G40303


Basic Information

Item Value
gene id G40303
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 10740432 ~ 10743104 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU50237
aaattaataatgaagaaaTGTTCTGTAGTTAGTATAACATTTATAAGTACTGTTGTGTCCCTGTTCTGCTCTAAATGACTGGGGTCTCTGTCTGAGTGGTCCTTTTGTACACTGTCATTTTATCCTATTCTGACTGATATGGGAAGCATAACAAGGTTAGAAAAGCGACACAGAGACTtgcaaaatatcaaattaaaggtAAATTCTACTAAAACACCATGTCTTCACAGATTATGCCAAGCTGGATGGTAAATAGTTGGACAGAATGCAGTTGGGGGTGAGGTTAAGAGTGAACTGGTGGAATCCAATCCAATACATATTCTCTCTTAAATAGGGCACAGGAAAATTGTTTGAGTAACGGTAACTTCTCCATTAAGCATGGATTAaaagagataaaaataaatagtggcAAGCCTGCTTATAACCTACATACACCACTTTGAGATGTATTGTGCCTATGACTGTCACTGTTAAACAGGCACCAGCTGAATAAATGTGGGGTGATAAATGCAACCCCCTAGGTGCTTTTTCAATTTAGAGAATTTTAAGTAAATGACAGAAATGTATTGGTACCACATAAAGGGGACAAATTgggtaattgtattattatattaatatatgaatccaataaaacacacacacacacacgttctgTCTGGTATTAAAATATTGCGCAAAAACACAAGTGTTTGCTTTAATTCTCAAGAACATCTCATTAAATCACACACCTTTACTCCCATTTTCACTAGATCCTGATTTcattatcataaaataaattaagtacgTGTGTATCCTTCTAATGATATACTTGTCTCATACAAACTGAAGTGATTGCTGACAGAAGTGATTGGCATTATCTTTGGGTTATTATATAGTTACAATGATATACTTGCCCAttgttttatcttattttcatttggtttattttactttttgtggCACCAATAAGTTTCTAAATTTCAAAGATCTGCTTTTAATGCTGTTGTTGGAGCAGAGTTTATTGAACAGGTACACACTCCAGCTGCagagtaatgtgtgtgtatatatatatactttatctCCTGGCAAtgtctttttatgttttctgcCTTAAGACAGaatttactgtaattaatgATTCACTGGATGACTTAAacgttttgtattttatagcaCATAATGTGATCTCTATTTTCAGAaagttttgtttctgcattttaataaaaatgcacaagGAAAGAAACATTGTCCTTtaattatctatctatatatctatgtaGTGTCTGTTCAAACTgtaagaaaagctttttttgtattttaagcatGTCTACTTACATTTGTCATACTATGCATAAAATAACCATGAGCATTATAAAGTATTATACATTTAGTAGGGTTATtctgatatttttgttttgttttagtaaggGATTTCTTCGTTGGCTCCGTGTTAATTTAGATAATGAATACAATctggttttaaaacaattaagcatATCAGATTTCACAGATTTTttgtgaatatgtatttatggacacattcattataaataataaacactgtacaccgaataaaaacactgaaaaaaacagTATTCCACAGAAATTGGAGTGATTAACTGCAGTTCCCTGTTCCACATAAAGTTCCTGCTTTATGTGATTGACCTCTGCTTTTGACTTTGGTAGCCCAGTTTTTATACATTGGTCATGTTTTGATcagaatatgtttaaaaattcactagatgattattattattattattattattattattattattattattattattgttgttgttgttgttttgttgtcagtctataatctaataataataataatgaatgtgtgCTTGCATTTATTAACAAAGTATTTTGTTCCctacaatttaatattaaaagctGAGAAAAAAGAGCCtagttttattataaaattataaattgcttagtttaaaattaagcactattttaattatgtaatctttgctttcaaaataatctaaagaatatactgtaatgtaaagacaaaatgaaaagatcCATATTCCTGCAAACACTTTCATTTccaaacaatacacattttaaatactagGCAGAAATTAGGTCAAATAAGGAGAGATATTTGACAGGATGAAACAAATGGTTAGTACAGCAGTTTCAGAAATAgaataaaaactattatttttaattttctcatggtaaataaagttgttgtttttaattgagaGAAAAGTGTCAATATGACCATAACTGTCAAATAATGAGACTCTACTTgaataacagttttttttgttgtttgttttttctttttacatcaCCTAGAGTGATTGTCATTGAGTAGACTTTTAATAGCATTGTCTCAGTGGTACCATAAAATGTAAGTGCAgtgtacaaaattaaatgttacgAGTCTGCAATTCAGTGACCTTCTCAATAAGATGCCATtccaaattatttattgttttacatatttaggTTATAGCTGTCATCAGCaaagataaatgtttaaaaggtGTGAAAACATAGCTTCatatctgaaataaaacaacaacaaccacttGATATCTTTAAGTCTATTTCAAATGATGTTGTTGACCTGATTTATACTTGTTACTGGGTGTAACTgtgattgtttgtattattattattattattattattattattgtt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04630 JAK-STAT signaling pathway

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU50237 True 2649 lncRNA 0.30 2 10740432 10743104

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00012855 NA coding upstream 311 10699041 ~ 10740121 (+)
AMCG00012860 NA coding upstream 50628 10686553 ~ 10689804 (+)
AMCG00012859 NA coding upstream 55257 10666760 ~ 10685175 (+)
AMCG00012849 tnpo3,LOC106609131 coding upstream 132083 10590198 ~ 10608349 (+)
AMCG00012850 calua,LOC108432523 coding upstream 190366 10546551 ~ 10550066 (+)
AMCG00012866 NA coding downstream 81916 10825020 ~ 10862300 (+)
AMCG00012862 cttnbp2,LOC102784586,LOC102201476 coding downstream 131448 10874552 ~ 10882625 (+)
AMCG00012863 NA coding downstream 170188 10913292 ~ 10947270 (+)
AMCG00012865 NA coding downstream 235779 10978883 ~ 10998312 (+)
AMCG00012864 NA coding downstream 257097 11000201 ~ 11006579 (+)
G40214 NA non-coding upstream 316061 10375031 ~ 10424371 (+)
G40203 NA non-coding upstream 567969 10172254 ~ 10172463 (+)
G40146 NA non-coding upstream 1266212 9473973 ~ 9474220 (+)
G40145 NA non-coding upstream 1266564 9473545 ~ 9473868 (+)
G40121 NA non-coding upstream 1445790 9294331 ~ 9294642 (+)
G40436 NA non-coding downstream 360721 11103825 ~ 11159087 (+)
G40496 LOC103376870 non-coding downstream 551113 11294217 ~ 11354359 (+)
G40498 NA non-coding downstream 661901 11405005 ~ 11405356 (+)
G40497 exoc4,LOC107744930,LOC107725510,LOC107585070 non-coding downstream 723117 11466221 ~ 11468218 (+)
G40555 NA non-coding downstream 1001492 11744596 ~ 11744795 (+)
AMCG00012848 NA other upstream 198472 10540728 ~ 10541960 (+)
G40224 NA other upstream 295985 10436907 ~ 10444447 (+)
AMCG00012820 nt5dc3,LOC102307862,LOC107753643 other upstream 1610221 9112460 ~ 9130211 (+)
AMCG00012818 NA other upstream 1654732 9083662 ~ 9085700 (+)
AMCG00012803 sult4a1,LOC102784496,LOC106576158 other upstream 2170541 8536233 ~ 8569891 (+)
AMCG00012894 gdi2,LOC107585127,LOC107560733,LOC107754057,LOC107694307,LOC107757239 other downstream 1710135 12453239 ~ 12500402 (+)
G40629 NA other downstream 1745471 12488575 ~ 12535929 (+)
G40999 metap2,LOC108428789,LOC100194705 other downstream 3685209 14428313 ~ 14433201 (+)
AMCG00012940 LOC107748465 other downstream 3773679 14516783 ~ 14529806 (+)
G41059 NA other downstream 3889253 14632357 ~ 14633413 (+)

Expression


Co-expression Network