AMCG00017125


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00017125
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 46918360 ~ 46930810 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00017125
AGGTGCAAACACACCTTGAAAACCCCACCAAGTACCACATTCAGCAGGCACAGAGACAGCAGGTCAAACAGTATCTCTCCACCACACTTGGAAACAAACTTGCCAACCAGGGGATCAGCTTGCCTTGTCCCAATCAGACAGCTGAACATGTAATGCCTCCTGGACCCGGCAACAGCGCTCCCAACAGCCCTATGGCCATGCTTACCTTAAACTCCAACTGTGAAAAAGAGCTCCCTGTCTCTGCTAATCTTCTCGACATGTACAATCAAGGGTTGCCACCACCAGGGCTCAATATTAGCAACTCCTGTCCTGCAAACCTACCCAATATTAAAAGGGAATTCACAGAGGCTGAAGCTAGAGCACTAGCAaaggaaagacagaaaaaggaCAATCACAATTTAAttgaaaGAAGACGGAGGTTTAACATTAATGATCGAATCAAAGAGCTGGGGACTCTGATTCCAAAATCAAATGATCCagaCATGCGTTGGAACAAAGGCACCATTTTGAAAGCCTCAGTGGACTACATCAGGAAACTCCAGAGAGAACAACAACGTGCCAAGGAGCTGGAGAACCGACAGAAGAAACTGGAGCATGCCAACAGACATCTGATGTTGAGGATACAGGAGCTTGAAATGCAGGCTCGCGCACACGGACTGTCGGTTGTTGCCTCATCAGCTCTCTGCGCATCAGAGCTGACAGGGAGGGCCATTAAACAAGAGCCAGTGTTAGGAGACTGCAATCAGGAAGTCTACCAGCACCACACCATCTCTGACCTTTCACGCACAACGACCCTGGACCTCACAGATGGAACGATCACCTTCACTGACGGTCTCTCCAATGTCAGCGAGACTACAGCCTACAGCGTCGCGTCAAAAGTCAGTTCCAAACTTGAAGACATCTTGATGGACGACACTCTTTCCCCAGTGGGAGTGACCGACCCGTTGCTTTCGTCAGTGTCGCCCGGAGCTTCAAAAAGCAGCAGCCGAAGAAGCAGCATAAGCATGGAAGAAAATGACCATGGGTGTtaacagatattttattcattacacTCTGCATATCTTGTGTTAAAACTCTACTAACTCCGTACTGGTGTCAGGTTGTACCATTTCTCCAAAGCATCTTTACCCGCTATTGTGAAGTAAAGCCCATCATCTGAACAAAAATCCCAAACAACGCCCAACCTCCAAAAACTAAACAGGCTCACGCATTTGACGTATGAGTTACGAATTGAGTGCAAAAACACGAAGATAAAGAACTAAGGAAATGTTTCTGTTATAATGTGCACATatgtacaaattatatataaaaaaaaacatttgtttacacTTAATCCCCAATCTGTTTTCTTGATGTTCTAAGAATTATGGTTTGAAAGTATAAAATAGCAAACTGGCAAAACATGGTGAGTATCTGTATAGAAGCTATTTTAAGCAAATCAGAAAATCTTAAATTGTAGatcaagattaattaattaaaagcttaAATATAAGCGAAATGCATATTGTGTGcattatatttttgctaacattgtgcacattaaattaacaaaagaaCATTGTTTGCttctaaaacaatataattgtgTTGATTTGGTATATTATCAACATCTGCCAGCAACTCTAATAAAGTCTATGAAATTCAGTACACACTGGGGGGGTAGAGAGAATTAAGGTagttgaaatgcatttgatatatGTAGAGAGGAGATCAGTGGAGCTTGAAGGCCAGTTTGTTTTGAAGCTGTATGAAGTTATGATGAAGGTCTGAAGAACACAGATGATGTAATTGTGATTCATAGAGGAGACATCCTCCATCACACAGTCAAACTGAATCATAGCAAACTCCTGCTGTCTGAGTGGACCATTCAAGACTCAGAGATATTCGGGACATAATTCACTCTCTCAATGGTCAACTCTAGTGGATTGTTCACCACAGCCAGCTGAATTTCACAGTTACTATTCTGGGTACCAATCCAGGATGAGACTCCAACTTGTTTTGGGGACAGACAATCACTCTTGTCCTGTTGGTCTTCCCCTGCAGATGAACACCATGAACTAGGTCCCTTACCAATTGGAGCATAGAGTCTCAGGGGTGGTCATTAGAATGGAGATACAGAGgtcttgcatttcttctgtCTTGTACCAGCCATCAGAATAGGCTTTTTTTGCCATATTTTAATAAGTGGGATGAAGGCCCTCATctgtttgctgttgctgtttgtgcTTGCCCAGGCACTGAACAGTGGGATCTTGGGAAGCTAGGTGAAAAGCACACACTGGAGCCCTGGTGCTCTTCCACCACATTGTCACTGTCCTCCTCAACCCTGTAAACCCTTTTTCCTTACCCTGGTTCTCTCTGCCCCTCCATGCCTACCTTTTCTGTCCTTTTATCTTGTTCTCCCCATCCTACTTTAGtattttctctccttctttcctCTTCGAATCCATCTTTGCTTCCATCTTTGCATCCCTTTCCATCTTCTTAATTTTTCTTACAGGGCTTTGGTACAAAGAGGTCTGCATGGTAATATCCTGCAGTAGAGTGTCAGGCTGGGGTTTCAGGTgtgaggcagacagagagatgcaGCTGTCCACTATGTCCTCTGATCTGTGCCTCTTTTTTATAGTGGTCGAGCTTCCAAGTGACGCTTAATGACCATCTCGGCCTAGACCTTCCTGAAGTTCAGTTTTCTCACcaacaaataatgtttttcttccttgtCAGAgccatacatatacataaacactaGATGGAGCATACTCCCTTTGGATTTCCTAATGCATAGCTGTCACTCTATTTTGGGTATAAGAATGTCACTTCTCTGTTATTTATCTCCTTATTTTAACATGGTCCTCATGCACTAAATAgcagtaaatgtgttttgtacacAGTAGACTGCTTACTGCATGCTTTATGCACATGCTGAATTCACTAACCAGTGGCACATGCCCTTGCACACTGAATAAATCACGTGGAAAGAGCTATTACGTACGTATCATTTAACAGCTTAAACAAAAGCCATTTCTATGTGATTTTAATCATATaagaataaattatatttttactaaaAGTAAATCCTGTGGAAGTCAGAAATCAACTCAAAGAAGTATTCTGTTTTAAGCGATGAGTCTAGGAAAACTGTTGAactagttgtttttgttttttacagttttcCATAAATAGtttcaatataatacatttttttcaaagcaaGTATAGAATTTTTAATCCGCATTTCATATCTATTGCTGCATTTCTATTGTCATGGTTCATTTAGGTTTATCTGCATACTGTAGTTCAATTCTCAATTCAACATCTTAATattataacaatacattattgtaattCAGTGACAAAGGTGGAATACATGTTTGCAATTCTGAGACAAATTTGAAAATTTAAATACTCATTCTGGATAGCAGccttatatttttaaaattaaattagtttttatacATACAAGTATAATAAGAGTAGATAAGAGCAGAAAACAACATGAGAGTTTTAGACATCAAATGTGTACGATTAGTTACACTAGGTTATGTATTCTTGACCTTTTAAACATAACacagtaataatataataataaaggataGTTTTATTTAGCTTCAGAATTTTTTTCCCTAAATCAGTGTTTTCAAAACGTATTtactaataatttaaatgtaagggaaggatatgtaaaataataattcctttCAGTtagcttattgtattttgtgaattGTTATGGAAgacattcatattcatattaaccTTTTTCTTCATGTCGAAATAGAATGGTCATTTATAGAACATTCATATCCATATTTCCTAAGTGATAATATTAGTGCATATGTGTGTACCCATGATTTGTATGATAATTCaatattatcttttttaattaaagatcaGACAACAGCAGCTTGTacattaataattgttaatGTTAACTTTGTGTCTTTTATGTAGTATTGATCAATGTCTAGAGATCTAAAAAGCAAGTATTCCTCAACACTTTTTCTCCATCTGCAGTCCTATCAGCATTGCATCTCATTCCTACCTAGTACAGCTTCCGAGCCTTTGTATTGCTTCAGGGAGAACTCATTTGGCTGGTTCTATTTAGTGTTAAAGTATGTCTATGGCTTGATTCCCCTATTTCCCAACTCCTGTATTTTTGCTGTTGCAGATTATTTCAAGGAATTTGTTATTTAATCTTTACCATTACAATGATTCAGTAATCACTGagaaactgtatatttaaaactttctttgctccaaaaagaaaagaaaaaaggtatgTGGgcttatattttaatgtacttttcctaatatttaaattattttgttttgtttgcacaaTCATCTGATTTGCATGCCCTTCCTGAGTTTTTGACAGTTATATTCAGGATATTTTTGAATTGTAAGAATGTTTATATTGAACATGATACGGAATATAGTGAGACTGTTGtggtttttgtgcttttttttaaatgtaagataTTTCCTTTGTTAATGAACACTGGAAGGAGGTCTAAATTCAAGGATGGACATTTTGGTATGATAACCAATGTTTTGTATATTCTAACAATGTTATTTAGAATTTATAAAGatacattgtattgtatgaCTGATTGTAGTTAAATATATAACTCACATATGgctttattgttatatttctaCTGTTAAACATGTACAACTGTAGCAGAGTACTTATAAGTACTTAAAAGTATGCCTTTATGACAGTAACTGTTTAAGATATTAGATATTGATTAGCTCTGCATTGCAACATGTGAAAATAAGGTAACTGTTTCTTCAAATAACTGATACTTAATATTAGTGTTTTTACCATACAACATTGTTGTATCAGTCGTTTCAATGCATTATCTACTTCAGTGTAGAACTATgcaattataattgtatttcaatatattgtgCCTAAGTGTTTTACGAAGATATGGTGTTAAGAATAAGGttgaagttttattttacttttcaaaaagtgtactaatattgta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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K09455 MITF; microphthalmia-associated transcription factor

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00017125 True 6006 mRNA 0.37 6 46918360 46930810

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00017126 LOC106907125,LOC106941653,LOC107666963 coding downstream 2282 46906493 ~ 46916078 (-)
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AMCG00017115 NA coding downstream 515059 46386418 ~ 46403301 (-)
AMCG00017116 p4r2a,LOC107551500,LOC108276138,LOC102785172 coding downstream 535492 46372466 ~ 46382868 (-)
AMCG00017111 NA coding downstream 1018514 45867027 ~ 45899846 (-)
AMCG00017132 NA coding upstream 116463 47047273 ~ 47051406 (-)
AMCG00017137 NA coding upstream 591972 47522782 ~ 47541031 (-)
AMCG00017136 kbtbd8,LOC107600285,LOC107753780,LOC107557775,LOC107729395,LOC107699793 coding upstream 611283 47542093 ~ 47550598 (-)
AMCG00017139 slc25a26 coding upstream 738951 47669761 ~ 47722260 (-)
AMCG00017141 LOC105912243 coding upstream 1034717 47965527 ~ 47966591 (-)
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G18419 NA non-coding downstream 354787 46563094 ~ 46563573 (-)
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G18366 NA non-coding downstream 811767 46102262 ~ 46106593 (-)
G18364 NA non-coding downstream 816172 46101960 ~ 46102188 (-)
G18519 fam19a1,LOC101163164,LOC100708151,LOC106903422,LOC107729407,LOC101482978 non-coding upstream 243836 47174646 ~ 47308372 (-)
G18529 NA non-coding upstream 457088 47387898 ~ 47388821 (-)
G18533 suclg2,LOC106583035 non-coding upstream 495437 47426247 ~ 47428085 (-)
G18559 NA non-coding upstream 696453 47627263 ~ 47627521 (-)
G18651 NA non-coding upstream 1123398 48054208 ~ 48054622 (-)
AMCG00017105 srgap3 other downstream 1757223 45118290 ~ 45161137 (-)
AMCG00017091 brk1,BRK1,LOC106565571 other downstream 2261455 44653455 ~ 44656905 (-)
AMCG00017067 sumf1 other downstream 3258758 43633770 ~ 43659602 (-)
AMCG00017060 NA other downstream 3609734 43305697 ~ 43308626 (-)
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AMCG00017158 NA other upstream 1558317 48489127 ~ 48494407 (-)
AMCG00017178 NA other upstream 2556387 49487197 ~ 49494144 (-)
AMCG00017232 NA other upstream 4253421 51184231 ~ 51212373 (-)
AMCG00017234 LOC100690894,LOC102799047,LOC102206238 other upstream 4499877 51430687 ~ 51435239 (-)
G19335 NA other upstream 4514777 51445587 ~ 51449786 (-)

Expression


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