G132392


Basic Information

Item Value
gene id G132392
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030138.1
NCBI id CM030138.1
chromosome length 24262032
location 3420276 ~ 3432121 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU166030
CACCAACCTATTCTGCCTGTCTGACTGGTTTATGGTCTACCCCTTAACCTTTCAACTCTCCCATTATCCTTCCCTGTTGCCTTAGCTGCTGGATAGTTTATCAGAAGAACAGAggagatagatagatagcatGATCTAAAGacatatataaagagagagagagagagagcaacagaTACatggaagaaagagagagagagagagagagagagagataatggATATACAGACAGATACTATAAATCCCTCTACCAAACCATATTCACTATTCTTTTGCGTATCCAATCAAAACGAAGACACAGGTATAGATtaacagatagacagagagatacataggtaggtagatagataggGAAGTAGCTAGGAGTAAAGGCAcgatacacacacgcacacacacacacagagatagtTATACGGTGTGAAGGGAAACTCATACTTCAAAAAGGCATACTTCAGATGGACAGACAGTCAGACACCGGGGGAGGACTGGATAGACAGACCGGACTCAGAGCTCCTGTATCTTTCCTGAGCAGCCCTGTGTGTCAGTAACAGACCCCAGAAACAGCCGGGATCTCTCCCAGCACTGGACACCaaaggaattattattttctgttttcttttttttttgtctatttttttcaggtggtattttgtcttttttttcttttctttttttttcgcCGTTTATTTTGGAGGTGTGGTACAAGACAAATCGTACACAGAATCACTATTATACTTAATTGAATCTACAACACAAGAACAACCCCCTTTGCTGGGCAgtttgtctctctttctctctatatatttatataaattaatgtatatttagacctatgtatatatatatatacacaaacacacacacacacacacacacacactactcgCCCTGGCACCACTATACAGCTGACTCCTGACTGAGAGCAATCAGAGCAGAACTACTCTCTTGCAGTACACCCTGGGTGGAAACAGTCTCCATAGCGTGTGTGGCTCGATAAATAATTTGCCGGGCGGAGCGGTGATGTTACTATTTTAAAGCTAGGGGGCGCACTATACACATCTACTTTTGAGCTACAGCAACATTGGGTTTTTAAATGGCACCAAAATCAGGACTGTCCACAAATGCTTGGCTTccatccccctcctccccatGCGACTCATGTTATCGTAATGGGATTAGTCAGTCGATCCCAACCTTgcagcttttcaaaacattgGTCAATCGGAACTGTGCTCATTCCCTGCGAGTCTGGTTGGTCAATACCAACTCTGTTGGACTTTATGCAACCAATCCCCACTGTGATGTGAGCCACTTCGCTTTGAGTCTTATCAGCCAATCAGCATCCAGTTCGACGATTGTGCTTGTCACCAGTTCAGCCTATCAGCACTCAgcttattcatattaatgatcCTCTTTAACCAATCAGCACTGTGGCATGAATTACTGGCTCCTTTCAGACCAGCACAAGCTTCAACAGTAAGCAGGTCTAACTGCGTGACAGGGAAATATAAGCAGTCTTATACCATCACAtattgactgtattttattGGGGCTACAATACTAAATCTGACACTAACATTGTGGTTTGGCTCTGGGCATATTTAATGCAATTACCTTGGCCCATCCATAAGAACAATGGAGAGTTTGTCAGGACAGGTAAACTGGGGGGTGGCGAGTGATAAGAGAGCCACAGAAGGTGAAATACATCCCTCTATAGCAACACTGTTCTCCAGCTTGTCTACAAGAACTGGATTCTACCGCAGACACAATGCGGTCCATTCAGTGACTGGCTATGGCAGTGGGGTCATCTTACATAGGCTCCGGTCAACTGGTGTGAGTCTGTGGTTTGGCTTTGAAAGCCCCGGGCAGTGGCAGGCCCTCTTAAGATTCAAATCAGTTGCTCCATCCCCCGCCCCACTGCCTGCGTGACTATGAAAGTAAAGCACCTGAAATTTCCTCCCCGGGAGCTATTCTCCCCCTGCTCAGACTCTCACAAAACACACCTCTTAGCCCCAGCTCAATATAAACTAGCAACCCGACCCCTATGGAGCACATCAAAGTGCAATCAAAGCACCCAGAATCCATGGTTTAGCCACGCATGGATCGGTGGCATCCAGAGAGAGACTGGTTGCCACAATCGTTCAGCCCTGGTGCGATTTGTATGCttcctaaccctaaccccacAAAGACAGTGTACATGTGGGGCACTGCCACACTGGATCTCTCCAGTTTGGAGGATCTTTTCAccatcatacatttaaatccttttatttgtgtgggggaaggggggaaTTCTGTGATTacttggttgtgtttttttaaggacCCATAGGCTGCGCGGTCACTGTTTTCAGAGACTTGAAGTGCAAGCACTTTCCTATTCGGCTGTGGTTTGCTGCTCCAGGTCATCAAAGCCCAGACGCGACAGCCAAGAACAATAAGGGCAACCAAATCAGTTTTCTATGCCTCAGTTACTCATACTGCTGCCTACTAGCAGCCTAGTATCTAACTACTTCAAGCTTTAGATTGGTAAGGACTGAGGTCTGGTCAGATGTCTAATAAGAAGGGTTCAGGCCAGGATGAAGGTGGGGTATGGGGTATTGGCGTTAGTGTAGGGGTAAGGTTTGAATAGGGGTTGCCATAAAGGTAGGGATAGGCTTATAATGGGGAGGTGGTGGAGGGTTAAGGCCAATCAGGTTGTGCTTTCAAGtcatgttttaaagtttaattttggAGACTGTTAAAGGGCAGGGCAGGGATATGACCTTGTGTCTCCCAGGCTTCAAGTTTGGAGATCAGTAGTTTCCACCCCTGGTCTGGGGGGGATCCCACTgtcctgctggattttgtttcaGCTAAGCTCTTAATaacttaatgacttaattgaacccttaactgTACTCATTAACTGCTCCTTAATGGAGCTACAAGTTCCTTGTAGCATTTGATATGTCCCCTGAATGGTTCAAAACACTTTAAGGCTCCCATTGGCCTAACTATGACTTAAGGGTTTGACTAAGTCATGAAGAACTGAGCTGAAACAAGAGGAAGCAGGGACGTGGGGGCCCCCAGGGACCAGGGTTGAGCACTGTAACTGGAGACGCAGCCCTCCCAATGTTATCCTAATGGATAACAGTTAGGATTttgtcttaatttaatttattttaatttagggCTGGAGTTAGGGTGAGGGTTAGGGTGGAATGGAGATATAGATATAGGTCTGGGGTTAGGGTGGGATTACGGTGAACCATTCGTTGTAGAGTTAAGGATCATGACTGCGGTTACAGATGCTCTGACAGACTTCATATTCATTATACTTGGGGGTTGGTGGTATATCAAAACGTGCCGATTCTCTAAAAGAGGTACGTCCCTCTACCTTTCACACTTCCACTCCGAGTAACTCAGGATTTTCCCAGCGGTGCCATTGAAAAACCAACACTGGCCTAGCTGACTgcctgcttaaaaaaaaaaaaactctgcagGAATATCAGAAACTCTTTGGATCTCCAGTCAGATTTCCACCAAATCTTTAGATTCTCATGGTTCAAGGTTTGCCAAATAGGGAGTGAAGGGGAGGGTGGTGTGCAGGGGAACACTACCTTGTCCTGCAGGTTTCAAGAGTCACgcgacagagagagacatactCCTGGAGAGTTTCATAAGCAGGCAACTGAAAACGAATGACATTACCCCCTGGTGTTGCTGTAGCGCTTGTCCTAAGACACAAAGACTGCCACCCCacgtttatttcttttttttctttttcttttttctcgtTTTACGGCGCTAACACAGGCAATCTCTACTTTGGATCCATCTAACAAACTGCATGCATTTTAAGACAACTacaaaggtttttaaaaaaacaaaaaacaaacaaaactaaaccaaacaaaacaaaaacacaaagaaaatcgTCAAATCAAAATTCTtatcttgaaaaataaagagaccCTGAAACAAGATGGTGTGAGTCCGTAGTTCTGTGTGGCTGACAGGAaaccaattcatttttttttttgttcgtagttttgtttgttttttagtttttctcctaGCTCTGTCACTACAGAAGACACACTACCACTTTTGATTCAGGGTTGACCTTCAAACACTATAACAACAATTACACTATTGTTCACAAGTTCTACTTTACACACTGTTGcgggtgcttttttttttgtctgctttcACAATGTAACAGCGTCCACTTTTGCAAAACAATCCGACTGCTATCTACCTCTagacgtgtatatatatagagagattcACACTAGGCTACTGTCTGTTTGCTATATAAAGAGAGGCTCTCCTTTAAAAGGATACAAGTACAtgttattacaatgtttttagaacgcaagcaaaaataaaaaataaaaaggggaaacGAAGCATACTTATTACTAACACGACTATCTGCATTTGCACAACCATCaagttattatattatacagagttttaaaaaaatcttcattTTATGGCTAGGTTTACAACGAaattctttattattgttattactcgTGTTAACCTTTTCTCCCTCATCTCAccctacatttaatttaatctctaGTCCCCAGTTTAAGTGTAGtatccctctctcctttcctccGATACAGCGCCTGACAATACAAGTCAACTAGCAAACTATCTtgtgttctatttattttttaatatataatctatttatgtatttatttgtcacaAGGCTCGTTGTAAACCTAGCCACACGTTTCCCGCCATCCCATGACCCCCGACGTTCACACACACTTATTGCGTCAcaatgaaaaaagaaagcatcCCATAGACCTCtcgtgttttgttgttttttaaaaaattctttgtatttaaaatagttcTGCATCTTTaacattagaaataaaataagcaaataaaaaaaatgggggCACTGACGGCGCTTGAAAATAAGCGCTATCAGTTTGGGGTTTCTTTGCCCCATGATtgtaaacaaacatgaaaaactaaaaacacacagaga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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04727 GABAergic synapse

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU166030 True 11826 lncRNA 0.43 2 3420276 3432121

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00011753 NA coding downstream 28812 3364086 ~ 3391464 (-)
AMCG00011752 NA coding downstream 62876 3350453 ~ 3357400 (-)
AMCG00011751 NA coding downstream 71862 3343434 ~ 3348414 (-)
AMCG00011744 NA coding downstream 166697 3242200 ~ 3253579 (-)
AMCG00011747 NA coding downstream 205460 3211724 ~ 3214816 (-)
AMCG00011756 NA coding upstream 67519 3499640 ~ 3502460 (-)
AMCG00011758 NA coding upstream 83248 3515369 ~ 3520747 (-)
AMCG00011757 NA coding upstream 114712 3546833 ~ 3560686 (-)
AMCG00011760 NA coding upstream 180731 3612852 ~ 3620728 (-)
AMCG00011768 NA coding upstream 364564 3796685 ~ 3800396 (-)
G132362 NA non-coding downstream 130985 3283821 ~ 3289291 (-)
G132261 NA non-coding downstream 330744 3078531 ~ 3089532 (-)
G132233 NA non-coding downstream 378020 3001037 ~ 3042256 (-)
G132166 NA non-coding downstream 693993 2725667 ~ 2726283 (-)
G132155 NA non-coding downstream 772888 2645573 ~ 2647388 (-)
G132395 NA non-coding upstream 9274 3441395 ~ 3457472 (-)
G132434 NA non-coding upstream 135766 3567887 ~ 3568440 (-)
G132482 NA non-coding upstream 196641 3628762 ~ 3702912 (-)
G132504 NA non-coding upstream 321707 3753828 ~ 3785207 (-)
G132507 NA non-coding upstream 356111 3788232 ~ 3788441 (-)
AMCG00011745 NA other downstream 180276 3236139 ~ 3240000 (-)
G132352 NA other downstream 212922 3201370 ~ 3207354 (-)
AMCG00011741 LOC107676000,LOC107586166 other downstream 246440 3169708 ~ 3173836 (-)
AMCG00011708 slc25a35,LOC108245198,LOC102784467,LOC104950662 other downstream 776820 2642663 ~ 2643456 (-)
AMCG00011711 neurl4,LOC106577658 other downstream 802948 2609728 ~ 2617328 (-)
AMCG00011765 NA other upstream 437711 3869832 ~ 3879185 (-)
AMCG00011775 NA other upstream 505363 3937484 ~ 3944519 (-)
G132642 NA other upstream 732510 4164631 ~ 4166439 (-)
G132667 NA other upstream 786428 4218549 ~ 4218983 (-)
G132693 NA other upstream 1042484 4474605 ~ 4476979 (-)

Expression


Co-expression Network