AMCG00017682


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00017682
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 17904410 ~ 17916754 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00017682
ctgttagGTGTgggattgtgtttttaatggtaCTGGTATTGGTGTCTCTCGTCATCTTCACGTTTCTAATGTCAAAGAACAACGGGGGACACGGCATCTGGGAAGCGTATACAGTGGATCCTAAACATGTGAAGCTAGTACACTCTTTTGTCAAAAACCTACTAAAGCAAGAATGCAAGCCATCTTTTGCCAGGAAAGCAATGATTGCACAGTTCAGTGATTCCAGCCAAGTCAACGACTACTTTGTTACGAAGAACACAAATTTTATGGAGACAATGTTTAAATACCCTCCTCCATTTGGGTTTAAAAACATGCGGAGCCGACTACTGGATGTTCTGAGCCTTCTTCCTAGCCCTGCCAAGGAGCAGGACTCTAAGCCCTGTCGACGCTGTGCAGTGATCGGGAATGGAGGAATACTGCGTGGCCTGGAGCTGGGAACCCTGATAGACCAGTTTGATGTGGTTATCAGATTGAACAGTGGCCCTGTGCGTAAATTCAGTAAAGACGTTGGCAACAAAACAACCATTAGGATGAGTTATCCTGAGGGATGCCCGGTGTTGTGGCAGGATATTGACCCTGATGTACTGTTCGTGGCAGTGGTCTTCAAATCAGTGGATTTCAGCTGGCTGAAAGCAATGATAAACAAGCAGAGAGTGTCCTTTTGggattggatttttttttggcagagaGTACCTGAACATGTCCCCATAGCTGCCTCACAGTTTCGAATCCTGAACCCTGAAATCATCAGACAGACCGCACTGGACCTGCTTCACTTCCCAGCTCCAGAGCCCAAGTTCTGGGGATGGTCCCAGAAGGTGCCGACCCTGGGAATTAGCGCCTTGAATCTGGCTACTTACCTGTGTGATGAGGTTAGCCTGGCTGGCTTTGGGTACAACATGAGCCAGCCGAGTGCCCCGCTGCACTACTTTGAGAACATGCTCATGGACGCCATGAAAAAGGAGAAGATGCACAACGTGGACACCGAGAGGGCCTTCCTCACTGGCCTGGCTGAGGCCGGCATCATCACGGACCTCACTGGAGGCATTCACTGCAGCTTTTGTCAAAATGGCAGCTAACAGAGCGGGACTCTTCTAGCACTTCATTGCAGTTCAGAAGTATCGTTTGTTCACAACTgtaattattctaatttattgttatttttacaggccaatttacttttttaatttaattgtaaaatatggtTCTCGCTGTCAGTAGTTCTAAGTACTGTGAACTGAGCTGCTGCTTCTGTGATCTGCAGCTATAGGAGTCCATTGGTTATGTGTTTTATTACCTCCtcattgatttttaaacatttaatggattgttttaatatttaaaagaacttGTATGTTTTCATTCTAGAACAGTTCATGTTTTTAGGTTTATGATAATTGTGGAAGAGctcatttatttcagtgcaaCTTGTGGAAGACACTTACTACTGAAAGTCATAGAATAATTCTGAAAGCATTTTTCATCCATTAAATTGTGATTAATGCTGTAAGATTCCTCTAGCATGGTTTTACCTCACAGTATAACAAAAACTTTAATCttacaaaagacacatttttaacTTCTGCAGAAAATAGTGACTTCATGTTTGACTTGGTACTATTGTGTGGGAGATGTTATCTGTCTGTGCTGTAAGCAATAATGGAGTAGCCCACATCATTGTAAGTTTGATTCAATTAATAAGCCCCCTCCTCTCTCAATTAACCCAATGTATTTTCATGCAATATCTGAGTATAGAAACCTCAGAGTTCCATTATAACCTTTAACTGCAAAGCATTTGTCAACTATGATTACACATTATTGCACCACAGGTAGTTTAATCTGATTTGTAAATAGGTGTTTTGTTACAATGTGTGGTAAAGTTAATGGCAcataagattgattgatttaatattttgaagGATATGTAAATGGCTATTAACAAAGTATGTCTTCAGGCTGACCTAATTTTAATtggcattttccttttttattttattactctgACCTATATCACAAAATATAACCGATATTTACTTCTGAAAGGTGTTTTACCATCACTTGATGATTTGGTGATCTTGATAATTAACATAAGAAATTCTGCAATGTTTTGGTTAAGTTCATCACTCTCTCTACCCGTTTTATATCTAttaccccattcacactgaaacaaatgctggctatttggtggcattttgttgctgcCGAGGTCTGTGTGAATGCTGATGTCGAAATGCAGGCATAAACCCAATTTTCCACCTCAGGACCTAGTCTAAATGCCAGCAATTTTCTGCCAATGGGTGTGTGTGAATCTATCAGGAAAACGAATGCCGGCAAATGATGCATCACATCCTTGCGTTGTCGACGCAGTGCGTCGGCTAACTGcgttttgaccacaacacaacaaggttaagcCTCCAGGAACTTGACCAggaacttgtgaccgtaatgAAAAACGGACCGGGTCactagaaatggcggaggtagAAAACAAtctagtcgcagcaattctgagtgttgtATGTAATTGACTATTGTCATGCATATGTCTGAAGTTATATACCAATTAATCATGAAAAATAGAATGTATACAGGCAAAACATGTttgactgcattacagtgtacactgaCGGTAGTTTGTTtagagttatttaatttgattgatcagaaatgtcaaactttaaaattaaaattaaataagttttgagaaatcaatcaattgcagatctgcacacccagatTTAGGTCATGCTTTTATTCTCATTTACTTTTGTTGATTTACCTTTACTGAAGTACATGAAGTCTGAAAAACACATCCCTCGAGGAAAGAAACctgaattaaaattattaatgttaacaaaggcttttgtttttctgtgcacaACAAATTCTGGTTGCACACACGTTGTGAATCTAGTTTTTAGAAGTTGGTCTGTTGTACCATCCCAGAATAAGCTCAGAATAAGAATAACGTTTTATCCTTTTTAAGAAAGAAGACGAGACGCAGAGAACAAAAAGTAGCAGGGCAACAAATGAAACAGCCAGGCAATCGGGAGACCTAGCAGTCCAGCACAGAAATGACCAGTGAAGCAATTAAtgcatcagtcagtcagtcagtaagaAATTTAATTGCATCATCACAGGTGAAATGCTATGAAATCAGTCGTGCAGTTTAGGAGTAGTGCATAAAATGAGTTAACCAAAATATCTGTTCCCCCGCACACTCTGccattgttgtgttttgcaatAAGCACaaatcatttgcatttttacaaGATTGGCATTGAgtatatttcagaaaaagtaAAAGACAAAAGGTGCTAGCATCAGCATGCCACGTGAGCATTCTCCCTTCCCTTTACTgttgtgaaaaaacaacacgATGTACATCCGTTCCTCAAGGGAAGGTTTGGAACACAGCCTGTGACGAATGCAGGCGCACAAAGTAGTAGTATGGCTaaactaaaagaaaagaaaatgaagttaGATTACCTTCGGCGCACACTGCAGGAGATATTGTAGAAGTGGAAATTGAAACATGGATACTTTTTGTccgaaaagaaaatgtttacattgaaatacttaaattaagtgTAAGGGGATTTATTGGAACACACTGGATATAGATGTTTCGTCTGGTGGAGCATGTTTCTTTATAGTGTAGAAatagaacaacaaacaaaaccactcCGCCACCCCCATATAGACCTTTTATATATAGGCTTaatcgttttctttttttactaaGAAATCcgttatttaattataatgttgcagtgtttccttttaaattgtttctgttaatacaatttaaaaaaagtctatGCTGTAATCCagtcaacatacattttaaaatgcctaCAAGCCTATATcaacaaaactatttttgaCATTACACTtgcaaataaagcaaatattatGCTAAATATAAGGCCTACACTAGGTATACACTTGctataaatgcatttgtaagAGAATTTCGATATGCTTGGTTGTTTAGTcgatctaaataaatagttgaactgaagactcataggtcaattgtcttctcttttaagattctttttagagggaagatgcggtcaagtcacagatgtgcaataatcatttatttgtgacaaaataggaaactaatatcattcaattatattactgaaaataagtaatataaaGCATCTggtggattacagtaagaaacagataatatcCGGTTACTCCTTTCTCCTCACAGAACATCTCGGGTCAATCTGATCATGTAGGCAatggtgtgtctctctccctcttctctcctgctctttcttgtggttttctcttcttcttgaACTCCTTGAACAGTGAAGAGAGCTaaacttctctttcttttccttttataaggtttccttccaaccaatcgCCTTTTGCTACCACCATGAGTTGGGTCCTTTATGCTAATGTTATTTAGAAGTGGGGGCCCTttggaatttggctaggagccaatcagaggacaggtcccttttggtctctgGACACATAGATAAGgttaccaggggctaccaggAAACTagataaaaggaaggaagtctgtttcctctaccgaaccagattgtatttttctatgggaattTCTATCCtttctaacaaataataataatcttacaTATTGATGATTAAACCAAACATATTTTGCAGGCACTACAGACATCTGAGAATCATGGGGTCGAACCTGGCTACTTGATTCTAATGTTAGAAGGTACAGGTATTCAGGATCACCTGACACGTGAATGTATAATAGGGATCAGCGTGTACATGAGCTCGTTACAGGTGATGTAAGCCCTCTGTGAAATCGGCACAGTGATATGTTTCCCGTGTCGGGGGACCTGGTGTTTTGGTTATAAttgatataattataatttgggATAATTGCTGtactgggtggagctgtgaGGTGCATGGTTCACATCCCAAGTGGGGATGCTCCCAGCACTACATGCTATACATATCACAGTGCAATCAGTCCCTGCATAGCTGGGCGCCTTTCTTGTTGGAGATGTGTGGAAGATGGAAGATGTGCCCCTTACTGTATTTGAAGTAGGAATTCAAACATTCTATATGTGTGTTGTACATGTTTGTTATGGACAGGTTCGTCCACAATGTGTACACCCAAAAGACTGGGAAAGCTTGAAAGAGGGTATGGATTATGGTTGTTGCCCTGACAAATATATTGGTAAATGTGCAGATAAGTATTTAGCTGTTGTGATGcagttaaaaacattattttgtaaaagcttatacttcatttgatttcaaaatcaatcaatcaatgtgggaacatttctgtcatgtttattatttatttattggcagacgcccttatccaaggttTACAGAAGTTTGTGTCATCGGTGACGTACATGGATTGTAGTTCTCTGATGGAAAGGGTCTGGGTTGTCATCTTGAATTTCTGCTGCAGTTTTCCACAGAGAATATTCTCTCAAGGTAAACCATTATATTGACTAATCCAGTGACctcaaaaaggaaaaagtgtaATCgcatttgtttaatatgttgcttaaatattatgttattcagtatatttgtgtttatacttGTCATAACTGGACATTTACTTGCTACTCTTTAAaacctgctttattttttactgtcaCTTTCATTGTCTTATTTGATTTTACTTATTTGAATCTAGGTGAATTAATGCTGTCTTATGTTGAATGAagttataattgtatgtatttctaaTTTGCCTTCCATTTTCTAGTTCTAATGAATAAAGTATCATATTGCCGCCTTCTAAACTGTTgctgtcttcattttttttatgttttcttatgAATCAAACCGAGGTATCGTGATGCTATCCTTTCAGTCCTGATCCCCATTTGGTTACTGGTTTTGGTAACTATCCTCTAATATGACTTCCAGTTATCATTGTGCTGTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K03370 SIAT9; lactosylceramide alpha-2,3-sialyltransferase (sialyltransferase 9)

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00017682 True 5932 mRNA 0.38 5 17904410 17916754

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00017683 LOC107733402,LOC107667450 coding upstream 40689 17834208 ~ 17863721 (+)
AMCG00017678 NA coding upstream 80308 17810689 ~ 17824102 (+)
AMCG00017681 NA coding upstream 107191 17792314 ~ 17797219 (+)
AMCG00017679 reep1,LOC107719410,LOC107731967,LOC107703485,LOC107561684 coding upstream 122227 17754525 ~ 17782183 (+)
AMCG00017673 NA coding upstream 212021 17676609 ~ 17692389 (+)
AMCG00017689 fgfrl1,LOC106598245,LOC105026951 coding downstream 104146 18020900 ~ 18022419 (+)
AMCG00017685 NA coding downstream 145944 18062698 ~ 18066705 (+)
AMCG00017690 maea,LOC107588333 coding downstream 500461 18417215 ~ 18422411 (+)
AMCG00017691 maea coding downstream 528184 18444938 ~ 18452804 (+)
AMCG00017692 NA coding downstream 544013 18460767 ~ 18463947 (+)
G92322 NA non-coding upstream 169824 17734020 ~ 17734586 (+)
G92320 NA non-coding upstream 173158 17730880 ~ 17731252 (+)
G92318 NA non-coding upstream 175335 17728869 ~ 17729075 (+)
G92317 NA non-coding upstream 177427 17725420 ~ 17726983 (+)
G92316 NA non-coding upstream 179895 17724243 ~ 17724515 (+)
G92400 NA non-coding downstream 188235 18104989 ~ 18105268 (+)
G92412 NA non-coding downstream 314607 18231361 ~ 18241837 (+)
G92449 NA non-coding downstream 786022 18702776 ~ 18706251 (+)
G92463 NA non-coding downstream 845637 18762391 ~ 18763664 (+)
G92475 NA non-coding downstream 887558 18804312 ~ 18805055 (+)
AMCG00017674 rnf103,LOC107722440 other upstream 180460 17698923 ~ 17723950 (+)
AMCG00017668 NA other upstream 284377 17601535 ~ 17620033 (+)
G92130 LOC101154678 other upstream 1769094 16135025 ~ 16135316 (+)
G92123 LOC101154678 other upstream 2036776 15867031 ~ 15867634 (+)
AMCG00017650 NA other upstream 2788379 15109422 ~ 15116031 (+)
G92538 NA other downstream 1156484 19073238 ~ 19073662 (+)
AMCG00017710 nans,LOC108241509,LOC103384124,LOC107390934,LOC107390917 other downstream 1479274 19396028 ~ 19433103 (+)
AMCG00017712 NA other downstream 1527418 19444172 ~ 19528293 (+)
AMCG00017730 ppp3ca,LOC107084148,LOC106922390,LOC106958666,LOC102788851 other downstream 2076331 19993085 ~ 20003129 (+)
AMCG00017747 NA other downstream 2882841 20799595 ~ 20822048 (+)

Expression


Co-expression Network