AMCG00016898


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00016898
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 33630012 ~ 33650080 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00016898
ATGGACCGGCTGGCCGTATCTGAAAAGAACAAATCCCGTCCGCCCAAGCCCAGCATAAGACGCACCCTGTCTCTGGACACCATCATCGGACCATACCTTCAAGGACAGTGGCCTAAGGAACTGGACAGCCATGGACTGTCCTGCATGAATGACAAGGCAACCCAGACGCCCAGCTCCTGGTCTGAGGACGGCCCAGGCAAGAAGGGCAGCGGAGTCCACAAGCGCTCGGCTTCCTGGGGCAGCTCGGAGCACCTGAGAGAGGTGACGCCCCCCCTGAGCCCCCAGACTCCGCTGTCCAGACTGACCCCCCGGCTGCGGCACAGCGTGGAGGGGCTTAACACGGAGCTGGAGGGAGTGTTTGTCCGTGAGCCCACCGAGGAGCAGCCCAGGGTCCTGGATGTTCCCGATGGGCACCGAGCCCCCATTCCTCCCCAGCGATGCAGCAGCAGCTCCCAGAGCGACCCCTCTCCGGCCCCCCTGGACCCTGCGCTCCTTTCTCCAGCCCCCTCGCCctgctcctccctctcccccttcccTGGGGGAGACTTGGCCACTGATCTGGACACCGACCTGTCCAGTGGAGTGTTGGGCTGCTCCCCCCCGCCGGGTTTTTGCTGCCCCTCGCCCGTGCTGCTGCTGTCTTCCTCCCCCCGGCCCAACAAGACCTGCTCCTTCCAGAGGGAGCCGCCCGAGGGCTGCGAGAGAGTGCGCGTCTGCGAGGAGTCCTTCTCTCCCTGCCTTGGCCAGACCTTCCCGCACTCCTCCTGCCCTGACCGGAACAAGGTCAACTTCACACCCACGGGCACAGCCTTCTGCCCCGTCAGTCTCCTCAAGCCCCTCCTCCCCTCCATGGACTTCCTGTTCCGCAGCCTCTCAGTTTCCCCAGTGACGGGCTGCTCGGGCGGGGGGGTGGCGCCCTGCCAGGCAGGGGCAGTGGTGGGGTACCCTGGGCCGCTGCAGGACTCTGCCACTGCCATGTGAGCCCCAGCGCCTGGGCAGCACCGACCCAGGGAGGCGGGGGGGAATGGCTGGAGAGGCTTTTCCGATGGTGGACAATTGAGCGTGGATGTACAGATTTGAATATAGCACTGCCCATTGGCTTAAGATGCTCCAAACCTACTGAGAACACTGCTCAGGACCCCATGGCTTTCGGTGAGATCACCGTGATGTCCCTCTGGACTCTCTGTATTGCTCTCATTCTGCCAAACTGCTGGGCTATTTGCACTGGTGGGGGGCATAACAAAGATGCACTGCTGATGACTACATGTGACTTTCTGGCTAATATCAGAGGGAGCAATGTGGATGTGCTCCCTGCTCTCATGATCACTGATGTACATGAATATTCCCTTTAGGTGGGCGTGGCCCACAGCACGCCTCTGTTTCTGGAGTAGGAACAGCGAGTGACACAATGCACACCCCACACTTAGAGCAGCACACAACTGTTCAGATTGGTGTTGCCAACTGGGGGTTggactgacactgactgattTAGCACTTTAAAATGGAAGAAGAGAGTTGTACTGACACGAGACCCACTGTGGGGAGAAATGAAATGGAGGGTCTTCACCTGCACGCAGTTTTCTGCCCTCACATTGGTCCATCCCTGGACAGAAGAGCTCAAATTAAAATTCTTGATTTTCACTTGATCACCTAACTGTAAGATCAGGGAAACTACTGCACAGTGAAAATCAATGCACCCACTCTCTTCACCATCAATTATGAATTCCTCATAGGACACCTAATACAAGAATGTTTTGTGCAGCTCTGACCACTGAAGACTGCATGTGGAGTCGAAAGGGAACCCGATCTGCCTACCTACACCatatcagatttattttgtatcacttTTTTTATATCTAAATATGTGTGCTGTCATTCTCAATACTTCTATAATACAGTACAAGTTTAGCATAGTTAAATGAATTCACACCAAAAAAAAGCTAACATGAACCTGTTGGTCACCAATACTGAAGAAGACAGAAGTTCGGCTGTTTATCTGTTTGTATGGATTTTATCGGGGGTTGTTTAAAGTTGAACTATCCTAAGTTTTCCCAGACAGTGTTTATAATCTGTAGCTCAGTGCATTTAAGAGCCTGATACGTattttgcagttattttgtCCATCCCAAACTAGCATCCCATTGCTATTTCAAGTAGAATGTACTGAATGTACTTAAAAGAGTTGGCTTACTTGTTTCTATTTAAGTCTCAGGGTTTGTATGGGAAGCATTCTAACAATCTCATTCTTGCAGTCTGGGAAGTGAAACACCATTTGTATTGGAGATGAGTGGCCCGGTAATACAGGGGGCTCAGTGACGAGatcatcatttcatttttgaagaTTAATGGTAGCATATACGTGGGGGGATCTATTTTTATGATGCAAATGACCCTGAAAAAGGTAAATTTCTTCCCGGGTTTCCAAAAGTAAAGTGTCCCCTAGTAACTGACATACAGGGAGCAACGCACGTTCTATTAGAACCCTGCCAAATATGAGGGGGTGACTGTAGCCATCGATTTGCTTAGTCTTTAtctatttgtcttgttttgtgtgCTTATAAATGTTTGCAATTCCAGCACTGTGGCCATCTGTGACTCATCCCATTATTGTATTGAGAGAAAATCGCGAGTTCTCATCTCTAACTTGAATTGGCAACCGTTATACCGTTGAGGCAGCAGttataatgaaatgttttgGGCAAATGAATGAAATGCTGAAAGAAAGCAAATCCTGTTATACTTctactatattattttaagtatattaCCCAGTTGTGCCCAAGCCAGGTGGTTAGGATGTATGAGCCTGCTGGTATCTTCAGGGGACTTTTGAGACTACACTTGAATAATCTTTCACTTCATTAAATTGTTTTGAGAGTTCAACCACATAAACCACTCTTGCTTGGTACCTAAGCTACCTTTTCCATGATCATTTTAACTCGGGAGTCATAAaccagttttttaaatatatatatatatatatatatatatattttttttttatcccaatTTACAAATGACGATCCAATTAGGGagacaaatcaatattttagtggtatctttttttctttagtgagaagcaaacttttttttctgtcctaCAGAAACTTATAGttggtattttttcttcatgtatttgtttaatactCAGGATTTATAGTCCACTCTCCAAGATGTATTCCCCGCAGGTTTTCTATGAGGTTGCTTCTGGTTGGATTCACACTGTGTCCAGACCTTTTAAAGTTAGCAGTCTGTTTAGCAATTGAGATTTGTTCGGACACCGCTGTCCAGATGTACTTGATGTTCACTACGAGATCTGTATCCCCCCAGCCTTAGAACATGGGCACGGTCTCCCATCTTCATTGGAGACTTAAGCTCAGTTCAAACCCCTTTATCATATGCAAGAATGGTTTCACAATCAGAAAGTTAAGTACccaacacttttttaaataataaatctcCCAGCTGTGTTTGGGTTACACAGTTAGCTGCCTCCAGAAGCCGATCATAACAGTTTAAACAGATGATCTTGTTTTTACAGGTTTGTCACTTACGTGGTTATTAATTCATCCACTTGTTCAGGGGTGCCAATTTATTCATACAGAGCCTTTGTAATACTTTTACGTATCCGGTAGCTACCCTCAAAAGTTCAGAATTTAAACTATACCAAATCTAATcctgcaccacacacacatacaaaaacaaactgtaggGTGAatgtgctttcaaaatgtataccCCACTTATTTTGCACCCCCTTCACTTTTCTTGTATAAAAGAAATGTCAGAAAGGAAATTGTAGCATGGCTTCTGATTTGGCTAATATGAGACCCTGTGTGAGGGATTCAGttcaaacacaaagacagactgATTTGGGGCTAATCAGTCAGTCCTGTGAAGTCAAGCAAAGCAGTTCATGAGTGTCAGTTTTCATGCAGAGTCTCTCACAAATCCTACCAACTCTGTTTATCATTCATTAGCTGCGGATTTGAATCTCTCCTCCAGTGGATAAGCTTGGTTGGATAACATGAAATCATTCAAACGATAGGcatccatttttcttttccaaagcAAGAAGGctaaaaatgcttttctgtctAGAGATTTCGATTTTAACTTTGTGTCACTTGCACACCAGGTgcacctttgtttttgttttttgtcagcgTTGGGAGTTTTGAGACCTTGTTCGTTTTGTTGAACATGCAGATTGATTTGTGTCTGAGAAACTCGCCTGCAAAGGTTCTGAATAGTTCCATGATCAATTGGAAAAAGCAGACCTGAAATAAGGCAAAAATGTACTCTGTCAGTTACTCACAAGAAAACGTAACCGAATGAAAGGATGACTCAATTGTTTGTGAGGGTAAGAAATGGGGAGTTCAGATAATACATCACAAGAATAGAGAGAACGTAAATATCGTCTCGTTACATTTTTTGGCTTGCTTAAGTTAACGTAAAACAGTATTTTCCTTGACGACAATAGGTgactaaaaatgaaaatggagtATCCCGAGGGAACCTACTTTTAAGCCAAACCACAAGACCAAGGCTCTTGAATTGTTCTGTTGATTATAGCTTTCTAGTTGACTCTATGTggtttgacatttattttccaatattaATTTAGAGCAGGGGGGGAAATCGGAATTgagcaatgtatttatttttatacaccaCTGAAGTTGCCCTGTGGCTTGAGTTCTGTGGGAATATACAATATTGATAATCTCTTGTTTATAAAAACCCTTTGGTGTGTTAAATGTagagaagtatttttttttatatatatataggttttaaaatgaattatttgtGAGGGGGGTAAATAATGTTTGCACAAATGagaatattgaaatgtaattttgttttggttgattttTGAACCGATTTTTGAAATGTTCAGAGTGGGGAGTGATATGGAGAATGTATTTGTAGTTCATTCTGTTCAAATATGTGCTAataagctaaaataaatatcgCTGCAAGCAGAAAAGATTGGTGGCCTAGCATTCATGGTATAGTACACAGAAAAGTGTATTGCATCGTATGTTTGTCAGtagaaaaatattgtaaacaagtAACACAATGGTGAAAATTGATTGGCCTATGGAAGGCATTCTTTTTAATGCCGAGTGCAACTTTATTTGAACAAACTTCAGAGGTGACCTTgctatgtgtatgtatacaatgTTTCATATCAGTcagacaaattatttcaaagaaGTGGTTGGGAGGTTTTTCATAAACTGAAACATGGCTGCCAATCACATTGTCCTGATCAAAGCTAAAAGTAGGTCGTAAGACCACATTGTGCACAACATTTCAGATGGTTTCTGCAAGTGATTATGAAGATTGTCAAAattacaaactttttttaaaaaaagcaatatggCTGCCTTACCATATGACCAAACCATAAACTAAATGCTTACATTTCATTGGCCTGCAGCAgccaaatattttgtttattgcagcAACTTGTCTTGAACACACTTGATGGCTTACCAGTGTCAGTCATGCATAGTTTAAACACTGTGGGCCTTATGTTCTGGAGAAGTTACAATATGGCCACCAAACTTCAAGACTGATAAACATTCCATGAACTGGCATTAAAGTAGATGCCGATGGACAATATACACTAACttacagtatattgtaaataGTGTAGGAGAAGAAAGTTGACTGAACATACCATAGCCCTCTGGAATTGTACCAATTATGGTGACTTTGTGTAACACACAGTTtttcagctggtttcacagacctcaatAACCATGTATTAGACAACGctacctaaaataatattgtatagtccaagactagtgttAATCTGGGTTTGTGAGACTAGCCCATATAGTGTTCATATAGTGTTGCCTGGAAAAAATGGAAAATCCCATGTTTGGCAGTGAGCTTTACACTTCTAGAGAAGTTATTGGAACTGCTCTTCTGTCACTGCTAAAGCGTCATTTAGAAAGTGGGCACCACTGCATTTGCTTTATGGTCACTGCTGAAGTGTTATTGGAATCCCCAAACCATGTGACCAAttgactgaattaaaaaaaaaaaaatcaaaatctcTAGGCCCTAAGGCAAGCTTGTGCACTAAGTGTCAGATGTATACCACCACAGATTCCCGGAAGAAttttgaagttgttttttttaatgttttaatacaatatgCCTGCCGGATGTGTGACATACATAATTCTTTTTCCAACTAGTATAAGTTCCTATAGGTGTTTTACAAGTGTGGCAAGTTTTCTGACTTTTGGGGCACTGGTGTGGGTATTGGAGGCTTTGGAAATTCTGGCAGACTATAAAATGATATTATAAAAgtctgaataaaaacaataggtATCCACCACCTAATAACtaatattagttattttaaaatgttgcaattCAACCCATCAATCAAAGGGCTTTATATGTTTTGGGTAAGTTGGAGACTTGTTATATTGAAAAAATGGATACCTGTTCGTATTGTATTTGATAAGTGAGAGTTCTACTAGCATTACAGGCcttatagattttgttttgttaaactaCATTAAAGTTTATGGCTTGATTTTTGAAAACTGACTAAAATTAACAATAAGCAGAACatgcagcaataaaaaaaa
>TU20498
AGGGagacaaatcaatattttagtggtatctttttttctttagtgagaagcaaacttttttttctgtcctaCAGAAACTTATAGttggtattttttcttcatgtatttgtttaatactCAGGATTTATAGTCCACTCTCCAAGATGTATTCCCCGCAGGTTTTCTATGAGGTTGCTTCTGGTTGGATTCACACTGTGTCCAGACCTTTTAAAGTTAGCAGTCTGTTTAGCAATTGAGATTTGTTCGGACACCGCTGTCCAGATGTACTTGATGTTCACTACGAGATCTGTATCCCCCCAGCCTTAGAACATGGGCACGGTCTCCCATCTTCATTGGAGACTTAAGCTCAGTTCAAACCCCTTTATCATATGCAAGAATGGTTTCACAATCAGAAAGTTAAGTACccaacacttttttaaataataaatctcCCAGCTGTGTTTGGGTTACACAGTTAGCTGCCTCCAGAAGCCGATCATAACAGTTTAAACAGATGATCTTGTTTTTACAGGTTTGTCACTTACGTGGTTATTAATTCATCCACTTGTTCAGGGGTGCCAATTTATTCATACAGAGCCTTTGTAATACTTTTACGTATCCGGTAGCTACCCTCAAAAGTTCAGAATTTAAACTATACCAAATCTAATcctgcaccacacacacatacaaaaacaaactgtaggGTGAatgtgctttcaaaatgtataccCCACTTATTTTGCACCCCCTTCACTTTTCTTGTATAAAAGAAATGTCAGAAAGGAAATTGTAGCATGGCTTCTGATTTGGCTAATATGAGACCCTGTGTGAGGGATTCAGttcaaacacaaagacagactgATTTGGGGCTAATCAGTCAGTCCTGTGAAGTCAAGCAAAGCAGTTCATGAGTGTCAGTTTTCATGCAGAGTCTCTCACAAATCCTACCAACTCTGTTTATCATTCATTAGCTGCGGATTTGAATCTCTCCTCCAGTGGATAAGCTTGGTTGGATAACATGAAATCATTCAAACGATAGGcatccatttttcttttccaaagcAAGAAGGctaaaaatgcttttctgtctAGAGATTTCGATTTTAACTTTGTGTCACTTGCACACCAGGTgcacctttgtttttgttttttgtcagcgTTGGGAGTTTTGAGACCTTGTTCGTTTTGTTGAACATGCAGATTGATTTGTGTCTGAGAAACTCGCCTGCAAAGGTTCTGAATAGTTCCATGATCAATTGGAAAAAGCAGACCTGAAATAAGGCAAAAATGTACTCTGTCAGTTACTCACAAGAAAACGTAACCGAATGAAAGGATGACTCAATTGTTTGTGAGGGTAAGAAATGGGGAGTTCAGATAATACATCACAAGAATAGAGAGAACGTAAATATCGTCTCGTTACATTTTTTGGCTTGCTTAAGTTAACGTAAAACAGTATTTTCCTTGACGACAATAGGTgactaaaaatgaaaatggagtATCCCGAGGGAACCTACTTTTAAGCCAAACCACAAGACCAAGGCTCTTGAATTGTTCTGTTGATTATAGCTTTCTAGTTGACTCTATGTggtttgacatttattttccaatattaATTTAGAGCAGGGGGGGAAATCGGAATTgagcaatgtatttatttttatacaccaCTGAAGTTGCCCTGTGGCTTGAGTTCTGTGGGAATATACAATATTGATAATCTCTTGTTTATAAAAACCCTTTGGTGTGTTAAATGTagagaagtatttttttttatatatatataggttttaaaatgaattatttgtGAGGGGGGTAAATAATGTTTGCACAAATGagaatattgaaatgtaattttgttttggttgattttTGAACCGATTTTTGAAATGTTCAGAGTGGGGAGTGATATGGAGAATGTATTTGTAGTTCATTCTGTTCAAATATGTGCTAataagctaaaataaatatcgCTGCAAGCAGAAAAGATTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00016898 True 6623 mRNA 0.42 7 33630012 33650080
TU20498 False 1968 lncRNA 0.37 1 33646488 33648455

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00016902 NA coding upstream 1723 33625976 ~ 33628289 (+)
AMCG00016896 NA coding upstream 5477 33619292 ~ 33624535 (+)
AMCG00016899 NA coding upstream 12528 33597162 ~ 33617484 (+)
AMCG00016903 NA coding upstream 32900 33580309 ~ 33597112 (+)
AMCG00016900 strada coding upstream 49907 33569412 ~ 33580105 (+)
AMCG00016897 s35b1,slc35b1,LOC106601597,LOC107590797 coding downstream 2837 33652917 ~ 33662307 (+)
AMCG00016906 spop,LOC107754841 coding downstream 111338 33761418 ~ 33773533 (+)
AMCG00016905 spop coding downstream 141207 33791287 ~ 33801810 (+)
AMCG00016910 NA coding downstream 519408 34169488 ~ 34191749 (+)
AMCG00016913 ptrf,LOC103029568,LOC105905374,LOC105028466,LOC107742253,LOC107664665,LOC103381660 coding downstream 618918 34268998 ~ 34271418 (+)
G16395 NA non-coding upstream 301670 33325094 ~ 33328342 (+)
G16351 NA non-coding upstream 449573 33180239 ~ 33180439 (+)
G16350 NA non-coding upstream 450072 33179705 ~ 33179940 (+)
G16323 NA non-coding upstream 647682 32981779 ~ 32982330 (+)
G16290 NA non-coding upstream 770996 32857551 ~ 32859016 (+)
G16512 NA non-coding downstream 1001 33651081 ~ 33651289 (+)
G16542 NA non-coding downstream 343102 33993182 ~ 33995382 (+)
G16552 NA non-coding downstream 454376 34104456 ~ 34105687 (+)
G16646 NA non-coding downstream 947742 34597822 ~ 34599917 (+)
G16668 NA non-coding downstream 1086257 34736337 ~ 34736549 (+)
AMCG00016880 dcaf7,LOC100702343,LOC105030232,LOC105898766 other upstream 296266 33320144 ~ 33333746 (+)
G16289 NA other upstream 772572 32856361 ~ 32857440 (+)
AMCG00016854 NA other upstream 1126640 32499056 ~ 32503372 (+)
AMCG00016841 NA other upstream 1369385 32251808 ~ 32260627 (+)
AMCG00016830 NA other upstream 1878899 31728556 ~ 31751113 (+)
AMCG00016901 NA other downstream 18513 33668593 ~ 33674361 (+)
G16546 NA other downstream 397291 34047371 ~ 34047720 (+)
AMCG00016909 mien1,LOC107566883,LOC107755209 other downstream 443196 34093276 ~ 34099596 (+)
G16550 NA other downstream 450235 34100315 ~ 34100863 (+)
AMCG00016934 acly,aclya,LOC103369716,LOC108273769 other downstream 1508517 35158597 ~ 35204232 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location