AMCG00016644


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00016644
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 26626707 ~ 26643493 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00016644
ATGCATTTGTCCACGACGTCAACATCCATATGTGTGACTGATGACAGAGAAAGGTCTAGAACGCAGTTGATGGAGAGCCGGGTCAGGGGGCTGCCGACAGATGTCTTTAGTGGGCTGCAGCATGCTGAGAGTAGGCAGTGTTGGTGTGCTGTGTTGGTGCCATCAGTCAACGCAAGAAACTGGTCCAAACAAGAGGAGCACTCCGAAACAGAAAGGCTGATTATGCCATCTTTCCTAATGGGTACAGCAGCAGTGACCTCTGACAGCCTAGTGGTGGTCTGCTCTCTGCACCGCAGGCGGCTGGATGGTTTAGGAGAGTTTCCACAGTTAACTGCTTTTGCgttttgtctctgtgtgtttgtcaaaATAGCTGAAAAGGGGGAGCAGATCAGCCTGGAACATCCCAATAACAGCCACATCCCCTGCAGCCCCGGGGACAAGAAGTGCATCCAGAAGCAGATTGCCAAGCGGGGTGAGAAGGGGACCAAccagaagaacaaaaacaaccgCGAGGACCCCAAGGCGGCTCTGGCGCCGTGCCGCGCTGAGTTGCAGAGGGCACTAGAGCGACTGGCATCCCACACTCGCACCCACGAGGACCTCTATACCTTCCTGATCCCCAACTGTGACAAAAACGGAGACTTCCACCCTAAGCAGTGCCACCCTGCACGTGATGGCCAGCGTGGGAAGTGCTGGTGCGTGGACCAGAAGACCGGCACCAAGCTTGGCTCCCAGGAGGCAAAGGGAGAGCTGGACTGCCACCAGCTGCTGGGGGAGCCACTGAGGGAGTGAGGCAGAGCCGTGCAGGATGGGCCTGGTGGCCCGACCAGTGCCCAGCTCTAGTGGTGCTGATTTGTACAATAAAGGAAAGGACTCAACCACACAACCTCACTTAACCTGTGGTGAACGGTACTGGGGTGTGCAAACCATGGTGGAATAcattctgtgtgtctgtgtcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcgtgtgttGGTATATGTCTGCGTGCCCATCCTGTCGTGTTTTGTTTCGAAAAAGTAAAACAGCTGTTCTCTCTTTCAAaacttgcaaaaaaacaaatgaaaactaaacaaaacacaccaacCATCATAACTATTAAGGTGATGCTCTCGAAAACAGAATTGCTTTGTAAAGCAGATCAGTGTGAATTTTACCAAAACACAGCAATGCAattctttcacttttttattttttaaatcctattCCAAATCATAAGGCTTGGTAGTTGTGTTAATGAAGTTCAAAGACAGAGTGATATTTCAAgattaaatgatttaattggTAAATGTCACCAAGAAGTGTCCTTGGCGGCTTGTTGACTTGAGTTTATTTGCACATCCTCTCTTATGTTTaagctattttttattattattattattattattattattattattattatgatttgtattattattattgttgttgttattaatatttagatttttgtatatGCTTTAAATCAATCCTGCTCACATCACCGCAGTGTTCAGCTCTTCAGCCGCAGTCTGAGCACTGCTAGTGTCTTGTGAGaggaatatgtatttaattgccaAGGATCATAAGCTGCAGATTTCCAGTGCACTTGGAAGCAAAAACTGATTATACTTTGAAGGCAGAAACTCCACTTCAGAGGAGACAAATCCCAGAGCAGATGGGCTTTATCTCTGCCTCTCGCACCCCCGCTCGCTGGCTCTCCGCTCTCTTATTCGCACTCGAGGGGCTCTCTGTATAATCGCTTTTCTCCTCTGAGCTGGGAACACTGCTCAATGCTGATAGGGCTAATCTTATTACTACAGCAGAAGCCAAGGGGCTAGGAAACTGCTTCTGTTCTCAAGtagactttattttttctttctgtctttgtttctaaACTTTTTGGGGGCTTTTTTTTCTGGTTCACTGTGCTGCATGATATTGATACTGGTGCTATTCTGTTTCGAGCTCGGTGCTCAGAACGGCGTTGGCAGGTCTTGAAACGAAAGGGGAGAAACACAGATCCCAGTGTGTCTCTCCCTGTTCGGTTGCTAGAGGCTGCGTATTGTCCGTAGTGCAGCTTCAGCTTCATATTCTGAGGGAAAGAAATGAATCACAGAGTGCCAATATAGGTCTGGTTTAGGAGCTGGGTTAAAGCAACAGCTTTCTCTTCATGTGTATTCAGAGGCCATTAATCTCAATCTGCACTGGCAACGTTTCATTCATGGagtaaaatgaaattatttatgtaaaaagaacccataaataaataaaatacatattttacagtttaatgttCTACAGATATGTGTCAAACACAACATTCGGACAGCGGACAGTAAGGGCCCATGAAGGGGGTGCCTTCTGTACAGGCCTGTGGATCTGCCAGTAATTTCTGAAACAGGCAGACGGGAGAACAGCCCCTGAACCGAGCTGGATCCTTTCCTCCTTACAGTCaagctgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgccgtcCCCCCTCTctacacaacccccccccacacaccaccTCCGGAAACTGATCTTGATCAGCGCAGTTTGAGCTGTTCCAAAAGCTGAGGCGTACCCTGGAAATTCATGATAACTATGAActgtccttttttcttctttcttggaCATGTTCATAAACGGTTTGATCGCCACCAGGATGTGAAAGGAGAAAATGacagaaacactgaaaaaacaaacaaaatggaaaaaaaattaagtaaaggaatttgtattatttctgttatGGGCTAcattccacccccccacccactcttGAGCTGCTTTTCTCAGCTCGTATCAGTTAGAACATTTCCTGTTTAGTCTTGCTGCTCAGATCTGAATGCCAGCGTAGTCAAGGTCAGCATCTCCTACAAGAATGGATGATTTTGGCAGCTACTAAGTTCAACGTTTTACTTAGAAGCATGGCTGCTACGACCAACCTGCAGGACCTGCAAGCTGATTCCCCAGAGCTTTCAGAGTAAGCAGCAACACTGTCCATTGGTTacctgtgtctctctcacacacacacacacacacacacacacacacaaacatacgtTCTATGCACAAGCACCACacacatgtgtgtgcatgcatctctcacacacacctggCTGGCTGTGTACTTTGTTGCTATTAGTTTTTTACTTATTTGCACCgttttttattcctttctgTAATTTGCACATTGAAGCAGGTGGGGAGCTATGATGGACGTTGAATTGTGTGTCATCGAAAATGGTTTTAAACGTCCGATTCCCTAGAAACCTTTATAGAAGAGACCGGTGGAGCGACCCAGAGTGGGGGACAGTTATATCAAGGGCAGTGCGATTTGTAGTGatccaaaacactttccttAGATATAAATACTGTGTTAATGCAATAGAATGAGCGTACGGAAAACCAGCTACACTTTAGTGACATGAATACGTGTGGTCTTTTGTGTGTCATCAACATTCAACTGAAGTCATATCCAATGCTATAAACCAAGTGGCAACTTATTAACATCCAAAAGCACAGGCAATCGCTTTAGAGGAAgcaatgtgatttttttaaaatactgtgaatTGGCTTCCCGTTGGCTGTGGCAGTTAAAAGCACAAATAAGACCAGAGTTTGGGTGCAGTGCTGTATGTAACCAACAGAGGGCAGCACCAGCAACTGCCCCCTTACCCTGCCTCCAGAGATTTCCTCACAGATTAACCTGAACTGATCTGAACTCCATTTGGGGGAGGGGGCAAGCTCCAATGATTATAAGTgctttgcaattaaaacaaacatgagaaTCCCAATAAATGACAATGTAAGAGAAATGTCAGGAACACGTCAAAGAGAAGCCTGATTTTAGACACCACTGCTTCTCTCAGCATTGTGGTCACAAGATgcactttttacttttatttaattgatatattttttttattataaataaacttgAATCTTGGTTTAAGCATAAACCTAATTGACAAATTCTCAATTGTATTGACAGGATAGCCGTTAAGAGCATCATCATCAAAAGTAAAGAGGGAAGGTGTATAAAACCTATATTGGAAATGATAGTATACTCATGGCTGTTGTATTATTGGAGCACCATATATAACTGTGATATTGTAGCTTATCCTTGCTTTGGAAACACAAAGagtgatgtttatatatatatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtttttttatcaaAGTTGTGATTTGCTTCAGAAGCGAATGAATGAAGCAAACTGCCTATGGAGTGAAGAAGCTGCAGTTTGCCCTTCGTAGCTTTGACTCCTGCATGTATTGGACCAAGGGGCTGAAGAGACAAGGGGTTTCCATTGTAGACTAAGTGCTCTAATTAGGATTTGGCACCACATATCAacagtattgtatatatacTATAGTCAGTGGAGCTGGGAGAGAGATGTGAGCAGTCGTGCCGTGCCGTGTGAAGCCACTGTAAATCTGTGtgcagagaaaattaaaaacacgcAAAAAAAGACCCACAAAAGTCACTGTCTAAAGCCAAAGAGCGGccttaaccccctccctgctgGTGCGAAACTCACACTGAGTTTATATGATAatttttttggggtggggtgtcgttaaattacaaatacagataAGCGTAGATTggtggatttatatatttaacatgggggaggggggcaacaAAAGAAGCATAACTTGAATATATCCTTAAATCTTTGACTTGAATATGTGAACCAATCACAAGTACATTTATCATTGCAGGAGTCCTTGTTGTGCTGAATGTTACCAGAAAACACAACGacaataaacacaaagaaatacatgtcACTGACCACGCTCAGTGGCCAGTAAGCACCTAAGCTGGTGTGCCCCAGTTGGGCACATAGTGGAAGTGTGGCACTAGTACCAAAACACAGCGTGTATTTACTTCACCAGTTGGTACACTGTTTTAATATTGAACCTGTACC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>TU18464
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ATCCCTCTTGGGCAGCATTAACAAACAGTGGTGTTGATCTCATTGTGTATATACTATAAAACACTATGAAAAT

Function

GO:

id name namespace
GO:0001558 regulation of cell growth biological_process
GO:0005576 extracellular region cellular_component
GO:0005520 insulin-like growth factor binding molecular_function

KEGG:

id description
K23576 IGFBP4; insulin-like growth factor-binding protein 4

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00016644 True 6203 mRNA 0.44 6 26626707 26643493
TU18464 False 5073 lncRNA 0.41 2 26626777 26631875

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00016634 NA coding downstream 179887 26442159 ~ 26446820 (-)
AMCG00016630 eif1b,LOC105888686,LOC107549864,LOC103043673 coding downstream 244978 26380048 ~ 26381729 (-)
AMCG00016627 NA coding downstream 252105 26373019 ~ 26374602 (-)
AMCG00016628 NA coding downstream 283093 26339493 ~ 26343614 (-)
AMCG00016629 LOC108438403 coding downstream 317344 26304915 ~ 26309363 (-)
AMCG00016645 NA coding upstream 12095 26655588 ~ 26660740 (-)
AMCG00016642 NA coding upstream 18593 26662086 ~ 26664301 (-)
AMCG00016649 NA coding upstream 78294 26721787 ~ 26732090 (-)
AMCG00016648 NA coding upstream 100091 26743584 ~ 26749062 (-)
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G14832 NA non-coding downstream 103660 26522804 ~ 26523047 (-)
G14818 NA non-coding downstream 158608 26430455 ~ 26468099 (-)
G14775 NA non-coding downstream 201457 26425032 ~ 26425250 (-)
G14765 NA non-coding downstream 231282 26394932 ~ 26395425 (-)
G14723 NA non-coding downstream 323248 26275177 ~ 26303459 (-)
G14882 NA non-coding upstream 97592 26741085 ~ 26742338 (-)
G14943 nfe2l1,nfe2l1b,LOC107565927 non-coding upstream 335665 26979158 ~ 26983486 (-)
G14999 NA non-coding upstream 600473 27243966 ~ 27245247 (-)
G15001 hoxb5a,LOC104941372,LOC103365501,LOC108278507,LOC108413114 non-coding upstream 620220 27263713 ~ 27265603 (-)
G15016 hoxb9 non-coding upstream 652592 27296085 ~ 27308958 (-)
AMCG00016643 NA other downstream 34407 26582526 ~ 26592300 (-)
G14843 NA other downstream 55066 26568669 ~ 26571641 (-)
G14816 LOC108438405,LOC108438407,LOC107666325,LOC107563033,LOC107666324,LOC107753907 other downstream 106310 26427339 ~ 26520397 (-)
AMCG00016623 NA other downstream 385317 26239082 ~ 26241390 (-)
G14676 NA other downstream 441929 26181744 ~ 26184778 (-)
AMCG00016662 cbx1,cbx1b,LOC108279860 other upstream 351680 26995173 ~ 27003707 (-)
AMCG00016671 hoxb6ab,hoxb6,hoxb6a,LOC105013254,LOC103045875,LOC107582892 other upstream 622394 27265887 ~ 27279334 (-)
G15026 NA other upstream 726097 27369590 ~ 27370139 (-)
G15067 NA other upstream 758183 27401676 ~ 27403922 (-)
G15076 NA other upstream 781400 27424893 ~ 27428651 (-)

Expression


Co-expression Network