G138042


Basic Information

Item Value
gene id G138042
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030138.1
NCBI id CM030138.1
chromosome length 24262032
location 23798606 ~ 23843211 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU173588
GTTGGTGGTGGAGCTGGGAAGCTCATATTTGGAGAAGGGACAAAGCTAATTGTAGAAAAAAaaaAGAAGTCAAACCCATCTGTTTATATCTTGAAGGCTAATGATGGTCCTGCTGCTTGTTTGGTCACAGACTTCAGTTCATACAATACCACTGTTACAATTAATAACATCACAGTTAAATCTGAACCCaccataataaaaaatgatgataCCTACAGTATGGTATTGATTATGGGCAATACCACAGACAAGTGTGCCATACCATCTACAAAGTTAAACAAGAATTTAACAAGTGATACATTTACTGACACATGTGTTCCTGACTTAAATGTTGAATTTGAAACAGatGAAAAGATGAACTTCTTGTCTTTGACTGTCCTGGGGTTGAGAATTTTGTTCCTAAAAAGCATTGTGTTCAATGTGATTATGACTCTTCGGGTGTGGATGAGTTAGGGAAGTAGAAATTTGTGAATGGAATACAAGTAGGAGTCAAGACGAATATTGCAAGAAAAAAGACTTAGACTTGAGTAGTGTAACATGCTTAAGCCtttgctttaaatttaaatatgtatataagaTGTATTTCCCATAGAATTAATCTAAGAATGTTCCCTTGATTGATAGCATATTCTGTGATTCATGATCAAAATGCAATCCACAATCATACAATTAAAAcgcattttcataaaaaatatttttgctcatggccttttttcagaaatgggaaaaacattgtattacatttttatatttgtactgctttaaacaaaaactttttttttttaaataatgtcctgttttgtttcttaggttttgttttgttagcaaAAGTAGCTTTCTGTTTCTCACACTTGTATGTCCTTGCCATAATAAAATGAGCAGCTTTGATATTACAGATAATTTGTACTATAATAAAATGCCACAAATTGCTAATCAGATTTGCTAATAATATAAAGTATGTTAAGTATGTTATCTGAGTTTGCAATTGGCAATAAAGGAAAATCGCTGAatcaaatttgttttataatcatTAGAAATCatggtatattattatatatataattatatattattacacattttaagcCAAACATAGTTAAATAAGTAATGTATTCAGTAATCTGATTTTACATtgacattgtacagcattaGTCACTTATAAATGTTGAGGGTGTTCTCATTTTTATATGGCAggattttgtatgtatgttttatacagtatttatcaGTTAAACTCACTGAAGATGAGGTTTAACAAAACTCACAAGGCCTTCTcttaccaaataaatacatttgtgtcaaTCAAGTACCCTGTAAATTACCATAGGAGATAGcctgttttaaattattggaTTAACTGAATCTGGCTAATTAGCCTGAATTAGTTCAAAAAGGTACAAGGAACAGGGCCCAGAAGTCTGCCTCATATACATCTATAGTTAATCTAAAACAATTACAGCTTTAGTGAGACTTTATGCATCAGCCTCTGTTAATGTAAACCCTGTAAATCTTAATTGATTGGCTTAATATTTGGATGTATaaccttgttttgaaattaaaaaacaatcttaattGCTGTActgcaataaaatgtttaaatcacttcctgttgtttttgttgtatttcatgCACTTTTTAACTTGCTATGTTATTCTTCT
>TU173596
GCTGCAGGAGGTACAGGCAAGCTAATATTTGGAACAGGGACAAAACTTGTTGTGGAATCAGaaaAGAAGTCAAACCCATCTGTTTATATCTTGAAGGCTAATGATGGTCCTGCTGCTTGTTTGGTCACAGACTTCAGTTCATACAATACCACTGTTACAATTAATAACATCACAGTTAAATCTGAACCCaccataataaaaaatgatgataCCTACAGTATGGTATTGATTATGGGCAATACCACAGACAAGTGTGCCATACCATCTACAAAGTTAAACAAGAATTTAACAAGTGATACATTTACTGACACATGTGTTCCTGACTTAAATGTTGAATTTGAAACAGatGAAAAGATGAACTTCTTGTCTTTGACTGTCCTGGGGTTGAGAATTTTGTTCCTAAAAAGCATTGTGTTCAATGTGATTATGACTCTTCGGGTGTGGATGAGTTAGGGAAGTAGAAATTTGTGAATGGAATACAAGTAGGAGTCAAGACGAATATTGCAAGAAAAAAGACTTAGACTTGAGTAGTGTAACATGCTTAAGCCtttgctttaaatttaaatatgtatataagaTGTATTTCCCATAGAATTAATCTAAGAATGTTCCCTTGATTGATAGCATATTCTGTGATTCATGATCAAAATGCAATCCACAATCATACAATTAAAAcgcattttcataaaaaatatttttgctcatggccttttttcagaaatgggaaaaacattgtattacatttttatatttgtactgctttaaacaaaaactttttttttttaaataatgtcctgttttgtttcttaggttttgttttgttagcaaAAGTAGCTTTCTGTTTCTCACACTTGTATGTCCTTGCCATAATAAAATGAGCAGCTTTGATATTACAGATAATTTGTACTATAATAAAATGCCACAAATTGCTAATCAGATTTGCTAATAATATAAAGTATGTTAAGTATGTTATCTGAGTTTGCAATTGGCAATAAAGGAAAATCGCTGAatcaaatttgttttataatcatTAGAAATCatggtatattattatatatataattatatattattacacattttaagcCAAACATAGTTAAATAAGTAATGTATTCAGTAATCTGATTTTACATtgacattgtacagcattaGTCACTTATAAATGTTGAGGGTGTTCTCATTTTTATATGGCAggattttgtatgtatgttttatacagtatttatcaGTTAAACTCACTGAAGATGAGGTTTAACAAAACTCACAAGGCCTTCTcttaccaaataaatacatttgtgtcaaTCAAGTACCCTGTAAATTACCATAGGAGATAGcctgttttaaattattggaTTAACTGAATCTGGCTAATTAGCCTGAATTAGTTCAAAAAGGTACAAGGAACAGGGCCCAGAAGTCTGCCTCATATACATCTATAGTTAATCTAAAACAATTACAGCTTTAGTGAGACTTTATGCATCAGCCTCTGTTAATGTAAACCCTGTAAATCTTAATTGATTGGCTTAATATTTGGATGTATaaccttgttttgaaattaaaaaacaatcttaattGCTGTActgcaataaaatgtttaaatcacttcctgttgtttttgttgtatttcatgCACTTTTTAACTTGCTATGTTATTCTTCT
>TU173612
ATTACAACAAGATTACATTTGGATCTGGTACTAGACTACATGTGGAACCAAaaaAGAAGTCAAACCCATCTGTTTATATCTTGAAGGCTAATGATGGTCCTGCTGCTTGTTTGGTCACAGACTTCAGTTCATACAATACCACTGTTACAATTAATAACATCACAGTTAAATCTGAACCCaccataataaaaaatgatgataCCTACAGTATGGTATTGATTATGGGCAATACCACAGACAAGTGTGCCATACCATCTACAAAGTTAAACAAGAATTTAACAAGTGATACATTTACTGACACATGTGTTCCTGACTTAAATGTTGAATTTGAAACAGatGAAAAGATGAACTTCTTGTCTTTGACTGTCCTGGGGTTGAGAATTTTGTTCCTAAAAAGCATTGTGTTCAATGTGATTATGACTCTTCGGGTGTGGATGAGTTAGGGAAGTAGAAATTTGTGAATGGAATACAAGTAGGAGTCAAGACGAATATTGCAAGAAAAAAGACTTAGACTTGAGTAGTGTAACATGCTTAAGCCtttgctttaaatttaaatatgtatataagaTGTATTTCCCATAGAATTAATCTAAGAATGTTCCCTTGATTGATAGCATATTCTGTGATTCATGATCAAAATGCAATCCACAATCATACAATTAAAAcgcattttcataaaaaatatttttgctcatggccttttttcagaaatgggaaaaacattgtattacatttttatatttgtactgctttaaacaaaaactttttttttttaaataatgtcctgttttgtttcttaggttttgttttgttagcaaAAGTAGCTTTCTGTTTCTCACACTTGTATGTCCTTGCCATAATAAAATGAGCAGCTTTGATATTACAGATAATTTGTACTATAATAAAATGCCACAAATTGCTAATCAGATTTGCTAATAATATAAAGTATGTTAAGTATGTTATCTGAGTTTGCAATTGGCAATAAAGGAAAATCGCTGAatcaaatttgttttataatcatTAGAAATCatggtatattattatatatataattatatattattacacattttaagcCAAACATAGTTAAATAAGTAATGTATTCAGTAATCTGATTTTACATtgacattgtacagcattaGTCACTTATAAATGTTGAGGGTGTTCTCATTTTTATATGGCAggattttgtatgtatgttttatacagtatttatcaGTTAAACTCACTGAAGATGAGGTTTAACAAAACTCACAAGGCCTTCTcttaccaaataaatacatttgtgtcaaTCAAGTACCCTGTAAATTACCATAGGAGATAGcctgttttaaattattggaTTAACTGAATCTGGCTAATTAGCCTGAATTAGTTCAAAAAGGTACAAGGAACAGGGCCCAGAAGTCTGCCTCATATACATCTATAGTTAATCTAAAACAATTACAGCTTTAGTGAGACTTTATGCATCAGCCTCTGTTAATGTAAACCCTGTAAATCTTAATTGATTGGCTTAATATTTGGATGTATaaccttgttttgaaattaaaaaacaatcttaattGCTGTActgcaataaaatgtttaaatcacttcctgttgtttttgttgtatttcatgCACTTTTTAACTTGCTATGTTATTCTTCT
>TU173613
AAGGTATTGTATACAGATATACACCATACATACTGTTCTGTATAGTACATGCCATGGTTTAGGGGAAATGGCAAACCTAAAATTCTTATGCAACCTATTTAATATTATGCTTACCCATAAAATCTGGAAATTGGCAGAAGCATTTGTACCCTTTGGCAACTGATAATTTGAACTGTCATTTACAGCAAATTACAGAAAAGgtgtcatgttgtttttgttgtgctgCTTATGGCTGTGTGAATGTTGATAGCTCAGACAAGCTGATCTTTGGAAGGGGAACCAAACTGACTGTGGAATCAAaaaAGAAGTCAAACCCATCTGTTTATATCTTGAAGGCTAATGATGGTCCTGCTGCTTGTTTGGTCACAGACTTCAGTTCATACAATACCACTGTTACAATTAATAACATCACAGTTAAATCTGAACCCaccataataaaaaatgatgataCCTACAGTATGGTATTGATTATGGGCAATACCACAGACAAGTGTGCCATACCATCTACAAAGTTAAACAAGAATTTAACAAGTGATACATTTACTGACACATGTGTTCCTGACTTAAATGTTGAATTTGAAACAGatGAAAAGATGAACTTCTTGTCTTTGACTGTCCTGGGGTTGAGAATTTTGTTCCTAAAAAGCATTGTGTTCAATGTGATTATGACTCTTCGGGTGTGGATGAGTTAGGGAAGTAGAAATTTGTGAATGGAATACAAGTAGGAGTCAAGACGAATATTGCAAGAAAAAAGACTTAGACTTGAGTAGTGTAACATGCTTAAGCCtttgctttaaatttaaatatgtatataagaTGTATTTCCCATAGAATTAATCTAAGAATGTTCCCTTGATTGATAGCATATTCTGTGATTCATGATCAAAATGCAATCCACAATCATACAATTAAAAcgcattttcataaaaaatatttttgctcatggccttttttcagaaatgggaaaaacattgtattacatttttatatttgtactgctttaaacaaaaactttttttttttaaataatgtcctgttttgtttcttaggttttgttttgttagcaaAAGTAGCTTTCTGTTTCTCACACTTGTATGTCCTTGCCATAATAAAATGAGCAGCTTTGATATTACAGATAATTTGTACTATAATAAAATGCCACAAATTGCTAATCAGATTTGCTAATAATATAAAGTATGTTAAGTATGTTATCTGAGTTTGCAATTGGCAATAAAGGAAAATCGCTGAatcaaatttgttttataatcatTAGAAATCatggtatattattatatatataattatatattattacacattttaagcCAAACATAGTTAAATAAGTAATGTATTCAGTAATCTGATTTTACATtgacattgtacagcattaGTCACTTATAAATGTTGAGGGTGTTCTCATTTTTATATGGCAggattttgtatgtatgttttatacagtatttatcaGTTAAACTCACTGAAGATGAGGTTTAACAAAACTCACAAGGCCTTCTcttaccaaataaatacatttgtgtcaaTCAAGTACCCTGTAAATTACCATAGGAGATAGcctgttttaaattattggaTTAACTGAATCTGGCTAATTAGCCTGAATTAGTTCAAAAAGGTACAAGGAACAGGGCCCAGAAGTCTGCCTCATATACATCTATAGTTAATCTAAAACAATTACAGCTTTAGTGAGACTTTATGCATCAGCCTCTGTTAATGTAAACCCTGTAAATCTTAATTGATTGGCTTAATATTTGGATGTATaaccttgttttgaaattaaaaaacaatcttaattGCTGTActgcaataaaatgtttaaatcacttcctgttgtttttgttgtatttcatgCACTTTTTAACTTGCTATGTTATTCTTCT
>TU173617
AAAAGCTTACATTTGGAAGTGGAACCAAACTGACAGTGGAATCAAaaaAGAAGTCAAACCCATCTGTTTATATCTTGAAGGCTAATGATGGTCCTGCTGCTTGTTTGGTCACAGACTTCAGTTCATACAATACCACTGTTACAATTAATAACATCACAGTTAAATCTGAACCCaccataataaaaaatgatgataCCTACAGTATGGTATTGATTATGGGCAATACCACAGACAAGTGTGCCATACCATCTACAAAGTTAAACAAGAATTTAACAAGTGATACATTTACTGACACATGTGTTCCTGACTTAAATGTTGAATTTGAAACAGatGAAAAGATGAACTTCTTGTCTTTGACTGTCCTGGGGTTGAGAATTTTGTTCCTAAAAAGCATTGTGTTCAATGTGATTATGACTCTTCGGGTGTGGATGAGTTAGGGAAGTAGAAATTTGTGAATGGAATACAAGTAGGAGTCAAGACGAATATTGCAAGAAAAAAGACTTAGACTTGAGTAGTGTAACATGCTTAAGCCtttgctttaaatttaaatatgtatataagaTGTATTTCCCATAGAATTAATCTAAGAATGTTCCCTTGATTGATAGCATATTCTGTGATTCATGATCAAAATGCAATCCACAATCATACAATTAAAAcgcattttcataaaaaatatttttgctcatggccttttttcagaaatgggaaaaacattgtattacatttttatatttgtactgctttaaacaaaaactttttttttttaaataatgtcctgttttgtttcttaggttttgttttgttagcaaAAGTAGCTTTCTGTTTCTCACACTTGTATGTCCTTGCCATAATAAAATGAGCAGCTTTGATATTACAGATAATTTGTACTATAATAAAATGCCACAAATTGCTAATCAGATTTGCTAATAATATAAAGTATGTTAAGTATGTTATCTGAGTTTGCAATTGGCAATAAAGGAAAATCGCTGAatcaaatttgttttataatcatTAGAAATCatggtatattattatatatataattatatattattacacattttaagcCAAACATAGTTAAATAAGTAATGTATTCAGTAATCTGATTTTACATtgacattgtacagcattaGTCACTTATAAATGTTGAGGGTGTTCTCATTTTTATATGGCAggattttgtatgtatgttttatacagtatttatcaGTTAAACTCACTGAAGATGAGGTTTAACAAAACTCACAAGGCCTTCTcttaccaaataaatacatttgtgtcaaTCAAGTACCCTGTAAATTACCATAGGAGATAGcctgttttaaattattggaTTAACTGAATCTGGCTAATTAGCCTGAATTAGTTCAAAAAGGTACAAGGAACAGGGCCCAGAAGTCTGCCTCATATACATCTATAGTTAATCTAAAACAATTACAGCTTTAGTGAGACTTTATGCATCAGCCTCTGTTAATGTAAACCCTGTAAATCTTAATTGATTGGCTTAATATTTGGATGTATaaccttgttttgaaattaaaaaacaatcttaattGCTGTActgcaataaaatgtttaaatcacttcctgttgtttttgttgtatttcatgCACTTTTTAACTTGCTATGTTATTCTTCT

Function

GO:

id name namespace
GO:0002376 immune system process biological_process

KEGG:

id description
ko04612 Antigen processing and presentation
ko05320 Autoimmune thyroid disease
ko05330 Allograft rejection
ko05332 Graft-versus-host disease
ko04940 Type I diabetes mellitus

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU173588 False 1659 lncRNA 0.31 5 23798606 23843211
TU173596 False 1659 lncRNA 0.31 5 23821055 23843211
TU173612 False 1649 lncRNA 0.30 5 23829654 23843211
TU173613 True 1898 lncRNA 0.31 6 23806665 23843211
TU173617 False 1643 lncRNA 0.30 6 23804627 23843211

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00012592 NA coding upstream 109065 23663228 ~ 23689541 (+)
AMCG00012591 NA coding upstream 148765 23628460 ~ 23649841 (+)
AMCG00012589 NA coding upstream 236790 23554060 ~ 23561816 (+)
AMCG00012588 NA coding upstream 282224 23485618 ~ 23516382 (+)
AMCG00012586 NA coding upstream 376328 23417601 ~ 23422278 (+)
AMCG00012595 NA coding downstream 16618 23859829 ~ 23899337 (+)
AMCG00012596 NA coding downstream 108981 23952192 ~ 23976569 (+)
AMCG00012599 NA coding downstream 200744 24043955 ~ 24069451 (+)
AMCG00012598 NA coding downstream 373156 24216367 ~ 24222350 (+)
G138034 NA non-coding upstream 522656 23275664 ~ 23275950 (+)
G138010 NA non-coding upstream 634987 23162991 ~ 23163619 (+)
G137984 NA non-coding upstream 740215 23058086 ~ 23058391 (+)
G137951 LOC100846954,LOC107575789 non-coding upstream 876234 22921189 ~ 22922372 (+)
G137851 NA non-coding upstream 1472256 22308413 ~ 22326350 (+)
G138118 NA non-coding downstream 76865 23920076 ~ 23921869 (+)
G138209 NA non-coding downstream 393451 24236662 ~ 24236977 (+)
G138212 NA non-coding downstream 397928 24241139 ~ 24241424 (+)
AMCG00012593 NA other upstream 56015 23697424 ~ 23742591 (+)
AMCG00012579 NA other upstream 886950 22880359 ~ 22911656 (+)
G137947 NA other upstream 980148 22817953 ~ 22818458 (+)
G137899 NA other upstream 1232500 22565424 ~ 22566106 (+)
G137775 NA other upstream 1840448 21932295 ~ 21958158 (+)

Expression


Co-expression Network