G42127


Basic Information

Item Value
gene id G42127
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 20387684 ~ 20392609 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU52478
CTCCATGCTTTATTAAAGAGCAACAATAGGTCTCCATCATTAACACGGGTTAAAAAGTGCCTAAGAATTTATCAAATTACATAAGACATATAAAAATATCAGTCTCTGAATGCATAGGTTAATTCAACTGTATATATCTACTTGAAGAACATGGATAACCAATACACTGTTTGTTTCAAGAGAACTGCGTAGACCAGGGGTGCCTAACTAGTGAACTTTCTAAGTCCTTGTCAAGATATCAGCACAACCagattcatgtattttatttattaattagtaaTTGGTTCAATTGTAATATTAAGGAGCCAGCTGTAACATAAGGGCTTAAATTAAACTTGACTGGAAGGTCAGTTAGTTAGGAACCCATGGTTAGATTCTCATCCCAGAATACTATTTTCtggttttaatataataatgttcaaCAAACCCATAGAAAATGTGAGCTTTTAATTCTGAGGATTGAAGGACTTTCTTGGATGCagcatttacaataataataataataataataataataataataataaatccaatCCTAATTAATTATGAGGCCAACAATCCTTTAATGTCCtggataaaataatacaaatgcaactTTTAACTTCTTATAAATGCTGGAtccacattgttttatttatttttttggaaggaCTTCAATGTCAGAATTAGTGTCTCACGTTTATTATTCCCCCCATGTTTATCCACCTGAGGGGTTGAAAAACAAAGTAAGgaagacacaaaataattcaataatcatCATATTACAGGCAGTACTTCAAAGATGGGGGAACAAAAAGTTGTTAGAAATATAAAAGATAGGATTTCAACTTTCAAATGGGATCTAGGACTGGATATTCCATCTCACAACAAAATTACAAGACAGCAGGGTAAACTACCGGCAAATTACAAAACCCTCTTTTCCATCATAAACAGCAATTCAGCAGCTATGTCAATGGAATTGCTACATGAAATAAGgattattgaaatattaatatactcAGTATGTTATATAATTAGAGGGGGGCATGATTTAGCTTATTACACACCTTTGGTTGCCTTGAAATGGCTCTGAAACAGGTGTGATCAGTAAACTtgagaaatgcaaacaaatggtTGAAAAAGTAGCAATTGTGAcctttaaaaagctttattttgttctttatctTTGTATCTGTGCAGAAGGGCTCAAAGCTATGGACAGAAGGTGAAGTATTAACCAACAATTGTTATGTTTGAGCTGTTAAGAGAGATGACTCTTTTacaaatttttttttaaagtaaaacagatttaaatagtTAGCATGATACAGttataaattaacataaaataagggGTTATGTAACAGATAACCAATAGCAATTAGTAGGCCATGTTAAACAGGATTCTCTCTCATTTCACActctaaaaatgcatttcctcaATTCCATTACAAATGTTTATTGTTGACAGTTCTAACACTTACACTTTAACTAACTGCTGTTGTAATGGGGGTTATTCAACAGCACTTtaaacacagcagcacaatttaaaaaaaataaaaataacaagaatgggaagttcaaaacacaacagtgaacaCTACTGAGCCTATGGTAATTATCTGAGATCGTAAGAGCATAttagattttatgtattttcagatcAAAGAGAGATCAATTGCAAAAATCCATAATGCCGTAGTGTAGTACCTTTCATTTCATAAGCCTGGTGTTGCCAACGGAATCCACAGAACATACAAGTTCTAGTGTTTACTTTTGTTGGCTCAAGAAGGTTGAAAATTtccaacaaaaaatatatgcatgtcAATTTCTTGGTGACCCGACCACCCCAAAAGAGAATGTTGCTTGAATGTTCATACACAATTTATGGATATGCAAagtaaaattgtaaataattatcTAAAGAAAGATATCAGCCTGAAAGCATAGACTTTAagagatatataaataacagagctgcaatattatattatgcTATCCCAGAGGCATAGCTTAGTGTTACTTAAATATAAAAGCCTATTACCAGGCTTTTAGTGTCCCCACACTGTGATTGTATTCCAAAACAACTGGTAATATGAGCCTCACTTTCTACCTCATTCAGCAGGCCACAATTTCTGGAGAACTTATATCCTACGTAAACGTACACTGCTATGATGAAAAATATACCAATTCCCAGTGTTaagctggggtggggggtggcggGTGTGATAAATAAAGTCAAATATGGGTGATTCATATTTCCTGGAAATGTACgttatttaataatatagtaTGTTGTAGCAGTTGTATGCAAGGTAATAATCCAATGTTAAGACAATGTCAGTCACCATAATATGGTTATAACCTACTAAAACGTGTTAAACACTTataatatataagaatatagTATAACATGTTCACACAGGaaaaatgcagcttttaaaCCTGAGAAACCAAGTTGAGTTAATACACTTATTCTCTATGACTTAGAAGGTACATGCTGTTGTCAGTTGTGCTTTctccatttttaaaaaatatacactgtAATATCTGcacaaataaaattagaaaaggaaagaaaaaatgtaattaaaaatagaaaatctctatttttttaaacaaccaaACCCCAGGCTTTTCTTTGAAGATCCAAACctcaacaataacaacaacaacagatcccctactcccagcacatatTGGCCACAAAACCATGTGTCAAAAAGTGTCTCCATTTACAGACACACCCAAAACACAAGTACCCTAGCATCTGTCTTTTCAACTCCATTACAATAAAGCAGTCACCCACCATTAAAATGAGCTTCTCACAGTGAATAAAACCCAGTGGATATTACAATGATATGtcaattttaaatgcaatgtttccattttgtttcctcTTCAGATCCGGATTGCATTAATAAGTAGGCTACCCTACCTAACTGCTAAGCTTAACATTTCTCAGTACAATAAAATCCACTTGATCAATGAATGGAAAGGATGTGACCGCATGAAGAGACAATGAACCAATTTCAGCATATTTTCAGCTGAAGAATGTGATGTAGCTTTTTGTTCCTTGTTCATAGGCACTCCTATAGTAAACATAACTCTGTTACACAAAAGGAATATTAAAAGAAATTTTATAAAACATCACCCTACATTCGCAACACTtacattatttctttctttttgaccTATACataccaaagaaaaaaatatattgatttttgttttattctctgggggtgggggtggggggtgcaaaCTAAATGTCCCGACTTCTTCCAAAGCACCAATGTGTACTTTAGGGGGTAATTAGAACCCAAAACATTAAACGGCATGGGTTTGCAGGGTTATTGGCATTGTCACGACACGAGTGAACTTAAATGGGACAGCTCAAAAGCTAACACCACATTTAATGAATGTCTCAGTTACTGGAAGTGAATGCATTGAACACTTTCCTAAATCACAGCAGATGTAAAGTGATCATAATATTGTTGAAAGCCTTGGTATTTTCAATGACTAGTAGTGCAACACTAAACATATattaaagcttttaaacatgttttgttaaatgcatTAGATAAGCACTATTACACAGTCTGCAAAAATGcacaattaattttaacaaagcAATACCAAAATTGAATAAGATGCATCATAAATAAAGGCTGTTTTCAGTTATTACAGTTAGATGTTATGTTCTGttgctgtattaaattaaaaacgaCCGTGCTTTCATATTGTCATGAGATAGTCGATAAATAGGTGCAGTATACACCTCAAgctaaaaaggaaaattaacaaGTGATGGCTTGGGTGAcgtttgaataaaaaataattaaataaaataagtccaGTATGTGCTGTAATTCATGAAGGAATTTGTGTTCCTTACTACAaattgtgtgttattatttatttatttatgtatgtatgttttggaAACCAGAAAGGTTAAGTCTAGTTAGTACATACATATTGCACGTCTTAAAGATTtcacttttattaaaaatgatgaactgttgaaaaatgtttttaaaggtgATGGAACGGTTTGATCTCCCTTAAAACCAGAACACATTGCTCTACTAAAGCTTCATATAAGAGATGTTTTGGATCAGGGAAGAGAACATTCTGCCAATGACCGTTTAATATTGTATAGCCTTGTGTTACTATATGTTTGGAGTGTTTTCGTGTGAGTTTCAGTCGTGCAAagtgacacatttaaaatctataaGGCTGAATTACAACAGCGTAGTTACATAAGTAGGTCCTTACGAATGCTGGCCAGAAACTCGCATGTAAACATGGCCAAAGtaacagttttgcatttcagtataatttaaaaatgtccagcTTTGGTTCCATCTTACAATACGATACGCGTGTTTTATTGTAGATTATCAACATTAAGATGGGGGTACcgaattaaataaatcactctGGAGCCTTGTGGTGATAATGTCAGGAAGCTTAATCCCTCCTAGTCGCACACCCGTtagaaaatgaatctcttgaAATACATAATCATGCCAGATCATAGACGTATCCCATACTGGGGAAATAAACTGgactggggaagaaaaaaatctaaatcaaaatgaTCCCTGCTATATAACTACCACAAACTGAATTCAACATAGAACTAAAGAAAAATATGGTTTAATATATTAGTACTctgtggggaggggaggggtgattatagtaaaacaaatctttcaaCCAGCTCAGCCTTCCATCAAAACGCAAACAAGCAGCATGGTTCACACTAGACTAATATGTGAGCTTCGAAGCTTTCATATTATAGCAAGGCCTCTCTGTCAACGTGGCTTGACCAGCAGCAGAATACAGGGAAAGGTTTTCACTCTTCTCCAGCACTACTTCTAGTTCTTGGAAGTCCTGTAATCTGGCCACATCTTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU52478 True 4902 lncRNA 0.34 2 20387684 20392609

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00013082 LOC104949960,LOC107101812 coding upstream 129050 20257660 ~ 20258634 (+)
AMCG00013079 NA coding upstream 307678 20034217 ~ 20080006 (+)
AMCG00013081 spag9 coding upstream 379726 20007617 ~ 20007958 (+)
AMCG00013076 nme2b.1,LOC105913039,LOC107727143,LOC107573071 coding upstream 404831 19980540 ~ 19982853 (+)
AMCG00013074 NA coding upstream 1309983 19072236 ~ 19077701 (+)
AMCG00013088 luc7l3 coding downstream 6000 20398609 ~ 20403101 (+)
AMCG00013087 NA coding downstream 92414 20485023 ~ 20502341 (+)
AMCG00013086 LOC106606937,LOC105022949,LOC106601506 coding downstream 120107 20512716 ~ 20513526 (+)
AMCG00013089 NA coding downstream 131182 20523791 ~ 20534323 (+)
AMCG00013092 NA coding downstream 165619 20558228 ~ 20565344 (+)
G42077 NA non-coding upstream 399824 19986178 ~ 19987860 (+)
G42054 NA non-coding upstream 800891 19586528 ~ 19586793 (+)
G41990 NA non-coding upstream 1319474 19066973 ~ 19068210 (+)
G41924 NA non-coding upstream 1690052 18696820 ~ 18697632 (+)
G41908 NA non-coding upstream 1727162 18660254 ~ 18660522 (+)
G42172 NA non-coding downstream 158651 20551260 ~ 20551817 (+)
G42177 NA non-coding downstream 234485 20627094 ~ 20627334 (+)
G42269 NA non-coding downstream 446980 20839589 ~ 20840560 (+)
G42277 NA non-coding downstream 497066 20889675 ~ 20890332 (+)
G42330 LOC106589491,LOC105023009,LOC103368359,LOC100710639,LOC102784652,LOC102295130 non-coding downstream 863976 21256585 ~ 21304213 (+)
G41978 NA other upstream 1358406 19025561 ~ 19029278 (+)
AMCG00013068 NA other upstream 1413322 18967429 ~ 18974362 (+)
AMCG00013047 NA other upstream 2157446 18158842 ~ 18230238 (+)
AMCG00013015 NA other upstream 3658151 16719355 ~ 16729533 (+)
AMCG00012987 NA other upstream 4596057 15782364 ~ 15791627 (+)
G42326 LOC105030495,LOC106938339,LOC103143718,LOC103461378 other downstream 877066 21269675 ~ 21278728 (+)
AMCG00013118 LOC106594791 other downstream 893422 21286031 ~ 21471560 (+)
AMCG00013126 myhb,LOC108443910 other downstream 978234 21370843 ~ 21421316 (+)
G42344 LOC108412647 other downstream 1034051 21426660 ~ 21486808 (+)
G42453 NA other downstream 1849820 22242429 ~ 22245790 (+)

Expression


Co-expression Network