AMCG00018687


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00018687
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030135.1
NCBI id CM030135.1
chromosome length 28454832
location 18538418 ~ 18547368 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00018687
ATGCGGCTCTCGGAGCGCCTGATGCTGAAGATGGGGTTGATTGGGATGATCTGGATAAGAAGGCATGGGCGTTGCGCGTCCACCGCCATATACCCCTACATACCCCCATATACCCACACATACCCCCACATACCCCCATATACCCCCACATACCCTACCCTGACTGATGTACGAAGGGAGCTCTTCCAGGACATCGCTCCTCTGCAGCTAATCAGACTAGATGTCACTGTCCAAAAGAACCGGGTCTGCCTGAAGGAAGTTGACAGGCTGAGGTGCAGCGTCAATCCTCAAGGTGATGGGaagttcccaaattgttgggTAATCCCATCACTTGAGGCCAAAAGTGAGCACTTCCTCTCCTTCCGACCCACCGAGACAAGGCTGGATATCTTCCTGCATAGCTTCCTCAGCCAACCCTAGCCAGAACTCTGAGATTTCTGCAAGAAGCTCCTTCTCTCATGGGTAGGCAACCATCGAGAGGCTTCTCCATCAACAAGGAGGTGGAGACCTGTAACATGCAGGAGAGCACAGTCATCGCCCAGAGACTGGTGTGTGACTCACAGAGGGAGAGTGAGACCGCTGTGCAAGAGCAGAAGAGAAGCTTCAGAGGACTACTTAGGTGAATtgaaaaagaagaggaagacTGCTGGAGGTGTCTGACAGCTTGGAAAGGGATGCGGACAAGTTTGCTGAGCAAGCAGAGAACAAGTCAGGCACCTTGATGCCTCCGCTCCTCACAAAGTCCAACACCCTCAGCAAGAGACATAGTGAGAAAAGGAGTGAGCTAGAACATGTCAAGGCAGAGTTGGAGACTAAAGGCTACAGAACTGAAACGCATGCCATGACCAGTGTCTGTTGGAGCAGACACCCATCTCTCCAGGAGTTGAGACCTGCCTGCCAAAACAAAACGCTGACTGCAGAAAGTGTTGTTTCTTTAGAAATCTGTAACTGGCTTTTGAAAAAGGATTATGGTTTAAACAATGTAAGCATTTTAATTCAACGAGGTTTGCTTAGGCATTTGTTACGTTATATCCGACACGTACTATATAATATTTAGGCtatttatgattttcttttacaGGGGAATCCAAGTGCTACACCCTTCAGGATTAGGAAATTGCTCCATTTTAGTCTTTGACACCCCTGTCTGCCTCGCAGTGGAAGTGCCATTTTGCTTGGGTGACCTCCGAGTCGGGAAATTGTTCTAGTGCAGCACCATGCTGGAGCCAGAGAGTCTGTTTGGAAACCCCTCCATCCTTGGGGAGTTTCTTAATGTGTGGCATCGAGGAAGAGGGCCAATTCCTTCAGCGAGGCATCAGTTGGCTGAGTGTAGAGTGAGTTTGCTGTACAATAACCGTTCGTACAGGGGGGCCGTGTGACCTGATGGATGGGTGATAGCCCGACTGGCTGTGCTCCTGACGTGCTTTGTGTCGAGACACTAGTGGGCAGTGTGGCCCTCTGGTCTTGAAGCCTCTGACAATGGGGGGCCTATTTGGCAGAATTTGTATGTTCTTCTCCAGCTTTGAGGCGCCATCTCCTTTTTAACAAGCAAATTATCTTGGCTAGCTTGTGGttagagggagaggagagacaaaAAGTGCACCAGTGCAGGATTTAATTAATCCTGTTGCGTTAAGGGAGGTTTCAGAAGGTCGTTTAAATTATGCATCACTGATTGAAACTTATTTTATGGATGCATGTGCAGGGAATCTTTAATTTGTTGTCATGAAAAGATGTGCAAGATGGTTTATAAATTTTGCTAATCATAACCAGGAATGAAAtgactgtatattaattatgcTTAAGACCTTGTCATTTCCCTGCCGGGCAGCTACCTGAAAGGTTGAAAAGTTTAGCATATCTGAAGTTTAGGGTGAAGTGGTTGGTACAATTTGAGCTTAAATGTAGCGCGTgggtataataaataaaatctataataataatgtagttgaggaggtaaagaaacaggcgtAGCTTGTGAGACGCACATGAGTTCAAGTAACGGGAAAGGCTGAGTACTTTGTCGTGATCGTGTCATGTGAGTTCAGCTTTGCGCGTTGCAGCAAACTGTTTTACATGGGTGTAGCTGCTGCCTCCGTCATCtctcaaggttttgttttagtagccTTGCCCCAGGTAAACCCAAATAATCGacgattaattacattttaggattttagtagattttaataattgaCGTTATCGCTAAGTTGTTGCAGCCCCGCTGTCGCTGAGTACTATTGTatctgtaagtgtgttttaatgatgagGCAGCTAATGCCACCTAGTAGTCGATTGGATATTGTGCCATATGAACCGCTGCAACACTGGGTCATGAACGTAATTCGTGGGACTGGTAGTTTGTTGCCTTCTCGGTTAATTGGGACAATCCACAaccgaactacatttcccacattttctACCATAATAATGATTAGTGTAAAATATCGTTATCATAATCATGtcaatgtagtatttccttATAGAGTTCAAATATTGTATTCGCACTGTGcacccaaattgtatttcacattcgcACAACATGCGCAAATGCGCGTAAAACACttgcactgtagagccctgcAAGGTGTCTATTACTTGGGTTTTAACTTGggtttttgtgtttgaaattTTCTAATCTGTCCTGTAGACTCAAGAGAATTTTAGCACTTAGTGAGTATTCAGTTAAAGCCACTTATTCCACAAGAAGGAACTAAACCTGCTATACGTTTGAAGGCGGCAATACCTAACCTTGCTGTACTGCTCCTgtctactgctgctgctgctttacTGCTCTTCCGACGGAAGGTTTGACTCTATTCTTATTGTATGTGGTATGAATTAGACCCTGTTTCAGGCTTAATGGGATGAATCGTGGGGAACGCTATACTGCCTGTTTACTGGGAATCGGACTTGAtacttgttttttctctttagtttctttttcgaatgtgttttttgttttcgaACTTTATGCTTATTTTGAGTGTGTAATAGCATTCGGTTTCGTTACTCCTAATGGACCTAGAATGTTAGACACGGACAACCCAAGAAATGAAACGTGTGATAAGTGTCAGCCCAGCTCTCTCGGGTCGCGTGGTCAGACTCTCTGGAAGATTAAAGAACGAGTCTGCCATGGAGACGATGCAGATACTTCGCAACGTCCTTCACATTGGAGCCTGCAAACATCACAGCGGTTGGTCAACACAGAGCCACAGAGGTGTATTATCTCATTGTATCATGCACCTTAGATCCATTCTAACAGTCTTAGAATTAATTTCAGTGGTGCTTGTCTGGTTGTGCTGTGCATTGGTTTTCGTCTCATTagatatctgtgtgtgtataagatGCCTCGATCTTCAGCGGTTTCTTGGCATTTACAGACGTATCCATGTTTGTGGTTTCCACCTGTGGACGGACGCACACAGACAAACTTCAGATGCCTGAAAAAATACAGGCAGGATGGAAATGGACTTAAATGTAACCAGTACTGCAGACAAGCTCCAAATGAGTCTGTATCCTGTAGTGTGAGATGTATGAGGCTGTTTAGGGGGTCGGGTTTCCCTGCTGGCCTGCCTCGTACTCTCTGGCCTCCCTTCAGGTGTTCTCGCTTTGGGAACTTCAGTCTTGATGATGGTGTCTCGGTGGCTTGGCTTTTGGTGGGTTCTATTGTCTGTGTGGCGTGGCTTGGCTTTGCTGGCACGGGGGCAGTGTAATCTGCGCCTGGCGCACAGCCGCTGCCCATAGCGTCCTTCACATCGGAGCCTGCAAACAGGCTTACTGGCACTGTCATTGTGCCTTCTCTGGAGCAACGCCAGGACAGTAAGTGCTTCAGGCACCACTAAGGTCAAGACCAACCTCAATCTCGGAACCCAGTTCTGTGCCAAAGGAGATTAGATAGTCAGTAGGTTACTTCAAATTGAAACCGGAGCAACTGACAATTCTTTCAAAGTTTTAAATGTCCTGGATTCTAGCCTTACACCGTTTACActcttaaaacaattaaaatattaaaagcagaggcatgtttttatgtgatcaattttaattatattcgTAAACCCTACAAGCATAATAGTAATCCTAGTATAGATGCTTCCCGACTTACTTAGCGATCCTGAACTGGGTGACTGAGAAGTCTGTGAGTTAACGCTGTGTGCTAACCCAATTACTGATGGATGAAAAGAGTGTGTTCGCCATCTGTTCTTGTTGTCCTGGCGTAGACTACGGCCAATAGTAGTCTGTGTAACTTCTGTGTTGAAATAATAAACCGTGTATTCATAAACGTT
>TU147958
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00018687 False 4289 mRNA 0.45 3 18538418 18547368
TU147958 True 4636 lncRNA 0.45 3 18538444 18545559

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00018689 LOC106585651 coding downstream 2508 18535525 ~ 18535910 (-)
AMCG00018690 NA coding downstream 6107 18529422 ~ 18532311 (-)
AMCG00018683 NA coding downstream 517204 18001743 ~ 18021214 (-)
AMCG00018682 NA coding downstream 552654 17984479 ~ 17985764 (-)
AMCG00018684 NA coding downstream 554509 17982629 ~ 17983909 (-)
AMCG00018688 NA coding upstream 9973 18557341 ~ 18562421 (-)
AMCG00018696 NA coding upstream 25774 18573142 ~ 18575337 (-)
AMCG00018695 NA coding upstream 30759 18578127 ~ 18586515 (-)
AMCG00018694 NA coding upstream 58880 18606248 ~ 18634128 (-)
AMCG00018699 NA coding upstream 95131 18642499 ~ 18643149 (-)
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G118008 NA non-coding downstream 238311 18299848 ~ 18300107 (-)
G117994 NA non-coding downstream 476874 17981829 ~ 18061544 (-)
G117978 NA non-coding downstream 671433 17865067 ~ 17866985 (-)
G117933 NA non-coding downstream 776858 17760550 ~ 17761560 (-)
G118101 NA non-coding upstream 105398 18652766 ~ 18659398 (-)
G118100 NA non-coding upstream 109097 18656465 ~ 18657534 (-)
G118115 srsf9,LOC107692023,LOC107560829,LOC105025588 non-coding upstream 185720 18733088 ~ 18733820 (-)
G118147 NA non-coding upstream 335691 18883059 ~ 18885984 (-)
G118223 NA non-coding upstream 631113 19178481 ~ 19178740 (-)
G118075 NA other downstream 64173 18466368 ~ 18474245 (-)
G117899 NA other downstream 934570 17603356 ~ 17603848 (-)
G117823 NA other downstream 1282147 17226090 ~ 17256271 (-)
G117784 NA other downstream 1529117 17008898 ~ 17009301 (-)
AMCG00018617 ypel1,YPEL1,ypelc,ypel2b,LOC106931471,LOC103374080,LOC108277989,LOC106586007,LOC106940241 other downstream 3020103 15498662 ~ 15518315 (-)
AMCG00018703 triap1,LOC106568193,LOC106564228 other upstream 197766 18745134 ~ 18746820 (-)
AMCG00018715 ankrd13a other upstream 290386 18837754 ~ 18845144 (-)
AMCG00018723 NA other upstream 491189 19038557 ~ 19047717 (-)
AMCG00018742 wscd2,LOC106584983,LOC105898177 other upstream 920400 19467768 ~ 19498979 (-)
G118434 NA other upstream 1440306 19987674 ~ 19988168 (-)

Expression


Co-expression Network