AMCG00013144


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00013144
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 21924602 ~ 21935718 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00013144
AGAAACCTCGGATGAACAGCATTCTAACCTCAGCCACGGAGCCGTACGACCTGTCTTTCTCCAGGTCTTTCCAGAGCCTCTCCCATTTGCCACCCTCCTATGAATCGGCAGTCAAATCTGATTTAAGTAAATACTCTTCTCTCAAGAGATTAACCGACAAGGATGTTGACGAGTACTACATGAGGAAACGACACCTGCCCGACCTGGCAGCCAGAGGAACGCTGCCCCTGCATGTCATCAAGATGAGCCAGGAGCAGCAGGGCACGCAGCGCGAGAGACCCAGGAGGGTGCAGAGGGCCATGTCTCAGGACAGGGTGCTGTCGCCCGAGAGAGGTCCACCGCAAGACTACGGCGTGTCGTCGTACGGGGGGCGCATCCTCTCCGACGAGCAGCTGCTGTCGGCCGAGCGGCTGCAGTCCCAGGATCCCCTCCTTTCTCCGGACAAGGTGATGTCACTGAAACGCTCCGGCTTCCGTGAAAAGTCCATGTCTCGGGCCCTATCCCACACAGATGTGTTTGTGACGACACCGGTCATGGATCGGTACAAGATGACAAAAATGCACTCTCATCCCAGTGCCTCAAACAATTCGTATAACACTTTAAGTATGAACCAGACCGCGAACAAGCGGCAGGCCTTTGCTTCCCGACGGACCCACACAGTGGAGCAACTGCACTACATCCCAGGGCATCACCACCACTACCGCACAGCGAGCAAGACCGAAGTAACTGTTTAACCAGGGGGGGAGTCaacagcttttgttttccttggagGGAAATTTCAgtattaagaagaaaaaaaaaagaagaaaaaacactaaattaaaaacaacagaaaaaattgGAACAGTCccagcaaaatacaatacagcgACTTGGGCCAAGTTGACCTCTCTGAACCCTTTCTTGGGCTTTGGTGAgatgtatgaaaaacaaaccaacacaaaacaaaatgtatttgctttcagCACCAGCTTTCCAATTCATCCAGTCATtgaatcatgattatataacaacaaaaatgaatcaattttaaaagaaaggtgGATATAGGCTGCAGAAAGGAAGATGCAACAGTTTCTGTCAAAGAAAGCCGTACATTCTTAGGGCAACTTATAAGGGCTTTGCACGTTGACACATCAGGAGCGATGTATCAGTGGTTAACCTAGTGAAAGAATTAATTTTTAAGGGTGTGAAACTGGAATGGAACTGTAAtaactttataaatatataaatatattgactATTTGTACTTCCAGTCCTAGTAATAGCTTTAGAGATTCTTCTTGAACTGAACTGGTTAGCACTTTTATCAGTGCCTCTCAAAATGTTCCATTTCGGTAATGAAGTGGTTTTGTGGGTTAATAAGCACAATAAATTCAAAAGCtcgatttgtttttctttggaaaaaaacaaacgttttctttttctttttttggtaatGGCTAGCACGTATCAGCTTCTAAAGACAATAGCAATTTACTTTGCATACCAGATTGTAAATAGGCTACGTTAGCAACAGTAAAAGGGAGAGTCATTTCTGTGGGGTATACACAGGCTTTTGAACCAAACATGCTGTTTTTGCAATACACTAGGAAGGATACAGATGAAATCAACAACAAACCATAAACCATAGGCCACCATTTCAGATAAGACATCCCACAAACACATATTTGTAATAATCAATGGGTTTAGTGGTGTGTGTTAGGTTTTTGGACTATATAGTagaatggaaaatgaatgtGGCTGACAGTCACATTTACCACTGTTACAATTACAATCTAATTGAGACTGTGTCCCAGTGCTCCACAGagaaatatatgatttaatgcTTATTGCAATAGCTTCAGATAGTCCTTTTTTTGCCATGCCATACTCGTGTATGTCCTATTTGTGCTTGGCCAGGAAAAGCTGAATCATTTACATATCAATAATTCTGTGTTGTTGTAAATAATAACTGCATATGTCAAAATTGAATAATACTTGTTGTTGTGTAATGGTTAAATTGTTACAGCTGTCTTGACGCAActgaaacaatcaaaaaaacaaaaaaagaacaaaaaaagaaaatatcatTCTAATACTCGCTACAAAAGGATTAAAACTGTGAATTGTTTGTACAGACATGTTTTGATTAAAGCAATTGCCTTATATAACGGAAATCCCAAACAATTAACTTGATTAATTTTCTAACCATTCTTTCGTCGTCCTTCTCAATTATGATGGCAGAACCGGCCtttaattttgaacttgttttGAGACCGCGAAAAAGGAGGATGTAAAGTGTACCAGCAATATATAGACAACACAGGTAATATATACCTCAGATTTgggaaaaatgaatgaattttCTTATGAAGGTATGGGCGACTTAAAACGGGAAGGGGAGGCTTGAGCAGACAAAGAgcatagtatttttttaacctttgcTATATTTATACTGAATTCACTTTTCAATACGGATGAGCAAAGTTCTTACCTAGAACtatagatataaaaaaataaagtctttGTGCAGAAGTAGGAAGCTAAttggatactttttttttttaattcagacaaCCTATTTGCCAGCTATAACTCTCATGAGCCCCAAACATTATTATAATCCAGTAAAGATTGTCCAGAATTGTAaagaaatcatttattttcatgtcgTCTGGGTGGCAGCTGCGGCTTTGAAGAAACTTTGGtgacttttttgtttgattctAACGTTTCACTATCTAAACTTAATTTAGACCCCCATGTTTTTAGTTCCAGCAAATAAATACGTTTCAGCTGCAGTTTAGGCTGCACAACAGGCATATTACAACACGAATTAGTGCCAGAGTCCCTCAGCGAATGTCTGCTCGAACGATTGCCAACTATTGCACACAAAAGTGATGTTGTGCCGTCAACACCAGCCTTCTGTTACTTTGTGCTGTGAGCTGTGTGGAGGTTCAGGTCTGAAACTGCGAGATCTagtgttttttgtaaaaaaaaataaaaaaaaataagctacAATTAGAAAGAGAGCCTTGACTTCACTGACATGTGAGTTTCAATGTGAGAATTTGATGTGGCTATGCCCATGGgcttgaaaacaaacagaaaccgAAAAGAGGGTAGGGAAAATAATTATCTGCAAGGCTTGTGGGACActtgtccttgtccttgtcTTGACATGGATCCCCCCGCATGGCACGAAAGAGCTGTGAAGTTTGcatggctttgtttgatggAAACTGTATTTAAAGGAGCGAAAAGCACTCTGTGACACAAAAGAAATGGCGCACAGAAGAAACAGGCAAGGTTTAGTGGTATCTTGACAGATGCCTGAAATGTAGTCCTTTAAGTGACttctaaaatgtgtttaaggaaaaaaaaaacaagagagaagaaaaaaggagaTTCTTCTAAACACGGACACTGGTACTGATTTTGATTATAGTCTGTGCTGTATGGATGCTTACTTGGCCATTAAGTCTGGCATCCCTGTTGTCTTCTACTGCAAAAGTGAAGGCGACCtcttgcagtacaaacacatgTGCACTGCATTAAACTGCCATCTGAGACAgaggaatagagagagagagagagagagagagagagagaacattgaCCATTTTGAAATTTCAAGCTGCACGTTCTGAAGCAATTCATTTCAGGAAGGACTATTAtgtacatttcacacacacacaagtaaagacagaaagaaaggggTGAGGGGAAAACATATTTACTATCAGTCTATATCTGATTAACACTATTGGTTATCTTTACTAGAATACTAATaattaacaaagaaaagaaTCAATCATGTTTGTGTCTCCTGTTTGTAGGATCATGAGTCTTCTCTTATAACCATGCTTTGTACCCTGTGGGGTTAACTTTTATATCCATACAATTTTGAACTAAGTTGCTTTGTAATAGCTGATTACCTTGAATTATTACATAATTAGAGATTTTGTAGTAAGTACTCActggcttaaaaaaacaaaatgttactgtaacattttatttggggCATAATAATTCCTTAAAGGGGTAAGATGGTAATTTTGTGTTTAGGTCCATTTATGGATTCAATGTTTATGGTAGTATTGATGACAAAGTACCTTTGTATCTGTGACTTTGCACAAACTATTGGTTACTCATTGAATAAGCTTCAAAACGAGCAGTATTTGACTGTTTCTCTGTAATTTTCTTGTTGTTCTAATTTACTTATAAAGCACattctgtatgtactgtataaaaCCTATAATCAGTTTAGTAAACTTAGAGTCTAAAGGactttttttcacttttctcaTTTATAATTACctatggattttaaaaataaataaaatcaataaagagatttcaacaatatattgttaaatacCGACAAAACAATATCACCTATTCTAGTGGCATGACTGCATTTtctttggttggtttgtttgttttttaggaaCTAAGTTCACCTCAAAAACACTGCACCCCATGTACAAAACCTATACATCAAGAGGACAtttcacaggtgttccccaggtatttcattttgtaatcaCAAATAGTCTGAGGACACTTTCTCCTGTCTGGTTAACAACATTCAATGTGTCATTAGGggatggaaaacaaatcacagttGTACAATGTAAGTAAAGGGGAAACAGATATACTACCATGTATCCAAATACCATTAAACTGTGGTGTTTCGctgtacaaaacatttaatgaaggAGATTCATcctgttccttttctttcttttttatatgaaCCAACACAAAAGTGGAAAGTGAGAAAGTTAAACTTACAATAAGTGGGATgctgtgtttgattttattcaggTTAACTATGGCGTGCATTTACGTTAAGATATCCATACAGTTAATTCATGTGTTTAACGTCTGGTTGACAGGAATGTGCAGGTATGTGTACAGCCACACTTGATAATGTTGGGGTTTCTGCCAAGATGATGCTGATACtgattaatttcaaatataatacTGATCTTAGTTAAGGTGCCAAGTATAAT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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00013144 True 5754 mRNA 0.38 2 21924602 21935718

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00013130 NA coding downstream 297206 21596075 ~ 21627396 (-)
AMCG00013141 NA coding downstream 374876 21546040 ~ 21549726 (-)
AMCG00013135 LOC107091756,LOC107691241,LOC106606941,LOC106601503,LOC105910937,LOC107559522 coding downstream 380213 21541433 ~ 21544389 (-)
AMCG00013143 NA coding downstream 392978 21529413 ~ 21531624 (-)
AMCG00013139 NA coding downstream 395556 21527273 ~ 21529046 (-)
AMCG00013145 LOC108424875 coding upstream 88258 22023976 ~ 22039234 (-)
AMCG00013150 wdr45b,LOC107598578 coding upstream 357610 22293328 ~ 22312757 (-)
AMCG00013151 LOC108443562,LOC103039554,LOC107702472,LOC107566485,LOC107581578,LOC107722231,LOC107755515 coding upstream 383944 22319662 ~ 22367010 (-)
AMCG00013153 LOC101159951,LOC102229253,LOC101465124,LOC102212317,LOC102302210,LOC108249263,LOC107387234,LOC101071475,LOC107581637 coding upstream 435147 22370865 ~ 22375360 (-)
AMCG00013156 NA coding upstream 601441 22537159 ~ 22549507 (-)
G42440 dnah9 non-coding downstream 19005 21893624 ~ 21905597 (-)
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G42386 NA non-coding downstream 524444 21399644 ~ 21400158 (-)
G42383 NA non-coding downstream 577768 21346475 ~ 21346834 (-)
G42372 LOC105910910,LOC103366176,LOC777984,LOC100705928 non-coding downstream 614254 21287320 ~ 21310348 (-)
G42450 NA non-coding upstream 213863 22149581 ~ 22149792 (-)
G42544 NA non-coding upstream 638840 22574558 ~ 22574827 (-)
G42553 NA non-coding upstream 770348 22706066 ~ 22706337 (-)
G42557 NA non-coding upstream 880438 22816156 ~ 22816369 (-)
G42704 NA non-coding upstream 1843207 23778925 ~ 23779350 (-)
AMCG00013133 wu:fd14a01,LOC101068441,LOC101079795,LOC103368359,LOC107721187 other downstream 397770 21503849 ~ 21526832 (-)
AMCG00013131 LOC101068441,LOC106598369,LOC106594844,LOC106593081,LOC106593408,LOC104955241 other downstream 474648 21448329 ~ 21449954 (-)
AMCG00013137 myhm86-1,LOC107373462,LOC107574740,LOC103143810,LOC108243721,LOC106527115,LOC101079795,LOC108261476,LOC101068441,LOC101071797,LOC101163414 other downstream 502484 21411939 ~ 21422118 (-)
G42381 LOC102793686,LOC103366176,LOC105910910 other downstream 548839 21337067 ~ 21375763 (-)
AMCG00013184 prkar1a,LOC107708993,LOC106606198 other upstream 1890891 23826609 ~ 23839146 (-)
G42749 NA other upstream 1908365 23844083 ~ 23847477 (-)
AMCG00013204 mafg,LOC108241257,LOC106533856 other upstream 2943923 24879641 ~ 24902428 (-)
AMCG00013216 NA other upstream 3090020 25025738 ~ 25029004 (-)
G43001 NA other upstream 3139675 25075393 ~ 25078244 (-)

Expression


Co-expression Network