AMCG00016490 (atg16l2,LOC107677090,LOC107746253,LOC106613341,LOC107730987)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00016490
gene name atg16l2,LOC107677090,LOC107746253,LOC106613341,LOC107730987
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 21782106 ~ 21832148 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00016490
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>TU17170
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Function

symbol description
atg16l2 Predicted to be involved in autophagosome assembly and negative stranded viral RNA replication. Predicted to be active in autophagosome membrane. Orthologous to human ATG16L2 (autophagy related 16 like 2).

GO: NA

KEGG:

id description
K20868 ATG16L2; autophagy-related protein 16-2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00016490 True 8214 mRNA 0.40 17 21782106 21804502
TU17170 False 3826 lncRNA 0.61 4 21795262 21832148

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00016482 NA coding upstream 905630 20872393 ~ 20876476 (+)
AMCG00016478 NA coding upstream 1187181 20581946 ~ 20594925 (+)
AMCG00016474 NA coding upstream 1279917 20499298 ~ 20502189 (+)
AMCG00016475 casr coding upstream 1299110 20478055 ~ 20482996 (+)
AMCG00016468 NA coding upstream 1315816 20448350 ~ 20466290 (+)
AMCG00016489 arrb1,LOC108440366,LOC108277835 coding downstream 29640 21861788 ~ 21904114 (+)
AMCG00016493 NA coding downstream 73234 21905382 ~ 21906361 (+)
AMCG00016495 NA coding downstream 102006 21934154 ~ 21935071 (+)
AMCG00016492 NA coding downstream 158258 21990406 ~ 21991423 (+)
AMCG00016491 NA coding downstream 213217 22045365 ~ 22056229 (+)
G13799 NA non-coding upstream 1126491 20653670 ~ 20655615 (+)
G13798 NA non-coding upstream 1129834 20646835 ~ 20652272 (+)
G13791 NA non-coding upstream 1164409 20614745 ~ 20617697 (+)
G13700 prdx4,LOC107734341,LOC107665442,LOC107654298,LOC105904605 non-coding upstream 1356264 20424137 ~ 20425842 (+)
G13685 NA non-coding upstream 1378600 20393511 ~ 20403506 (+)
G13873 NA non-coding downstream 90005 21922153 ~ 21922461 (+)
G13892 NA non-coding downstream 404023 22236171 ~ 22236399 (+)
G13894 NA non-coding downstream 497915 22330063 ~ 22330299 (+)
G13902 NA non-coding downstream 646188 22478336 ~ 22478597 (+)
G13928 NA non-coding downstream 1082648 22914796 ~ 22915056 (+)
AMCG00016429 lamtor1,LOC106581407 other upstream 1902381 19875056 ~ 19879725 (+)
AMCG00016407 NA other upstream 3308417 18419017 ~ 18473689 (+)
AMCG00016379 cwf19l2,LOC107560834,LOC107670086,LOC107728743,LOC107566889,LOC107669872 other upstream 4182525 17562418 ~ 17599581 (+)
G13012 NA other upstream 4660174 17116793 ~ 17121932 (+)
AMCG00016329 NA other upstream 5296103 16484355 ~ 16486003 (+)
AMCG00016502 NA other downstream 2034119 23866267 ~ 23882946 (+)
AMCG00016506 NA other downstream 2105903 23938051 ~ 23945024 (+)
G14057 NA other downstream 2247869 24080017 ~ 24110182 (+)
AMCG00016537 NA other downstream 2647558 24479706 ~ 24561807 (+)
G14326 NA other downstream 3175814 25007962 ~ 25010687 (+)

Expression


Co-expression Network