AMCG00016891 (limd2,LOC107674139,LOC107658411)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00016891
gene name limd2,LOC107674139,LOC107658411
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 33488725 ~ 33513579 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00016891
ATGGAATTTAGCACTGTGAGCCATCTCTACTCTGACTGCTCTGGGAACGGTGGTGTGGAGTCTATGGAGGACAACAGCACAACCCCTGAAGACAAACCTGTTCAGCGCTCTAAgTCTTTCAGCCTGAAGACCCAGAAAGAGGTGTGCGCATCCTGTGAGAAGACTGTGTATCCCATGGAGCGCCTAGTGGCAGACAAAAATGTCTTCCACTCGTCCTGCTTCTGCTGCAAGCACTGCAATACCAAACTCAGCCTGGGCTCCTATGCGGCCCTGGAGGGTGAGTTCTACTGTAAGCCGCATTTCCAGCAGCTCTTCAAGAGCAAAGGCAACTACGATGAAGGCTTTGGGCGCCGGCAGCACAAGGAGCTATGGGCGACCAAGGAGCCTGAGAATCTCACCAAGACCGCGTAACGGCCCCTCTTCCCCAGCCACATGCCACAGACACTCAGCCCTTTAACAGCACGGTCACTCCGGTGCCTGCCACTGCTCTGATattattgttcatttgttttttcgttttcgtaagatggttttatttttttattttctcttccatGTGGTTTTTCTGCGATGTTGCACCaccattgtttttttcccctccctgtCCCAGAGAACGAATGAGAGCTAACTAATCTGCACAAATAGGATGCGACCTTTCACCTTTTGCTTGCTAGAGAGCGCAGAAAGCCTTTATTGTGCCCTTTAACGTACTGCAGGGAAAGTTTCATTGATGCTCCCCAGtttttaattgctatttttAAGTTCATAGGTTTCAAgggttttatttggtttattttttagttttagtttagttttttgtttccaGAGATCTGTCCTAGCGCAGTGTACTGTATTCAGCCTCAGTTTCTGTCCCTTCCAAGTGTTGccgatttttattttatttttttacttaagcTTCACTTCAGGTCCCGTTTTCAAAGCTTTACATGAGGAGGAATTGACAGAATGGCACGCATCTTTATAGATTCTTtcctttatgtttgtttttataaacatcTCAACTGAGGTGCCAGTCATATGTTAACAACAGTGATTTCTTaatctgctttattttcttttttaatattgaattatggaaaactttttttataaCTAAGCTCCTCTGTTATACCTGCAAAAGCACTGCACTAGGATTCAAACCAGGCAACCAAACATTTTGATACAATTATCttcagttttatataaaatatagatatcAATAGTTATAGTATAAAGTGTGTATAGTTCATAGGGAAAAGTTTAATTGCACACGATCTTTCTGTACAATTACAGGGTATTCtatacatttctaatttctaCAGAAAGTGAATCTACAAAAACAtactatttttttcccccatcctATGTAAATTTATGCTGAGGTCAGTGATAGCAATATACAACTGCATAGCTGTAATATTACTTTAACTGTATTGTCTGTCAAAactgagaatcttttaaacatgAGGGCCTTTGGGGTTGAAGGTGGAAGTGTAGAATACAATCCTGTGAGTTGATTTGAAAGCTCTCATGTTGATGTTTACTTGGTTAATATTAAAATCCCAAGAGATTAATCTCGTATaactattttcagttttgacaAAGATTGTTTGATAGAGCGATGCCCTAGCAGaccaataatacaaatgcatatattacaGGGATGACCCTAGCCACATTTTCAAGAAGAGTAGTTTGATTTCTCTTCGTTTCCATGTTTTCACATCTTCTGATTCTCTGTTGCTCTTTCTGCTGAAAATATGACAACATAGAATCCCATCAAAAGtaggaatattaaaataacagctAAAACCCACGGAAACTATCAAAACAACCCCTTTCTGTACTCGCTAGGGTTTATTTGGACCAGTCTGGCTTTGAGGGTTGGTCTGGATTGCTATGACAATAATACTTCTAACCATTCCATCAATAACTTGGATAACTGGTACGTTTGAGCTACAGGACGGCTCACTGTTTACTTGAACACTGGCCACAGGTCTGGGCATTAATGGGTTAATATCTGGTCTTAACTATTGTTTCTAATTGTAGATATCCAGCCTCCCAGTTAGTGAGGTGGTATCTGGTTTTAACAGATGAGAGCCCCTTGTGTGAAATAGACATTTAgatctgtttgttttagtcTGGCGTGATTGTAGAGTAAAGGATTCTGGTGTAAAATTGGGATGAATGCTGTTTCAGCCCAAGTGCCAGATCTCAAACCACACTTGAAGGGCAATTTAAAAACTGGGTGTGTGGTAGTCATGGAGATGCCAGGATCAAAGGGCATCTTCCTCGACAAAGTACGCacactggggagggggggtagccaaaacaaacaagaagcaaaaaatgatttacttttctttttttttatcccagaAAGATGTCAAACTTTCTGTGGTGTTTTAACTACGTTTTTTATtcgaagatgtttttttttgtgttgcctTCTCGCTTTGGATACTCAAAAGTCGACTGCGGTTTTGTAAGGGCAATCATTTCTATCACATCTACACTTCCCTGTTGTGTAATCATTACAAGGTGTTAAGTTGTATCATCCCCTATGACGCTGGAGGCCTTGTGTTGGTACTTTTCCAGCTGCGTTTTGAACACAGCCTTCATCAGTCAATTTTCAGCCAGTAATATTAAAGGTCAATGGATACATAACAGAACAATTGAGGGTTTTACCCCTCTTTGAATCATATGGTCCCAATGAATCCCAAGATTCCATCTTGTCAAATcatagaattattatttttttaattattaaaacaggaAAATTGATTTTTAGTGATGCAGCTTAATTGAGATTTTTATTCCAGTTTGTGGACCACTTGGTGAGAGAGCTCCGTCTTGCTCCGAAATCACTATACACGGCTTGCACAATTTCTTCCCATTCTTGCATTCTTCTTTGGTAGCTGTTTGATCAAAGGATGTAATGTGCTGCTCTTCGTGCTGTATGAATTCAGAcatgcatgaaaaataaaaggcagaaGGATTTGCATTAATGCATTATTCTATGTTGATCAATGCATAATTGAGGAAGATGCATGTCCTAGAGTTTAGAATGCCTTCTATACAAGTTagatatgaaatatgtattctgaacaaaataaaaattcataCACGTATCATATATGTTTGATTAActccctttgccttcaaaacctGTCCGCATGTACGttacatttattgaaataagtAACTAAAAAACTAAGCCACGTTTTGGAAGATGAGAATCTTACCAGAAATTGAGATCAATCAACCCTTAGTTTATATAATTTGATGATTTAATTAGGATCCCCTGTATTGATTAGCCATAGTGTAAAATGGTCTCAATGTCAGAGTTGAATTCAAGTGAACTGGCTTTGGTTTGTGAAGTGTGATCATTAGGCTGTGGTCAGTCATTGTAACCGTTAAGCAGAGACTTGTATTCATCGTCACTGGGTTGATCAGTTTTTTTGGACCGaagttaaaatgcattaaaaccgGTACTTGTACATAACTGTAGCTCATTGTTGGTGAGTGCCTATACTGATTTATGGGACCACTAGCTCGGTTTACTAGCAAGGCTTCTGAAAGCTTGTGGTTTGAGCTACAGACAGTTCAGGTGCATGGGCATCAGTGTATCGAGGAGAAGTTTTGTCTGAGCTTTGGCCCTTTTATGCAACATCCCGTTTTGTCTGTTCTAATTGTTTCTTGCTTGGGTCATTTGGCTATGCAAAATCAAGTGTTTCAGCACATAGTCACACCCATGGAAATGTATTCCTCAGTAACTTCATGGGAGGAAATGAGAAGACGAAGCATTTTGGGGGTTACACAGGCGGCCGTAAGCCAAGCTACGCGAAACAGTAAGGGATTGTGGGACTCTCCCCTCCTTCCAACCTTACCCAGTTAAAGGCTGTTGTACTGGAATGCTTATTTTACAATGCTTAGTGATATTTAGCTGCTGGAGCCACGGAGAACATGTGTACCTAGTAACACTGCAACTGTCAGGTTAGCTTGGGGGTAAACTAGCCAGACACAGCAGTCACCCATCCAAAAAAGGACAACTCCGAATAGGACTTGCATATTTTTCTAGGGTACACCCTGCATATCGGTATTCAATCCAGACAGGCCGCAGACCACACAAACCACTACACCTGGACTCTTTAGCCAAAACAAAGGATGATTTCTACCTCAGATCACCAAACTGTGCTCAGGAAATAGTCTGCCCAGTGCTTTGGGTTTTCCGTTTTCAAGTGGACGAATGAGCAGTGGGGCAGGGGCTGCCACTACTGTGTCTTGCCTGCATTACTCACGTGGGGGAGGGGCATTGGTTCCAGTCGACTATCTGACTGTATGCTTAGTAtcgtttccccccccccactaacAGTGAGCACACATCAGTCCCTGGCCAGTTTTACTCCCATAGTCACGCATCAGGAGTGGCTGAACCATGACCACAGTGGATTTTAAAAGCACTCAGAAGGGCATCATCCTGCTTGGATCATTACACTAAGTGGTGCAACAATGGCGTTGTTTTTCAGTGCTGTGTAAGGAGGTTGGGAGGTTTTTCATTCCGCTGTTCCAGTCGAGGGAGGGTTGTGTTGCCAGCAGGTCCCTGTGTGGAAAGTGGTCATTTCAGGGTGGTGCAAATCGATttgtaaaatgaacatatcaAGCCTCTTctcagatttatttgttttgtgtttttaaagcgCTTTAAGGAATTGAATGTTGGATGTAGCTGTTCAGAACTGTGATATATACCCTTCCTAGGTTTTTACTTCCCCCTCCCCAGTTGGCATCCTCAGTGGTTGATGGGACTCTGTGCAGTGTAAACGTGCTGTGGTCTTATTTGTGGAAACGGGTGTAGACTTTTTGAGGGGGTTCCTAGGTTTCTGGATGTGGCCAATTGTGGTAGAGAGTTCTGCTCCATCATTGAAATTCAGTATATCGGAGCTCTTGGAAAGCACTTAAGCAAGAATCGGAGATGGCTGAAGTGTTTTTCCATTCTCTTCAAGATCAATGTACATTGTACTGCTCTCACTTAGATTTTTGGACAGTATTGCACCATCTGCTGGAGGGATTAAGTACTGTGCCCCACAAAAGTGAAAGACTTGATggctattttttaaatatattttaactggTTATGggattttaattatgtatagaCTTTTTAAGCTTACACAGCATTTGAAAGAACACTTACAGGCCGGAATGGTTTCACTTAAGCACCGATttattcaatatgtttttataacttTCTCGGAAATTCTAGTTGCTCTATTGTTATTGTCATCCCTAAGCATATCGACATGGTCAAGAACTGATGAGAGCTGAGTAACGGAAGTCTTTGTAAACTTGCCAGCAGAGTTGGGCTCAGTACCTTTCGTTCAATTCCAAATCTACCGGCATTTGATCTAGTCCACTccaatgtgttaaaataatgacGTCTCCAGCTCTAGAACTGAATTGGATTTCACCTCAACTCTTGCTTTCCAGCTTTTAAAATTAGACCTAGTTTTGTTAAGCCCCCCTGTCAGCAGTTGGTAATATAAGAACGTAGGACAGGGGGACACCCTAGAAGgtttaatgtgaaaaatgtcaaaGTGGATTAATGTGCTTAGATTCAAATTAATCCCTTCGACACTCTGCAAATACCCTGCCTGGCACTTGCCCATTCTGTCCCATACAATATCACATTGATGTCCCTCACAGTGCCAGCATGCTTCCCCTTAATGTGAATCTTAATCTCATTTTATTAAGCCCAACCAATCTCCCAGAAACTTCGCAAACAACGGGTCTAACCCATTTCCAGACAGGTTCCAAAAAGTGGGCTTACATGGGCCCATGTTATCATTAATTCCCACTTTAAGCCATATAAATGACCCACTTAGTGTGGAACTGTGCtgaatgtgaaaaaagaaaaaaaaggaaaactgtgaATGTGGCTTAATGTGCTTATTTTCCCACCAAAAGCGCATTATGCAACTGTAAGCATGTGGTCCTAAATTCAGAGAAAATGGCACATTTTAAGCTGTGGTGAGTTTCTTTCGACACTAAGCATTTAAAGATGATGTCCTTCGCAAAGGTTACAGAAGAGATGCCACTGACCATGTTCCCCTTGTGGTCACTGGCTTGTAAATCCCAGAATCCCATACTCTCCCATATCTGTTTGTGAGCACTGTGATCCACTGCCactaaaagtaaattaaactgtaaataaattagtttaaacTGTGACTTGAGAAGCAAACGAGTACAGTAGTTCACAGATTGTACTGTCCAGTTTGatctatttaattattcattacatATCCTAAAAAGTGACCCTCTGTCCTTCCTTATACAAACAGATTCCTGTTTACTAAAACAGCCAATATCCAGACAACAGTTGCAGCTCTCTACCCCCACTTAACTAACAACATGAGAAAGTAGATCAGCTCACTGTTCCAGGATGCTCTGTGGTTCGTGAGGGAAGCCCTTCACTGTTACAAAGCCTGTGGACCCCTGGGTTGCTTCCCCTGCCTGCCTTGAGGAATCTTATCACTGCCTTTTTGTTCTGGAATCCTCATTGAAAATTGCAGGGAATATAATGtggggaggagaaaaaagaaaatcggTAGGATCCAAGAAATTAAAGGGGATGGGCAGGGGGAAATTAAAACTCTGCTGAATGGTATATCATTAATGATGGTATAATCCTAGTCTTTTCCAGCCtaatcatgcatttatttaagaatTCAACTTCAAAATGTCTAAGCAAAAAATTAACTTGATAGACATTAACTTCCATTGTAAAGTTCTGGTATTGCTAACTATTGTTCTATATGACACACAGTGGAATTGTTTTGGATATGAGATTTGTTTCTGTGCGGTaggctatttttaaatgacattacaGTGTGTGTGGCCACGAGAAGGGGAATATGACGTTTCGGTttcgttttttcatttttcGTTTTTTGCATGGTTGGTTTCTTTGGAGTACCTGTAGTTCAGAGTGTTGTCGTCTGTGTTTGAGAACTGTCTTTGAACTGTAAATACTTgaggagatgtttttttttgtcagtttgcAAATGCCAATACTTGTCCTTGCACAGGAACGTTTGAGGAAAAAGCAAATGttgtgggtttttattttttattttgtttttgtttttagtatgcTGTACCTAAAGGGTATTGCATGTATCTTGTAAATGCTCATTTTCTTAAGGTACGCATGGTTTTGCACTGGTaccaagacaaataaaataaataaataaattgctgtaTCTAGTTTAGGTAAAATGATATTTTAAGAGCGATGGGTAAATAAGTGTATCTTGGCGTGGGCTTCTGAGGGTCTTGTGGCCTTCTGAGGACCCTGACCTGTGGAATGATGTAGTGGCCTTAAAGCACAAGGAagttctgttttatgttttagtttagttttttgggggggtttttgtatacatttttgtattcaatattcagTTGAATTGtgtacaaaaaaattaataatgaagataatgaaagaaaaaatgtgtatgtggaACTCTCTCAtccttgtgattttttttttttgttttgttttta
>TU20442
gagagaaagcGCAGGAAGCCGGCTGGCAGTGTGAACCGCTGGAGGAAGATACATGACAAGCGAGTGAGAAGAAAGGCAACGCGGGCATCTTGTGGACGAGCAACATTGTGTTTACAGTAACTCCCTGACCAGGATACGCAGATGGACAACAGCACAACCCCTGAAGACAAACCTGTTCAGCGCTCTAAgTCTTTCAGCCTGAAGACCCAGAAAGAGGTGTGCGCATCCTGTGAGAAGACTGTGTATCCCATGGAGCGCCTAGTGGCAGACAAAAATGTCTTCCACTCGTCCTGCTTCTGCTGCAAGCACTGCAATACCAAACTCAGCCTGGGCTCCTATGCGGCCCTGGAGGGTGAGTTCTACTGTAAGCCGCATTTCCAGCAGCTCTTCAAGAGCAAAGGCAACTACGATGAAGGCTTTGGGCGCCGGCAGCACAAGGAGCTATGGGCGACCAAGGAGCCTGAGAATCTCACCAAGACCGCATTCCTGTTTACTAAAACAGCCAATATCCAGACAACAGTTGCAGCTCTCTACCCCCACTTAACTAACAACATGAGAAAGTAGATCAGCTCACTGTTCCAGGATGCTCTGTGGTTCGTGAGGGAAGCCCTTCACTGTTACAAAGCCTGTGGACCCCTGGGTTGCTTCCCCTGCCTGCCTTGAGGAATCTTATCACTGCCTTTTTGTTCTGGAATCCTCATTGAAAATTGCAGGGAATATAATGtggggaggagaaaaaagaaaatcggTAGGATCCAAGAAATTAAAGGGGATGGGCAGGGGGAAATTAAAACTCTGCTGAATGGTATATCATTAATGATGGTATAATCCTAGTCTTTTCCAGCCtaatcatgcatttatttaagaatTCAACTTCAAAATGTCTAAGCAAAAAATTAACTTGATAGACATTAACTTCCATTGTAAAGTTCTGGTATTGCTAACTATTGTTCTATATGACACACAGTGGAATTGTTTTGGATATGAGATTTGTTTCTGTGCGGTaggctatttttaaatgacattacaGTGTGTGTGGCCACGAGAAGGGGAATATGACGTTTCGGTttcgttttttcatttttcGTTTTTTGCATGGTTGGTTTCTTTGGAGTACCTGTAGTTCAGAGTGTTGTCGTCTGTGTTTGAGAACTGTCTTTGAACTGTAAATACTTgaggagatgtttttttttgtcagtttgcAAATGCCAATACTTGTCCTTGCACAGGAACGTTTGAGGAAAAAGCAAATGttgtgggtttttattttttattttgtttttgtttttagtatgcTGTACCTAAAGGGTATTGCATGTATCTTGTAAATGCTCATTTTCTTAAGGTACGCATGGTTTTGCACTGGTaccaagacaaataaaataaataaataaattgctgtaTCTAGTTTAGGTAAAATGATATTTTAAGAGCGATGGGTAAATAAGTGTATCTTGGCGTGGGCTTCTGAGGGTCTTGTGGCCTTCTGAGGACCCTGACCTGTGGAATGATGTAGTGGCCTTAAAGCACAAGGAagttctgttttatgttttagtttagttttttgggggggtttttgtatacatttttgtattcaatattcagTTGAATTGtgtacaaaaaaattaataatgaagataatgaaagaaaaaatgtgtatgtggaACTCTCTCAtccttgtgattttttttttttgttttgtttttacacacattaaaaaaaattaaactcaaaAGTTGTTGTCGACATGGATGGATTATTTAAGTTTGTGGGGGttacatgcgtgtgtgtgagtgcatgtgcgtgtgtgtgtgttctcgtCTACCTATCTAAGTATGGACCTAGGCATTGTTACACAATCCCGAAGTGGGGTCTCCACTTGGCAAagcctttaaatcatgttaCAATACTTCACACACTCTGCCACCGAAGGCAGCTGGGAAGCTGCTCTCTGATTGCCTGGATTGAATTTTAATTCAGAACATTGTATTGTCA

Function

symbol description
limd2 Predicted to enable metal ion binding activity. Orthologous to human LIMD2 (LIM domain containing 2).

NR:

description
PREDICTED: LIM domain-containing protein 2-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00016891 True 7569 mRNA 0.40 4 33489013 33506338
TU20442 False 1995 TUCP 0.42 5 33488725 33513579

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00016894 NA coding downstream 9270 33474010 ~ 33479455 (-)
AMCG00016893 map3k3,LOC102777599 coding downstream 14914 33439552 ~ 33473811 (-)
AMCG00016887 kcnh6a,LOC106601567,LOC105012970,LOC108427397,LOC106527280 coding downstream 97970 33381884 ~ 33390755 (-)
AMCG00016888 NA coding downstream 140663 33333462 ~ 33348062 (-)
AMCG00016884 ccdc47,LOC107674171,LOC107658463,LOC107729550,LOC107721963 coding downstream 170143 33307741 ~ 33318582 (-)
AMCG00016895 NA coding upstream 48 33513627 ~ 33520074 (-)
AMCG00016892 ddx42 coding upstream 40522 33554101 ~ 33575296 (-)
AMCG00016904 LOC107583088 coding upstream 69145 33582724 ~ 33596242 (-)
AMCG00016907 nxph3,LOC105012985,LOC105898539,LOC107092790,LOC106601594 coding upstream 363524 33877103 ~ 33880678 (-)
AMCG00016908 NA coding upstream 487018 34000597 ~ 34008800 (-)
G16422 NA non-coding downstream 160384 33325086 ~ 33328341 (-)
G16378 NA non-coding downstream 196476 33292031 ~ 33292249 (-)
G16377 NA non-coding downstream 204498 33284014 ~ 33284227 (-)
G16375 NA non-coding downstream 232343 33255653 ~ 33256382 (-)
G16325 NA non-coding downstream 504261 32984254 ~ 32984464 (-)
G16502 NA non-coding upstream 114521 33628100 ~ 33628919 (-)
G16505 NA non-coding upstream 120548 33634127 ~ 33634339 (-)
G16509 NA non-coding upstream 127619 33641198 ~ 33641979 (-)
G16510 NA non-coding upstream 129399 33642978 ~ 33643661 (-)
G16511 NA non-coding upstream 130630 33644209 ~ 33648440 (-)
AMCG00016889 LOC107570748,LOC106906011 other downstream 54074 33391789 ~ 33434651 (-)
G16356 fzd2,LOC107583044,LOC107658461,LOC107729561,LOC106607305,LOC106601035 other downstream 309842 33176076 ~ 33178883 (-)
AMCG00016859 NA other downstream 981406 32497507 ~ 32507319 (-)
G16247 NA other downstream 1065287 32423058 ~ 32423438 (-)
AMCG00016847 NA other downstream 1220757 32261549 ~ 32267968 (-)
G16563 NA other upstream 593111 34106690 ~ 34107941 (-)
AMCG00016938 NA other upstream 1882413 35395992 ~ 35399030 (-)
G17032 NA other upstream 4244578 37758157 ~ 37758471 (-)
AMCG00016959 NA other upstream 4361671 37875250 ~ 38058939 (-)
G17421 NA other upstream 7703072 41216651 ~ 41217231 (-)

Expression


Co-expression Network