G12594


Basic Information

Item Value
gene id G12594
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 14431612 ~ 14436531 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU15547
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>TU15548
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>TU15549
TTaagtcacacacaaaaaggGAAGGCTTTCTCCTTTCCCAATAAAGTTATCTCTTTTGGAATTGGTTTTCGAGAAACTACAAAAATACCCTTAGATTGGCATAGTAATTCTGAGAGAAGGGAGATATTGatgtttctgtcacttctgCCTTTTGCCGTCTcagaattaatatttttctaatcACATTTCAATTTGTGGCTGAAACTTCCTTCTTGTTTTATATCAAAGAGATCTCCTGAAAATActttagcacacacacactctcacacagaaatgtatagcCTAAATCCTTTTACCCTACCCTAAATTACCCTAAAATAATTTTACTTGAATAACTTTGTACTATGTAGTCATATTAGGGGAGTCTGCTATACTTACTGAACACCCCATGCTTGGTGAGAAACAGTCTGGTTTTGATTTCAAGATTTTCTGACCAGTCCCGAATGGTTTATCTTAGGTTTCACATTGGCTTATCTTTTCAGATTTGAAACTATGCCCTGTGGAAGGTTTTAGACCAGTTTCAAGTCAATTCATCATCAATAACTAAACTTTTATGATTTCTCTTCTCTATCAACACATAAAATCTGCTGACATGAATGAAGACAAGGATAGGATgtttggaaagaaagaaaaaaagaatgaaagaaagaccTGGAACTTGTCCAAAACCTTTTCATGGGCCTAACTTATAAATCTGAAAAGACGAAGTCAATAAGAAATGAATGTGGAACCAGTGACAAATAAAGCTGGGACTGTGCCTCTTGCTTGACACACAACCAGCTACGTTTCTCAGTTGTCATCATTGGCTTTTCAAGTCCTGTACAGATGTTAGTGTGCCACACAATTCAACACACTTTTTGGGGGATAGTGGGCAGAATACAGGTTATTCTGTTAAAGCTAGACACTCCAAAGCTCAGCCACCATACCATCTCAAGCTAGTCTCCACAATGGCAGCATACATTGCTGTCATCTTGTTTGCAGTTTAGACTGAGACTCCGCGCAACACAGAAATCATGCTTACgaaatatcagttttaaatacttgaaagataaaatgcatttgatatcaATACTTGACCTTACAGCAGTCTTTGTAGCATCTAAATAGCTAATCCAAATGTGTGCTACTAGTTTCCTATGATAGCTAGTTTAataacacagacactgcactaATTTCTAGCTAGAAAAGgcttagttttctatttttatttaatagggTTCGTATTAAGcaatttttccttttctttttcttttttatttctgataaCCCTTGATGAAGGACCAGTCCAGTCCTTGTAGGTTATGAAATTTACTgtcagcataaaaaaaaagtttgtttttgaagaaaatcataattgcttcattttttgttttgtttgtttgtttgtttgttttctatttaaatggATCACCCAGGCATTCATTCCCTTTTCAAGTAACCTGTTACAACTATAATCCCAGTGTATGTTGTGTAAAGAATTCTGCCATTCCTCGTATACAGGTGGTGCATATATTTTGGGTGCATGTATCATGAGTGAGAATTCAGATTTCAGCAAAATGTTTCTCAATTATCCAGCCTGCTGTCATTCTTCTCTAAGGGGAGGATAGTCGCTAGCTGGTGACAACAGACACAATACAGCCTTCGTATGAAGTGTGACCTATTAAGAAGAAAGCATTGCCGTATCTGAAATTGCTTGAGGAACTTAATCCCTTGTTCTCTTTCACCATTACAGGACCACCAATACCACCAGCTTCTGCAGAAAATGGAATGTAGCCCAAACCcaatcattaaaaagaaaagtcttgtcaatatacatttgcacattaccatttgctttttaactttaaaaaacaaaacaaaaacaagattcGATGCAGTTACTTTCAGACGTGGTATCTCCCCAAACCTTAATTGTCCGAATTCTTCAGGAGTTCTGTAAAAGGGTGCGTCTCCATATATTTGTGTATGGCGTTAGTCTGACAATTTTTCAGACTGCATCTCACATCCAATTAATTAcgattccttaaaaaaaaaacacactaacaaaccaaaaacatcaaCCGAGATGCACAGAGAACCGCACCAGTTCGGTCTGTCCGACCCTGCGGAAGAATGACACCTAGTTTGCTGGAGCTGAAGTAGTGAAACATTTGTTAGTCTGTCCTTCTCACTGGTGCAATGCtaattttcttgtttcttgaaACAAGGAAATCTAtgtcatcctttttttttagGATCATACGTTCAGTTAATCTTTTACTTTCATTCCTTTTGTAAGattttctgtaaatgtgtttgtgagactttttgttttcatttgacacagttgtgtgtgtgcattaggAAATTGTCGtatctgcttttttttatatatgttgtgaTTTCTTTCTTCCCAACCTCGGAACCCTCTCTTGGGGGGCCAGTTTACTGGATTAAGACTGTTGTCAAAAAGCTCatatggagaagaaaaaaagtatcCTTGCTTAATTGTTAAGCAGATGAGCACTGAGAAACCCTGCACGCTTGTAGTACCATAGTTAATGCTTCACTGCTTCCAGGAGGATATATTCTCAAAGCAAATGCATCTCCTTTTTTTGGCCAATGTCTGCTGGGTATTTGCACAGTATTTGCATTTTGGAAAGAGGCCGcacagttttttgtgttttgcccTCTCCCTTTTTAACAGTTCCAAAGATGTCCTTTCTCTCCACAAACTGTAGactttttgcttgttttcttaaTGACAAagattgtttttggtttaatcTTGCATTCCCACTGTCTAACAAAGTCATACTGCATACTCTAACAGTGACATTTTGGTAAGGAATTATTAAGTTAACTTGAGTCAATTGCTTTCACTGATTTCCCTtcataacaaatacacaataacattGAAATGAAAGAGAACAGAATTGGAGCATCGCAGCCtggaaatatgttaaaatgtcattttttgaTAAGTAAAATTAAGTCCTGTAAAAGGGATTCATGGAATAGTCCCATTTTGTAATGTCCCTTTATAGTGAATTTGCAGAAGTCACTAAATTGTTCTTCTGCTAATGGCACTTACCCAGAAACTTCcctctgaaatgaaaaagactAAACAAAGGACCTTTCACATATTTCCTTTAAATAGCATACCagcaaagcacattttattaacaatcagaaaatgttatttcacGTAAATAAGCACAGAGCACCGCAGACTTGTTCGCTGTACATTACAATAAGTTGTTGATAAAACCATGCAGTTTTTTAGCAGACATTTGCCAAAGAAAAGGGGACAGTCTCttggaaaaaacaatacaaaccaaTAAAATGCATAGATTAGCAGTTGCACTGATCCTTTGTAGGGGCATTGATATTTTCAGGTAACAGATGTACTATATCAGCACAACTAATTTCTGACCAATACTTCTGGTGTTATTCTTATGACTTAAATCCTGTAGTGGGAATGGTGTAGAAAAACACTGACACCTTTAAATGCCtcttttaaaaagacaatatttGCACCTTAAATCCTTAACCAAAATATCTTATCACATTCTTCAAAGggttgtttccccccccccaccccatcacTGTTATTTTTGATGTTCACTAGATACTGTCAAACCCTTTGTCCTTCTGTCACCTGTTTGGGGGAAGCATCCATCTATGGAAATGaccttctattttatttttttgtatgtaaatatgaatgaaatTATTTTAGGCAAATTGTGTCAGTTAACCGATTATTTGACTCTTCTGGCatgaaatcagttttaaaaggaaaactaaaacaaatgcttgGTCCACAGATTTGTAATCCCACCCTGAAAAACCATCTTCCATTTTTTCTATATAGAAGATGCCTATATAAATCTAGAGTTCCTATATTAGttaaactattattaataatacccTTTGTGCTAGTACTGTCTCTTGAATGTAATGGATTTTGTacctgtatttttctatttacaaTTCAGTCTAAACTTTCTGATATGTGATGGCTTGTATATGGAGACGTTTTAGGGTGTTTACACAAGTTCATAGTTTGTTACGATGTATGGAGATAAGACGAGACAGATGCTGTACTGATAACTGGGGGATATCCGTGTTGACctgatttatgtaaatgtatctcTGAAATTaggacttttttctttcttaccaTGAAAAACAACTTAGTAGGTACTGCCCTGATTTAGACACCAAAAGGAAACTGGCAGCAAATTTCCTCATCTGAAGGGCAGGGCAAGGGAcatacttttatatattatgtataaaaaCTAAAGTAATTGCCAAACCCCctgtaattatataatttattttcatctgttgtttttttttctttttcatttatccAAATAGTCTTAACACCTGGATATACACCCAGAACGATTGATATATCTTAAATGCTCATTACAGGAATGTATGACAGGTGACTGATTGAGCAATGAAAGTGGTTCTCCAGATCTATGATGTATCTTCTTGAAAGTTTGTACATTGTGTGCGTGATCTAATTTATGGCAAAACGTACTGTATCATGATGTATATGGACCTGATTGTTACAGCCCAGTTGTACATGCAGCCTTGCCTTACTGACACCCTGATTAGAAAGGGACACCTTAGCCGTTTACTCCAGCCCGTTTTAATGAGTTATCTGTCATAACACTGTCTGCTGACGCAATTATTATTCCTTGAACACCTATTAAAATACCCTATA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU15547 True 4920 lncRNA 0.36 1 14431612 14436531
TU15548 False 4814 lncRNA 0.36 1 14431718 14436531
TU15549 False 4720 lncRNA 0.36 1 14431718 14436437

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00016283 tiprl coding downstream 37951 14389509 ~ 14393661 (-)
AMCG00016284 NA coding downstream 42133 14383900 ~ 14389479 (-)
AMCG00016280 sim2,LOC108234774 coding downstream 107437 14306299 ~ 14324175 (-)
AMCG00016277 NA coding downstream 162297 14268166 ~ 14269315 (-)
AMCG00016276 NA coding downstream 163797 14267636 ~ 14267815 (-)
AMCG00016282 NA coding upstream 857 14437388 ~ 14456052 (-)
AMCG00016287 NA coding upstream 141326 14577857 ~ 14591958 (-)
AMCG00016289 zpld1,LOC105030973,LOC103372413 coding upstream 272857 14709388 ~ 14733458 (-)
AMCG00016294 NA coding upstream 413319 14849850 ~ 14851113 (-)
AMCG00016303 NA coding upstream 700877 15137408 ~ 15139859 (-)
G12585 NA non-coding downstream 2795 14427625 ~ 14428817 (-)
G12373 NA non-coding downstream 771953 13657443 ~ 13659659 (-)
G12358 NA non-coding downstream 792022 13638303 ~ 13639590 (-)
G12359 NA non-coding downstream 792462 13627255 ~ 13639150 (-)
G12235 NA non-coding downstream 1331388 13097991 ~ 13100224 (-)
G12595 NA non-coding upstream 27086 14463617 ~ 14463823 (-)
G12702 NA non-coding upstream 756671 15193202 ~ 15193641 (-)
G12707 cntn5 non-coding upstream 980492 15417023 ~ 15417518 (-)
G12743 NA non-coding upstream 1110519 15547050 ~ 15605487 (-)
G12807 NA non-coding upstream 1388380 15824911 ~ 15825237 (-)
AMCG00016281 NA other downstream 4322 14420356 ~ 14427290 (-)
AMCG00016246 prdm15,LOC108413920,LOC102786849 other downstream 872428 13543348 ~ 13559184 (-)
AMCG00016226 NA other downstream 1561052 12849878 ~ 12870560 (-)
AMCG00016211 NA other downstream 2102579 12323161 ~ 12329033 (-)
AMCG00016203 zdhhc20,LOC108438268,LOC106578454,LOC108256609 other downstream 2484290 11832428 ~ 11947322 (-)
AMCG00016293 NA other upstream 348667 14785198 ~ 14791969 (-)
AMCG00016327 NA other upstream 2034080 16470611 ~ 16475170 (-)
G12945 ucp2,ucp2b,LOC106567822 other upstream 2422010 16858541 ~ 16861179 (-)
AMCG00016345 NA other upstream 2429787 16866318 ~ 16870002 (-)
AMCG00016360 aamdc,LOC107658908,LOC107660681,LOC107600345,LOC107600309 other upstream 2827070 17263601 ~ 17266747 (-)

Expression


Co-expression Network