AMCG00013281


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00013281
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 26892596 ~ 26923139 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00013281
AGTCACTTGACAGCTGTGAGGACGTAAACATGGAAGACAGAGGAGAAAGTATTAACACTGTATCTTACCGGACATGTTCTAATATCACGCTCTTAACCTAACCCACAGGGCAAAACATGTACATAACATCAGGTTCATATTAGAATGCACTGTTTAACTTTAAGGAACATGGGAGTGGCGTCTGGTCTTCAGAAGCTGTGCCTCTTCTCGCTGGGAGAGCTGAGACAGAGGCTGGTAGTGTCTCCACTGTGGCAGCAGAGTGCAGCAGCCCTGGCCCTCCACTATCAGACCCACAGGGGCCTCTGCAGcgacccccacccccagcccacCACGCACCCCCAACCCACCCCACACAGCACGGCCACAGATCACAGCCAGGCCCGTGTGGAGGCGCTAGGGGGTCCGGAGCGAGAGGACCTGGCCTCTCTGGGCTCCCCGCCCCCTCCACCCACATACTGCTGCATGAGCGGCTGCCCGAGTTGCGTGTGGATCGCTTATGCCGAGGAACTGTTGCAGTACTACAAGGATGGAGGGGAAAAGGCCCTGGCAGCCATCGAAGAACACATTCAGGATGAGAACATGAAGACCTTTCTAAAGATGGAAATCCGactaatgaaaaaaacataatgatgtGTGACATGCACGGTGTCTCTTGTGTGGTCGTGTTCTGGATTCACTGCAGCTCAATGTAGCTCTTTCACCCTAAATCCAGAAACCAGTAAACCCTTAGTACAGGTCATTATTAATTGTGAACATGATGAGATGTTACACCTAGAGTGGGGTAACGTTCCAGGGCATGGACCCTACACACCTTCTTTCTTTCCGTCATTTTATGTACAAGTCGAGACTTGGGATTCCTTTAATCACGCACAGACGTGGCAATGACACCCTGATtagattatattataataccacttgatattttttcataggtgtaaaacagttttttccattttctgtttcacCACACAAACACTGGGAATGTGAATTTAAACCATATAATCcaaaatattttgcagtttttacagtatttatttaagtctatgtgcagtattgtattttgaactgcattgtgttgtaaacattgtatgtgatttaaattaaagagttccatcacatttaaaatggattaGCAGTCCATCTGCAATggcaaaatgcagaaatataaaatagaaaCTATAAGGAAGGTTTCTGCACTCACTGGTCATGAATTCTCAGTACCATTTTGTaccatgttttttaattatgtgtctTACCACTAGGTGGGGTTTTAGCTTGTAAATTGAATGAATAATTCCCTTTACTTAACTGAGTAAATAATCTGTAGAAATAACTGGATCTATCAGTAAAATACAGACTAATCACTCTTGAGTACTGTAACCTAGTGTGTTAGGAAAGAACAATATTCTATAGTCATCTCTACAATAAtcaatttgtaataatataccAATACAATTGAAGGGATGGAGGTGTGACTAAATAGTGAATCTATCTTCACCTTTACTTTGCTGCATTTTTTTGTCTAGCAACCAGAAATAAGGTCAAGAAATAATTGATGGATTATCAGGCatattttataatcattttGTGCCTTTGTCCATTGTGCAGTGATTCTGAAGAGCATCTGTCACAAAGCTGTTCATTGGATGTCTGTTCAGTATTAATTATAGCCTTCAGAATAATGTCAATCCTATAATCCTATTAAACTATCTATACAGAAGAAAGATAACTCATGATATCTCTCCTCCATCACTTAATTTAGACGTGTTGCATTACGTTTCCACATTTTGATTCAAGTTAAAAGGGTTTTTGCTCTCAAGGAAAACTTTTTTCTGTAAGGTTTACATCTTTTAGCCACATATCACAGAGAATCGGGTATTAAGAGATCATAAtattgtcagtgtttttttaagaagtaAAGTCTTTGAAAAGGGGGTGGGAATTCGGGACACTTTTTAATACTGTTTACTTTAAAGCAGAGGAAGCTATAATTCAATACTCACTGTGAGGAAGATCCTCTTGCTGTAAAggaaaatcaatgtttttccTGTTACTATCAATCAATCTTATTTCCTTAATGAGTAAAATGcccataaacaaaaaaaggtgaGACTTTAATTGCCACGTGAATGTAACTCGGAGAACCAGACAAAAGGAGACGCTGTGAAATGCTCCTTTCAAGAATATGCTTTCCCTTGACAGTAACCCTGACATGAAGTGTGGTGAGTCAGCATGGAAAATTAAAGCCTGCGTCATGATATCAACAGTGATTAGGTGTCCTTTGCATTATACCAGTCTGACATTATCTGATCTGTC
>TU54034
AGGACGTAAACATGGAAGACAGAGGAGAAAGTATTAACACTGTATCTTACCGGACATGTTCTAATATCACGCTCTTAACCTAACCCACAGGGCAAAACATGTACATAACATCAGGTTCATATTAGAATGCACTGTTTAACTTTAAGGAACATGGGAGTGGCGTCTGGTCTTCAGAAGCTGTGCCTCTTCTCGCTGGGAGAGCTGAGACAGAGGCTGGTAGTGTCTCCACTGTGGCAGCAGAGTGCAGCAGCCCTGGCCCTCCACTATCAGACCCACAGGGGCCTCTGCAGcgacccccacccccagcccacCcccccccccccaccccccgaaaAAAAACGTAACTTTTTATGGATGAAACGCAACTGTTAATCTGATTTATGAAGAAATTAAAGGCACTTGATTTTTCAACCCCTCCTTCAATGTAATTGTCATGCTTACAACCACTTCCAATGATTTCCAGCACTTGGTTGCCTTCATATTGGTCTTTTGATCTGAGATACAAAAAGATATTAAGCTTAGAGTGTCAAGCTTGGATTATTGTTGCTAGTTTGAGctatttttctaattttgcCCTCCTTTTATGTCCAGATGAGAGTGATCTGTTTTTAGCTTTTACAGACCTAACTGACCTGCAAACTCATGAGATTTGATTTGGTGTTAGAGGTAATATTACCAGATTACCTAATTCTTTCCACATTCcctttttcaaaaatgtgttgtaATCTGCATCACCTCACCGTTGGCTGCCTTGCAGAAAAGCagggttgtgttttttgtcCGCACATGCTGTCACTCCATAATGGTGTCTATTACCAAGAGAGCTAAATACACTCGACTGGCGGCTCTCCAGAGCGAAACAAACATGGTGAAAAGTTTTCCTGCTTCCTATTGATCTTAATGAGGAGTTGAACTTTCTACGTGTTCAAAGAGTTGGAGGTTAATGGTTAGAAGGGTCGCAAACGGTTAATCTGAATGGTTCATGGGAAGGCCCTCTGAAGGCCAGTATGCTTATTTTGCAAACCATGTTGTTCAGCCCATATGGTTGGACAGGCGACTGGCAAATAACTGAACCAGGGTCATCCAGACCTTTATTCCTAAGTGCAGAACCAACTGCCACCAAGCTTTGTATTCCctcctatatatttaaaagtgaacaacctgtattgatttgttttctcagtCCCACcaggtttttttaaatttattttatttaagagtTTGTCATGCAATTGCAGCACTAGAAAgaattaatttatcattggcactaGCAGGACCTGTGTTTATGTACTGGATAGGCATGGAGCTTCTAGTCAAGCAATTTGAAGGCAATAGCGTTTCGGCAACATTGCCCCTCAGACTAATACCGAAAGCATTCTGAGTTTAATTGACGGCAGATCTTTACCTTTGGATTTTATCTGAATCCTTCCTCTTGTTAATGGGATTCATTTCAGTTTAGTATAGTACTTTGTACTTTGTACGTGTACAACCGCTCATTGGCAAGTTACAGTTTCACTACAAATTGTTAACTCTGCctcattgaaaatgaaaatgaaagtagTGGAGAAGATCGGGGGTGGGCTGCAGATTTTGtggtgtgttattattattttttttatccccaAGAAACAAAGCTTCTTAGTATCtataaagtttgttttgtttttatacttaaTATTCTtaatgctttgtgtgtgtgttggttcaGAAACAAGCACAGGGAGCTGTGTGAATGCACTATGAGTATCTTTATGAGAATAGAAGAAAGAAGTTAAAATAAGATGAGAACGATTGATGGAAAAaagtaacaacaaaaaagaggTTTCCTTTTCCGTGTTCTGTTATCTAGATCCTTATGCTTTCTGTACGTGAGTGGGAATGATTTGTACATTGGGTAACCGCTGGTGAATGATAACAGTCAAGATTGAACTTCTTTCACTGTGGCGGATTGAGATCCTGGGGCTTGTGAGGTGTCCCTGAAATGACTGTAACCATCTCATTCTCTGGCTTGCCAGCGTGCAGTATGTTGTTGGGTTTGAAGTTTTAATTACAGCCCTGCCAGTGAAAActctaaataaaatcaaaggaaCGATGTCTTGTCTGCCTACTTCTTTTCCCCATGTTGATCGATCATGTTTGCTCATGACAGGACTCCCCTTCAGATTGATCAGGAAAACGAGATTTGGAATACAGCTTAATTTCCTGAAATCAGATTTCTGATTGATCAAGCGTGTATGGTATTTTATGGTCTGCTTAAGCATGTACTTAATATTGGACTTTTTCCTATACTTcgcattaattg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00013281 True 2316 mRNA 0.40 2 26892596 26895363
TU54034 False 2302 lncRNA 0.41 3 26892614 26923139

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00013290 NA coding upstream 21693 26862758 ~ 26870903 (+)
AMCG00013275 NA coding upstream 35960 26854424 ~ 26856636 (+)
AMCG00013273 kcnj2,LOC104928150,LOC107597836,LOC107704237 coding upstream 153762 26737554 ~ 26738834 (+)
AMCG00013274 NA coding upstream 166157 26725234 ~ 26726439 (+)
AMCG00013267 exoc7 coding upstream 283733 26588755 ~ 26608863 (+)
AMCG00013282 NA coding downstream 1427 26924566 ~ 26928580 (+)
AMCG00013284 NA coding downstream 6120 26929259 ~ 26963188 (+)
AMCG00013289 cep131 coding downstream 40549 26963688 ~ 26981369 (+)
AMCG00013291 NA coding downstream 58536 26981675 ~ 26998680 (+)
AMCG00013283 LOC108429730 coding downstream 113476 27036615 ~ 27058921 (+)
G43303 NA non-coding upstream 107035 26784953 ~ 26785561 (+)
G43138 NA non-coding upstream 1048002 25807419 ~ 25844594 (+)
G43085 NA non-coding upstream 1271357 25620937 ~ 25621239 (+)
G43084 NA non-coding upstream 1272591 25619610 ~ 25620005 (+)
G43082 NA non-coding upstream 1288358 25603998 ~ 25604238 (+)
G43402 NA non-coding downstream 87233 27010372 ~ 27010651 (+)
G43438 NA non-coding downstream 346889 27270028 ~ 27417787 (+)
G43673 NA non-coding downstream 1466550 28389689 ~ 28389960 (+)
G43712 NA non-coding downstream 1814984 28738123 ~ 28738753 (+)
G43810 NA non-coding downstream 2226839 29149978 ~ 29151334 (+)
G43309 NA other upstream 80981 26808164 ~ 26811615 (+)
G43263 NA other upstream 352547 26524826 ~ 26540049 (+)
AMCG00013265 LOC107672452,LOC107711237,LOC107567237,LOC107670476 other upstream 414052 26427946 ~ 26478544 (+)
AMCG00013257 LOC106612075,LOC107560953 other upstream 495891 26367795 ~ 26396705 (+)
AMCG00013255 NA other upstream 633614 26254974 ~ 26258982 (+)
G43434 NA other downstream 235163 27158302 ~ 27158721 (+)
AMCG00013298 NA other downstream 462526 27385665 ~ 27415286 (+)
G43476 NA other downstream 666000 27589139 ~ 27590818 (+)
AMCG00013310 NA other downstream 1005569 27928708 ~ 27935938 (+)
AMCG00013317 NA other downstream 1084375 28007514 ~ 28072799 (+)

Expression


Co-expression Network