G90345


Basic Information

Item Value
gene id G90345
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 4384583 ~ 4390490 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU112634
aaaaaaagaaaaaatgcatctCAGTTTCAAAATagcaattaaatatacaaaaatagagCTTACAAATACAGCAAATGTCTCCAAAAATATTCTGCTGCAGAATTCTTAGTTTATAAACATGTCTATGAAACTGAGTTACTATGCTCCATAAACATTATCAGTGTTAACAAAGTGTCTAAAGAAAATGTCCAGAGACTCAGTCATTGGGTCATTTGAAGACAGTCTTTTAGTTACATTTTGATTGGTGAAACCATCCAGTTATAAAAGACGTTTTCAAGTCTCAAATGGGGGGGCTGACACTGAGAAATGTTTGTACAGCATAATACTGAATAAGAAGTTCCTTGTGCCTCTAATCAGTCAAACACTGTCTATTGCTGATGGTGACAGGGTGTGGGGGAGGGGAAGCTCAAAATATACATGAGCAGCAGTCAGTGGAGCAGCAACTCAAACATATTaaattctttattattaaaagttattaaaaacaacttcaATGATCTGTGCGTTTCTTTTAATGacttgaaggaacttggcaacTTCCAATGCACCTATAGAAATGGtttaaaccaatttaaattaaatattacaaatgagcTCTTCACATTTGAAAGGGAACCAAATAAGTTTCCTCCTACAATTTGAACtgcaacaaccacaaaaaagtGCTGTGAATCCTTCAAAAGACAGTTGAGAGTTTCTATCCAGCTGGTAAATGCTTTGTTCACTGTCAGgactaaaaaactaaatgtcaGCCATACATGTTCATGAAGCCCATGTCCCAGCTTCATTAAAAGAGATCATTACACCCACTCCCCTTCCAAACACTGAGTTTTAagacatatttcaaattaatatctAAAAATGGTAcccacatacattttatataccaGTTCAGTTATTGCCACTCTCCGAGGAACCGCTTTTCCTGAAGACAAAATTTAAACTAAAATCTTTGTTCTTAAAAGGGCTGATTCAGCCTTCTCAAATAGCAATGGTTAACTTTAGTTGTCCATAGTAGAAATAACCACAGAAGCACAAGGAAAATCTGTATTATATCATTCTAGATTAAAATGGCTGGTTTGAACATTGATCCTCATGGAAGAGGATCTAACACTGAATACGGAATTGATGGTAAAGGGTAAAAGTGTCGCATTATCCCaggtaatataatgtaaaaatgtatatttacatgaaGAATTCTTAAGCAAGCCAATAACCCAACCCCATACTCCACCACTTTATATTTAGACCCCTGGACAGGAAAATCGAGAGTTAACACCttgaagaaaacactgaaaagttGGAAGGGAATCTCTTTTGTAGTATTTTATCTGCAAACTTATATTACACAGTTTTATTCAATGCTGGACTCTAGTGTTCAAATATTCTGAGCATATTAACAGCATCTTTCTTCATCCTGGCGCTGAGTCTATGCTGTAATCCCCTTGAGAgctgaaatatgtatgtaacCCTTATTAAAGTGGTCATAAGGGCAGTAGGGACCTACATCTCGTATACAGGTTTAGCAGACGAAGTCTTGGAGggataaaaatcaaataaagtatattataaGGCATTTGGGAGGTGCCCCATCTTGAAATAAAGAGAGGAACCCCAGTCTTTTAACAGTGCCTGCCTTGTGATAGCACATTTAAACTGCACAGAGGAATTCAAtagatcaatacatttaaatcaaagggGATATTGTAGCTACATATCACTAAAGTGCTACTGACTCGTCACTTGTCATTTTAAGTGCTATGCAACGAGTTGTTTGCTTATTGTCCATTAGACGCATTCCCATTTAAGTAATGTCTGAAATTGTAAGTCCACctctcattttaaaaagaaatggcattttacaattatatcaGATATGATACAAGCTAGTGATTGCCCAGTAAGTGTGTTCACATTATCCAATACTCCCGTACCCCCCGCCAACCAAAATCATTATTTAGTAACCAGTGGCTCTTAAAGCAACCTGTCCACAGATATCATTTAAAACCCAGTCTCATTCAGGCCCtctacacaaatacacattacaaacaaataaaaaacaaaaacaatagcataatattatatatacactattgttttcttttcaaacaagACTCACAATTCACAATCTTGACCGTAACTCACTCTATTCAAGTGGACAGTGACTATCTTTCATTAATATGATGCTTTGTTAACTGCTCCATGTGTATTTTTAGTGAGAGCAAGTCGGGAGACTGCCGTTAACAATGCAGTGATATTAAAGATGTCTGACAGACTGACAGTCAGGAGAGGATGGATAAACCGAGCCAAAAAGTATTAATACTAACAGAGAACCCACAgggataaataaaaaattatccATGAACACTGTACTAAGCAAATGCTATTGCCGagtaaaacatttttggaaACCAACTGCGGAAACATCAGTCAATCTTCCAAAATGCACTTATATATTCAGTAATGAAAGGACTTTGCCACAAAAAGGCACATACCTCTGATTCCCATGTTAAGGGATTAACAACATAGTAAAAGGTACCAAACTGCATTCATAGACCAGGCTTTTAAATTTCTCAAAGGGAGAACTCTTACATGATTTGAATTCCATATAGCAGGGACTATTAGAAAACCTCTAGCTGGGTCCTGAATGAATTTTAAACTTCTAaaatgcattatgctttgaattgcactgtattatgcaaATTGGAATAcgtaatatgttttatgccttgaactgcactgtatttgtgtACTTTGTATTGCGATTATATTCTGGATAAGGGAATCTgctaagacataaataataataataataataataataataataataataataataataataataatatgtgggaacttttagaaaacaaaataaaacaaaatgggcCATCTGTAAAAGATGACAAATCATGAGTTTGTTAAATTACTGGTTCATTACTGTCTGACAGCAAATCATGTTACCTTCCTGGATCAAGGTGCTTGTGTTCTTTAACTGAGGCCTGATTAATTGGAGTTACTATTAATCTGCCACACAccctgtgcattttatttacacacagCCTGTGTTGCACCAAAAAGAACACATAGCATTTCCCCATGAGTGAGCATGCTATGTGTAGTGCAATTACAAAaggaaatgcacaaaaaaaacagaaacaaaagaaaagggaaaacgCCAGAGTAATTGGTAAAAGCCCCTATTCTCTGTGAAACAGCCGCTTCAGCCCAACTTGCTGACTGCTGCAAAATGTAACACTTACAAAGCTATACATTAGCTGGCTAACAACTTTAACTCTGGTTCAAACTGTCATATGGATCTATGGGGTGGATGGAAAACAGACACCAGGAGTCAGTATGACATAAATTGAATGACGGGTAATGTCTCTCAATGCACTTGCAGCTGAATGAAGGAGGAATTGATTTGCTGAGCAGCAATTGATGATGGTGAATGTTATATCAGAATATGGAACGGCCTTATTAGTGTTTTGGATGCACAATATCAGGAGCAATAAATCCTGAAGGATAATCTTGCCTATGCAAATTCAAGCCTGGATCATGTTCCTCCCCAGCTTGCTTTCTGTACCCCTGCTGACTGGTTCTTTACACTGGTTCAGCAATTCTTTGTTGGGTGTTCCTAAAGGTGAATCCATTACCATCTGATGTACAGAAATCGTACCCTTTCTGGTGAATGGAAAACTTAAAAGCAATGGTCTTCTAAAGCAGCATGGCCTTTTGTAGATCGCCAcagtgatgaaaacaaaaaagaagccAGTCTCGGGCAGGAAAtgtgatactactactactactactactacaaaaaaaattaaaaaagacaaataaatacatctctttGCATAGTGTCACAAGTTGAGAACAGTGGGAAACACCCTGTCTTGAAGCTCCATATCATATATTTGAGATTTGATTTCTCCAAATTGTGTTCAGTTTAGAATTCAGTGATGTGTTTAGTCTACAAATCAGCAGGTTATTCTCATTATTTATctaggcttaaaaaaaaatctgtgattGTTGCAATCTgggcatttcttttttttaacatttcagaaaGGGAGGGTTTTAGTGGCTTAAATCTCCAGGGCCATACAAGTCTTTTTAGAAACCAATTTCACAGACTTTGACTTATCTGGAGTATTTCAAATGTGCCCTTAGGGAAAGTCATCTGATATGTGGTAGTTGAGGTTAGCACAACCTACTTCCCCTTAATACTTCACAACAAGAAACGGACGTCTGGTAATTTTTTGGGGGATTATAGAAAAATGACTGAAAATTCCCCCCAATAAATGTGGCTAAGAATTAAAGATCCctaaaacaacatcaaaagtCTTAGCTAAACGTGTCATACTGCCTTCCTCCAATAATGAAACTAATATAAATTGATCTCCTTAAAAGTCACATGATACTGAGGCAATTTCTTATCTAAAggtattaaatacaataaaaacactctTCCGCTCAGGTTTTCATGTTAGTTTGTGCTGCAAAACGCTaactaatttccttttaaatccctGGGGTGTTCTTTGCGAACAACATAAATCATGTAACccttctgattggctgattgttATACAATCCTGTCATATCTCCTTCTTCCCGGGGTATAGGGTTTCCATGCTCCTTAAAGAAAATCTTAATctgaaCAGCAtcttgttgtatttgttttccatatttaaaCCAATGTATTTCTCCAACCAATGAGGTTTAGGATGCTGGGTAAAGTTTAATTAcggaaaaaacactttattcttctgtttgttCTCGATTTAAAAgccaaagagaaaaaatacCTGAAATGGAACTTTAAGTTTTCACAGGGTTTGGAAGAAACCACAAATGTTTGTACAGCTTTTTGAGGAATGAAAAAGACTTACATGCTATGTCTTACAGATAGCTGACTGAGGAGTGCACACCCTACATGTGCACACTCTTTTTTATCTGGAGAGTAAAGGCAAAAATTCAGAATGTAATGAAAT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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU112634 True 5836 lncRNA 0.36 2 4384583 4390490

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00017433 smox,LOC102778491 coding downstream 84804 4281484 ~ 4299779 (-)
AMCG00017435 NA coding downstream 114497 4242448 ~ 4270086 (-)
AMCG00017436 NA coding downstream 180322 4203686 ~ 4204261 (-)
AMCG00017438 NA coding downstream 475371 3908513 ~ 3909212 (-)
AMCG00017437 NA coding downstream 476095 3907452 ~ 3908488 (-)
AMCG00017442 fbxo41 coding upstream 20392 4410882 ~ 4439595 (-)
AMCG00017444 NA coding upstream 70029 4460519 ~ 4461277 (-)
AMCG00017440 LOC107734701 coding upstream 119929 4510419 ~ 4512209 (-)
AMCG00017441 NA coding upstream 147481 4537971 ~ 4550882 (-)
AMCG00017443 LOC107700321,LOC107757625,LOC107695387,LOC107595047,LOC107714648 coding upstream 168415 4558905 ~ 4584957 (-)
G90355 NA non-coding downstream 36271 4348094 ~ 4348312 (-)
G90354 NA non-coding downstream 37292 4346986 ~ 4347291 (-)
G90307 NA non-coding downstream 181776 4202607 ~ 4202807 (-)
G90289 NA non-coding downstream 342689 4041687 ~ 4041894 (-)
G90287 NA non-coding downstream 429447 3954888 ~ 3955136 (-)
G90411 NA non-coding upstream 272346 4662836 ~ 4665167 (-)
G90443 NA non-coding upstream 538896 4929386 ~ 4937166 (-)
G90520 NA non-coding upstream 865599 5256089 ~ 5256406 (-)
G90540 NA non-coding upstream 964772 5355262 ~ 5356316 (-)
G90648 NA non-coding upstream 1286409 5676899 ~ 5677249 (-)
AMCG00017426 NA other downstream 1542689 2711302 ~ 2841894 (-)
AMCG00017418 NA other downstream 1769021 2601783 ~ 2615562 (-)
AMCG00017384 LOC106911887,LOC104963986 other downstream 4032797 160054 ~ 351786 (-)
G89804 NA other downstream 4278698 105685 ~ 105885 (-)
G90400 NA other upstream 152285 4542775 ~ 4544760 (-)
G90501 NA other upstream 767894 5158384 ~ 5221021 (-)
G90502 NA other upstream 831983 5222473 ~ 5223047 (-)
G90715 fat4,LOC106611628,LOC106604622 other upstream 1996762 6387252 ~ 6389038 (-)
G90746 NA other upstream 2342745 6733235 ~ 7188648 (-)

Expression


Co-expression Network