G38650


Basic Information

Item Value
gene id G38650
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 2916028 ~ 2921662 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU48180
CTTATTTCACTGGATCCCTGTGAgcggggaagaggaggagagctGGGTAGAGTACAGTCCAGTCTCTATACTGCCCTGGAGGAACAGAGTTCTGAATACTGGATTCTAAATACTGACTTTTATTGCTTACTCTGGGCTCGTGGTGTACCAGTACTGCAACCTGGCGGGAGTGTATTAAGACCAGCCATGGTTCTTTCTTCTGGGATGGAAATCATATTGAAACAATTGGAACCTCTGTTGGCAGTTATTGTCCACATTGAGAGacccaaaaaaaataaaaataataataagaccaagaaaaaaaacaaaaacaaaaatcacattttggatatgaatttgaaatgttctaGATTTTAAAGATGGAAAGTAgtcaaacataaatatttattttaaattacttggccacatgtttattttcagagtGGTTTTACTGTGAATGTTTTCGACACGTTTGGCAGATGACAGGTGATCAGCTTGTGCCTGATTGAACAGACAGGGAAAAATGTCCCCAAGGGATCCTCCTGAGAAACTGACAGGATTAGTCAAAGTTGCAGCAGCCCTGTCGCTGTGACTAAGAATAGCGCCTTCCACAAGTAGACCAGCTGTAGTTACATAAAGGGGTTTTGCACATTAGGTCAATGCTAGAAGAATTCAGAGAGCACAGACAATGCAGTATAGAGTTGTGTGTATACTGCTAGACCTGACGCGGTAGGAGAGGTTGCCACTGCTCTGCAATTTGAAAAGAGAATCTGTTCAATATCAGCATATAAAACCTGTACAGCTGCCAGTGTGTGTATGCCATACCGAGTGCAAGCTGCTGCAGTGCCCATGAGGGAGGAAATAAGCCCTGCATTAACCACTGAATTTCCAGTTATCAGATGTTCAATTTCTTCttgtgtagaaaaaaaatagtattatatatttttattgtgcagTCTGCATTCAGgaagctttttttaatattaacttttttaacGATGGCCACTTGTTTTGGCGATGCTTATGAGCTTGGTATGGAGGCAGTGAAGTGATGTGGAATGGGCATTCATGTATCACCACTCTGCCAGCCCACTCAGTCTTCACTGCCACCAGCTTATCATCCCATCTTTCCATTGTGGCCAAATTGTGGTCAGTGCCCACACCTTGCCCACAGTTTAACTCATTATCTTGTGTGTATACAGGAACAAAAGACAAACTGATCATGTGAGATTTATACataagaatacaaaacaaatcaaagatgatgtttttttaaatttattttaattttattttttgaaatgaatgtcttttccttttttatgtgaTAATCCAATCATAGCTATAGTCCTCCACAGCTAATACAGCCTTCAGTTTACAGATAAATAGATTTGTTGCTTTCTTATTCTTGATTGAATCTTCTTTATTTAGAGAGAATTGAAATGCATATCCATTTGCACTTTACAATAACGGCCACCAATTCTTTATGACTTGATGTATGAATACAACATGAATATCGAAGGGACTCACACACAACTAAATCAGGGTTTgagtttagggttagggtttatacatgtgatcaacaacAGGAACTTGGtggaaatgcattgattttattcctttgggattcatacattaattcattacgAATTGGTGCCCACCATAGTAAAGTGACAATAACAATGTTCTGTGAAACAGTTTTGGATCAATCTTTACATTAccaagtttaaatattttcctccTTTAGATTAAACTGACTACAGCTGCTTAATCTCACTTGTATGACTCTTCTATCCGAAAGCAGAGCCTTAATGTGGATCCCCTTCTTCAGACACAGAACAGACTCAATGACTGTGTAAAACAAAAGGATCAGGCTTAGCTCAAGTAGGCAATGAATAATCAACAAATTACaacattcttattttaataGATAACTTAATCAAATTGCTTTCACcataagtttattttttaaccacgGCTACACTAAAGCTTCAGTTGTTCATCAATTGAATCATGCTGTGTTGGTTTAGGAGTTTAAGGAAAATGGCAAGATGGACCTTGTTTTATCTCAACTGCTAAAGCACAGCTGTGCACAGACATAGTGCAGATGCCTGTAACTGTCAACATGTTTGCTCAATTTGGGACAGAAATACTCTTTCAACTCTGCAGACACAATGAAGAGCACCCAGCATTGATTATTGAATTCAACATATATTGCACTCAATCACGCATGAATGTCAAATGAaaagtgtttgtctgtgtccaCATGGGTAATTACAGTTAGATGTCACAATGCATAAAAGTTTCCCAAATCTGAGATTCTGAATAGCTATTTTTTCAGCAGTGCATTtccccattttattttgtcagccTGACTATTGAGTATTGTTGAGAGGCCAAAGATTCTCTTTAATTTGACTGACAAAACGCGCGTGcaaacacatgtacacacatgtacacacatgtacacacatgtacacacatgtacacacatgcgcatgcacacacacacgcacagcatTGTCTGAGTACTGCTGTAAAGAATAAGATAAGCTGAGCCCCAAAGTGAAATTATTAgacaacacaaatacagtaattaaagGAGACTTTATGAAAGGAAATCGGTAcggtttttaatgttttttttgtttttatatatatatgttttatatgaggtCTGTTTCCTTGTGATGTGATGACTGACTGTGCCACATTTTCTTATGATAATGTTAAAGGTTTTGATTGTTGCCTATAGTATCCAGAACTGTGCTTTGgaagttgaaaatatatttacatgcaaTCACAGATAAAAACTACACTGCTGATCTGTAATGTACTACATAAAGAATGGAAAGGAACAGAagattttattacaattaatgtAAGGGTTCTAATTTCATGAGCTGTCAGTACTGGTGCTGGTTTGAAATGGAGATCTGCAGTTCCTCATGTTGagtaaaatgttatattgcacaaacaaacaatgttcAGCATATATAATTGTAGACACTAACTGTTAATGGGGAAGGTAAGTAATGGGACCACACATTTTTCAGTTCAAGTATTCTTCAGTTTTTACAGCACACTCACTATTCCTTTGAAATCTTTTAAAACTAGTTTGGAGTAATGCACAGGacagtaatttatattttttggttttaaatccaAAGCTCCTGGAGTATCTGGTATACCTGTTTACATGGATGTGTTTTTACATCACTAAAATCTGTACTTCTTCagactgtctctgtctctaaCTAGCGTTGCCACTATTGTAGTCCAGGGCCTGAAGTGAACTAAAGGATTTAGCTGATTCCCAGTCAGATCCTCTTTCTCAGTATCACAGCTGTACAGAATCCAGTTCAAAGGTGGCTTTCGACAAGGTACAAAAACTTGCTCATGTGCACATTTTCTAAACGAGTCCACACAATAATCCAGCAAACAACACTATTACAGGAttgagagttttttttgtttgttttttatttattgccgGTGGTTAGTATTTTACAGTCataatgagttttttttttttttttttgaatggcCAAGTTTTGCTGACGGGCGAAACTTCATCCAAGCTGTTCTGTTAGTGTTGATACAGCTGTTTCATCAGGTCTTCCCCTGTGACacttggtgttttttttgttggtgtaTTTCTGTTTAGTTACTGATAGTGGAATTAAGAGCTTTGCATTGTTACATCGTGAGCACATTATCTTCATTGCAGTTAGTTAGGAGCATCTTGTGACTTTTGCCATTCTGTTGTAACCGACAGGCtgctttttcgtttttttttttttaatgtgatttacagAGTTGTGCCTCAAAATGTTCCTCCTAGTACTACTCACTGCTGCCTGGAGCACTGAGCCACAAACCAGAGATTCATAATGTCAGCTCTGACTCCCTTGATGTACTGCAAGTTCAGAGGGGGCTGTCTGTCCTGTGAAAGATAGTGAGACATGTTGGCAGTTCACTTGCCCAGGTCTCTGCAtctgaatgtgatttttttttaaattaaaaacaacaacaaaataaatagcattgtGGACTTTTTGATCCGacttgcatacatttttgtaaattatttttttcaagtaCTGACAACTCCATGCAAGActgtcttaccttcttttagCCAATGTGTGCCTTAGAAATAACAAGTATGCAGCAGAGTCCAGTGATTCTGTGATGCTCATATAATCAGAGATCTATGTCCAGCAGCTGTCAGACACAAGAATATTTTCTGCAGCTGCGATCTTGTGCCAATATCTGCTCAGCGTGCATAGTGTAAACATGGATGGCATGTAGACTTCTTCAATATTAACTTTGTTAGGAGTCCAAAGCTTTCAGTGACAGCTCATACATAAGCAGTGGGAAAATCTACAGcaaatgtatattgaaatatgtgCTGCTCTTCTGTCTTTAATTCCAAGTTCAAATCAAAGTAGTGACTAAACAGTACAATTCAAATTGTCCCTGTGGTGTTTTTTCGCTATACAAACGTGCTTTCTCGATAATGAACTATTGAGAAATATTATTGTTAATCCCCACTGTGTATGAAAACTGTGTATCATCTGTACTTGCCGATAAAGAACTTCCTTACTGCTGTgcagttattattttccttttgaaatgacATATAGCGATTGTACGACATTGATCTAATGTACCCTAATGCACTCTTGTCCTATGCATTGAGTTCCCGAGACtgtgctgttcttttttttttttttttttcctctatttGTACATGTGAATCAATAAAAGAAACTTTGACATAGTATGAAAAGATTTTGAAGTGTGTTAACAAAGAGAGGGCATGGAGAACATGCTTGTCAGAAAGTTTGTTGCTGtaatggttatttaaaaaaatctggtaAAAAGGCCACCTTAAGTATGCCAAATTCCTGTACAGAAAGATGAACACTTCTGAAAATACTCCGAAGCCTTAAGAAACATGCCCCagtgtttgttaatttaagttaaattcTGGTCTTAAAAAGCATGACCTGGAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU48180 True 5581 lncRNA 0.37 3 2916028 2921662

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00012663 NA coding downstream 5782 2877768 ~ 2910246 (-)
AMCG00012656 NA coding downstream 447531 2436850 ~ 2468497 (-)
AMCG00012655 slc25a3,LOC102778869,LOC105895663 coding downstream 484188 2421608 ~ 2431840 (-)
AMCG00012648 NA coding downstream 570811 2319527 ~ 2345217 (-)
AMCG00012649 NA coding downstream 598909 2316002 ~ 2317119 (-)
AMCG00012664 NA coding upstream 39 2921701 ~ 2962489 (-)
AMCG00012665 LOC105909609,LOC107680042,LOC107710670 coding upstream 165774 3087436 ~ 3100475 (-)
AMCG00012662 NA coding upstream 199538 3121200 ~ 3170801 (-)
AMCG00012666 NA coding upstream 281492 3203154 ~ 3272283 (-)
AMCG00012668 NA coding upstream 427969 3349631 ~ 3421028 (-)
G38581 NA non-coding downstream 124504 2778850 ~ 2791524 (-)
G38573 NA non-coding downstream 140826 2726029 ~ 2775202 (-)
G38552 NA non-coding downstream 292839 2622989 ~ 2623189 (-)
G38549 NA non-coding downstream 310260 2605498 ~ 2605768 (-)
G38539 NA non-coding downstream 351326 2564305 ~ 2564702 (-)
G38740 reln non-coding upstream 389670 3311332 ~ 3347647 (-)
G38743 NA non-coding upstream 508274 3429936 ~ 3431336 (-)
G38792 NA non-coding upstream 585175 3506837 ~ 3561850 (-)
G38791 NA non-coding upstream 632723 3554385 ~ 3638866 (-)
G38841 NA non-coding upstream 861498 3783160 ~ 3783391 (-)
G38490 NA other downstream 731865 2183885 ~ 2184163 (-)
AMCG00012646 LOC107658747,LOC107707963 other downstream 1098828 1578955 ~ 1817200 (-)
G38458 NA other downstream 1138807 1776854 ~ 1777221 (-)
AMCG00012628 golt1b,LOC108428784,LOC107676462,LOC107701063 other downstream 2376437 514222 ~ 539591 (-)
AMCG00012732 NA other upstream 3130702 6052364 ~ 6063817 (-)
G39487 NA other upstream 3534059 6455721 ~ 6456178 (-)
AMCG00012751 NA other upstream 3716818 6638480 ~ 6695924 (-)
AMCG00012782 NA other upstream 4969827 7891489 ~ 7904455 (-)
AMCG00012829 NA other upstream 6190779 9112441 ~ 9152405 (-)

Expression


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