G136489


Basic Information

Item Value
gene id G136489
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030138.1
NCBI id CM030138.1
chromosome length 24262032
location 17411761 ~ 17476097 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU171524
tgcgTTTCAGAAGCAaagaatttatttttccactacATTCTTTCCATTATTCATTCCTCTGCTTTCTGTTCTGTTGCTGTCTGAACAGGACGGTCTTTGGCCTGGTTTCACATTTCTCACAGAGTCACATTTCaatctgggcccctatactataccaTACCAAACTATACTATATAGTATACTATAGTCTACACATCTCTGgctccattaataataataataactataataataattaggctACATATTGTACTCAGTTCTGCCATTCCATTCAGCTCCTTTAAATACAGTCTGCTGGTCAACGCAATTCAATCCTCAATTCTGCAGCATGTGACGTGTCCAGCTGGGGGCGCCAGACCTCCACTGCGCTACATGCTTGGAGTCGGTGAAGTCAATTCACATGGTGTTGGAGTAACAATGGCTTTTCAAAAGAAAGataatttgttgttattattattattattgttattattgttattactgctAGATTTACTGGGATTTAAGTAATGgacccccccccacaaacacaaaataaaaaaaaaacaacgcaACATGACAATTACAACGATATACTGtgctaatacaatacataataataattaaaagggaACAAAGAAATATTATGTGGGATTTCTTTACCAGTGTTCCGTCTTCCCTTCTCTCCaaaatgtcagtgtgtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtgtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagttagtcagtcagtcagtgtgttagtcagtcagtgtgttagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagacagtcagtcattcagtcagtcagtttgtcagtcattcagtcagtcagtttgtcagtcactcagtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtgtgtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcattcagtcagtcagtttgtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagacagtcagtgtgtgttgtgggtgGGGCATGTCAGTGTGGGCGGGGCACAGGGTTCATCAGGGTCATGTGCTCCGCCCCCTTGAAGGGCAGTTTCTCGCCGCTGTAGTAGCGCACGAGTTCGGGAACGCTGCCGAAGACGCAGCTGCTCTGGTCCAGGGTGAAGCCGCTGTCCCTCGTCTCGGCCACGATGATGTGCACGCAGCCCTGGCTGGTC
>TU171527
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>TU171533
tgcgTTTCAGAAGCAaagaatttatttttccactacATTCTTTCCATTATTCATTCCTCTGCTTTCTGTTCTGTTGCTGTCTGAACAGGACGGTCTTTGGCCTGGTTTCACATTTCTCACAGAGTCACATTTCaatctgggcccctatactataccaTACCAAACTATACTATATAGTATACTATAGTCTACACATCTCTGgctccattaataataataataactataataataattaggctACATATTGTACTCAGTTCTGCCATTCCATTCAGCTCCTTTAAATACAGTCTGCTGGTCAACGCAATTCAATCCTCAATTCTGCAGCATGTGACGTGTCCAGCTGGGGGCGCCAGACCTCCACTGCGCTACATGCTTGGAGTCGGTGAAGTCAATTCACATGGTGTTGGAGTAACAATGGCTTTTCAAAAGAAAGataatttgttgttattattattattattgttattattgttattactgctAGATTTACTGGGATTTAAGTAATGgacccccccccacaaacacaaaataaaaaaaaaacaacgcaACATGACAATTACAACGATATACTGtgctaatacaatacataataataattaaaagggaACAAAGAAATATTATGTGGGATTTCTTTACCAGTGTTCCGTCTTCCCTTCTCTCCaaaatgtcagtgtgtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtgtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagttagtcagtcagtcagtgtgttagtcagtcagtgtgttagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagacagtcagtcattcagtcagtcagtttgtcagtcattcagtcagtcagtttgtcagtcactcagtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcattcagtcagtcagtttgtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagacagtcagtgtgtgttgtgggtgGGGCATGTCAGTGTGGGCGGGGCACAGGGTTCATCAGGGTCATGTGCTCCGCCCCCTTGAAGGGCAGTTTCTCGCCGCTGTAGTAGCGCACGAGTTCGGGAACGCTGCCGAAGACGCAGCTGCTCTGGTCCAGGGTGAAGCCGCTGTCCCTCGTCTCGGCCACGATGATGTGCACGCAGCCCTGGCTGGTC
>TU171536
tcagtcagtcagtgtgtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcattcagtcagtcagtttgtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagacagtcagtgtgtgttgtgggtgGGGCATGTCAGTGTGGGCGGGGCACAGGGTTCATCAGGGTCATGTGCTCCGCCCCCTTGAAGGGCAGTTTCTCGCCGCTGTAGTAGCGCACGAGTTCGGGAACGCTGCCGAAGACGCAGCTGCTCTGGTCCAGGGTGAAGCCGCTGTCCCTCGTCTCGGCCACGATGATGTGCACGCAGCCCTGGCTGGTC
>TU171538
gtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtgtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtgtgtcagtcactcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtgtgtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcattcagtcagtcagtttgtcagtcagtcagtcagtgtgtcagtcagacagtcagtgtgtgttgtgggtgGGGCATGTCAGTGTGGGCGGGGCACAGGGTTCATCAGGGTCATGTGCTCCGCCCCCTTGAAGGGCAGTTTCTCGCCGCTGTAGTAGCGCACGAGTTCGGGAACGCTGCCGAAGACGCAGCTGCTCTGGTCCAGGGTGAAGCCGCTGTCCCTCGTCTCGGCCACGATGATGTGCACGCAGCCCTGGCTGGTC

Function

GO:

id name namespace
GO:0030097 hemopoiesis biological_process
GO:0002520 immune system development biological_process
GO:0048534 hematopoietic or lymphoid organ development biological_process
GO:0035162 embryonic hemopoiesis biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU171524 True 1418 lncRNA 0.45 2 17474648 17476097
TU171527 False 1316 TUCP 0.45 4 17474648 17476097
TU171533 False 1378 lncRNA 0.45 2 17474648 17476097
TU171536 False 430 lncRNA 0.56 2 17411761 17476097
TU171538 False 505 lncRNA 0.55 4 17434229 17476097

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00012386 NA coding upstream 31640 17374960 ~ 17380121 (+)
AMCG00012388 krtcap2 coding upstream 40208 17369263 ~ 17371553 (+)
AMCG00012389 LOC107549236 coding upstream 121866 17269066 ~ 17289895 (+)
AMCG00012377 NA coding upstream 153162 17255412 ~ 17258599 (+)
AMCG00012379 NA coding upstream 168932 17238280 ~ 17242829 (+)
AMCG00012395 chrnb2,chrnb2b,LOC106575520,LOC104959165 coding downstream 21357 17497454 ~ 17504572 (+)
AMCG00012396 ilf2,LOC106588321,LOC106569884 coding downstream 53676 17529773 ~ 17537629 (+)
AMCG00012397 NA coding downstream 76489 17552586 ~ 17578771 (+)
AMCG00012406 ints3,LOC106588323 coding downstream 105279 17581376 ~ 17598072 (+)
AMCG00012404 syt11 coding downstream 129636 17605733 ~ 17609903 (+)
G136486 NA non-coding upstream 9401 17402019 ~ 17402360 (+)
G136458 NA non-coding upstream 71025 17339578 ~ 17340736 (+)
G136457 NA non-coding upstream 79191 17330794 ~ 17332570 (+)
G136444 NA non-coding upstream 106762 17300527 ~ 17304999 (+)
G136436 NA non-coding upstream 121232 17290145 ~ 17290529 (+)
G136538 NA non-coding downstream 12253 17488350 ~ 17488827 (+)
G136539 NA non-coding downstream 13222 17489319 ~ 17489544 (+)
G136564 NA non-coding downstream 147016 17623113 ~ 17635961 (+)
G136568 NA non-coding downstream 172531 17648628 ~ 17649107 (+)
G136571 NA non-coding downstream 187336 17663433 ~ 17664170 (+)
AMCG00012387 NA other upstream 22962 17384936 ~ 17388799 (+)
G136341 NA other upstream 147357 17127155 ~ 17264404 (+)
AMCG00012374 NA other upstream 282422 17126013 ~ 17129339 (+)
G136296 NA other upstream 411672 16963330 ~ 17000089 (+)
G136258 NA other upstream 536161 16871838 ~ 16875600 (+)
AMCG00012401 adar other downstream 33275 17509372 ~ 17522821 (+)
G136558 NA other downstream 71271 17547368 ~ 17547968 (+)
G136566 NA other downstream 169544 17645641 ~ 17646905 (+)
G136569 cks1b,LOC103032043,LOC108433716,LOC103358762 other downstream 173168 17649265 ~ 17653462 (+)
AMCG00012417 NA other downstream 279323 17755420 ~ 17760282 (+)

Expression


Co-expression Network