G15270


Basic Information

Item Value
gene id G15270
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 28225842 ~ 28230979 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU18980
TTTACATGTACCCCTTTATTGGATAATTTACAATAGTCTATTCTACAACATGTTTACAAAGTAAAAGGCTTTTATATAGATAATACAAAGGAATAAATCTTAAAAATCACTTCCAGCTCTGAGCAACAAGTATGTACAAGCAACACTGATAGTATGCATACAGCTTCTGGTACCGAAAATGACTCTCCCTCAATGTAAACAATGGtttaatatgtaatttacaAGTcaccataaaaacaacaagctgACAAAAGGCAACCTTTAATAGCTATtttaatcattcatatttagGCAGCACACTAGATTTTCATATCGAACAGTTTTGAAAACGTCTCAGTCTTTCTTTGAACTTTGCAAACAGTTTGAAGGTGAACAATTTCAGCAGCTTCAGTAACAGAGATGTCAGTACATTGGGTTCActccatttaaaacaataggtACATATAATAGCTGTGCAATCATTGTAGTTGTAGTCTTTGTCCTTGTCAATATATGTACCTTCAGGGAGACTGTAAACTATTTAAGGCTGGGCAGACTAGAGTTGATAATTGATGTTGAttttaggaaaaacaaaaacccaacaaCAACTGCAACAATTTTGGATTCCTCCTACCTCAGTTCACTCAGaagtacatatttaattaagtcTTAATTGGACAACATAAAACATTGTGGAATTAAACTGTTTCATTGGTATTAACTGTGCGTATCAGATGTGTTTGTAAAGAAAAACTAAGTGTTGatcttcagtgttttttcttttttccactaAATATCATATAGTAATAAATATCATATAAACTGTTTACATATGTTTTACAGAGGCCAACATGTTTGGTTCTGATCCTTTAAACTGCCAGATTGGAGCAGTTTatgtaacatatttaaaacGTACAAGAATTAGATTGTACTGGATTATATTCCTTCCTTAAAATGAAAGAAGTTCAAATACaggttacatttaattatgtagGTTACAAATGATAACACATATatcttatataatatataactgaTATTACTTATAATTTGCTgctttgtgaaatataaatgaaatgttaacaGTTGTTACTTGCACAggcaatattaataaaagtgcttgttatgtgtatatatatatatatatatatatatattcaaaattaagactttttatttaagacatttttgtttgtaaatacatctatattttaaagcaagtgCATctataacaagaaaaacatgtttttttcttaaaaaatatatttgtcgtcactttgtttgtttgttttaaaatacaaaatactgtttaattGCAATATGAGCACAGGTCTACATCTGCCTGTACTACCTGTTGAAAACAGTAGGAGCTCAGACTTTACAAAAACAGTTATAAATAGTGTAAGGGTCTGCACTCTGAAGGTAGCATTCTCACAAAAatcctctctcacacacactgacacacaaacccCTCAGGAATTGGTAGGTCAAATCCTTATGGTAAATATTCTGCAGGAGTAACATCAGGAATTCCATTGAGAAAGGCTCTGCAAGACCCCCCCCACTACACCCCCACCTCTTCACGGGACAAAAGCAGGCTTCATGCGCTTACTATTACAACTGCATCTGTAACACAAGCaatgttgtatgtgtgtgtatgtgtgctggGGATCTTTACAGctctatgtaaaaaaaaaagtaaattccTCCTTAACTGATTTAGACATGACAAAACAGGTgataataaaatgctttaacGATCAGTTACCATGGGTGTGTTGCTCTACTTAATGATGCAATAAACCACATAGCAGACAGGATGAAACTTAAATAACTCTATCTAAACTCTTAAATCTGGATCAAAGCAAGATGGCAAACCTgggaaaattaataataataatattaagaagaagaagaagaattgaTGTGATGTAACACAGTTTTTTTGGAGGTGCTGTGATAGGTGTAATCAATTTGCACAGACATCTGTGTGGTCCGCACATGGTACACATCACAAATCAGAACAACTTTGGCTTCAAACAGCTTAGtctctgcagcatttttttaatttagtgtagTGTAAAGTGTAGACATACATGGGTTGTGGGCTTgtagatttaaataaactaacaaagcaacacaaataaTGCTTATATCTTCTTAATGAAACcagttatataaaaatacatctgcTTATATTATGTACATGTTTTACATGTCCTATATTTGTAGTAAGACTTCAAAAGCCAACACTTAACaataaaattacttttcatttttattattatttcttattaggTTCCTTATTTAGAATCACTCGCATTTAAATTGGCAGCGTTGATGGagtacaaaatattataaaaacattccatatttgttttatgcttaCTCCTCCTTAACCAGTGGTGGTGGGGTTtgcattattacaaaaaaagagaacaatGTCCAGGTTCATCAAGAGAATCCTGCTTAATAACTGAGGTATAGAACTTACAATACTGTGATATTTGCATTCAGTTAGAATTAGAAATTACATTTAGGGATATTGCCTTTACTTGTGCATAACACAGCATGTCACTTCTACCATCACCATTTGCAAAGAGAGTTTTAAAGTGGTCTGCAAAACTCAGCCATTCCTTTCAAGCACATTTggtaagaaatacaaaatacagctaTGAGAAgctaacatttatatatatatatatatatatatatatatatataacattttttcttgtaaaaatgcTTGCTACCTGATATTCCGGACTCCAGGTttaatgtttgttgttgttgttcatttaaAGAATAAGATAATTGTCATACTAAAACATTGTATCAGCACAATACTCCAGTTTCTTCAGGGGAATGGGCCCATGGGCCCCAGTGCATCTGTCCTgagattaatttaatgtgtttttttacaccTTATAATACTATACTCTTTCACACATAATTCCTAATTTGGGTGATTTCAAGCACTATCCTTATCTGTTTGAGCCCCAGAAttagtcaaaataaaaaagtatcaAAGTGCTGAAAAGACAAAGCTGCCCTATTTCTACCCATCAGCCCCTGTAACTTGCATTAAAAAAGTAACCTTTCTGTCACTATATTTTGCAGAAGCAGTGATGTTTACAGCTGGCTTATGTACTTTGAATGAGCTGCACAGCAGAAATTACTTGGAAACGTGTGGAGTTAACAGTCTATCAGGATGTAGCTTTTattagtatattatagtatagtatatttaCTAGtatattctggaaaaaaaaataatataatagatAGACTCCAGGCCAATGCAGTTTATAAATTCAAGACAGGTAATATGTGGATTTCTCCACAGTCATTATGGAGCCCATCCTCCTAAGCCTTAATAATAAGCTGGACTGTTTTGGCAGTTTAGTttataaatcaatgttaagGGTGTGCTTCAAGAAGAATCACAATGCAGTGGGATAAGTAAGTAGGTGGACTATTGCCAATGAATATTAAAAGGCTAAAAGTAGGCTGACTCAATTTTGTCTTTAATCCTTAGGATTCTGCCCAACCGTAAGATCTGCTCAGTGCGCACCTGTGTCACAAAACTTGGAAAGGGGACAAATTAACAATGATAATTCAGCTTTGAAGATGACTGTCTTTCGCTTAGAGACGGACGGACAGAGAGGCTTATTTTGGTTGTTAGGAAACCCTATTCAATACCCTACACCCCAGGCAGTTGATCAGCTGTGCACCAACCCTTCAAATCATTGGCGAGCCTTCCACATTATTGGTGAAGCCCCTAAATCCTCCACCTCTTTCTGAACCCCCAGCAGCTCTACAGCGGGATGATGTTTCTACACTGGTACTAAAGGAAGATGAAAGATATTTTTCAGAAGCATTCAGGCATTATACAATGGACTCCCGGATGTTGCCTCTGGAAGCAGTTGCAGCGCTGTGCGGAGTGGACCGCAGGACAACCTCACTAGTGACCTCAACGGGGGCTTGTGCGCCGTAGTGTTCACTCATCTTCTCTGCAATCAGTCCTGCCTTCTCTGGagcctcctctccctctttgtCCGTTCCACCCTTGCCGTTGTGACGATACATATAAGAAGCTTGCTTGACGGAGCGCCTCAGCAGGTGTCGGCGGTAAGCCCTCTGGATGACACTTGCTGCCACCTCCTCCTGCTTCCGCTTGAGAGTGGTGGTAATGGGCTCGTAGGACACCTTGGAAGGATTGGCGGCCATGAATTTCTCCTCCATGCTCTCCTTAAGGGCATCCATTTCTCCTGAGTCTCCCAGGACCTCTTTGGTCAAGGCAAACAGGATATCCAGGCAGTGGATTTTGTCTCCAGGCACCATGGGAAGGTCCAAGGATATGAGTTTGATTTTGTTGGGCTTTGGTATCTTCAGAGGATCCTGCAAAGTGTCACAGAAATCTGAGAGTCTGCTGTACTCGATGAACTGGGTGGCGTCAGGGTCGAATTTCTCCCAGGTCTCGTAGAACATTTCAAAGTCATCCTCGCACAAGGGCTCACCGCTCTCCTCTGTGGCCACGTTGAAGTTCTCCAGGATGATGGCAATGTACATGTTGACCACGATGAGGAAGGAGACTATGATGTAACTGCAGAAGAAGACAATGCCCATTAATGGGTTGCCACAGTTGCCCTTGATGTCGGTGCCAGGGTTCTGGATGGTGGGGTCACAGTCTGGAGGCTCGCTGTTGAGGATGGGCAGCAGCAACCCATCCCAGCCAGCCGATGTGGTGATCATGAACAGGCAGATGATGCTGTTCCCAAACGTCTCAAAATTGAAGATGTCATCAATGCCAGCTTGCTTTTTGACATAGGCAAAGTTGGCCATCCCAAATATAGAGTAAATGAACATGACCAGGAAGAGAAGCAGGCCGATGTTGAACAGGGCGGGCAGCGACATCATCAAGGCAAACAACAGGGTTCTGATGCCCTTGGCCCCCCGAATGAGACGCAGCACACGCCCGATCCTGGCCAGTCTGATGACACGGAACAGCGTGGGAGAGACAAAGTATTTCTCTATGATGTCTGCCAGCATGATACCTGAAACAAAATTGATGTACAATTGTAAAAGCAAAC

Function

GO:

id name namespace
GO:0051128 regulation of cellular component organization biological_process

KEGG:

id description
ko04514 Cell adhesion molecules

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU18980 True 5072 lncRNA 0.38 3 28225842 28230979

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00016720 NA coding upstream 44804 28154762 ~ 28181038 (+)
AMCG00016711 NA coding upstream 135662 28073595 ~ 28090180 (+)
AMCG00016708 LOC106607474,LOC106600853 coding upstream 174811 28040024 ~ 28051031 (+)
AMCG00016710 NA coding upstream 197568 28006284 ~ 28028274 (+)
AMCG00016704 NA coding upstream 337630 27881440 ~ 27888212 (+)
AMCG00016722 LOC107585102,LOC107694961,LOC107740645,LOC107754315,LOC108230875,LOC107662407,LOC103390188,LOC107374630 coding downstream 49519 28280498 ~ 28286427 (+)
AMCG00016721 NA coding downstream 77623 28308602 ~ 28345826 (+)
AMCG00016728 NA coding downstream 427953 28658932 ~ 28660893 (+)
AMCG00016729 NA coding downstream 433835 28664814 ~ 28681501 (+)
AMCG00016730 NA coding downstream 451392 28682371 ~ 28718666 (+)
G15253 NA non-coding upstream 64955 28160665 ~ 28160887 (+)
G15226 NA non-coding upstream 106193 28118543 ~ 28119649 (+)
G15224 NA non-coding upstream 108652 28116918 ~ 28117190 (+)
G15025 NA non-coding upstream 855704 27369589 ~ 27370138 (+)
G15005 hoxb7a,hxb7a,hoxb7,hoxb7ab non-coding upstream 943273 27281424 ~ 27282569 (+)
G15328 NA non-coding downstream 204005 28434984 ~ 28435256 (+)
G15329 NA non-coding downstream 220325 28451304 ~ 28451616 (+)
G15346 NA non-coding downstream 494508 28725487 ~ 28729054 (+)
G15417 NA non-coding downstream 733365 28964344 ~ 29039663 (+)
G15422 thrab,LOC108430158,LOC106579329,LOC107665883 non-coding downstream 812738 29043717 ~ 29043973 (+)
G15223 NA other upstream 120131 28104737 ~ 28105711 (+)
AMCG00016707 col1a1,LOC100135784,LOC100286406,LOC106600852,LOC105005744 other upstream 227065 27964578 ~ 27998777 (+)
AMCG00016702 NA other upstream 347145 27872663 ~ 27878697 (+)
AMCG00016706 LOC102299446 other upstream 386739 27836513 ~ 27839103 (+)
AMCG00016705 NA other upstream 392305 27829268 ~ 27833537 (+)
AMCG00016731 NA other downstream 512381 28743360 ~ 28761192 (+)
AMCG00016739 wnt3,LOC103381861,LOC108249203,LOC104961604,LOC104925160,LOC105936264,LOC101174231,LOC100707095,LOC108273758,LOC106589299,LOC101469754 other downstream 1003525 29234504 ~ 29256824 (+)
AMCG00016769 NA other downstream 1791628 30022607 ~ 30107727 (+)
AMCG00016772 g6pc other downstream 1841959 30072938 ~ 30083528 (+)
AMCG00016770 rpl27,LOC106601555,LOC107551168 other downstream 1878620 30109599 ~ 30113284 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location