AMCG00018287


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00018287
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030135.1
NCBI id CM030135.1
chromosome length 28454832
location 6716884 ~ 6729381 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00018287
ATGAACGAGAGTCGGGGAGGGGAGGAAGCCCGGCTGCAGGACCTCACCTACGTGTCCGAGTACTACTCTAAAATGCCGCAGAAACTGTCCAAGTACAGCTGGTACGGGACCGTCCGGCTGCACCTCTTCAAAGTGCCCGAGGACACGGTGCTGGTGCGCTGGCTGTTGACCGTGTCCAAAGTGTCAGGATCCAACTGCGGAGACCATAACGTGACCATACACTTCCGTGCAGGCGCCCCTCCAGTAATCAACCCTTTAGAGACACAGTTTGCGAAGAACACAGCCTTCTTTCCGGCACAAAACCTCACAATGATGGTAAACGATGGCCAAAATATCACCTTCTTCAATGTCACTAATCCGGTAGCTGGGGATTGGTTTGTAGTGGCACATCTACCAAAAGATGACGGCAAAATAGAACATAAGGGCTTCTCTCCAACATGTTCGTACTTTTTTCAACCCCAGATGTTTGTAAGGAGAGCAATTGACATGCCCATCCTGCAAACCAACGTCCCTCTTCAGCAGTCAGTGTCTTCCCCCGACAATCCTGCAGTTCTCAAATTCTTTGTGCCGGATTACACGTCCCAGTTAACTTTCCACATAACCAGCTGCTCGACAGATAACAGTACCGAGAAAGACTGTCCGATACTCATGACCTTGGGCTCGGCCACCCTAGAGGAGTCCTCCATGAGAATGCTGAACTGCACGGGCAAGACCGCCTGCACGGCCAGCCTCCACACGCCACCCTGGGAAGAGTGGATTCGAATCACAGTGGAAAGTGTCTACACTAACCTGTCCACAGCCTTCACAATAACAGCCAACCTCACAGTGGGATGCAAACCTAAAAGTACCGGGTTGCTGGGAGACTTCTTTGCCCAGTTCGGTGCTAACGCAACCAGTCTAATGGCAAACAACACCTCGGTGCTGGCTGGGAATATCACCGTGCTCGGGGAGAGTGTTCTCTCCAATGGAAGCGGTTCATCAAGCCGAGATCCCTTTGGGAACTCCTGTCTACGCAACCAGCCTGTTTTCAGAGAAGACCTGGACGTAGTGTCTTCGCGGTTTGCTGTGATTAATGGCCCCAACATCACACTCTCCTCCGAGGCTCCAACACTGATCTCGTTAAACTTGAACTCCTTGACAGACAGTGGGGGAACCCTTATTgtggatttgaaattaaatgagACAAATTTAACTAATGCAAACTCCAGTGTGGTGGCCTGTGTGACGGCCCAGTCTCCTGTCCTGTCATTGAATGACACACAGACCTGCACCACAGCCTTCTCTCAGGGTCATTATCTCAAGATGAATATAACGGCACCTCAGGCAGGACTTCAGATCCCTTTCCCTCAGGCTGCTTGGTGGTACCTCACATTGCAGATTGTGTGCCCGCAAAATGTCAGCGACTGCGGCACGGTGTCCGGTACGGTGATGACTTCGGTCTACCTGACGGCCTGTATCGATGACTGTGGCACGTACGGGGAGTGCCGGCTCCTCAGGTCCTATGGCTACCTCTATGCTGCATGCGTTTGCAAAGCCGGCTGGAGTGGCTGGAGCTGCACCGATGATGGCAGTGCGCAGTCCTATGGGCGTCAGCTGACCGCAGCCCTCTTGTTAACGCTCAGTAACCTCCTGTTCATCCCACCCATTGTGATCGCAGTGTACCGTTGCTACATCGTGGAGGCCTCTGTGTATCTCTTCACCATGTTCTTCTCAACGTTTTACCATGCCTGCGACCAGCCCGGTGTCACCGTCATGTGTATAATGGATTACGACACGCTGCAGTATTGTGACTTTTTGGGGTCGGTCTCTTCCATCTGGGTCACCATCCTATGCATGGCCCGAATCAAGGacacttttaaatatATGCTGTTCATGCTGGGAACCCTGCTCATTGCCATGTCGATGCAGCTCGATCGCAGGGGACTGTGGAACATGCTGGGTCCCGTCCTCTGTGCTGTGACTGCCCTGGTCGCTGCCTGGGTCTATCGGGGGGTCAAGAGGCGCCAGTGTTACCCTAAAACCTGGAAGCGATGGCTGTTCTACCTGATCCCAGGCATAGCGACCGCCGTCATCGGGCTGTCCGTCTACGTGTTTACCGAGACGGACGACAACTACTATTACACCCACAGCATCTGGCACATAATGGTGGCGAGCAGCGTGGTCTTCCTGCTGCCTCCTCGAGAGAAGTACAAGGAGCCGTGGGGGTGGTCCCAAAAGTATATTTTCTGTGGGTATCAGATTTGCAAGAATGAGAAGGAAGAACTTTATACCGTCACTTAAGAGACCGGAGATGCAGTGTcccttttcttgctttttttagATGATGTAGTACAAACACGCTACAAGTTTTTAGATTCTCCAGAATTCACACAGTCACATTAATAACTGGATACATTCCAGCTGGTCTGTGCTGGTTCATGCCAGTAATTTTATGAATACTGTTCAGTGCAATTACCcatgttttccaaaaaaaaaaaggtctaaCAAGAACTATATGTTCACACTCTTGggcattttgtgtgaaaatgaaTCAGAGTTTACACAAGATTAACCGTGATTCAGTATAACCTAAAGAAAAAGTCATTTGAGACAATCTCTAGACTGCTTAATGTTTAACTATGCAAAATAAGTGTACTATGtgcaatatgttttattttgccaaattgaaaagaaaaaacatactttttgcagtagactttttttaaagtgcttgAAGTTAAACCACTAGTTGACATAATTGCAAGGGGAGTGAGCTGAATGGGAGATCTATTGCTAGAAAAGGGATACTGCATTTCTGTGTCTgagctttaaacaaaaaagtagaTGTACATACTTATTCTAattagaataaaaaacaatgtaatgcatctgcaagaacagttttttttatttattgttttagttctCTGTGTATATGACACAAATATGTTAAGCACTTTTTATAACCCTGTTTCATGGAGCTGAAGAATTGTGATAGTCTGAGTAATATGCGAGGGATGCATGGGATATCGCATTCACTGGGAAAGTTGATCAGCTGAGGGTTCATATAGTCGACGACAGTAGATGTACCGTTACCACTATGGAtaatgttttgttctgttttcataGGATACTCCAGATAACTAAAAAGCACTTTAATTCTGAAACATCCATAGAAGTCAAGTTAGGAGGTATTGAAGCTTTATTTAATGTGAACTCATAATGGATCCTTTAAATGAAACCTTTCCAAAGTCAGGACTGGTTCACATTTTATGTTGGAAGGTTTTCCCAGGTCTGTTACTTGCCTTAACTTAAAGTTAAAATCATCTCTTTAAGAACCAGGAGAGACATTTTACTACTTTAACAGCCCCTATTATTAAATGGCAAATATCTATGATCATAAACTAGTGTCAAAGAAGACAGCTTCATTTTGTTGGACCCTTTTCCCATTCCAAGGGCAATTATGGGTGAACACAGTTTTGTTTCAGCAACATGCAGTCTTAATTGGTAACACACTGCCTTCAAACTTTGGCCTACCCGCGCAGACCAACGTAAGTTACTAACTTGGACCCccatcacattttgatttataagcagtagaaagtggcttctgacggTTAAAATGCCATCGAATAcaagttattattttgtgattcgTGCTTAGGTTaaagctttgatttggtctagccctttgaatgtattgttttgaatataGTAATCTATACTTACATAAGCCCAGTGATGctaatatatatgcatgttgCTGACACTTAAACTGAAACACTCCTTTTTAGATGGTATATATCTTGTTCCTTGTACTATTTTGTGCAGTAATCGTAGGGGATGTTATTTGAAtagtgatttttatttcttgatatGCAGTCCCTTAGTTTGGATTTGAATGGTGTATTTTTACACGCAACAGAACTGACAGAACTTCCTGACTACTAAGAAAGAATTTCTGTACATAGGCTGTAATATAATAGAAAAATTCAAGTGGTTATGAAAAGCCATCAAACCGAGTTGCAGTGACGCTTATAGCTGTCAGAGTTTTAGAAAATTAAACCAGCTTTTGAATATTTGAGAAGACTTGTCAACAGCGGGCTAAGGAGgccattattcattattcaggCAGTATTCCTGAGTGTCACAGCCCtacattataaatcaaatgtaaaccAAAATCAGAATTGCTAAGAAtatcattaaaattacagtCTGTAGGTTCTGTGAGTCACAATAACCTTAGCCTTCCAAAAATgattagttttatttcttttttatgtctATAGAACATGCAGTTCTGTTTTCTGACTAGGAAATATTAGACCATATTAGTAAACACTGAAAACCTGGTTTTAGTATAAGCAATAAAGAAACCTGTGGTCTCTGCTTGTTCTGCAAGTCAGTGTCTAGCATGATTATTGTAACAGGCTTGAGCTTAGATTTTAGAACTTTAGAACTTTAATAGTACTTGAATAATTTGTAAGATTTTAGATTATAACCAGTTAACTTCGTTTTATAATGAGAAAAATAGCACTAATTTTGAAATATGATAAGGGTTGAACTACTTTTGTTTAGAATTCACTTGGTTTCCTTAGGGAAGATACTTATCGATCATATATGATACACATTTTATGTActtgaaaataacagaaaaatacactaccaatacatatgttttctttattttttcctttttttgtaaaGAGGAGTAGGGTTTGGGGCTTTCATAGACCAAGTAAAATGTAGAATGTATGACCCACGTATGTAatataacaaacagaaaaacattttaaattacctcAATTTTATTAACTTCTTTACCTAATCCAGTGGTGATGTCCAACTATAGTTTGAACAAGACACAAATTGAATACTGTGGCCTGTTTAGTCCAGTTCCTGTTCTTTGTTAAGGACCCTCTTGTCAgaccctgtttttgttttgttattgtttttttcactaaTGTTAGAATCAGTTAGTCATTGCATCCATTCCCTACTTTCTGTAACTTTAGAAACAagttttataatatatgttaattaacatttgtatttccatGCTGCTCTCATACTTTGTACTTTTAACTTCTTAATTTCTAAATCAATGAGTTGTACACTCCTGGACAAAGCTCTGCAAGACCCCAATCTCTCTTTTTAGCACCAAAGGTGAAAcaatttctttatatataatgtttgaaGTGGTTATACTACTCAGTGAACACATTTTGCAGTTGAAAGAAAGGGTGTCCTGAAGTCTTTTGTTCATCAGTGTACAATGGAGGTGTTCAGGTTTGCAGTTAATTCTACTGAATATTGTCATCTAATTTCATGTGTGTATGTCCttatatttttggtttttgtatctgaaatataaattaatgtgtaaatgtgcaaATTCAAGATAGatctataataaaatatatattagttttcagagtttatatttttctatgctTCTTATAACCATGGCTAAAACCTGGCTGTATTTCTCCActtctcctttattttttttagtttgacaTTATGATAAATGCATAAAAGTACTATACTAATGCAATGTATAATTTCAAGACAAGAATTTTGAGTTCTGATTGATTCCCATGCAGCGGACAGTTTTAATAACCTGCAAAGCTTTTAACGAACATTATTATCTTGGTATTCATCTACCTGATGCCTTCTGTTcaatatgattaatttatttatgttgagTTAAAGAAGATGGATTGCACTCAGGTAGTGTGTGCCAGAGTAATAttcataatgaaattaaaaac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K24576 TMEM8A_B; transmembrane protein 8A/B

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00018287 True 5756 mRNA 0.41 13 6716884 6729381

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00018284 arhgdib,LOC108432841,LOC107590585,LOC107685923,LOC107568023,LOC106601960 coding downstream 41677 6653889 ~ 6675207 (-)
AMCG00018283 c2h16orf72,zgc:77849,LOC105900007,LOC107590581,LOC107738628,LOC107685917 coding downstream 123782 6584976 ~ 6593102 (-)
AMCG00018293 grin2a,LOC107685916,LOC107690256,LOC107568390 coding downstream 252027 6309369 ~ 6464857 (-)
AMCG00018286 NA coding downstream 485877 6219973 ~ 6231007 (-)
AMCG00018292 nubp1,LOC107690260,LOC107590599 coding downstream 534072 6158280 ~ 6182812 (-)
AMCG00018288 clcn7,LOC106594444 coding upstream 8204 6737585 ~ 6754642 (-)
AMCG00018285 NA coding upstream 30603 6759984 ~ 6764079 (-)
AMCG00018290 NA coding upstream 46956 6776337 ~ 6777438 (-)
AMCG00018298 NA coding upstream 51390 6780771 ~ 6783583 (-)
AMCG00018299 NA coding upstream 92214 6821595 ~ 6826223 (-)
G115395 NA non-coding downstream 497668 6217528 ~ 6219216 (-)
G115332 LOC100136012 non-coding downstream 670266 6046030 ~ 6046618 (-)
G115279 NA non-coding downstream 962862 5750092 ~ 5754022 (-)
G115278 NA non-coding downstream 966841 5749783 ~ 5750043 (-)
G115277 NA non-coding downstream 968525 5747458 ~ 5748359 (-)
G115534 NA non-coding upstream 272421 7001802 ~ 7002005 (-)
G115577 NA non-coding upstream 1004716 7734097 ~ 7734384 (-)
G115579 NA non-coding upstream 1012593 7741974 ~ 7742210 (-)
G115580 NA non-coding upstream 1013160 7742541 ~ 7742747 (-)
G115596 NA non-coding upstream 1112956 7842337 ~ 7842708 (-)
AMCG00018291 NA other downstream 64111 6610633 ~ 6652773 (-)
G115320 NA other downstream 765829 5950421 ~ 5951055 (-)
AMCG00018251 natd1,LOC107745813 other downstream 1350130 5356846 ~ 5366754 (-)
G115183 NA other downstream 1412455 5300107 ~ 5304429 (-)
G115174 NA other downstream 1429011 5286386 ~ 5287873 (-)
G115581 NA other upstream 1013837 7743218 ~ 7773892 (-)
AMCG00018344 NA other upstream 1912515 8641896 ~ 8648807 (-)
AMCG00018339 NA other upstream 1937356 8666737 ~ 8676808 (-)
AMCG00018364 ubald1,LOC105031098,LOC105928896,LOC106589553,LOC103131586 other upstream 2510431 9239812 ~ 9258202 (-)
AMCG00018390 snu13,LOC101154660,LOC105910236 other upstream 3044925 9774306 ~ 9779545 (-)

Expression


Co-expression Network