AMCG00019712 (stard3nl)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00019712
gene name stard3nl
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030124.1
NCBI id CM030124.1
chromosome length 51038645
location 38842142 ~ 38865670 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00019712
CAGAAACAAGGCTGCAAGGCCATTGCTTACTCACTACCTACCGTTTACGGATATCTAGGTGGAAGTAACTTTGCACGGATCTGGATAAATAATCcgttgtttttttacagaataGGattttaagaGCGGTCGGCTTCCTTTTTGGTGATGGCTGAGCAGCTGGTCTTGTGACCGGGTGGTAGTCAAGCTTTCTCTTTCTGAACTGATGAAATGATGTGATGTGTTGTGATACCAGCAACTGTCAGTAGTTGTCCAGGATGGAAAGTACACTGAGTGGCAGCCTGGACTCCAGGGCCTCCCTCCGCGTGGTAAACTCCATCAATACAGCCCAGCTGGCTGCGAGGCTCGAGTCCTACGAGGGTTTGGAGAAGAAGTCCATCTCTGACGTCAGGAGGACCTTCTGCCTCTTTGTCACCTTTGACCTGCTCTTCATCACACTGCTGTGGATCATAgaactgaatGTTAATGGAGGTATCGAGAAGCAGCTGATAAAAGAAGTTCTCCATTATGATTATCATGATTCCTTCTTTGATATATTTataCTGGCGGTGTTTAGGTTTGCTGTGTTAATCCTTGCATATGCTGTCTGCAAACTGCATCACTGGTGGGCTATAGCGATAACAACAGCAGCTACTAGTGCCTTCTTGATAGCAAAAGTAATTATCTCCAAGCTTCTTTCTCAAGGGGCTTTTGGTTACCTGCTACCAATTATTTCATTCATCCTGGCTTGGATTGAGACCTGGTTCCTAGACTTTAAGGTCTTGCCTCAAGAAGCAGAGGATGAAAACCGGCTACTTTCGATTGTGGATACTTCAGACAGGGCACCTCTTATCCATCCCGGTCCCCTCTCAGATGGCCAGTTCTACTCTCCTCCAGAGTCTGTTGCAGATTCTGATGAGGATATCGAAGAGAAGCACGACAGTGAGAAGCCAGTACTTTAGTGGCATTTTGGGGAATACTTCATGAAAAGATTGTGCCGTCTGTCGAGGCATGAATCACTGACAACCTGAGTCTGCTCTGTGATCGTCATACCAGCACTAGTCTGGGGTCTTTCTTGGTGGAAGTGGCACGGGGCGGCGGGTTGCTTGGTTTACTGGTATCAATGTTCGGGCATGGGATCTTTCGCTGCCTTCCAACGGCACTAGGAGCTGCTGTTTTTCCTACCATACTCACTGCACTACCTTCCCAGGCAAACTGTTATGCTTACccttgttttcaaaaggtaatatttgtttttaacgaATTTAACACACATTATCATCTATAGcttctcctttttgttttagctAATTGCTATATTGAGCACTGTGATGAGAACagttacatacatttaatcagattttacttttattttgtacaaaccCTAAAGAAAGAGAAGTGCATAATGCACAGTTTACAATACATGTTCACACACACTGTTGACTTAtttgcatttcagatttaagtcattatttgtatttgtgtaaatgtaGCTGTCATGCActggtatttttttgttttccagaatgACATCTATAATTGGACATTTCAAACACACTGAAGCATTTACTGTTCCTGCACGAACTCTATTACAGCTGTCTCTTATGTGAGCTTCAGTCCAGTGTCTTTTCAAACAAAATCTAACTTCAATATCAACTCTAACATATCAATTAGTACACACATTGCACTGAAATAGGGCACTGTCTAATTGGATCCTCTCCAATTAGCATGGTTATTATTCAGTGCATTTCAGCTGAAACGATTTAATGTCTTAAGAGACAAGGACCATGAAGAATAAACACGTTTAAATCCTCATGCTAGAGTagatgattaaattaaaatatttgacagTACATGGAAAGGCTATGGTATAGGACATGTTAATAATATGAAAGCCATAAGTATTTAGCTGTAAGAGACATTGCAGTAGTTATTGCATTTGTTGTATACAGATAATTTAGCAAATATAAAGAATGTACTCTAAAGTTGTGAAACACTGGAGTGTACAGTACCATGTTAGACTTTAACTTGTTTCTTGCATTCGTTAACCACTGCCTGGCTGactgtttgaaaaacaaatgttcctgtgtgtgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgggcAAAAAgtcaatagttttatttttatcaattgGAGTTTCGAAAATCTGGCTTTCGAAGTGGATACTCTCTGACTTTCTGGCTCTGACTCTCTCAgattatatctatatctataagTAATAATTACTTTTCGATAATGTAAAGGAAATTGCAAAAATCTCTGtctacaaattatatttcatactTTGCTGCgttgttttcataaatatgcATTCTAGCTAAGCGGCGCATCATTCTGCACATTCTGTAAGCAGGCATAATGGAGGCTGCCATGACCTTCTCTTTCATCACACAGAGGTACAGAtggcttgtttatttaatagaagaaaatacaacatCACAATCAGaacatttttgtctgttttaagtAGGAAGCTGATTATTTTATGTACGTATACTTAAtaaactgaattacatttgatttaactCCTTGAACtcaatttgttgttgtttttacatacatacacacacaaacctgtaGTAAGTATTCACACGCATCATTTGAAACTTccaaaaatatctatttttttaataaatcattttatttatgatttgagTTTTAAGGTTCCAGGCGTTTAAACTGATACAGGATGGGGATTGTAAACTTAAATATCTGTTTTCAGCatactgtggaaaaaaatatgattacattAAATGAATCGACAAATTAAGGTTGTACATTTAAACTACAACCATACAGATATAcacgttgttgtttttctcccaagtatttacttttgaatttgtTTGCTGTGACGTTTGGGCAAAGTGCAAACATTAAATTCTTCTAAGATCTACGTTAATCTcttttacaaaataatcaattgTTGGTCAATGACATTTCAGACATTtcttttgtgtattattattatttataatcatCTCTGGTTATATctataatgttttttgtgagGAGGCCAAATAACCAAGTTTGAAAGGTTTTAGATTATTGACTCACCTTATTTTATCTATTAACTATTGCCATATATTCTGCCATATATTCTGCATGTGTTCTATAGTCATACATAAtcagaaaattatttatatatatatatatataattgttttggcATTGGCTTTAGCATTTAGATATGTTTTCCACAACTGCTTAGAATGAGCATTTGCTAACTGAAAACCAAGTCACTAGtagcaattacattttacatgtcaCTTTCCTTCTGCTTCTACCatgaatcattttaatgtaatgggTTTAAATTCTTACAGTATAATGTGAATGTGGTAAGACTTTAAATAGATGtttttctattgattttaaatagctTCTTGGGCTGAATTAAATGAAGAATTAGTGGTTGATTttagtgtgtgtgcatatatatacatgcaaatgccatgcttattttttataaactttgtttaaatgtgtttttttcacccTATGAAATTATCTGATAAGTGTCCAgtgtattcatttgtattgtgcCCTTATCCTTATTTAAGGGCCGAAATAAAAAAATTCAACAttgaaaccttttttaaatggtcacaaatttttgtattttcttgtcttcagttttaacaacacaacaaaaaggttttaataaatgaattgtacaatattttgtcCCCTGCTTAGAAGTCATTTTTTGtaactaaaaaaatatgtaatcatgACCTGCcatgttatttgtattagttgAGCTGGCTAATGTAGAGTTCAACAACAGCAAATAAAcgatatacatttatacaatagaaactgcatacaaatacacaaatgttgCCTAAATGTTGTTGTCTACTAGGTTCTAAAGTACAAATAGGGCTTTTGTCTTttgattataatgtatttgtcctaaagggaaaaaaaaattcaaattagTTTACAAAGCTAAAAGATACCTATGTCACTGAATCCAGTCAAATGGAAATGTTCTTTGGTAATGTGACTTGTTTGCTGTAGTTAAAATGATCAATTTTAAGAGTGAAAttgttattctttaaaaatattataagtGATCCTGAAATTTTCCAAAATTGTTTCCCTGTTTTCTTCTGCAATAGATATTCTCTGAGAATGTTTTAGTAGTGCCTATTCAGAATCAATGCCAGTTCTGCCAAAGTTGCTTGTAATTTAGCTGTATATGCTTTTAAGtctaatgtaaaaaaaaatatgtatatgcataccataatatttaatcatattaatgtatataatgtataaataaacttaaatgttCAGTTAATTGTGTTGTCCTGTGTATAACAGTTCTTCAAATCTGTAATTATTCTGTACtgctaatttaaacaaatttgaaGCTTACGGTAATTAACTGAAAGGTTAACACTTGCAAAACAGAATGTAGCGTTACTATGTACATAACAGTGGAGcaatactttgttttttgttttttcaatacgAGGTGTTGAAGGACTTAATACATTGCATAAGGTTGATTAAATCTCTTCCTCCAGCATGAATGTATGCCCTGTAGTCAATCCAGACATGagacataattataatttttaatgtattttaataacgTTTATTTGTCTGATTTGGATATACAAtctgttctgtaaaatgttcTGTGGTTTCACGACCTGCGGATCACCACTACACCTGGAGTTTACACAGTTTTTGATATGTGATATATTTAGTTTGCAATATTTCAAAAAATACTTTGATATGTTATATGACACACACCTTGGTATGTGACATAGCTAGCTTGCAATTGAAACTTTGGTGTATGATGTATCAAGTTTGCttaatgaaaaattacattgataTATGACatgtaatttgtgtatttaatgagCAGATTTTGAATTGGtcgatttattttgtaattggaaCATGTATTGCTCTGCTCACTAAACTAACACTGTGATGTTTCTCAAAAAATACGATTAAAAACACTTACAGCAATGACAGgaaaatgtgattgttttcttattttatttaaatttgatacacgtaaaacattttatataaagtacTTGTTGAATGAGCATTTGCAC

Function

symbol description
stard3nl Predicted to be located in late endosome membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human STARD3NL (STARD3 N-terminal like).

NR:

description
PREDICTED: MLN64 N-terminal domain homolog

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00019712 True 5081 mRNA 0.34 10 38842142 38865670

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00019707 NA coding downstream 22862 38816499 ~ 38819280 (-)
AMCG00019706 NA coding downstream 66298 38768161 ~ 38775844 (-)
AMCG00019705 vps41 coding downstream 215338 38626274 ~ 38626804 (-)
AMCG00019704 LOC106590158 coding downstream 491526 38342972 ~ 38350616 (-)
AMCG00019702 NA coding downstream 572819 38266354 ~ 38269323 (-)
AMCG00019711 epdr1,LOC107664036,LOC107558964 coding upstream 19336 38885006 ~ 38893548 (-)
AMCG00019715 NA coding upstream 37133 38902803 ~ 38907186 (-)
AMCG00019714 NA coding upstream 63735 38929405 ~ 38953013 (-)
AMCG00019713 LOC106599471,LOC105920328 coding upstream 114440 38980110 ~ 38989131 (-)
AMCG00019719 NA coding upstream 216432 39082102 ~ 39097112 (-)
G36386 vps41 non-coding downstream 222485 38618841 ~ 38619657 (-)
G36349 NA non-coding downstream 387833 38454024 ~ 38454309 (-)
G36312 NA non-coding downstream 723208 38118720 ~ 38118934 (-)
G36284 NA non-coding downstream 868459 37973453 ~ 37973683 (-)
G36267 NA non-coding downstream 1101541 37738275 ~ 37740601 (-)
G36456 NA non-coding upstream 212833 39078503 ~ 39081979 (-)
G36470 NA non-coding upstream 380122 39245792 ~ 39293373 (-)
G36495 NA non-coding upstream 514138 39379808 ~ 39380708 (-)
G36534 NA non-coding upstream 840932 39706602 ~ 39709528 (-)
G36539 gtpbp4 non-coding upstream 946640 39812310 ~ 39813571 (-)
AMCG00019698 NA other downstream 731918 37889444 ~ 38110224 (-)
AMCG00019665 NA other downstream 2860606 35934796 ~ 35981536 (-)
G35867 NA other downstream 3786698 35055019 ~ 35055444 (-)
AMCG00019645 NA other downstream 4319872 34510733 ~ 34522270 (-)
G35476 LOC107575789 other downstream 6608744 32222064 ~ 32233398 (-)
AMCG00019724 dip2c,dip2ca,LOC106522911,LOC106532211 other upstream 551217 39416887 ~ 39505562 (-)
AMCG00019731 NA other upstream 1104505 39970175 ~ 40123987 (-)
AMCG00019741 NA other upstream 3205392 42071062 ~ 42078932 (-)
G36817 NA other upstream 3678446 42544116 ~ 42544524 (-)
G36862 NA other upstream 3778654 42644324 ~ 42656393 (-)

Expression


Co-expression Network