AMCG00017034 (klhdc8b,LOC106572099,LOC106566462)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00017034
gene name klhdc8b,LOC106572099,LOC106566462
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 42649854 ~ 42664428 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00017034
AGCTGTCCTTTTAGCCCAGGGATGTTGCACAATGTGAGGTGGATTTGAACATGGACTTCCGCTTATACTGCCTGTTATTCACGGTGGTCCATTACAATGGCTGTGTTGTGTGCCCTTGCAGGGATCTGGAACAAGCCCACACGCACATCTCGGATGAAGGAGAAGCGAGCTGACTTCGTGTCTGGCTATCTGGGTGGAAGAGTCATTGCAGCAGGAGGTCTAGggAACCAGCCATCACCCTTGTCCTCAGTGGAGAGCTACAACCCTGTAAAGAAGCGCTGGGAGTACTTGGCCCCTCTCCCCAGCCCGCGCTGCTCCTGTGCCGGCCTGCAGACCTCACATATGCTCTTCCTCATCGGAGGGGTGTCCCAGGGCCCCAGCAATGCCGTGGAGGCCCTCTGTGTGCGAGAGAGCGTCTGAATGTGAAACAACGAGACAGCAGCTCAGTTTCACTTGAAGAATAACCAGTCAACCGTCCCACTTCCAccccacacaacacaacaggcACACGACCACCTTACCTGACTCGTTCTTCTCTACCAAAGACTTACTACaagtcaaaaacaaaagaagagatTAACATACAGTGTctacctttgttttgtttggaacaTTCACAAGAAATTTGGAATCTGCTGGAATCAAGGTCTGATCAAGGAACTTGAAAgagtaaagaaacaaaacaaggattTTTAGAGTTGTTAAAATCACAACAGGGTATTCTTACAAAAGGAATCTTGGGCCATATTTACAAAGAAttgtaaattgcagtttttgtttgcttgttggAAAACCAACAACATTATGGAACTAAGCAGAAACACCACTGTCTATATTATTggataaattatacattaaaatcctTCACTAATTGAGCATTTTGGAAAAGAGGAACAGTTCTATAATGGTGATAGTTGTGGGCAAAAGCAAATAAGTCCTTATATTCGAACAATAGGCATTTTTAGATACCGGTAGCTTAAAACATTTGATAGGGGGACTCAGAAGTGCTATCTATTTCTATGATGCTTCAAAAAGTGACCTCAGAAACTACTTTCTGTAAAGCAAAACTCTATTACATTTTAACTAATTTACACTGAAAACTCAGTTCTTTCTTAGAACTCTAAACCAGGTTTAATCTGTGGTTTAGTAGTGACCACTTTAAAGCTTTTTCTGCCTACCACATTTTTCATACTTTAACCAATGGGTTAAATCTGACTAACAACTTTTCTTCCATCATCAAGGAAGAGCAGGTTTAAAACATCTGGACTGGATTAAGCAAGCTATTGAGAAAACAAGGTTACTTTAGGCCATTTAGGCCATAGAACACAGTCAATTTTTCAGGACCTATTTCTAGAATGAGAAATATAATGGTCATATTTCCTCCAATAAGTACGTCCCATCCCCCAGCTTCTTGGGACGGCATGATGGCTTGAGTCTGAAGGAGTTGTGAAACAAATTATGGATCTTCAGACAAAGAACCTTATTGACGATGCTTGGTTTAACAAGCCGTCACTCAATCTGATGGGCTGTCATGAAAATCAATGTCCCATTTGACAGGCTCCCTCACCATTCTGCAGATCTGGGATGAAACACTCAAAGTAAAGTGGGGAAAAGCCCCTCAAGTAAAGTGCACTGCTATTGCCATGTAAGCAGGATGGTTGAAGAAACCAGACATTTTTGTTGTGGGAAACAGAGAAACAACTGTAGTCTTCTTGGCGGTTTCAATGGCCATGTAAGACAGTACTGTTATATCCCTGAAAGGGATTTCCCTTTGTTTCCCCATCAGTAGCTGTGCTCTGTAATACTTGGATTAGCTGCGGCTGACATAACAATTGAACTGAGTCTAGCCCTTGGACTGCAACCACAGGAGCATTGCAAATATTTCACTGGACAGCAGTGGAGGGTCTGATCTGAGCTCCTGAAGGACTCCATGATgaatagcaacaacaaaacagattaAAGGATCAACAGCAAGACTCCTATTTACAGTGAAACTGCAGGGTTGCCCAAGATAGTGACCTGGTTCTGTTTTGATTATGGCTATTCTGAGCTTCTGAACAAGGGAAAAATTGCTTCTCATGTGTGTATAGTGTAGAAAACTTTTTTCTCCATCCAAAGCCCCAATTATCTAGGTGTCTGGAGGATCATGAATACATTCTCTTCTTTACCTAAGACACATTCTAAAGTAGTCATTCAGTCTTATTGGAGGCaactttaaagataattttgaaAACTAGCTGACAAATGCAGCCAGAACAAAAATTTGGTTTTGAATTAGTTTTGCATGAATGAGTTTCCAGTTATTTTAGCAATGTCAACTgagagtgatttatttttactggtTAGGAAATTAATCTCTTCAATTGCCGTATTTGTTGAATCTGCCATTTGTGTCAGAAAACTCTCAGACCTGACACAGGTTTCTTTTCTCTATTctatttatgattattaaaacatattttgtaagagATAATAAACAGCAAATTACctttttcatatgttttttaaCCTAGTCACCTTCAGtgcttttaagtttttaatgGATGTGGCTTAGCTGCCCTTGATCTTCTGCATTTCTATACCAGCACCAAGTTAATTAACTAGTTTTTCATAAATTATTCTTCTACTGGAGAGCTAAATTACACCCAATTCACAGCGTTCTCCCCCTCACTAAAATCTGAATAACTGAATAATTGTTTCATGCAATGCTGACAAAGTAACTCTGTGATTTCTCAGTGACTAATTATCATTCAGAGATTGTAGTTTGTATTGTTCCCAGCCCAGGAAAAAGTTAAGAGCTCCAGGTCCTAGTAATTAaagtatgtactgtatgttgtGCTAATGCAGTTGGAATTAATTGTGGTACATATCACCCACAATGCTAAGACAGTTGCACAAACAGACATACACCAGGATTAGTGATGTTGCTCAGCTGTCCCATTGATGTAAACTACTGCCTTTCTTTGGCTACACACGACTTGATTTACAGATATAAAAACAGCCTCCAGTTTTTCAGTGATTTTTGTTCTATATATCTGTCAGTACACCAGCTGTTACATACAACTGAAAGGCCTATAACTGCTATAACCACTCTCTATCCCAGCTGGAAAATTCAGGAAATACAcatcagactgttttgtttttttaggccAGCACAAACGATGTAACAAAATGGTATGTGCTTGATAAGGCTAAAGATTTAATTACTCCTTTGATAGTgactaatgtttttattgttgtttttcttcatggCCTTGTGGTACAGTATACTTTATTCTTTTAGAATTCCAGCAAATGCTAATGTTGACTTCTGTGATGTTTCCATCGATCCTATTATGAGCTTTATGAAAGTCCTGTGAATAGGGAATTTACCCAGTGAATTAGCAAAATGATTCCTCCTCAgctggttatctgaaatgatCTTGCAGATTTCAAATTATAACTAGTGCTTCACCAAAATGTTACCTGCTTCCATTTGTAAATGGAGGAACAGTGTTATTTAACGCATTCTTACCAGCAATTGCTTGTTCTGTTATGAAACGTTGACAGTGGTTTTTCAGATACTGTTGCTCAAAGCTGGAGACATCTGAGTGGGACCTGGGTGGTCAGTGTATCAGTATCCTTTCCTTTCAGAAACCTACAGAGTTATGCCTGATTTGTTCAAAACATTTGCATGGGAAACacaaaatggaaacaatttCTCCtgacaaattaatgttttatagtttGCTTAATTTAAATCCCTGAATATCTGATAAtaagtggggtgggggggtaggtTGTTAAGTAGTGAGATTCATatgaaaagcaacacaaatgtgCAGGGATTGCCAGACTTTATATCCCCTTGATTTAACTGAACATTATTGCTATTAGGGGACcttcatgaaataaatatgtgatCTCCAAAGGAAGGCTTTACATTAGTAAAGCCAGGTAAAGCAGTCTTAAATAGCTGCCTGATATATTCTACACAACGCTGTAATCTTTCCCAGAGGTGATGGCCCATTTTGGGTGGGGGCAGTTTCAATTTTCTGTAGTGTCCTTTCACCTTCCAAGTATAAAATTACGTACTAGTCAAATCTAGTAAGTCaacattactttaaaacaatCTTGATTCTATGACcaagaaatcaaaactttgacctagcAGTGaattgcaaactacaaacctgtaccctatcatgtttttatttatgagtAGTAGAAACTGGTCTCTGACAATATATGTAACTGCAAAAGTCTATAATTTAGCAATTTAGTCCCTGGCAGGTACATTTTCAGTTCCTCTTGGCCTACATAGCAGCAAAACAGAGCTTGACACAAAGGTATGTgattgaatatttttttgtttctggtgtGAATTATAATCAtagtacaaaatgtatattttatctgTTTCTTTAGTAATATGTAGGTACCATGCAAAAAATGTGaccactgtatacacacacacacattttatgatATAAGATGGCTTATATCAACTCTGTTCTGTGCAGATGTGAGGAGAgagaattgatttatttttctcgtcttcagtgctgtgtgtcagtaATAAGTAAATTGGTGAGAACATTCCTGCTGAGACAATGTGAAAATGGAGGTCTAAAAATGCAGTGTTCCTATTATGAAATTGACCACTGTGTTCTGATGACTATTAATGTTTCTCTGTTCAAGGCAAATCTTGTTTATTACTTTGCGAGGTAGCATAGGAAAGCTGAAACAGAATTGCATAGTTCTATTTTTTTacatagtaatttattttgtctgtagcTTGTGTTGCAAATGCAAGTAAAATGCATCAAGGGTGATAAGAAAAAAGCATTCAGTGCTTCTATTAATGATTGAGCAGCCACTGTACACTCATTTAGTAGAGCCGGCACAGGAAGAACACATAGGACAAATGGCTATTTTGTGACTTCTCAGTGAGGTCTCTTCAGTATGATAACAGTGTCTCTAGTGAGTATTATAAAAACCAGTGTCGTACAAGTAGTGAT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Function

symbol description
klhdc8b Human ortholog(s) of this gene implicated in Hodgkin's lymphoma. Orthologous to human KLHDC8B (kelch domain containing 8B).

NR:

description
PREDICTED: kelch domain-containing protein 8B-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00017034 True 7070 mRNA 0.39 2 42649854 42664428

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00017035 klhdc8b,LOC106572099 coding upstream 19183 42623989 ~ 42630671 (+)
AMCG00017037 LOC106572099,LOC106566462 coding upstream 55760 42582352 ~ 42594094 (+)
AMCG00017023 NA coding upstream 88198 42553219 ~ 42561656 (+)
AMCG00017028 usp19 coding upstream 98089 42515426 ~ 42551765 (+)
AMCG00017029 LOC106566459,LOC106572101 coding upstream 140226 42477751 ~ 42509628 (+)
AMCG00017038 NA coding downstream 51521 42715949 ~ 42719266 (+)
AMCG00017039 NA coding downstream 58049 42722477 ~ 42725222 (+)
AMCG00017043 NA coding downstream 94385 42758813 ~ 42793348 (+)
AMCG00017044 NA coding downstream 131770 42796198 ~ 42809702 (+)
AMCG00017046 ift122 coding downstream 156364 42820792 ~ 42844311 (+)
G17580 NA non-coding upstream 671188 41976395 ~ 41978666 (+)
G17518 NA non-coding upstream 907081 41742350 ~ 41742773 (+)
G17514 NA non-coding upstream 932865 41713810 ~ 41716989 (+)
G17498 NA non-coding upstream 959655 41688010 ~ 41690199 (+)
G17491 NA non-coding upstream 976501 41671378 ~ 41673353 (+)
G17882 NA non-coding downstream 388658 43053086 ~ 43112636 (+)
G17909 NA non-coding downstream 571392 43235820 ~ 43236036 (+)
G17969 NA non-coding downstream 729865 43394293 ~ 43394499 (+)
G17988 NA non-coding downstream 805642 43470070 ~ 43470846 (+)
G17987 LOC107575789 non-coding downstream 835742 43500170 ~ 43500476 (+)
G17697 NA other upstream 252067 42391297 ~ 42397787 (+)
AMCG00016979 NA other upstream 3395364 39239073 ~ 39254490 (+)
G17193 NA other upstream 4146222 38496051 ~ 38503632 (+)
AMCG00016934 acly,aclya,LOC103369716,LOC108273769 other upstream 7445622 35158597 ~ 35204232 (+)
G16550 NA other upstream 8548991 34100315 ~ 34100863 (+)
AMCG00017078 LOC106565757 other downstream 1461786 44126214 ~ 44137931 (+)
G18192 NA other downstream 1990224 44654652 ~ 44656098 (+)
AMCG00017099 cav3,LOC107673475,LOC107749619,LOC107584510,LOC107577493 other downstream 2284606 44949034 ~ 44961601 (+)
AMCG00017167 NA other downstream 6707594 49372022 ~ 49382218 (+)
AMCG00017173 NA other downstream 6738103 49402531 ~ 49403845 (+)

Expression


Co-expression Network