AMCG00013257 (LOC106612075,LOC107560953)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00013257
gene name LOC106612075,LOC107560953
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 26367795 ~ 26396705 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00013257
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>TU53875
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Function

NR:

description
PREDICTED: ATP-binding cassette sub-family A member 5-like isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K05648 ABCA5; ATP-binding cassette, subfamily A (ABC1), member 5

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00013257 True 10557 mRNA 0.46 39 26371523 26396705
TU53875 False 596 lncRNA 0.33 2 26367795 26396705

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00013253 kif19,LOC107560952 coding upstream 4704 26321766 ~ 26363091 (+)
AMCG00013254 dnai2,LOC106610195 coding upstream 49052 26314286 ~ 26318743 (+)
AMCG00013252 ttyh2,LOC106589617,LOC106610147 coding upstream 55658 26260040 ~ 26312137 (+)
AMCG00013244 LOC105892758 coding upstream 582823 25777912 ~ 25784972 (+)
AMCG00013243 slc38a10,LOC107749860 coding upstream 592357 25746665 ~ 25775438 (+)
AMCG00013256 chmp6,LOC108429718,LOC107690936,LOC106589902 coding downstream 1973 26398678 ~ 26404568 (+)
AMCG00013266 NA coding downstream 119599 26516304 ~ 26524306 (+)
AMCG00013268 NA coding downstream 128175 26524880 ~ 26529893 (+)
AMCG00013269 NA coding downstream 142194 26538899 ~ 26539854 (+)
AMCG00013270 NA coding downstream 161063 26557768 ~ 26564168 (+)
G43138 NA non-coding upstream 523201 25807419 ~ 25844594 (+)
G43085 NA non-coding upstream 746556 25620937 ~ 25621239 (+)
G43084 NA non-coding upstream 747790 25619610 ~ 25620005 (+)
G43082 NA non-coding upstream 763557 25603998 ~ 25604238 (+)
G43081 NA non-coding upstream 766618 25600813 ~ 25601177 (+)
G43303 NA non-coding downstream 388248 26784953 ~ 26785561 (+)
G43326 NA non-coding downstream 476116 26872821 ~ 26930253 (+)
G43402 NA non-coding downstream 613667 27010372 ~ 27010651 (+)
G43438 NA non-coding downstream 873323 27270028 ~ 27417787 (+)
G43673 NA non-coding downstream 1992984 28389689 ~ 28389960 (+)
AMCG00013255 NA other upstream 108813 26254974 ~ 26258982 (+)
AMCG00013251 NA other upstream 206656 26153236 ~ 26161139 (+)
AMCG00013248 NA other upstream 569782 25793405 ~ 25798013 (+)
AMCG00013236 NA other upstream 846114 25513353 ~ 25521681 (+)
G42858 NA other upstream 1597647 24768424 ~ 24770148 (+)
AMCG00013265 LOC107672452,LOC107711237,LOC107567237,LOC107670476 other downstream 31241 26427946 ~ 26478544 (+)
G43263 NA other downstream 128121 26524826 ~ 26540049 (+)
G43309 NA other downstream 411459 26808164 ~ 26811615 (+)
AMCG00013281 NA other downstream 495891 26892596 ~ 26923139 (+)
AMCG00013286 pde6g,LOC102221623,LOC103367935,LOC102781464 other downstream 500804 26897509 ~ 26904963 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_004916 abca5 coding NC_007123.7 CM002896.2 38807604 ~ 38856048 (+)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000136_01018880_01039109 ABCA5 coding CI01000136 null 1018880 ~ 1040424 (+)