AMCG00018930


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00018930
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030135.1
NCBI id CM030135.1
chromosome length 28454832
location 26777635 ~ 26797720 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00018930
AGggaaatatgtgtttttctgatTGTTTCCCCAGGTGCGAGAAATTTTGGGACGCTGCTCCTGCCCTTCCCAGTTTCCAATGACTAAGGTTTCTGAAGGGAAGTATAAAGTGGGGGACTCCAGCGCTTTGATCTTCATCAGGGTGCTGAGAACTCATGTGATGGTGCGAGTTGGGGGGGGCTGGGACACCCTGGAACACTACTTGGACAAACATGACCCCTGCCGCTGTGCCACTTTTGCCCATCGTTATCAGCAGTCCAGATCTAGTGGACTGAACCCCTATAAGGCTGGAAGTACCCACCCCTTTCAAGCCCATAGCACTGGACCTCAATGGAGGACAGATGTAACAACACAGTTCAAGACACCAGACAGACGGACTCTGGACTCCTCTTCTCTGGGCCGCCCCCATCgcccctccctccctgcagAGCATGACAGCAACACAAGCCGGACACTCATGTTGCCCAGACCACCCAGAGACCGCTCTGAACCACGACACTTCACCCCACTCAGGTCCAAGGATTCTCTCCCGGTAGTGACTCAGAAACTCTCCGGAGGCAGCGATTCATCCACAGCATCCTCCAAGGGTGGTGGAAGTAGACCCTCTCTGCCTGAGGGCAATAGGCCCATTGAGGAAGTTGTACTACTGGTAAACAGAAGGGAAGGTAAGCATGTGATTGAGAGACCTGGAGGTACCAATAGCCCTGGCATACACCCCTCCCAGCTCAGAGCTCGCAGCCAGTCAAGAGAGCGCATCACAATGCTGAAACCCAATCCACCCCGGGACATCCCCAAACCAGAAGGAAATAAGGGGAGGCCTGACAGAGGACGTTCCCTGGGCCCTGATCATTTCAGGAAACCACAAACCCCTAGGTCTCAGAGCCAGGGAAAACCTCTTCATAGGGGCAGAGCCAATGACATTTCTCTGGGCTTCCCAAGAGTCAGAGATACTGAGCAGATCCGTGGTGAAAACTCATGGGAGGACAGGGTCAAAAGAGGGGATCCAAGAAACAAGCATGGGACTCCGAATTCTCCAAAACTTGGGAGTGGAAATTTCCCCAGGAGACAGAACACCTCTCCTTTAGGAAAAGGAGGCCAAAACAGCCCAAGCAAGAAGACTCCAACTCCTCGAACAACTGCCCCTTTGTCCCCAGCCCTAGGAAGGGGCAGACTGCTACCTCCAGTCTCACAGCCCAGACAGAATGGACCCAGAGGCACAAATGGTACTCTCAATAGAGGGGGTTCAAGTGAGTGGCTGGATGCAGAGGATGAAGACCTAGGATTGACTTTCCAGGGTTTTCGGTCTTTGGAACCTAGCCAGGAAAAGGAGCTATATCAGAGCTTTGAGGCAGAGTTTTTGGCAAACACTcaaataggcagctttgttgaGGAAGGGAGTGATTTTGTAGGACTCCACATGCAATCATCACACCAGCAGGCCCTGCGGCAGCCCCCTTTGGGGGACCCCAATGTCACAGACTCTGCATACTCTTCTTCCAACTCCTCAACTTCCTCCCTAAAAGTTGGAAATAAGCTGGGGGTTCTGCCTGATGTCCCGGTATATGGCACCCAGCATCCCTTTACCTCAGAATACAGAGTCCAGGTCAATGGCTGTAATGAAAGCAGTTTTGATAGTGATCCATGGGGAGGCCACTATGAACCTCCAGGCTGCAAGAAGCTGCCTGTTCTCTCAAGCTCTCTAGAGGAGAGTGCATTTCTGTCATCTCTGaacaacttgaaagataaagaGCTTGTAAATTCAAGAGCAGCAAAATATACACAGGATCTGAAAACTGGGGACTTGAGTGGCATTCATGATGTGAATTCTCAAATCCATCAATCATTGGGCTTTGGTCCTAGAACAAGAGGTGTGATGAGCTTCAAAAAAGAGAATTCAAGAACGCACCTAAATTCAGACGGCCTGGATGGAGATGAACACCTTGAAAAATCTGAGAACCTAGAATATGTCTCTGACCTTGAGGAGGATGATGATACCACACTGCTGCATCACGAGGTGCACCATCTACCTGTCTCGGAGGACTGCTCTTTCCTGGACTCCTCTAGTGAAGGCTCTTCCTCCTTGTGTGTGAGCCTAAATGAGGCCCATTCTTCTCCTCCTGTTTACACTACAGACTCAGGGGTGGTTCTACGGCCCAAAAAAGCCTTGAAGAAACCTGAGAGAGTGCCCTCAATCTACAAACTCAAGCTGCGTCCAAAAATTCGTCCCCGCACTGACAACCGGCCTGAAAAAAGCCCCTCCCGCATCCCAACTCCTGTGAGTTACAAACATGCACCCCATCCCCCTCAAAGCCCCAGGGTGAATGTTCACCCCAATTGGGCAGCTGATCACACATCTAGGAAGGCTCTGCATCAGGTCTTCAGAGATCTGATTGATCCCAGGGCTGAATCCCCTTTGGAGGACCAGAGAGACTATTCATCTGTGGAATCTGGCAGTTTGGATGAAGAGGCCTGGATGTAGATGGAGAGAACATGTTTGTGATTGCATTATTTCCTCCCTGCTATACTCTCTTTTAATGTTAATGTGTGGTTTCTATCCTTTCCTCTTAGGGAGATACATTTTGAGAAACAACAAGTAGTTGAAGAAAAAATGTACAAGAAAGATTGCACCACAGTTGGTCAGTAACATTGGGGTGGAGTGCAGTTTCAAGAGTTCAATTTAAAGCCATTCTGACCAACAAGTTGATAAAGTTTGGGTGAGGATCTGCAAAGCAAGACACATTCCATAAGCCTAGTGAGTCTGTAAGAGTTAATAAAGGGTCATAATAAAGACTGGTGTTATATGTACCAACTGTGGTGATTATAGTGACCATCAGAAAGAAAGGATGGTAGTGtgatttaataaattacagtCTGGGTGTTTGGACATTTTTCGTGCTATTAAAGCACTAtcaacactttacatttaacTAACTCCACCCTTGTTGTAGAAAGGGTGTAACACACTACAGATGTACAAATCCTATTGTGTTGCATTGTTCACACTACAAATTATAAGTTATGACCTTGATTGTTTTGTGATGAGctgtatgtgaaaataatgtaagtGAGACTGGAAGATAGTATAGCCATACTAGTAATGAAAACTGATGCACATCCAATATAGTGATATTGGTATATTCAGGGCAACTGCATATCATGTTtactaaaaatattaaatcttgGAGGCCTACCATAACTACCTACTGCATTTCTTAAAAGGTACAACAACCTCAATCACAGATTATTGTACCTTGATATTATAATAACACCATTTTGAGGCTGATGGTAAAATTCAACACTCAATGTACATTCTATGGCTAATTAAACATCATATTCTTGCTCTCTGCTCTAAGTTCAGCCCCACTGGATAACTTTAATGTCCAATTcaatttatttggttttagCAGGCTTTGTACCTTGTATTGTACAGCTGACAACTAGGTCattaaagaaattataaatgtagAGCCTAATACAGAAATGCACTTTGTTTTCAAAGCCTATATCACATGCTTGCTTAATGATTTAAGGATAATTATGCAATATTCACTTTTTTGtgattatataaaaatagaaatctaAGAAACTACAGTCTAAAAATGAACTCAAATTGCATACAAGAATATAAAGGTAAGGAGTGGTTAGATATGCAACATACTGGATATTTTGTGTTGGCAGTGGTGATACTTGCCATGTAAATCCTAAGGCACAATTTGCGGGATTAAGCCCAACAGAAGACCAATTTTTAAATCAACTAGTAAACCCTAATCAGCATGTTTATTATCACATGACAgctattcttgtttttttttttttgttgtttttttttattgttcagaAGTTGTTTTAAACCATAAATcctaaaatgttgtttaattgtaatattttatatgtaattaactaatttttattttgttatgttttgccATGTGTTTTTTGCCATTCTGCTTTTTAGAATTGTCATTCAGTTTGATGAACTTCTCTTAAAGGACATATGACAATTCATACAATTACATAAGATAATAAATAGAATATAGAACTATTTGGAATTTCATTGTAATCTGAGTggtgtatgaatatatatttctaaggGCCATCTTGTTGTAAAggcaaaattaaatttaatgtcATTTTAGTTGGTCAAGTTGTAGCTTGGGATTGCTGCTTCTAcaagttgttttttcctttctcccaGTTTTCTTTACATGTTGAAAATGGAGCAATCAAATAAAGTAATACTATAACATccatgaaaaagagaatactgcATCCTTCTAAGATAAGGTTTTACACAAAGAATACAATGGTTATTCCAActaatatttcaatataatttttacatatttcttcTAATGGCTAGCTGCTGCTGCTTATAATCTAGAAagaaaacagtataaaaatgacatttgtatatataaacttaatattatgtatgtatgttatcCTGCCTCAGCTATGCAAAACAGCTGTTAACAATGTTGCCTTGATTCCTCTTTGCCTTCAAATAATGTCTGCTCACAAATTCCATCCTCCAATGCACTTTACTTCAGTCAATGGACATGTCGGCATTCTGAAAACTATTGTAAACCCCTATTTGAAGTTCATTATCACAGCACAACTGTCAATTCTAAAATATTACTGGTTTCGGGTTACAATAACAGTCAGGCTTCAACTTGCTTATATATTGCTAttacaaaatctgaaatgttgtTCAGGAAACACACAAACGAATGTGATCTGATTGGAGCCTGAAAAACATTGACTTTAGTGTTGTTGTAAATTCAACCCTAAATAATGTGAACAATCTGAACAGATACGAGTCTAATTACAAACCACTTAGTAGGTTAACAATTTAGTaggttacatatatatatatatatatatatatatatatatatacttaattcGTTTATTTTCAGGATCACATTCCATGGTTTGACTGTTTTAGTGTTACATGATGAACTTGAAGAAGGGACATTCCAGCAGAATGGATACTGTTA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>TU150156
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>TU150157
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00018930 True 6436 mRNA 0.40 4 26777739 26797720
TU150156 False 1606 lncRNA 0.34 1 26777635 26779240
TU150157 False 1006 lncRNA 0.33 1 26777635 26778640

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00018931 ap1b1 coding downstream 6346 26733267 ~ 26771289 (-)
AMCG00018928 rasl10a,LOC106584972 coding downstream 152087 26623824 ~ 26625548 (-)
AMCG00018926 NA coding downstream 366850 26367350 ~ 26410785 (-)
AMCG00018925 slc35e4 coding downstream 421027 26344630 ~ 26356608 (-)
AMCG00018920 NA coding downstream 1176972 25596536 ~ 25600663 (-)
AMCG00018933 gas2l1,LOC106580329 coding upstream 27542 26825262 ~ 26825957 (-)
AMCG00018932 NA coding upstream 47050 26844770 ~ 26869193 (-)
AMCG00018938 LOC107673410,LOC107730716,LOC107592308 coding upstream 75174 26872894 ~ 26943014 (-)
AMCG00018937 NA coding upstream 145344 26943064 ~ 27063981 (-)
AMCG00018940 NA coding upstream 419442 27217162 ~ 27224946 (-)
G119774 NA non-coding downstream 275715 26501001 ~ 26501920 (-)
G119770 NA non-coding downstream 316475 26460618 ~ 26461160 (-)
G119713 NA non-coding downstream 434557 26319977 ~ 26343078 (-)
G119691 NA non-coding downstream 626564 26119422 ~ 26151071 (-)
G119685 NA non-coding downstream 664482 26112864 ~ 26113153 (-)
G119825 NA non-coding upstream 13164 26810884 ~ 26812556 (-)
G119826 NA non-coding upstream 15394 26813114 ~ 26813426 (-)
G119891 NA non-coding upstream 424786 27222506 ~ 27278009 (-)
G119912 NA non-coding upstream 558105 27355825 ~ 27356032 (-)
G119929 NA non-coding upstream 667667 27465387 ~ 27468649 (-)
AMCG00018929 NA other downstream 292320 26451724 ~ 26485315 (-)
G119545 NA other downstream 1590227 25186207 ~ 25187408 (-)
G119538 LOC108444117,LOC105014832,LOC106563153 other downstream 1605991 25134771 ~ 25171644 (-)
AMCG00018898 NA other downstream 1693049 25075398 ~ 25084586 (-)
G119144 NA other downstream 3971297 22804345 ~ 22806338 (-)
G119827 NA other upstream 15760 26813480 ~ 26814073 (-)
G119893 LOC101154678 other upstream 433153 27230873 ~ 27242574 (-)

Expression


Co-expression Network