTTGATTTGGCAAGGGATTAAAACAGAACCCAGTACAGGCAAACAACAGATTAGCAGTACCTATTCACAAATCgctttcacattaaaaacaaaaacaaaaaaaccaactatttattagttaaaaaaaaaacctctctctctctctctctatatatatatatgttttttgtttgtttttgttcaagggtacaacagtgaATTACAACAACATAGCACCGCCAGGGCACCTATGTGCAAGTTAGCATCATgagttgtaatttatttaattgaacaaatgaTATTAAACAAAGCTTctagacaaaataaacagaacaaacttTCAACATTTGtgaatttataatttgttaatatttgttaatatgaattgaatatttctgtattaacattttagctgaaaaaatataaaatacattaagttTGTGAAGGTAAGTCAACATGGGATTTGACTCTATGAATAATTACCTGCTTTCCCTTAAACATAAAGGACTGACTATAGAAAAATCCAGATTTCATATACTTCAGATGTCTGTAGTTCTTAGCCAGTTGTCACCGAAGGTTCAGTATCTTTAATAATTTTGCAGGTCATTcaatattttcacaatattcctaaaaaaaaatctacatgtttctagttttctatttatttttcctgactCACACTTAtccagaaaaatacatacaaacacctGGAGTTCAACAacaaatttataaatattaaaaaaaaaggtttttttttttttttttttttttttttttttttacagtgacaTCAAGTTATGCAATTCATCATCCATTTCATCAACAGCTATGGAAGCAGAAAGGGTTAGCCATGCGTATTGTAGAGCTTTATGGGTAAAATGTGCAATACGGGTCTAGAAAAGGGAGGACAACATAACCAGGAGGAAAAGTATGTAGCATGGTAGCATCAACATTTATCAAGTCTGACAGTTTGTTATATATGCCAAGAGTTAATAAACCTGTTGAGTAGTGACACTTTGAGGAGCTCACAGAAATTGAATTTGGGGTGCTTACGACAGATGTTTATTCCTGAACTCAGAACAGCCAGAAATGTTCTGTGGTCTGTGATTGGCATCCACTAGgggttaaaaaaattaaaatgtacatgtcaCAGACATCATGGACTGATCCCCAAAGGAAGCGAGAGATTATTCCATTTTTGGACAAGTGAGGGTTGTTCTAGGGGTGCAAGAAGCGAGACGCTTCAGAAAGGACCAGACACAAGCAGTTCATACCAAAAGAGCATTGCAGCAAGATGCGAGCTGCCCCAGCATACCTACAGGACACTTCTACCATCATTCCCATGCAAGTGCAAATTTCCTCCTTCTCTTGAAACCTTGTATGAGTCCTTTAAAGTTCCATGGTATATCATTAAAAGCCCCTAGGTGGTGATAATGTCAATGTTTTcccttgttttgttattttaagtcATAGGGGACAAAGCTGCCCAGCCAATAACTcagtatatataatgttattaatatgaattataattcagtaattcatttatttaatataaacattctGAGCTGGTTAGTGTAATAAACTTCTTGCACACATATGGTTATGTTGGTTACCATGTAGATATGCTCATTGTGCAGCTTGCACCTTGCTTGCACCAATATCCAATTAACACACTGACCTTCAGCTCTGTAATTGAGGAAGGATTACAACAATATAAAAGagcatttgtttgcaaaatTTTAATGCGTGACACATAGCTAGTACTTTGACCTTAACTGCCACTTCAGATTTTGCAAGAAACAGTTTTGCAAACAACAGATTGTTTCTGCAGTTCGAaagcacacatatataaaaaaataatattgatgtaaTCCATACTGTAAAcctaaacaaattataataaaaaataggcTAGCAccacatacaaaatacaactctagaaagttttttttaaggtcCTGCTGAATAAAGATATGTGATCCTTGATTTTCCAAGACATGCACCCCCAACTTGTAACACTGATTATGCATCAATCTTTAATAACATAGAGCTGAATCTAACATTTCAAATAAGTACCCTTTACATATTGTCACATAACCATTTCTGCTGacaaatgtacactcacctaaaggattattaggaacaccatactaatactgtgtt
>TU132277
TAATGGCTGGTTTTATACTTTATTTCATAGACAATTTCAAGCACTCACtttacaaaaaagaacaaaaatctaGAAATTAGTGACATTTCAGGCAAACTGTTAAAACACAGTATAAATTACacattcaatatatacattctAAACACAGATACATCAGCTTAAGCAGTAGTGAAAGAGCTAAAGAGGTATAGGAATTGCTGGGGTGGTTTGGGGGGGTTGATTTGGCAAGGGATTAAAACAGAACCCAGTACAGGCAAACAACAGATTAGCAGTACCTATTCACAAATCgctttcacattaaaaacaaaaacaaaaaaaccaactatttattagttaaaaaaaaaacctctctctctctctatatatatatatatatgttttttgtttgtttttgttcaagggtacaacagtgaATTACAACAACATAGCACCGCCAGGGCACCTATGTGCAAGTTAGCATCATgagttgtaatttatttaattgaacaaatgaTATTAAACAAAGCTTctagacaaaataaacagaacaaacttTCAACATTTGtgaatttataatttgttaatatttgttaatatgaattgaatatttctgtattaacattttagctgaaaaaatataaaatacattaagttTGTGAAGGTAAGTCAACATGGGATTTGACTCTATGAATAATTACCTGCTTTCCCTTAAACATAAAGGACTGACTATAGAAAAATCCAGATTTCATATACTTCAGATGTCTGTAGTTCTTAGCCAGTTGTCACCGAAGGTTCAGTATCTTTAATAATTTTGCAGGTCATTcaatattttcacaatattcctaaaaaaaaatctacatgtttctagttttctatttatttttcctgactCACACTTAtccagaaaaatacatacaaacacctGGAGTTCAACAacaaatttataaatattaaaaaaaaaggtttttttttttttttttttttttttttttttttacagtgacaTCAAGTTATGCAATTCATCATCCATTTCATCAACAGCTATGGAAGCAGAAAGGGTTAGCCATGCGTATTGTAGAGCTTTATGGGTAAAATGTGCAATACGGGTCTAGAAAAGGGAGGACAACATAACCAGGAGGAAAAGTATGTAGCATGGTAGCATCAACATTTATCAAGTCTGACAGTTTGTTATATATGCCAAGAGTTAATAAACCTGTTGAGTAGTGACACTTTGAGGAGCTCACAGAAATTGAATTTGGGGTGCTTACGACAGATGTTTATTCCTGAACTCAGAACAGCCAGAAATGTTCTGTGGTCTGTGATTGGCATCCACTAGgggttaaaaaaattaaaatgtacatgtcaCAGACATCATGGACTGATCCCCAAAGGAAGCGAGAGATTATTCCATTTTTGGACAAGTGAGGGTTGTTCTAGGGGTGCAAGAAGCGAGACGCTTCAGAAAGGACCAGACACAAGCAGTTCATACCAAAAGAGCATTGCAGCAAGATGCGAGCTGCCCCAGCATACCTACAGGACACTTCTACCATCATTCCCATGCAAGTGCAAATTTCCTCCTTCTCTTGAAACCTTGTATGAGTCCTTTAAAGTTCCATGGTATATCATTAAAAGCCCCTAGGTGGTGATAATGTCAATGTTTTcccttgttttgttattttaagtcATAGGGGACAAAGCTGCCCAGCCAATAACTcagtatatataatgttattaatatgaattataattcagtaattcatttatttaatataaacattctGAGCTGGTTAGTGTAATAAACTTCTTGCACACATATGGTTATGTTGGTTACCATGTAGATATGCTCATTGTGCAGCTTGCACCTTGCTTGCACCAATATCCAATTAACACACTGACCTTCAGCTCTGTAATTGAGGAAGGATTACAACAATATAAAAGagcatttgtttgcaaaatTTTAATGCGTGACACATAGCTAGTACTTTGACCTTAACTGCCACTTCAGATTTTGCAAGAAACAGTTTTGCAAACAACAGATTGTTTCTGCAGTTCGAaagcacacatatataaaaaaataatattgatgtaaTCCATACTGTAAAcctaaacaaattataataaaaaataggcTAGCAccacatacaaaatacaactctagaaagttttttttaaggtcCTGCTGAATAAAGATATGTGATCCTTGATTTTCCAAGACATGCACCCCCAACTTGTAACACTGATTATGCATCAATCTTTAATAACATAGAGCTGAATCTAACATTTCAAATAAGTACCCTTTACATATTGTCACATAACCATTTCTGCTGacaaatgtacactcacctaaaggattattaggaacaccatactaatactgtgtt

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU132276 True 2360 lncRNA 0.33 2 17559402 17561795
TU132277 False 2360 lncRNA 0.33 2 17559402 17561795

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00011303 NA coding downstream 106634 17434502 ~ 17452768 (-)
AMCG00011304 NA coding downstream 163415 17379726 ~ 17395987 (-)
AMCG00011301 arhgap26,LOC107713172,LOC107661718 coding downstream 216640 17312451 ~ 17342762 (-)
AMCG00011299 kctd16,LOC106603861 coding downstream 355872 17173697 ~ 17203530 (-)
AMCG00011297 kctd16,LOC106603861 coding downstream 399816 17148015 ~ 17159586 (-)
AMCG00011311 NA coding upstream 200115 17761910 ~ 17773165 (-)
AMCG00011315 LOC106604410,LOC107752029,LOC107743918,LOC107602558 coding upstream 222245 17784040 ~ 17785842 (-)
AMCG00011314 LOC107743918,LOC107752029,LOC107664328,LOC107568687,LOC107669111 coding upstream 225125 17786920 ~ 17793506 (-)
AMCG00011318 med7,LOC107744582,LOC107669063,LOC107752091,LOC107664325,LOC107561400 coding upstream 634746 18196541 ~ 18197251 (-)
AMCG00011317 NA coding upstream 709617 18271412 ~ 18272204 (-)
G105701 NA non-coding downstream 247334 17309790 ~ 17312068 (-)
G105607 NA non-coding downstream 664328 16893960 ~ 16895074 (-)
G105553 NA non-coding downstream 834249 16655247 ~ 16725153 (-)
G105479 NA non-coding downstream 1312101 16244696 ~ 16247301 (-)
G105473 vdac1,LOC106567523,LOC107557296 non-coding downstream 1321717 16236128 ~ 16237685 (-)
G105761 LOC103029292,LOC108441031,LOC106604913,LOC108424167,LOC103354367 non-coding upstream 2374 17564169 ~ 17566963 (-)
G105774 NA non-coding upstream 192532 17754327 ~ 17755758 (-)
G105782 NA non-coding upstream 235648 17797443 ~ 17800287 (-)
G105786 NA non-coding upstream 244884 17806679 ~ 17806929 (-)
G105787 NA non-coding upstream 435643 17997438 ~ 17997725 (-)
AMCG00011290 rbm27,LOC106567487 other downstream 598333 16943932 ~ 16961069 (-)
AMCG00011271 LOC107562913 other downstream 1461223 16043371 ~ 16098179 (-)
AMCG00011259 pcbd2,LOC107386701,LOC105890513,LOC106941140,LOC103129816 other downstream 1585530 15963338 ~ 15973872 (-)
AMCG00011251 gfpt2,LOC106611946,LOC105024910,LOC108240504,LOC107375897 other downstream 2043727 15499534 ~ 15515675 (-)
G105290 LOC108429417 other downstream 2186223 15370402 ~ 15373179 (-)
AMCG00011313 NA other upstream 155831 17717626 ~ 17751099 (-)
G105770 NA other upstream 189458 17751253 ~ 17751502 (-)
G105793 NA other upstream 437873 17999668 ~ 18000445 (-)
AMCG00011316 LOC107664359,LOC107560145,LOC108427843,LOC107752026,LOC105007072,LOC103354679 other upstream 618851 18180646 ~ 18191195 (-)
G105890 NA other upstream 1540498 19102293 ~ 19105269 (-)

Expression


Co-expression Network