G117015 (arpc1b)


Basic Information

Item Value
gene id G117015
gene name arpc1b
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030135.1
NCBI id CM030135.1
chromosome length 28454832
location 13897500 ~ 13966269 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU146575
CTTGATCTTAAAAATACACTCAGGAAACATTCACAAATTTCTATAGTTAAAGCTAGTATTACAGCATTTAGACAAGTTAAATCCACACAGTAACAAATAATATACTTCTTTAAACTATATAGAGATACAAAGTCAACGtagattttttaatatatatgtgtattaaaaaatcATTCCAAAAGTCTTAGGCAGTGTGGctatattattataacaacCTGGAATAGGATTATCAGGAGTGCAGCAATGAAAGTGGGGGAGAAATATTTAATCAGTGCGGTTTAGTGATCATTTATGTTAGTCCCACATCTTGACTGTAAACCAAAGCTATTTAATAGCTTAATTTTAGAGATGACACTATTTACACTGTTTATGGGGCTACTATGTTATTTAATGGGCAAGTAGGAGAACATCAACACTTGCAACCAACAGAGCAGAGGAGCACCTTGCCGCAATTAAAATTCCCAATGCCTGTTGGTATTTTTAGCTACAGATAAAATTATATAAGCTTGACATGAGCAACTATTATTCACTAAGTAATTAATGAATTTGTTCTAAaagaagttaaataaaataatgttttgtgtgtattgcaGCTAGGAATACAATTGGACACTACTAAGGCATTCCAATGACTGGTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGAAGGAATCACTgatgtttaaaattgtaaatattttcattataatacatttttaacacagaggacagtgggACAATGGCACAAATGGCTACATTAGAACTTGCTCTTCATTCTCAACCCTGAAATAACAACACATTCTCTAACATTCTGGTCCTTTCTAGAGCCCTGGCAAACATGCAGCGTAGACAAACATGCAAATGCTTCTCagactgggattaaatcaaaacattgacattGACCAATAATGGCCAATTATAACCCTGTTAAAAAAAAGCCATccaacttttgatttaatcacaaACTTATTTGTAACTTCAGCCATCTGAAATGTTTACGGTTTCTTTATGTGAATATTGTACTTCAATACTATAAAATGTCTTACTATTGGCAAAGACTTACAAAAGTcacatacagatacagatcACTTACAGATCACATACAAGGTCAAAATTATATCAAaacttttattgttgtttaaagaTTGTTTTGAAGATCTAAAATCTCAAAGATGGCTTATAATTCCTTGTGCTCACTAGTTATACACGGATGCTATTAAAAAGGCATATCTTTATTGTCTCCAGCAGACAAGCAACTATAGAAAAGAGAATAAATGaccgtgtgtatgtgtgtgtgtataaacgCACACAAACggcatatacacaaacatacatacagttgGATGCAAAATACTcctttggaaatgtataatttatcgAAAACACTTACAGTAAAAATATTGTAGCAAAAGTGCTGTTTTGGTGGATGAGGAATAAAGACAATAGATTTGTAAATAATTGATTGCATCAATATGCTATTTAAGGCACATTTATCAATGTTAATTActaaatagatttaaattgtGAGGATCTGTCATCTTCAACTTGTATCAAAGTTTCCTCAATTAGTTTTAGATGGGAACTTTGGATAGGCCATGATCAAATCTTGATTTGATTCTTCTTTAACAAATCAGATTTTGATGTGTGCTTCACAACATTGTTGTGTTGGAACATCTGGTTCAGTTTCAAACCATATATACATTCCTGTACCAGCAGATTTTTGTTTCCTCACTACTGAAACTGttattttaactgaaaacaaGTTGGGTCTATACATTATGACACTCCCTCTGGCTTGCTATCGAGGAATGTGTTAATTGCCGTTTCTTGAAAGAAAAGAGCATTATATTTCCTATTGGATTTTAGCCTTGTCAATTTGCTAaaccaattatttttcattgatcGATGTTCTTGTATGAAACTGTACCCATatgaaaaaacacttatttaaccATCCACAAACTGataacagttttctttttcagtctttcatttttaatttgaattaaaaaaacaatctactTTAATTCAAAATTCCTTCAAAGATATTCCACTTTTTTGCATATGGTAAGTATTTGTGCACTTTTGATTTAGAGTCAGTATCAAACTATGGAATCAATCCTAACAGGAGAGTTTCCATATCCAAACTATATACTTTTTGTGGATAGAATATTCTTTATTGCCTTGTCAGAATGTTTGAGTGTATAAAACATGGTTTCTTTGTTCTGGGTTTCAGTTTATCAGAAGGATATGTCCCCACAGATTATTTTCCCACTATATTGtcataattatgcattattatcattatactatatattatactaAAATGTGTAGCACCTTGTAGATAATACTATCGGCATCAaagtatatgattttttaaattattatttaaatagctgaaatacataaatgtataactctatttcttttcacttttgtaCCTCCTCATCCATGAAAACCAAACTTTTGCTTGAGATGgtttttcatataattatttagttacaatatatttctaggaattatacattttcagtggggtatgtaaacatttaactgtgtgtgagtgcattaAGTCATagtgttttttgaaaatgcattttgtaccCTCAATCtgtaacaaatattttgaaaaattataACTAAAAAATTCCagtctcaataaaaaaaaacagtgcataaATGCCTTCACAAAACaatTATTTGCTATTCACTGCTTTCCAGTTTCTGACTAAAAATTCAATGTGACACAAACCTATGTGACAGGTTTTGAAgacctttttgaaaatgtaaatgaaaaaccaCAGCTGCATGTCCACCAACTGTTCACTCTGGGGAAATTGCCACCTTCACAACCTAGGATTTGGTCAATATGGTCTATAGGTGTATATCAAAATGACCATTTAAAGAGATTGTCTAATCATAGCTTTCATAATGCTGAGAATCAAAGTCTGCTTTCATATTGAATTTAATTCAGTATAAAAAGTGGCAATGACTACAGGCAATTCTATTGAATATGTGGAATGTAACAGGCTGTTTCTGTGAGTTGAGGTAAATAACACACATCTGAAACACCTtaagattataaaaaaaaaataactatgagatgattttaattaaaataatccattAATTACTCCAACATACTTTACTCTAAGCAAAACTCATAAAGCcatgctgtattttaatttaaaaaatgtttttcttttgtgaaataataaattgaCGGCCTGTATGTTTATTCCCACATCATCCCTCACTTGACTAGtatcagaaaataaacagtaacaTGTTTtcccttaaaatatataatatacatattttaaaagatatttcacattgttatttttttcaaggaAAGGATCAAACAAATACTCAaatgatattaaatatataaataatatattatacattaaaaagtatgtCAATACATATTACAATGACAACACatcagaatgtatttgtttcatcaTTGTATTACTACCCGCAGAACAAACACGttgatttaacacatttatgagTGCAATTAgggacaacacattttaaacacaaacagtaaaaacagtacaacaaacttacaataaacaacacaaaaacaaaatgtgttgtccTTCGTCATACtttgtaatgcattaaaaacaacagcacacatTTGTCCTAAGAATGTAGTGTtagaaaatcacaatttaatgtAGAAAAAATACTGAGGCAGTCATCTTGATATTGAATAGAAAAGTCATGACTATGAGACATGAAGACTTGCAAGATAAAGGCATTCAGCAAAAAGGCCGGTGTAGAACtacaatgtattgtattctgCTCAAGAAGAATTCTCACTGTTGAGtttcaaaatttaaatgaaCAGAGAACAGGCACAATCCATGAGCTGCTTAAATGTAGACCATAATATCCAAACATGGGCCTCATGTTGAACAccttttttgttgatttatgttatatcatgtataataaataaataatatacattaattaaatacaaactttataatataaacaatgcaTTGGTCAATGGGTATGAAATGCCAGGCTATACACTGTTTTAAAAAGCGACGCAATTCATTCTGTCTTGTACaaagcaaacataaataaataactgaaacaaCTGTTCAGTTTCCTGAATTACATTGTTCAGTTTgcagaaacaaatgcacactGCTTGAAGAACAGCTGCCCAGAGGTGTAGTAAAGGTGTATCAccttaataataaacaaactgacCACTTGTGACTTTTAGCAGTTATGCTTTTGATATTAGCTTCTATGCATAGATGAACTGCGGCCCCTAATACacctgatttgtattttaagttaaatgttaaTCTAGTGCACCACATCCAACCCCAGTTTACCACCTTGGATTGCCACAGACATGGATACAGCAGCACAGGATTATTTGCAAGGATTGAATGTAAACCTTTGTTGAATTGTACAATGAAAAGAAGTATAAACTGTAAGTCTCTGTTGTTAGATTTACTCTTTGAATATAATATTTAGTCTCTCCCCCTATGAGGTAACACTGGatattttgaatgtgtaatattgcattacattgtGGCATTAGTatgatattttgaaaagaaaaacacaaaacatatacaaaaaataatgaaacaggCTGAGACATGGCAAAGGATTGTCAAGTACACGATAAAGTATTAGCCATGGCACTTGCAAGTATGAACAGGGGAGTTATAACTGACTTATTagtccaatttaaaaaaaaatgtgttgaaaatgttcaccacagaaaatataaaaatctgtaCAAAACAAAGTTAGTGAGAATATATATCACTACATAACACAAGCCCAGGTGGTTTTAAACCCTTAGTAACATGCAGGACTGTCTTGGTGTTGATTGAATTCACAACATAATAACTCTTCATACACCTGTTAGAGTTTTGCTGATGTTGTTTCCATCTAACAGATGCTGTCTGGTGGCTTTAAAAAGTCAAGAAATATCATGGAACCCCTAGACCAATACAATGAA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Function

symbol description
arpc1b Predicted to enable actin filament binding activity. Acts upstream of or within T cell differentiation and thrombocyte differentiation. Predicted to be located in actin cytoskeleton; cytoplasm; and nucleus. Predicted to be part of Arp2/3 protein complex. Is expressed in blood; blood island; pectoral fin musculature; pharyngeal arch 3-7 skeleton; and ventral wall of dorsal aorta. Human ortholog(s) of this gene implicated in gastritis; immunodeficiency 71; and myelodysplastic syndrome. Orthologous to human ARPC1B (actin related protein 2/3 complex subunit 1B).

NR:

description
actin-related protein 2/3 complex subunit 1B

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU146575 True 6485 lncRNA 0.34 6 13897500 13966269

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00018532 NA coding downstream 39910 13851411 ~ 13857590 (-)
AMCG00018531 smurf1,LOC107720062,LOC107591759,LOC107703417,LOC107581717 coding downstream 65115 13783853 ~ 13832385 (-)
AMCG00018529 NA coding downstream 152396 13743989 ~ 13745104 (-)
AMCG00018525 actb,LOC102799139,LOC103365100,LOC102299797 coding downstream 310430 13583104 ~ 13587070 (-)
AMCG00018524 NA coding downstream 319190 13572366 ~ 13578310 (-)
AMCG00018546 NA coding upstream 54786 14021055 ~ 14036632 (-)
AMCG00018545 NA coding upstream 75372 14041641 ~ 14063120 (-)
AMCG00018548 foxk1,LOC107720067,LOC107703411,LOC107748300 coding upstream 123527 14089796 ~ 14090200 (-)
AMCG00018540 LOC103397138,LOC107554284,LOC100698873 coding upstream 176907 14143176 ~ 14152386 (-)
AMCG00018541 tfip11,LOC102785266 coding upstream 187254 14153523 ~ 14158352 (-)
G117012 arpc1a,LOC102781765 non-coding downstream 7397 13887421 ~ 13890103 (-)
G117011 arpc1a,LOC107388895,LOC107674705,LOC107703414 non-coding downstream 10133 13886309 ~ 13887367 (-)
G116949 NA non-coding downstream 277068 13620223 ~ 13620432 (-)
G116931 NA non-coding downstream 362664 13528696 ~ 13534836 (-)
G116918 NA non-coding downstream 395003 13500718 ~ 13502497 (-)
G117066 NA non-coding upstream 129022 14095291 ~ 14100107 (-)
G117122 NA non-coding upstream 266527 14232796 ~ 14233624 (-)
G117221 NA non-coding upstream 345989 14312258 ~ 14399555 (-)
G117223 NA non-coding upstream 355816 14322085 ~ 14408949 (-)
G117227 NA non-coding upstream 391166 14357435 ~ 14402346 (-)
AMCG00018528 LOC104956910,LOC107742399,LOC107591749,LOC106595856 other downstream 169630 13645368 ~ 13727870 (-)
AMCG00018522 NA other downstream 640250 13253085 ~ 13257250 (-)
AMCG00018490 NA other downstream 1606956 12287568 ~ 12290544 (-)
G116577 NA other downstream 1986164 11911014 ~ 11911336 (-)
G116428 NA other downstream 2694612 11199578 ~ 11202888 (-)
AMCG00018555 LOC107689851 other upstream 276276 14242545 ~ 14263154 (-)
G117267 ywhag,143g1,ywhag1,LOC106603950,LOC108233911,LOC107387033 other upstream 537134 14503403 ~ 14520875 (-)
G117377 NA other upstream 769869 14736138 ~ 14738312 (-)
AMCG00018617 ypel1,YPEL1,ypelc,ypel2b,LOC106931471,LOC103374080,LOC108277989,LOC106586007,LOC106940241 other upstream 1532393 15498662 ~ 15518315 (-)
G117784 NA other upstream 3042629 17008898 ~ 17009301 (-)

Expression


Co-expression Network