AMCG00018545


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00018545
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030135.1
NCBI id CM030135.1
chromosome length 28454832
location 14041641 ~ 14063120 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00018545
ATGACCATGatcactttatttttcagtgttccCAATTCCTGCCCAGCTAGTCCACGTGGGGCGGGATCCTCAGGGTATCGGTTTGGACGAAACATTACCTCAGACCTGCAGCTGGCTGCAGAGTTCGCAGCAAAGGCAGTGTCCGAACAGCAGGCCGAGACGTCGGGAGGTGACAGCCCAAAGGATGAGTCAAAGCCTCCATACTCATATGCACAGCTCATCGTTCAAGCAATCTCCTCAGCTCAGGACAGACAGCTAACACTAAGTGGCATCTACGCTCACATCACCAAGCATTACCCGTATTACAGAACAGCTGACAAAGGCTGGCAGAGGGGCGTGTCCTGCTTCCGCACGCCTTTTGGACCCCTATCCTCCAGGAGTGCCCCCGCCTCCCCTACCCACCCAGGTCTGCTCTCCCCTCACTCCAGCGGCCTACAGACCCCTGAGTGCCTGTCTCGAGAGGGGTCTCCCATCTCGCATGACCATGACTTTGGATCCAAGCTTGCTTCTGTGCCAGAGTACCGGTACACACAGAGTGCACCAGGATCTCCAGTCAGCGCTCAGCCTGTTATCATGGCAGTCCCACCACAGCCATCCACTGTAGTGGCCAAGCCTTTGACTTACATGCCCGCTTCCTTAATCACCTCCCAGCAGCCTTCTGGCCACGCCATACATGTGGTCCAGCAAGCCCCCACGGTCACCATGGTGAGAGTGGTGACCACAGCAGCCAACTCCTCTAATGGGTACATTCTCGCCAACACCACCCCTTCAGGAAACATACAGGGCGGGGCAGACAGTGCTGTCGATTTCAAAGGTATGGGAGAGGAGAAGCCCATGGTGACCTACACAACAATCCCAACTGCCAGCCGGGTGATCCAGGCAGTGAGCAGCCATGTCAGCCAGGGCGGCACTGGACAGACCTTCACAATCGTGCAACAGGCGGCACCCATCTCTCTGGGCCAGCACCAGCTGCCTGTTAGGCCTGTCACTCAGAACGGGAAACATGCTCTCCCCGTCACCAGCATCTCTGGCAATACATACGGCATCACTAACCCACTTCAGATTTTGGCAGCCCAAGCTAGCACATCCTCACCGGTTTTGGTAAACAGGCCGCTCAGTGTTGAGGCTGAAAAACCAACTTCTGCTCCTGGTGAACCTGAAGCTAAGAAGCCTAAGATAGAAGATGACAACGCAGCCCCTGTTCCCCAGCCGGTCATTGTGGCCGTGACCCCACAGCCACAGGATGCTGGTGATTAAAGTGTGAGAAGAGACGGGGAACAACAGAGAATCTTTCTGTTCTGCAGTACCATAAATGTAAGGTGCCAAACAAATGGGGGAAAACATGTCTCTTATTGTGAACTTTAAATgtcagaaagaaaagcaaaccacaaaaaaaagcaattcaGATACAGACAATTGATTGTATAATTTTTGGGAAAGGGGTTTTACAGTGTGTAATGAGCAGGTTCTGagcttaaaatgcatttatccATTAAGCCTTAAAAATAGAGATGTTCCTACTCTTTTGATTACctggagatttttttaaatgtccttcAGAAAATGGAGGGGAACACATTTCTATAAGTTCTCAAAAGTAAGAGCATTAATGTTGGTTTTTAATAGGTACCCTTGAAGTAGCGATATGTAATTTGAGTTGGGTCATGGTGGGACCAAGAAGTACGCAGCTATCTTTAACCATTGAGatcatttaatctttttaaaaagcattatgtttttatgagGCAGGAGAAGTTGAGGGTTTTCTCATCTGCTTTTAAAACTGTTGTGAATACTGATATATTTATCtcccatttttattatttaatgtgagCACCAGGGTCAGATGCAAatcaaacctttaaaaataatacaaatgggGACTGAACCTAATCTTTTCCTTGCCATAGCTTTGGGTAGCATGAGCTCCTTAATGTGGTAATATAAAGTAATTTGCAAACAGACCATTATCATacttacataaaaatgtattttaaatgttgcagtttgTGATTAGTAGAATGTGTAGTGCAAAGTTCATTTTACATGTTGAATCTAAAAAGATGCAACCGCAAACAAGgctaattattaaaaatgtttaatttccaatggataattatttaaacatttcagttggtACAAATAGTACCTAattaagggccggattaaatcaaaactNNNNNNNNNNcgctaatagaaaactacaaatctgtgcATAGAAGCACTTCcattatgattagaagaaagtggcatcttactaaaaatgaaatcGCAActaagtacagttctgtagtttttttattagagggtaggtcaaagttttgatttaatctggccctaagttaaggaaaatataaaaagttgATATCTGTGAAGTTAAAGTGGAAGAGCACATCCCAGGGTAGAAAAGTAGTTGCAAAGCCAGCTGTTTACACTGCTTTTCCATAGTAACAGCAAGAAAGGTTAGAGATTTAATATCCCTCTTTATGTAAATGGGATTTATTACAGTCTGTAGCAGCAGGAAAATGATGGCAGCTTGATGTTTTTAAGAAGTTAGAAACCAAGGAATTTTTTgctttgtgtgaaaatgtaaataagtcTTTAGGCTGAGAACCCTAGAACTCAATGCAGACTTTGAAATTAGAAATATGAATTTGGAACTTAAATCTTGAAATGTACtggaatttaaacaaatatctacttataattaaacatttacagtataCCGGAGTATAAAGCAGCAGGGGATAAGTGCACCAGGTAACTGTCCTTTATCCTTCAGAAAGATCATGAATCCAACTTTGAAATGAGGAATCGCGAGTGTTTCATATTTTACGGGTTAGCAAGTGTCCAGTTATGTAAATCGgttgttgcttttgtttaagAATCCAAAATCGGTtgcattttcctgttttcagatTCTTATGAAGcaattataaatacagcagaataataaaacaaactgattgaGGTTAATGATCACCCTGCAATAATATTATAGATGGTCCTTATTCAGCACAGTTAATTCAGCAGGATAAATTCCTGAGATGCTCGTTatagatttgcattttattttaagtctaATATTTTGAGAATAACTTATTAggtttaaattacttttaagcATCTAGGTTTGTGTGAGGGTAATGAAAAGAGAACGGTTGTGACACTGAATGCTTGAATTTAGCATTATATAAAGAACTAAATGTTTAAAGATGTGTTGtttgcatatacatacatacatatatgtatgtgttttaattatatttattttcccctccaGACTAGTGCCTTAAATGTCAAACCTcaactcaaaaaaaaaaaattgacgccaacactgaaataaaactttgtaaaagtaataaaatggtATCAATTTCTaagcattatttttgtaaaggttttattaaataaaaaggtcaaaCTTTAAATTTTTGACATcagatttaagttttttttttttttttttgtaaatagcaGTACAATAACTGCCTGTAATTTGGTACAGAAAGAATGTCCTTGGTTAGTTgcaattaactttttcagccTTTTGTTATACACCAAGATTGATGTAGATTTATGACCCAAACAcatatacagcatatatattttttctaaatataagcTTATTTCCTAacactttaatacttgttttaCTTCCTGATTGAGTAGTGCTTTATTAGACAAGAAATTTCCATTACTACAGCATTACTGcagcattaacacatttttcctTAAGTTTCAGCTGGAAATTGTTAGCCTATCCTCCAGATGACTGCATTTATTCCAGACAGTATAGTAAAAACACACAAGTTGGATGCTCTTTAATTACCTACTCAGAAGATTCTTTCAATTAATCTTCTAGATAACTGAATTATAATTTAGTGATTCATGACACAGCAGTATACACAGACGAACATAACGGTACATTTTTGCATCAAAAATGAATTATCTTTAGTGGCTGAACAGATTGTTTTAAGCCATATATATTGTCTGCTGTTGAAGAACAGTTCTGTCATATCTTCTTCCtaacacatttttcaaagtaaCATGCagaataggaaaacaaaaatgtcaatggtagttctgtacattttgcaaacatttctttgttttgcttttactttCACAGcctgcaatattttaatttagtttttaatctaAAACTTTGAGTAAGAACTTACCCTTGGCAAGTAGtttgtgcaaaatatattacattaattctgTGCAATTATTAGTTAACTATGTTCTGTTCGTTTTTACATATCTTTAACAAATAAagtaattcgtttttttttttttttttcgttctcAAGTTAAGAATGGTCAGTTTAAGATGCTTAAATACAAAAACCTGATATCAAATCTTTCAACATGTCTGCAGTTTTGGTATGGTTTATTTTGAAGAGAATCACCTTGGTTTCATAACTAAGAGGCTAggttatatattgtttttaggGAGCATCTGTCCTGGCATACAGGTTTATTTCTGAAACCCTCTTCCATGTCTTTTATGCTAATGCATTGTCAAGGCCATGTTACCTCATGGTCAGAATGTAGTTTTTaccaaaaaaacatatgaagtgctttttaaaaataaataaaaacaaagccattGCAAAGACTGTTGTTGTCCATAGTTTAGATAAATACAGTGGTAAGAATTGTGAAAATTGCTTTCAGAATTGATGTTTCTAGCCTgtggtattttatatatttgttccttTCCTTCTAATGTTCTCATGAGTTTAAAGGACCTGGTGCATCCCTAATGCTTTCAGTTAACTCCAGTACCACTGTTATTTTGTCAGAACCAAcaaaaagtattacaaatgtaaaaacttGGGCAGTAAATTAAACTGCATCTGTAGCACAGTTTAAACTTCTGTTATGAGTAAGCCTTTCATAcaacaaacattaaacacatgATGGGGGACTGGCATGCTTATTGTCACTCATTAGTAAATAATATTTGACTCATACATTCTTCACATAAAGAC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Function

GO:

id name namespace
GO:0009888 tissue development biological_process
GO:0007389 pattern specification process biological_process
GO:0009790 embryo development biological_process
GO:0008301 DNA binding, bending molecular_function
GO:0000287 magnesium ion binding molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00018545 True 5392 mRNA 0.37 7 14041641 14063120

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00018546 NA coding downstream 5009 14021055 ~ 14036632 (-)
AMCG00018535 wipi2,LOC107720064 coding downstream 125686 13903619 ~ 13915955 (-)
AMCG00018532 NA coding downstream 184051 13851411 ~ 13857590 (-)
AMCG00018531 smurf1,LOC107720062,LOC107591759,LOC107703417,LOC107581717 coding downstream 209256 13783853 ~ 13832385 (-)
AMCG00018529 NA coding downstream 296537 13743989 ~ 13745104 (-)
AMCG00018548 foxk1,LOC107720067,LOC107703411,LOC107748300 coding upstream 26676 14089796 ~ 14090200 (-)
AMCG00018540 LOC103397138,LOC107554284,LOC100698873 coding upstream 80056 14143176 ~ 14152386 (-)
AMCG00018541 tfip11,LOC102785266 coding upstream 90403 14153523 ~ 14158352 (-)
AMCG00018542 NA coding upstream 98869 14161989 ~ 14172891 (-)
AMCG00018543 NA coding upstream 110981 14174101 ~ 14178312 (-)
G117015 arpc1b non-coding downstream 75372 13897500 ~ 13966269 (-)
G117012 arpc1a,LOC102781765 non-coding downstream 151538 13887421 ~ 13890103 (-)
G117011 arpc1a,LOC107388895,LOC107674705,LOC107703414 non-coding downstream 154274 13886309 ~ 13887367 (-)
G116949 NA non-coding downstream 421209 13620223 ~ 13620432 (-)
G116931 NA non-coding downstream 506805 13528696 ~ 13534836 (-)
G117066 NA non-coding upstream 32171 14095291 ~ 14100107 (-)
G117122 NA non-coding upstream 169676 14232796 ~ 14233624 (-)
G117221 NA non-coding upstream 249138 14312258 ~ 14399555 (-)
G117223 NA non-coding upstream 258965 14322085 ~ 14408949 (-)
G117227 NA non-coding upstream 294315 14357435 ~ 14402346 (-)
AMCG00018528 LOC104956910,LOC107742399,LOC107591749,LOC106595856 other downstream 313771 13645368 ~ 13727870 (-)
AMCG00018522 NA other downstream 784391 13253085 ~ 13257250 (-)
AMCG00018490 NA other downstream 1751097 12287568 ~ 12290544 (-)
G116577 NA other downstream 2130305 11911014 ~ 11911336 (-)
G116428 NA other downstream 2838753 11199578 ~ 11202888 (-)
AMCG00018555 LOC107689851 other upstream 179425 14242545 ~ 14263154 (-)
G117267 ywhag,143g1,ywhag1,LOC106603950,LOC108233911,LOC107387033 other upstream 440283 14503403 ~ 14520875 (-)
G117377 NA other upstream 673018 14736138 ~ 14738312 (-)
AMCG00018617 ypel1,YPEL1,ypelc,ypel2b,LOC106931471,LOC103374080,LOC108277989,LOC106586007,LOC106940241 other upstream 1435542 15498662 ~ 15518315 (-)
G117784 NA other upstream 2945778 17008898 ~ 17009301 (-)

Expression


Co-expression Network