G41812


Basic Information

Item Value
gene id G41812
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 18240468 ~ 18242583 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU52100
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>TU52101
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>TU52102
tgaatacaaaatatttattttgaacatacCTGCCCCTGTCATTTGTAGTAGTATTTGTTATCAGTTCTCTCAAAAAAAATGAGTACATGTTTAGAGAATATTGCTTTAACTCAATCGGCATCATAGAAAtcagtttgacttttttttttttttaatttcccctctCTCCATACCGCTTCTTTAAGGAGGAATTTCCACAGGTTCAACATCAAACAGGCACTTATTTCCAAAGGGGAGAGGCAGAACTTTTAACCAGAACACACAATTCTACATGGGACAAACtgtcagtgttttctttgttatacagtatttaacaaAGTAATAAATGCTCTTAAAAGTCATCAAATCATAGTGAAGAGTAAAACATTTAACCCCACCATCCTAGAAGAAAGTTAaattttctttaacatttcaGATTTGGCTATATTAGGTGAGAAGAGTGCTGAACTGAAAAAGCAAACTACTCTGAAGCCTGGGAAATGACACTGTGCATTTTCATTCAGGAGTAATAAATAAAGGGTCAAGACTGGTGAAAAAGGTAAATTCACTTTAAATAGATCAGAGTTTAcatcatacaaaacaaacaaacaaaccaacaaacaatcGAGAAATGcatcaaatgtttttcactgataataaaataggcagactggtttaattaattgttttctagCAGAATTAGTTCCTTTTTGGAATACTTAGAATTTCATTAGACAATACTTCCCTCTTATCACTCATTAAACCCTATACCAACAAGTGAATGTGCAGCTCAAATtccagaaaggaagaaaaaaattataaatcaggGATAAAGAAACCTAATTGGGTGTGCTGCAGGTCCTCATTATAGCATAATTTCAAATCATTTAATAAGTATTTACTCAGACTGATTTCCGAACAGTCATGTTAAggttcgatttttttttttgattcagctaataaacacacaacatttCTTGAAAGGAACTATTCCTTTTTGATATGCAGAGTAAGCAAACATTATTGTTAAGGGTTGTGACTGAAGTTAAGAGCTGACAGATTCTGCAATGCAAAGAGATTACAGCTCTCAAAAAACTGAGAGATAAGTTCAGGAATAAACACACTTCTATGTATCCCTCCTTTTCCAGAAAGAACATTAAACGAATGTGGGCTCTTACAAATGTATCACATGATTACATGATCCACCTTCAgacttttattctttatgcGAACTGAATACGATCAAGGAATGTCACATTTTACCCTGTGTGTGAGGTAATTCCACCATTATAAAATCTGTTGCGTGGGGAAGGATCTTTTCAGAAcgattattaaaaaataataaaaattacagTTCAACTTTAACTGTGCTAGACAAAGGATTGCATGCCTTTGTGCTTCTTGTCCTTTTAGCAAAATTCAACAGTATTTATGAAGTCATACTTGAATATGCATAAGTATACTTGTAGATTAAGGGCAAAGACTCTCTCATTCTTTGCAAAGGCTGAGAAAACTTGTGTCCTTAGTGACAGATGGAATATTGTCCTGATATTGTTCCCAGCCTCAGGCAAGTCAAGGTACTTCAATACATTCCTCACACATTGCTCCCAAGCACAAGGATGCCAAAACATCTTATCAAATAATTCAAGGTCTTTACTTTGTGATGTTGTGAGTGAGTCTAGCAAGTATCTCTAAAATGGTGGATTCTACACATTATGTTCATGATGTTGCTACATCTTTTACAGTTGATAAGAATACTAAACCACTTGCAGTGCACTATACTACACAGATGCCATCCAATGCCGTAATGGGGCTAACCAAAAATATATGCAAGTCACAAGAGTTCTCTCTCAATGTTAAGTATTCATTTCCTCAAGACAGTTCTGATTTTTGCCTTCAAAAGTTActtaatgaacacaaacaaaaaatatatttaaattatgaaatgtgAAACTTTAAGATGTGAGGGGGGAAGTATACAAATGTATGGTTTATGGCTAATAGTGCAGCACAACTACATAGAAAGCATCTGCATTCACTTTCCTTTAAGTGTTCTAGTCCTTGATTTAGACAAAATCCTGGCTTGAAACTGGAAACCTTTT

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU52100 True 2116 lncRNA 0.34 1 18240468 18242583
TU52101 False 2087 lncRNA 0.34 1 18240497 18242583
TU52102 False 2081 lncRNA 0.34 1 18240468 18242548

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00013045 NA coding upstream 86346 18151452 ~ 18154122 (+)
AMCG00013041 NA coding upstream 350701 17866214 ~ 17889767 (+)
AMCG00013040 NA coding upstream 387572 17848756 ~ 17852896 (+)
AMCG00013035 NA coding upstream 551828 17657119 ~ 17688640 (+)
AMCG00013030 NA coding upstream 601772 17601378 ~ 17638696 (+)
AMCG00013046 NA coding downstream 12862 18255445 ~ 18258332 (+)
AMCG00013053 mfsd11,mfs11 coding downstream 23685 18266268 ~ 18280801 (+)
AMCG00013052 NA coding downstream 90142 18332725 ~ 18351553 (+)
AMCG00013054 NA coding downstream 116972 18359555 ~ 18362887 (+)
AMCG00013057 NA coding downstream 146228 18388811 ~ 18396122 (+)
G41810 NA non-coding upstream 99 18239992 ~ 18240369 (+)
G41744 NA non-coding upstream 221955 18003948 ~ 18018513 (+)
G41743 NA non-coding upstream 226790 17929935 ~ 18013678 (+)
G41740 NA non-coding upstream 255159 17921170 ~ 17985309 (+)
G41683 NA non-coding upstream 662712 17577445 ~ 17577756 (+)
G41814 NA non-coding downstream 200 18242783 ~ 18244143 (+)
G41818 srsf2,srsf2b,LOC105012916,LOC108430244,LOC106612293 non-coding downstream 19380 18261963 ~ 18265695 (+)
G41821 NA non-coding downstream 41045 18283628 ~ 18284855 (+)
G41822 NA non-coding downstream 53062 18295645 ~ 18295946 (+)
G41823 LOC107575789,LOC100846954 non-coding downstream 56042 18298625 ~ 18298914 (+)
AMCG00013047 NA other upstream 10230 18158842 ~ 18230238 (+)
AMCG00013015 NA other upstream 1510935 16719355 ~ 16729533 (+)
AMCG00012987 NA other upstream 2448841 15782364 ~ 15791627 (+)
AMCG00012982 ssbp1,LOC106576077,LOC106609216 other upstream 2609465 15620735 ~ 15631003 (+)
AMCG00012978 NA other upstream 2667000 15570906 ~ 15573468 (+)
AMCG00013068 NA other downstream 724846 18967429 ~ 18974362 (+)
G41978 NA other downstream 782978 19025561 ~ 19029278 (+)
G42326 LOC105030495,LOC106938339,LOC103143718,LOC103461378 other downstream 3027092 21269675 ~ 21278728 (+)
AMCG00013118 LOC106594791 other downstream 3043448 21286031 ~ 21471560 (+)
AMCG00013126 myhb,LOC108443910 other downstream 3128260 21370843 ~ 21421316 (+)

Expression


Co-expression Network