AMCG00013198


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00013198
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 24241269 ~ 24331854 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00013198
ATGGGCTCTAGCCCAAGAATTAGGAATGGAAAAGGAATTTGCATCAACACTAGCACTGGCTTCTCTTGGAAGAGCTCAGCAGGGCTGGTTGATGGATATGTGCTGGCACAGTACCATGGCTCAGAGAGCGGAGGGGAGACATTACATTTGGGCTTTGTCAGAACTTGCCTTCGAGCTGCACTTGCTTTCAGACTGCAGACCATCGAGGGAGGAGGGAAAGGTACACAGTTAACCCTTTCTTGAATCAGAATGAAAACTGAGGGAAACTAAGTATACGCAGCGATTTTTCTCTGAACATTTTCAGGAAGTTTCTGAAGATTTGCAAGAAGCTACTTAGCTACTATGAAGCTACTATGAGAGAGTGGGTGTGTTGGGGTGGTTGGAAATGCAGGAGATCCTGGTTATACtcctggtgttttattttttcaatcagCTGAATCATTACGTTTGTGACGGAGCTTTTAAGTCTTTGCTTAAGCCTGTCGAGTATTGTGTAGCCACTTCTATTATTTGGTTGTGATGAAGTATTGTGCAGCACAAGTAGATGTGTGCAATTGCAAATAAGGCATTCAACAACTGAACTAATGTCACAATCCctttcaagaaagaaaataaacgttGTTGAAAAGTGCAGTATGTCACTCATCAGGGACGAGCCTAAATAGAGATCGATATTCACTGTTGCTTCTAGGCTGACAGCAAAAACGAGGTGACTCATGTCCTCCAAATCTGTCTAGAATGATGTACGTTATGCCTCATCTGTTTCCAGTTTATTAGTTTTGGTGCAGGCATTTCTCCACCCCTGGCCTCCACCACCCAGATAGTAAGAGTGTCCTGCAAAGGGTCAGGTTTTCACCAAGGAATAGGCACTGCTGTCAAGTCCACAAGGTTGGAAAAAAACTGCTGAGCTGTGGCGTCTGCAGGGCAGGGCTAACATAACCTCTCACTGCAGATCATGTGAGAAGGTACTTACTGGACTGCAGCATATAATTGTGCTTACCCAACCCACATTACAACTAAATGATGAAACACAGCAACGAGCAGAAAGCTGAGCGAAAATAAacgtatttttaaacatttcagcagCAAGAGTTTCTGTGAACTCAAAAGGGCAGTTGCAAGCCTCACTGATAGACAAAGGGAGTtgttactatatttatttatttatttttctctttacaaaTATCTCATTAATCACTCACTGTAGTTGGTAGCAACGTGCCTGGCTCTCATTACTATTCACGTTCTAGCAGTGTGTGTAGGTGTCTGCTTTGCCATGATTAATGGTGGGAAAGGTGACTTCACCTGGGTCTTAGCAGGAAGTAAAAAATTCCTGAGAACTTACCAAGGATAACACCAGAATTATTTAATGATAGAACTGAACCGAAGGTGACCAATGGAAAATggcaccaaaacaaacaaacaaaaaaggttggGAGCCTTTTTCCCTGTCATGCGTTGTCTGTGTAGTAAAGCCATTATAAAACATTCTGCAGGTAAGTGGGTGACTCAGCTGTAAAACATTGTTTGAAACACAAGACACATTTGCACATAAACTGTTTTCCTGTAATGTTTCATCTATTATAACTGTGGACAAATAATGGGATACCACTATATTATTTCAGTATGTTGTGTTCTTATATtcctttaatataaatataaacagataaacacGTCCCGAAGGCCTGAGCCAAGTGTAAAACTctcaaaaaatatgtatttatcgAACTGACAACATGAAGTTCACCTAGACAAATTTGTATCACTGCAAATCTCAAATACTCAATCAGTATATGGAGGCTTTGAATTTTAACTTCCTACAGTTTGTGAGAGAatgatttacttaatttaagatTATTATAAGCTTAACTGAGATGTTTAACTTAACATACCTGTTTCTACTGGAGTCATAACCCCTGTGAGTGACTATTACAAACTCAACAAGTAAGACTGGTTTGTCCTCCTCATTTCCTCTGTACTGTACTTAATCAAATTTGAACGTCTTTAAGGTGTAATTAtggataaataaacacagacactctTCTCTTTAATAAATGCCTGTGCATCAGTTAACCTTCCCTCTGGCTATTGCTCTGCTGAAGATAGGCGGtattcacaaaatgaaaagcGTCTGATTAAAACAATAGCACCTTGATTGACTAATTGTAATGGAATCTAAACAAACTAGACCCTAGACAGCTTAAATATGTTTAACAGTTAATTTATCCCAGGGTAGTCAGAATACTAAATATCCCTTTTCTGAAAGTGTAATGGaaccatattaataataaaccatatattcttaatttatttgcaaCATTGCCTGAAAGTCTCCTTCTGTTTTTCGAGACACCTCCATACCTTTTAAATCACAGCTGGGTGGTACAGGATCATTTCACTGGTTCATTGTCTTCTCCCCCATTCCCCAAAGCATATTGAAACTTGTATGACAGagagtaagaaaaaaaaaatatatattttaatgaattgcttAAGGCAGACAAATTCCTTCCcccccatatatatattaaccttatggctttttggctcattgacaattaaaaaaacaatgatgaAGTGTCTGTCGATTCTTAGTCTGCTATTCACAGAACCCTGTTTTTCGCCGTATTACCACTACCTGCATCTCCGCGACTTGTAAATTAAGTGGTGATTCACTCTCCCACAACCTCCCATTCCCTGCGAGCTATGGGCACGCAAAAGGAGCATAGACCCAGTCTTTCACAGCTTCTACTTTATCAAACGCCCAACACAATGGTCTTCTCAAAGTTACAGAGTGAAGATGGGAGTGTGAATGGTTTTATGACTTGCACCAATAAGAGCAGGTACCAGAACAATTGACCCCTGTTTAAGGTTTCTCTGCTTCAGTTTTATTGTCTCTAatagtgtattttctttttcctttctatatattttttttacacagtgctaaaaaagaacaaacacaagaTGAAATTGTCCAGTTAAAGAAGAGAAAATCCCAATCCATTGAGGATCAGCTTGGTGATTTGGTTATTTTGGAGCATGAGTTTGCAGTTACAGTAAATGGATGTTGTTGAAAATAATCTTTGAGTGTTCAATACGCACTGCatgttcacaaaacaaaaaagtgtgtttGAGAGTTAATTCTATGAACTGACTGAAAAGATGGTCCCTGGCACAAAGTAACCAAACCACAAGATGTTCTGGGCCTACTGTAAGGTTATTGTTTTTTGGTAGTAAGGAGTTAAGGAAGTaactaaaaaacaatgtaatttaatacaCTTTTCATGCAGTGTCAGTATATTCAGAatgatgaattatttatttgacacctttttggggggtttgttttttttcacaacagaaatatattcaaaacttCCCCGAGTGTGCATGTATTGACATTTAAAAGGATTGTGATAtgtttgtacttttctttttttctctcattgaATGTTGTGTGATGGAACTTAGAATGAGTCACACGCGGTAAAGGGGGACTTCGaatgttatattttactgtGTGTTTCTCAACTCCAGTCCCTTGTGTCTATGAACCATCTGTGTTTTTGGCTTACCCATACAATGTAAAACATGGATATATAAAGAAGAGTTGTCTTGTACATGATTTTGAATAATtggcactgaaaataaaatgaagatagATCTAGAGAGTCtagatttcaataaaaaaaaaaagtcaggacCTGGATTTGAGATCGTGGCTTACCCAGActcttatttttcaaattgttgtaaaataatttgatcttggaaatgcatatttttgtctttaagtACATATTGAATttagatttgatttattaaaccccaaatgtattaattaattatgtctcattttaatatacatgtaatgcaGGTatgactg
>TU53360
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>TU53362
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04217 Necroptosis

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00013198 True 3889 mRNA 0.37 2 24326685 24331834
TU53360 False 2060 lncRNA 0.40 4 24241269 24331854
TU53362 False 1320 lncRNA 0.36 4 24265231 24331854

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00013196 slc39a11,LOC107693650 coding upstream 20550 24216510 ~ 24220719 (+)
AMCG00013197 NA coding upstream 48787 24124906 ~ 24192482 (+)
AMCG00013195 NA coding upstream 125011 24022831 ~ 24116258 (+)
AMCG00013187 NA coding upstream 256844 23973082 ~ 23984425 (+)
AMCG00013188 NA coding upstream 279312 23952046 ~ 23961957 (+)
AMCG00013200 NA coding downstream 442944 24774798 ~ 24777606 (+)
AMCG00013203 NA coding downstream 456771 24788625 ~ 24793416 (+)
AMCG00013202 NA coding downstream 466473 24798327 ~ 24799733 (+)
AMCG00013209 NA coding downstream 623117 24954971 ~ 24957583 (+)
AMCG00013215 NA coding downstream 641863 24973717 ~ 24991262 (+)
G42780 NA non-coding upstream 233419 24007353 ~ 24007850 (+)
G42779 sstr5,LOC104918336,LOC102219310,LOC102291375 non-coding upstream 237382 23997794 ~ 24003887 (+)
G42705 NA non-coding upstream 409869 23784408 ~ 23831400 (+)
G42619 NA non-coding upstream 680609 23554672 ~ 23560660 (+)
G42554 NA non-coding upstream 1378287 22861815 ~ 22862982 (+)
G42816 NA non-coding downstream 78988 24410842 ~ 24411044 (+)
G42845 NA non-coding downstream 413669 24745523 ~ 24745754 (+)
G42847 rnf213,LOC107701915,LOC107556605 non-coding downstream 417838 24749692 ~ 24750256 (+)
G42848 NA non-coding downstream 418454 24750308 ~ 24750565 (+)
G42849 NA non-coding downstream 418953 24750807 ~ 24751467 (+)
AMCG00013147 NA other upstream 1980453 22248497 ~ 22260816 (+)
G42453 NA other upstream 1995479 22242429 ~ 22245790 (+)
G42344 LOC108412647 other upstream 2754461 21426660 ~ 21486808 (+)
AMCG00013118 LOC106594791 other upstream 2769709 21286031 ~ 21471560 (+)
AMCG00013126 myhb,LOC108443910 other upstream 2819953 21370843 ~ 21421316 (+)
G42846 NA other downstream 415638 24747492 ~ 24749395 (+)
G42858 NA other downstream 436570 24768424 ~ 24770148 (+)
AMCG00013236 NA other downstream 1181499 25513353 ~ 25521681 (+)
AMCG00013248 NA other downstream 1461551 25793405 ~ 25798013 (+)
AMCG00013251 NA other downstream 1821382 26153236 ~ 26161139 (+)

Expression


Co-expression Network