AMCG00014407 (LOC107725344)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00014407
gene name LOC107725344
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030128.1
NCBI id CM030128.1
chromosome length 42883965
location 13246309 ~ 13251732 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00014407
ATGGCGGACGAGAAACGAACAGACGACAAGCTCTTGGGTGACGGAGGACCAGAAGAGAAGGGAGGCAAAGGTGTGAAAACTAAGACTGTCTCTTCCAGCAATGGAGGAGGGAGCGCAGGCCGAAGCGCTGACAAGCGGTCAGCAGAAGACACAGCTGGAGACTCCAGGGCACAGCCCGCGCCGCCTAAAATCTCCAAAATGGGATTAATTGCCCCACCCATCAAGAAGCCGGCCCCCATCTCAATCAAGCTGGGTGCTAGTAAACCAAAGGAGAGTACCCCAGTCCTCCCTGTGAAGAAACCTGCCATAGCAGCTGTGTTTAATGAGGATGACGATAGTGAGCCTGAAGAAATGCCACCAGAAGCAAAAAtgagaatgaaaaacattgGCAGGGATACTCCTACATCAGCAGGACCCAATTCatttaacaaaggaaaacatGGGTTTTCTGACCACCAGAAACTCTGGGAAAGAAAGCTCAAAACCCAgttggataaataa
>TU87357
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>TU87358
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Function

NR:

description
PREDICTED: PEST proteolytic signal-containing nuclear protein-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00014407 False 501 mRNA 0.50 5 13246350 13250280
TU87357 True 4107 lncRNA 0.36 4 13246309 13251732
TU87358 False 3291 lncRNA 0.36 5 13246309 13251732

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00014405 NA coding upstream 675 13240840 ~ 13245634 (+)
AMCG00014406 NA coding upstream 6199 13239073 ~ 13240110 (+)
AMCG00014401 tfg,LOC102777061 coding upstream 180332 13057865 ~ 13065977 (+)
AMCG00014400 NA coding upstream 205365 13029886 ~ 13040944 (+)
AMCG00014399 jagn1,jgn1a,LOC106574769,LOC105027989 coding upstream 230655 13009705 ~ 13015654 (+)
AMCG00014414 NA coding downstream 14285 13266017 ~ 13274303 (+)
AMCG00014417 NA coding downstream 24841 13276573 ~ 13284294 (+)
AMCG00014416 NA coding downstream 39597 13291329 ~ 13301873 (+)
AMCG00014415 eed coding downstream 71635 13323367 ~ 13331090 (+)
AMCG00014419 NA coding downstream 88455 13340187 ~ 13360020 (+)
G69833 NA non-coding upstream 263875 12980259 ~ 12982434 (+)
G69778 NA non-coding upstream 645996 12600104 ~ 12600313 (+)
G69739 NA non-coding upstream 1462226 11783865 ~ 11784083 (+)
G69722 NA non-coding upstream 1523542 11719318 ~ 11722767 (+)
G69681 NA non-coding upstream 1604857 11641083 ~ 11641452 (+)
G69959 NA non-coding downstream 82482 13334214 ~ 13335185 (+)
G69961 NA non-coding downstream 100601 13352333 ~ 13380404 (+)
G70054 NA non-coding downstream 443083 13694815 ~ 13696871 (+)
G70221 NA non-coding downstream 915714 14167446 ~ 14171012 (+)
G70271 NA non-coding downstream 1214972 14466704 ~ 14467744 (+)
AMCG00014345 NA other upstream 3094396 10147979 ~ 10151913 (+)
G69406 tgfbrap1,LOC102780916 other upstream 3237661 10003058 ~ 10008648 (+)
AMCG00014272 tbc1d23 other upstream 5763749 7464503 ~ 7482560 (+)
G68848 NA other upstream 5829715 7413640 ~ 7416594 (+)
G68830 NA other upstream 5896842 7346195 ~ 7349467 (+)
AMCG00014423 pou2f1b,LOC107748141 other downstream 403506 13655238 ~ 13689188 (+)
AMCG00014456 NA other downstream 937832 14189564 ~ 14205014 (+)
AMCG00014461 NA other downstream 1050715 14302447 ~ 14356868 (+)
AMCG00014470 NA other downstream 1970182 15221914 ~ 15242333 (+)
AMCG00014490 rpl31,cnot11,LOC106575914,LOC105022559,LOC106574971,LOC106582250 other downstream 2423899 15675631 ~ 15685899 (+)

Expression


Co-expression Network