AMCG00017652


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00017652
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 15093191 ~ 15106835 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00017652
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>TU114826
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>TU114827
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Function

GO:

id name namespace
GO:0008410 CoA-transferase activity molecular_function
GO:0008137 NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity molecular_function
GO:0003954 NADH dehydrogenase activity molecular_function
GO:0050136 NADH dehydrogenase (quinone) activity molecular_function
GO:0008260 3-oxoacid CoA-transferase activity molecular_function
GO:0016651 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H molecular_function
GO:0016655 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor molecular_function

KEGG:

id description
ko00020 Citrate cycle (TCA cycle)
ko00190 Oxidative phosphorylation
ko04260 Cardiac muscle contraction
ko04714 Thermogenesis
ko05010 Alzheimer disease
ko05012 Parkinson disease
ko05016 Huntington disease
ko04932 Non-alcoholic fatty liver disease

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00017652 False 800 mRNA 0.58 5 15093191 15102994
TU114826 True 6880 lncRNA 0.36 4 15093265 15106835
TU114827 False 4900 lncRNA 0.36 6 15093265 15106835

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00017643 NA coding upstream 30910 15053366 ~ 15062281 (+)
AMCG00017644 NA coding upstream 50392 15037305 ~ 15042799 (+)
AMCG00017642 setd7 coding upstream 59686 15021731 ~ 15033505 (+)
AMCG00017649 NA coding upstream 97125 14980564 ~ 14996066 (+)
AMCG00017641 NA coding upstream 161596 14922262 ~ 14931595 (+)
AMCG00017653 NA coding downstream 24588 15131423 ~ 15156693 (+)
AMCG00017655 NA coding downstream 86867 15193702 ~ 15194164 (+)
AMCG00017654 NA coding downstream 100774 15207609 ~ 15212259 (+)
AMCG00017657 slc7a11,LOC107740166,LOC107593222,LOC107680987 coding downstream 492584 15599419 ~ 15605110 (+)
AMCG00017658 NA coding downstream 503148 15609983 ~ 15794447 (+)
G92038 NA non-coding upstream 7793 15062297 ~ 15085398 (+)
G92039 LOC107556532,LOC102237872,LOC107674234,LOC107737080 non-coding upstream 25373 15066137 ~ 15067818 (+)
G92016 NA non-coding upstream 56810 14943383 ~ 15036381 (+)
G92005 NA non-coding upstream 292815 14800091 ~ 14800376 (+)
G91931 NA non-coding upstream 554087 14518232 ~ 14539104 (+)
G92059 NA non-coding downstream 55495 15162330 ~ 15162692 (+)
G92095 NA non-coding downstream 420726 15527561 ~ 15527878 (+)
G92133 NA non-coding downstream 1059807 16166642 ~ 16182070 (+)
G92145 NA non-coding downstream 1208219 16315054 ~ 16315523 (+)
G92147 LOC102215562 non-coding downstream 1323617 16430452 ~ 16430712 (+)
AMCG00017651 NA other upstream 2362 15088132 ~ 15090829 (+)
G92046 NA other upstream 8913 15077325 ~ 15084278 (+)
AMCG00017620 htra3,LOC106577909 other upstream 1054128 14025636 ~ 14039063 (+)
AMCG00017615 sorcs2,LOC106577493,LOC107590992,LOC107656200,LOC107722411 other upstream 1262372 13781266 ~ 13830819 (+)
AMCG00017600 NA other upstream 1833431 13196895 ~ 13259760 (+)
AMCG00017650 NA other downstream 2587 15109422 ~ 15116031 (+)
G92123 LOC101154678 other downstream 760196 15867031 ~ 15867634 (+)
G92130 LOC101154678 other downstream 1028190 16135025 ~ 16135316 (+)
AMCG00017668 NA other downstream 2494700 17601535 ~ 17620033 (+)
AMCG00017674 rnf103,LOC107722440 other downstream 2592088 17698923 ~ 17723950 (+)

Expression


Co-expression Network