G98843


Basic Information

Item Value
gene id G98843
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030132.1
NCBI id CM030132.1
chromosome length 32980562
location 13260995 ~ 13262832 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU123305
aatcagcaggggatcaaatactttttccctcactgtaaactaTGATTTATTTGAGCCAACAACCATACATACAGCTACTTACATTTGGATTCTGATTCCTTTCACATTATGACGTTACAGTTGGTTTCTGTGGATGTATGAGATTAATTTGCACATTGATTTGTGCATACTTAATTCTGTTTGGGTTTGAGCGTCTAATTTGCTATCCCAAAATGGTGTTTATGTTGCCATGGATACCCCCGATGTATTCCAATGGTAGTTCGAGCGTGCACCCTGcaaaatgtgtgtgagtgtatatatctatgACCACCAGTACATATTTGAACACACTCATTTCATGTAGAAATGCATGTGAAGTTGTGTCGTACCCAGGGCAAGCAATAATCCTGGTCAttgttggttttggttttggttttcacCATGGGATGGCTTCACACAGCAGCAAGtgttggttttctgtttttgtcagATAATATTTAGTTACACATATCATTATGTAACGAatatttggaataaatattGATAGATGGGTAAATGTAGTAAGTTCTATAGTAACCTATAAGGGAACAGACAGATAAATCAACAGGCTGATAGTAATAGACATTATATAGGAATTCTACAGACCTTTGAATactttgctgctgctgctgggcaaTCAAATTCGGTACATATGAATTGTTCACAATGAATAacaattagatttttatttctaaatttgaatttgtatatatgttgtgCAATGTAACCTGTTTAGTTCACCTGacaataatgaagaaaaattgACAACACTGATGAACCATTTTTGTATCCTGACTAATGTGACCGATTACTTGCTTCTGTGCAGATTTCATAGTGGTACACAGACATGAAGGATAATGGTACATGATACCATGACTATCAGTATTTTGagtgtttcattgtattttgaattatgaatgtttctgttttgctttgtttagcTATTTGTAAGAGTGTTTCACAAACATTAAGCATTAAATGgactatgttaaaaaataactgaagtttgtcagaaaaaataataaattgaaccTTTTAAGATACACTATTTATCTGGATTCCTGTTCTTTGAGCAGGTTGTAAGGAAAACCAAAGGTTAAAATGTGAAACGCTATGCATTTCCATTGAgctatgtgtttttattattagtattatttgggtacatttgttttttagtcCTTAGGTAGATAGTGTGTTTGTGGCTGATtgataacataagaaagtttacaaacgaggtgc
>TU123308
tgggcaaacgtacaaaatcagcaggggatcaaatactttttccctcactgtaaactaTGATTTATTTGAGCCAACAACCATACATACAGCTACTTACATTTGGATTCTGATTCCTTTCACATTATGACGTTACAGTTGGTTTCTGTGGATGTATGAGATTAATTTGCACATTGATTTGTGCATACTTAATTCTGTTTGGGTTTGAGCGTCTAATTTGCTATCCCAAAATGGTGTTTATGTTGCCATGGATACCCCCGATGTATTCCAATGGTAGTTCGAGCGTGCACCCTGcaaaatgtgtgtgagtgtatatatctatgACCACCAGTACATATTTGAACACACTCATTTCATGTAGAAATGCATGTGAAGTTGTGTCGTACCCAGGGCAAGCAATAATCCTGGTCAttgttggttttggttttggttttcacCATGGGATGGCTTCACACAGCAGCAAGtgttggttttctgtttttgtcagATAATATTTAGTTACACATATCATTATGTAACGAatatttggaataaatattGATAGATGGGTAAATGTAGTAAGTTCTATAGTAACCTATAAGGGAACAGACAGATAAATCAACAGGCTGATAGTAATAGACATTATATAGGAATTCTACAGACCTTTGAATactttgctgctgctgctgggcaaTCAAATTCGGTACATATGAATTGTTCACAATGAATAacaattagatttttatttctaaatttgaatttgtatatatgttgtgCAATGTAACCTGTTTAGTTCACCTGacaataatgaagaaaaattgACAACACTGATGAACCATTTTTGTATCCTGACTAATGTGACCGATTACTTGCTTCTGTGCAGATTTCATAGTGGTACACAGACATGAAGGATAATGGTACATGATACCATGACTATCAGTATTTTGagtgtttcattgtattttgaattatgaatgtttctgttttgctttgtttagcTATTTGTAAGAGTGTTTCACAAACATTAAGCATTAAATGgactatgttaaaaaataactgaagtttgtcagaaaaaataataaattgaaccTTTTAAGATACACTATTTATCTGGATTCCTGTTCTTTGAGCAGGTTGTAAGGAAAACCAAAGGTTAAAATGTGAAACGCTATGCATTTCCATTGAgctatgtgtttttattattagtattatttgggtacatttgttttttagtcCTTAGGTAGATAGTGTGTTTGTGGCTGATtgataacataagaaagtttacaaacgaggtgccattcgacccatcgtgctcgtttggtgtccattaataacgaagtgataTCAGAAGCAGTTAAGTCAAATCTAACTGTATTTAGCCGAAACACTGATGTTATTGCAATTAGGCTTCTTATTGttaggatttgtattattaggtGGCCTAATGCTGAAGGTGCTGGACACCTGTTTTTGTACTGATTTATTAGGGTTGTTAAACGCCTATGGGacattttgttatgttgaaAATGATTGCCAAATTGCATTAATCACTCATTTCagaaaatttacaaaaaacatattgtcCAAAAACACTTGTGCTATGTACAGTATCAGGCTCTTAACACACAAGCTTCCCTTACGGCCTAGATTTAGGTTGGTTCAGATTAAGTCGACTAATCGCATGAATTATTGGACATGTTGCCTCACTCGCAAATTTTTCTGAGATGACTTCTCCAAAACTGTAAGACCCACCGTGCTGAAACGTTACATGCACCAGACTTGTACAGTGCTCAAATATGTTGGATTGAGGTGAgttgcttaaataaaaaaacatggctgcCACGAGccaattcattttttgt

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU123305 False 1257 lncRNA 0.34 1 13261010 13262266
TU123308 True 1838 lncRNA 0.35 1 13260995 13262832

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00015585 NA coding upstream 4842 13251013 ~ 13256153 (+)
AMCG00015587 NA coding upstream 18104 13240191 ~ 13242891 (+)
AMCG00015583 NA coding upstream 89022 13168657 ~ 13171973 (+)
AMCG00015580 NA coding upstream 105042 13154518 ~ 13155953 (+)
AMCG00015584 NA coding upstream 148193 13111327 ~ 13112802 (+)
AMCG00015590 NA coding downstream 66750 13329582 ~ 13337434 (+)
AMCG00015588 NA coding downstream 88684 13351516 ~ 13366130 (+)
AMCG00015597 NA coding downstream 238811 13501643 ~ 13516584 (+)
AMCG00015600 NA coding downstream 335454 13598286 ~ 13607255 (+)
AMCG00015607 NA coding downstream 426258 13689090 ~ 13716822 (+)
G98838 NA non-coding upstream 1648 13257099 ~ 13259347 (+)
G98831 LOC100846954 non-coding upstream 46349 13213870 ~ 13214646 (+)
G98731 NA non-coding upstream 448303 12812476 ~ 12812692 (+)
G98625 NA non-coding upstream 855876 12399733 ~ 12405119 (+)
G98590 NA non-coding upstream 1713176 11547565 ~ 11547819 (+)
G98876 NA non-coding downstream 124244 13387076 ~ 13391419 (+)
G98888 NA non-coding downstream 191055 13453887 ~ 13454126 (+)
G98881 timm10,LOC107746912,LOC107674252,LOC107556822 non-coding downstream 195297 13458129 ~ 13459786 (+)
G98889 NA non-coding downstream 230950 13493782 ~ 13516429 (+)
G98901 NA non-coding downstream 316892 13579724 ~ 13597715 (+)
G98759 NA other upstream 214182 12975639 ~ 13046813 (+)
AMCG00015555 NA other upstream 798330 12434166 ~ 12462665 (+)
AMCG00015544 LOC105903120,LOC107562780,LOC108434861,LOC107691965,LOC106577530,LOC107742298 other upstream 1844396 11358152 ~ 11416599 (+)
AMCG00015528 NA other upstream 2033174 10872670 ~ 11227821 (+)
G98878 LOC101159514,LOC106941902,LOC105028768 other downstream 161048 13423880 ~ 13429300 (+)
AMCG00015591 LOC101069382,LOC104961169,LOC107581227 other downstream 170219 13433051 ~ 13437147 (+)
G98884 NA other downstream 182693 13445525 ~ 13447279 (+)
AMCG00015602 NA other downstream 313364 13576196 ~ 13613292 (+)
AMCG00015608 NA other downstream 618593 13881425 ~ 13884671 (+)

Expression


Co-expression Network