G13174


Basic Information

Item Value
gene id G13174
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 17658757 ~ 17680909 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU16325
GCAtgttttagacattttattttgaacaggacaatgaaaaaaatagacACCCCTTCCTGAAAACTCGATGATCGATTTCTCAAACACAAGCTTCATATATCATTTAATCGACCAGAGGAAATCAACTTCCAGCTATGAATCTATCCCCTATGAACACTGAGatgaaataaatcatttgaaGGGGAGAACATTTCTATAATGTTAAAGGATCATGAAGAGATACAAAATGCCCAGCACAGCTCCCAGTTCTTAAAGCAGACTTATTTCACAACATAGCAGGCATTTTTTTTGTGAGAAcacttcaaatgtattaatgtttttggtttaaataGACCATGGACACGCACATCTACACCTTGAGGCTAGTGATAATTCACACGTAACATGACACACAGAGATCACACACAGGGTGGGGGGCGTCTGGCATACACCTGACAGTGACAGGGCAgctgcattgaaaataaaaggtGAAAACTCAAAACTGAATTTACAGAGATTAGACTAGTCTGCAGTGCTACACTGAACTAAATGgtaatttgttgtattattttgacaGAAGGCCTCATAGGACAGCCACAGAGGTGTAAATCCACATGTAAAGTAAGAGCAAATCCTAAAACAACACTATGAATTGCATTCCCACAAGGTTGCATTCCCGTACATAAATTGCTTTGTGCATTCTATCGTGGCATACTTTAGATGGCACACTttgcattcaaatgtaatttcagaAAAGCTCCACAGATCCCTTTAATAAGCAATTTCATCTTCTCAAATGGTagttttcctgttttctctgTGTACAAAaggtaatgtatatataaagtgacTTTAATTTCTAACCAATTTTCAACAGTTATGCTTTTTTCAGTCGTGatacacaatattaaataatggTTGCTGCTACTTTATTAGAATGACAATGAGTGAATGACACCAGATctcctgaatatatatatatatatacacacacacacacacacacaattattaatttaaatggtatttaAGTTGTATAACGATGAGGACATTTATATTCCAGTAttggtttatttcaatattattattttcaaccaaaaacatcaaacagattacaataaattaaagataacaTGTTCAGTTTATCTCTGTGTGGAAAATAATGTTACAATTAGTATCCAAtggaattttttttaaactgataattgtatacataattttattatataactTGAATCTACATCACATGCACACCTGTTGTGTTCTGAAACAGAACAGTGTGGTTTGCATACATCAtgtgataataaaatatatatatatatataattatgcaaACAAACCTCACAAGTTATATTCATGAAGCAGTCTAATGTGCAGTGTGTCTTAATATTTACTGGATCTTAGTATTAATTTATGAACTTTCCGTTCCTGGTCAGTTATTGAAAAGGGTGTTATTGTGGTTTGTAATTTCATATTGGTGAATTTTACCAAAGCATGAAAGTGAAATACTGCCATGAACATGATGACTCACTGTTCAGTGATAAAACTCATTTCATCAATACTGTTGCCCTTTGTTGCTGCAGAGGAGAGATAattggatatttatttaatctgttcgTCATTTCACACAGCTGGCACAGAAAAGCCACCCTCCAGCAGAAAGCTATTGAAAACTGTCTTTGTGGGCTGCTGTGGAAAGCCATCGGGctggattttaaaaagcttttcctCCAATACAAACCCTCTAATGGTTTATTAAATGTCTCAGGGAAAAAATAGACtatgtagtaaaaaaaaaaaggacaggaACCaagtgcacagagagagagagagagagagagagagagagagacatattgATTATCCtttaattatttggttttaccTTTGGCACAGTAGGATAGTTTGATTTTATGTGCCAAGACAAAGTAAATGTGATGTAATGTGagtaattacaacaaaaaaaagcccACAAAAAACAGTGAGATAAAAGGAGTTGAAAGTATGCACCACCAATAAATGGGCAAATGGCTTCTTTCACTATAATTGAATCAATAAAAATCAAGACCTGAAGGCCACAACATGAAGATTAAAGTTGGATGCGTTCCTTACTAGAAAGTTTGCTATACAGttgaaattgaattaatttagttttgaatgAAGAACCACtattaaacagaaaagaaacaagaataaaCTTGCCCCTTAATTATAAACGTGTTCATCGAAAGGTCAAATGCAccttattgcattttaattattctattaCTAATTGAGCAGTGTAAAGACGACATCATAATGCACAGCATATACGGCTGACTGAGCAAACAGCAACCTCTTTAAGAAAGCCATCGCTTCGGCAATTATTGCGAAGTGAACATAGAATGCCCAACTCCGCCTGCAGAGATCTCATAAAGCTGAGGTATACATTACCACATTCACATCATTAACATGTTCATGGTTTCTATTCCCCAAAAAGGgttaattttaaatttgcagaaaacaattTGCAGCACTGATATTAAAATACCagtcacttttgtttttacttttttggtcCGTCAAAGCCCAGGGAGGACGGTGGCCCACGTGCACAGACCTCGTACCCCTCAGGAAGTGGCGCTCTGACGGCGGGGGGCGTCTGGCTTGCTCTGGAAGTTCTCCCAGTAGGACAGGTCCTCTTCTGTCAAGGGAACGGCTCCCGACACAAGGTCACTGAAGCTCAGCATGGTGAACTCTGGTGCAATGGGATTGTAAA
>TU16326
GCAtgttttagacattttattttgaacaggacaatgaaaaaaatagacACCCCTTCCTGAAAACTCGATGATCGATTTCTCAAACACAAGCTTCATATATCATTTAATCGACCAGAGGAAATCAACTTCCAGCTATGAATCTATCCCCTATGAACACTGAGatgaaataaatcatttgaaGGGGAGAACATTTCTATAATGTTAAAGGATCATGAAGAGATACAAAATGCCCAGCACAGCTCCCAGTTCTTAAAGCAGACTTATTTCACAACATAGCAGGCATTTTTTTTGTGAGAAcacttcaaatgtattaatgtttttggtttaaataGACCATGGACACGCACATCTACACCTTGAGGCTAGTGATAATTCACACGTAACATGACACACAGAGATCACACACAGGGTGGGGGGCGTCTGGCATACACCTGACAGTGACAGGGCAgctgcattgaaaataaaaggtGAAAACTCAAAACTGAATTTACAGAGATTAGACTAGTCTGCAGTGCTACACTGAACTAAATGgtaatttgttgtattattttgacaGAAGGCCTCATAGGACAGCCACAGAGGTGTAAATCCACATGTAAAGTAAGAGCAAATCCTAAAACAACACTATGAATTGCATTCCCACAAGGTTGCATTCCCGTACATAAATTGCTTTGTGCATTCTATCGTGGCATACTTTAGATGGCACACTttgcattcaaatgtaatttcagaAAAGCTCCACAGATCCCTTTAATAAGCAATTTCATCTTCTCAAATGGTagttttcctgttttctctgTGTACAAAaggtaatgtatatataaagtgacTTTAATTTCTAACCAATTTTCAACAGTTATGCTTTTTTCAGTCGTGatacacaatattaaataatggTTGCTGCTACTTTATTAGAATGACAATGAGTGAATGACACCAGATctcctgaatatatatatatatatatacacacacacacacacacaattattaatttaaatggtatttaAGTTGTATAACGATGAGGACATTTATATTCCAGTAttggtttatttcaatattattattttcaaccaaaaacatcaaacagattacaataaattaaagataacaTGTTCAGTTTATCTCTGTGTGGAAAATAATGTTACAATTAGTATCCAAtggaattttttttaaactgataattgtatacataattttattatataactTGAATCTACATCACATGCACACCTGTTGTGTTCTGAAACAGAACAGTGTGGTTTGCATACATCAtgtgataataaaatatatatatatatataattatgcaaACAAACCTCACAAGTTATATTCATGAAGCAGTCTAATGTGCAGTGTGTCTTAATATTTACTGGATCTTAGTATTAATTTATGAACTTTCCGTTCCTGGTCAGTTATTGAAAAGGGTGTTATTGTGGTTTGTAATTTCATATTGGTGAATTTTACCAAAGCATGAAAGTGAAATACTGCCATGAACATGATGACTCACTGTTCAGTGATAAAACTCATTTCATCAATACTGTTGCCCTTTGTTGCTGCAGAGGAGAGATAattggatatttatttaatctgttcgTCATTTCACACAGCTGGCACAGAAAAGCCACCCTCCAGCAGAAAGCTATTGAAAACTGTCTTTGTGGGCTGCTGTGGAAAGCCATCGGGctggattttaaaaagcttttcctCCAATACAAACCCTCTAATGGTTTATTAAATGTCTCAGGGAAAAAATAGACtatgtagtaaaaaaaaaaaggacaggaACCaagtgcacagagagagagagagagagagagagagagagagacatattgATTATCCtttaattatttggttttaccTTTGGCACAGTAGGATAGTTTGATTTTATGTGCCAAGACAAAGTAAATGTGATGTAATGTGagtaattacaacaaaaaaaagcccACAAAAAACAGTGAGATAAAAGGAGTTGAAAGTATGCACCACCAATAAATGGGCAAATGGCTTCTTTCACTATAATTGAATCAATAAAAATCAAGACCTGAAGGCCACAACATGAAGATTAAAGTTGGATGCGTTCCTTACTAGAAAGTTTGCTATACAGttgaaattgaattaatttagttttgaatgAAGAACCACtattaaacagaaaagaaacaagaataaaCTTGCCCCTTAATTATAAACGTGTTCATCGAAAGGTCAAATGCAccttattgcattttaattattctattaCTAATTGAGCAGTGTAAAGACGACATCATAATGCACAGCATATACGGCTGACTGAGCAAACAGCAACCTCTTTAAGAAAGCCATCGCTTCGGCAATTATTGCGAAGTGAACATAGAATGCCCAACTCCGCCTGCAGAGATCTCATAAAGCTGAGGTATACATTACCACATTCACATCATTAACATGTTCATGGTTTCTATTCCCCAAAAAGGgttaattttaaatttgcagaaaacaattTGCAGCACTGATATTAAAATACCagtcacttttgtttttacttttttggtcCGTCAAAGCCCAGGGAGGACGGTGGCCCACGTGCACAGACCTCGTACCCCTCAGGAAGTGGCGCTCTGACGGCGGGGGGCGTCTGGCTTGCTCTGGAAGTTCTCCCAGTAGGACAGGTCCTCTTCTGTCAAGGGAACGGCTCCCGACACAAGGTCACTGAAGCTCAGCATGGTGAACTCTGGTGCAATGGGATTGTAAA
>TU16327
ttgaacaggtgttcctaataatcctttaggtgagtgtataactTGAATCTACATCACATGCACACCTGTTGTGTTCTGAAACAGAACAGTGTGGTTTGCATACATCAtgtgataataaaatatatatatatatataattatgcaaACAAACCTCACAAGTTATATTCATGAAGCAGTCTAATGTGCAGTGTGTCTTAATATTTACTGGATCTTAGTATTAATTTATGAACTTTCCGTTCCTGGTCAGTTATTGAAAAGGGTGTTATTGTGGTTTGTAATTTCATATTGGTGAATTTTACCAAAGCATGAAAGTGAAATACTGCCATGAACATGATGACTCACTGTTCAGTGATAAAACTCATTTCATCAATACTGTTGCCCTTTGTTGCTGCAGAGGAGAGATAattggatatttatttaatctgttcgTCATTTCACACAGCTGGCACAGAAAAGCCACCCTCCAGCAGAAAGCTATTGAAAACTGTCTTTGTGGGCTGCTGTGGAAAGCCATCGGGctggattttaaaaagcttttcctCCAATACAAACCCTCTAATGGTTTATTAAATGTCTCAGGGAAAAAATAGACtatgtagtaaaaaaaaaaaggacaggaACCaagtgcacagagagagagagagagagagagagagagagagacatattgATTATCCtttaattatttggttttaccTTTGGCACAGTAGGATAGTTTGATTTTATGTGCCAAGACAAAGTAAATGTGATGTAATGTGagtaattacaacaaaaaaaagcccACAAAAAACAGTGAGATAAAAGGAGTTGAAAGTATGCACCACCAATAAATGGGCAAATGGCTTCTTTCACTATAATTGAATCAATAAAAATCAAGACCTGAAGGCCACAACATGAAGATTAAAGTTGGATGCGTTCCTTACTAGAAAGTTTGCTATACAGttgaaattgaattaatttagttttgaatgAAGAACCACtattaaacagaaaagaaacaagaataaaCTTGCCCCTTAATTATAAACGTGTTCATCGAAAGGTCAAATGCAccttattgcattttaattattctattaCTAATTGAGCAGTGTAAAGACGACATCATAATGCACAGCATATACGGCTGACTGAGCAAACAGCAACCTCTTTAAGAAAGCCATCGCTTCGGCAATTATTGCGAAGTGAACATAGAATGCCCAACTCCGCCTGCAGAGATCTCATAAAGCTGAGGTATACATTACCACATTCACATCATTAACATGTTCATGGTTTCTATTCCCCAAAAAGGgttaattttaaatttgcagaaaacaattTGCAGCACTGATATTAAAATACCagtcacttttgtttttacttttttggtcCGTCAAAGCCCAGGGAGGACGGTGGCCCACGTGCACAGACCTCGTACCCCTCAGGAAGTGGCGCTCTGACGGCGGGGGGCGTCTGGCTTGCTCTGGAAGTTCTCCCAGTAGGACAGGTCCTCTTCTGTCAAGGGAACGGCTCCCGACACAAGGTCACTGAAGCTCAGCATGGTGAACTCTGGTGCAATGGGATTGTAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU16325 True 2737 lncRNA 0.40 3 17678127 17680909
TU16326 False 2737 lncRNA 0.34 3 17678127 17680909
TU16327 False 1569 lncRNA 0.38 2 17658757 17680909

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00016377 gucy1a2,LOC107706059,LOC107669873 coding upstream 20337 17624138 ~ 17638420 (+)
AMCG00016380 NA coding upstream 47597 17603723 ~ 17611160 (+)
AMCG00016378 NA coding upstream 98958 17538087 ~ 17559799 (+)
AMCG00016372 NA coding upstream 126393 17528571 ~ 17532364 (+)
AMCG00016373 elmod1,LOC106603718 coding upstream 130689 17514811 ~ 17528068 (+)
AMCG00016386 NA coding downstream 5947 17686856 ~ 17691260 (+)
AMCG00016387 pdgfd coding downstream 194535 17875444 ~ 17887736 (+)
AMCG00016388 NA coding downstream 401013 18081922 ~ 18085103 (+)
AMCG00016394 tmem135,LOC107701128 coding downstream 417102 18098011 ~ 18100803 (+)
AMCG00016393 tmem135,LOC107718730,LOC107701128,LOC107693910 coding downstream 476798 18157707 ~ 18165129 (+)
G13021 NA non-coding upstream 511759 17143610 ~ 17146998 (+)
G13019 NA non-coding upstream 525227 17133314 ~ 17133530 (+)
G12966 NA non-coding upstream 781855 16876345 ~ 16876902 (+)
G12929 ppme1,LOC107715282 non-coding upstream 842426 16815577 ~ 16816331 (+)
G12907 NA non-coding upstream 983568 16674893 ~ 16675189 (+)
G13266 NA non-coding downstream 578359 18259268 ~ 18262343 (+)
G13267 NA non-coding downstream 584293 18265202 ~ 18265406 (+)
G13270 NA non-coding downstream 589124 18270033 ~ 18274439 (+)
G13273 grm5,LOC102779205,LOC106613232,LOC106581415 non-coding downstream 607131 18288040 ~ 18288261 (+)
G13274 NA non-coding downstream 629619 18310528 ~ 18315356 (+)
AMCG00016379 cwf19l2,LOC107560834,LOC107670086,LOC107728743,LOC107566889,LOC107669872 other upstream 59176 17562418 ~ 17599581 (+)
G13012 NA other upstream 536825 17116793 ~ 17121932 (+)
AMCG00016329 NA other upstream 1172754 16484355 ~ 16486003 (+)
AMCG00016288 NA other upstream 2875222 14745316 ~ 14783535 (+)
G12587 NA other upstream 3220151 14437771 ~ 14438606 (+)
AMCG00016407 NA other downstream 738108 18419017 ~ 18473689 (+)
AMCG00016429 lamtor1,LOC106581407 other downstream 2194147 19875056 ~ 19879725 (+)
AMCG00016490 atg16l2,LOC107677090,LOC107746253,LOC106613341,LOC107730987 other downstream 4101197 21782106 ~ 21832148 (+)
AMCG00016502 NA other downstream 6185358 23866267 ~ 23882946 (+)
AMCG00016506 NA other downstream 6257142 23938051 ~ 23945024 (+)

Expression


Co-expression Network