G36534


Basic Information

Item Value
gene id G36534
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030124.1
NCBI id CM030124.1
chromosome length 51038645
location 39706602 ~ 39709528 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU45676
atacacacacgcacacctatatgtataatacatgcgtgtttgtatatatataatataaatatttccatCCAGTGTTTGAAAACttgaattttatttaaacttgaaaATGACTTTGCCTTaacttttatataaaacagCCTAGTGTTTATTGCTTTTCAAGTCCCCAAAGGGTTACCAAGAGTGGCACATAGGATTACTCTTATTATACCTACAGTCACTAGTCTTActagtaagaaaaaaaaaaaaaaaagtacaagaCTAGCAGCAAACTTGTTTTGTAATATAAGAAAGatcttatgatttttttttttttctttttccaatttGTTGGGGGGAGTGGGATAAATCCTGTAAATGCAGATAGtcaatactgtattaaatatgtgCACTTGGAAGTGTGTGCTTTGCTTGTACAGTTgtaaataatcagaaaatataaGAGGTAccttaaaatgattaaaaaaaatatatatattgatcttGTTGAAATATTAATGTTGCTGTTGAGCTGGATGTagattaaaactaaatgttgtggtttgatttttttgtttgtttttttccttttaggttttattttaattttttggtttGCTGAATTGAGTGTGCCTTCTCATAGCAGTATGGGGAGAAGGAAGTATGattgtaattaaatgtcatAGTCTCATTCCATTTTCGTATTGTCAGTGCACAAGGTCTGGATTATCGTAATGGTTAAGTGTCAAAGAAACACGATAACCCCTTTCActgtgtggaaagaaaaaaattaagcgGGAGGGAGTGGTAGAACTTCTCATTACTTTTGAAATTTTTGTaatccaaattaatttaaaaccgtTGCTGCAAGGTGCTGTGCTGAATTGATACTTAAGTGAAATCAATTTAACACCACTAAATGGTCCAACGAAGCACATAGTTTTGAAGCACAGGATACTCGAGTATTACAATAGACAGCCCAACACACTCCCAGCAGGAGTTTTAATAGCTTTACTGTGCAAAACCTTTTTACCTTTTATAGGACACTCATTAGTATATGTCATTGGTCCTTGTATCCAAGCCACCACTCCACCGCCTcccctccaaaaaaataaaaaatagtgaTCTTTGGAGACGCAACGACACTTAGATGAGTCCAGATCTCAGTTTGAAAGTGGAGCTACATAATTTCACTGATCATTACCAACAGAAAGGGGTTGTCTGCTAcagttaaagaaaacaaatctataaatgcatactgtttgtcttgtattgtgtaattaattatatgtgTGGACTGCAGTCAATGTGGCAAATTAACTGAGCTgtgccattttttattttttattttttccccactcctCCTTCAGTCTCTTACCCCCCCATTCTCCCCACCCCAATCAACTGTGGGTAATCAGTAGAGCTGCTGAAATGTGTAGCAAATCAACAGCTGCAACCCGGGACAGATGTGCCCTCAGTACCGGACAACTGGCACACTTGAGTTGGTCTACCAAGCCTAGGtcgtgtttttttcccccagtgcTGTTATGCCGATGTCAGTTGTGCTAAAAAGTGTAGCTTTTGCATTTGTCACAGTACATTTAAgtatgatgtttgtttttttgttattaatcaaGCTTGGCTCCTTactggtgtgtgttttgtgcgTGAGTCTCTTGGGGTTTGCTTTTGTATCTGCAATGGTGATAACAGAATTCAAAGAAAGGATCCCACACTAAATAAAtcgaaacaaaacatttgagaTATTGTATGgacacaaaatactttttgcTGTTAAAGGGAGCAAAGATTGCTTAGGTAAAAGGGGCAAGAGCTTTACACCTCTACCAGCCACTGCAGAGTAAGTATAATCCCAAATGCAAAAGGTTTgtgttttaagtagttttttttttttttttaattgttccatttgtatgttttgatcTCTTACTCTTGTTAGCTAGAACTTCATATCAAGGGTCCACCCAGCCCCACCTCCTTGCACACCTGAacctccctttccctccccacGTGCTGCTTCAACATCTCCCCATGTGTTGAGTGGACACAATGGTGTGTGTTAGGAGGGTTGCAGCTTGTTGTAAATCGACCATGTTTGTGAGTAATGCagtgtaaacaacaaaaaacaaatgcaccagTTGACTGTATTGATGCATACCATTTTCTCTTTCAACTCCCTGTggttaatatttttcttttcatatcaTAACACATTACACTAACAGCAGTGGACAATCgatgataacattttaaaaagaaagaaaaaaagctaaCCGCAGTTAAGTTGTTAATGGACGTTTCCTTATGagggcttttgtttttgtcttactCTTCCATTACGACTGGAATCAAGCATACATGTAAACTATTGATAATTTAAGTTTCTTTTTGTGTCATTATGTAAAACTGtctaatttgaaaaaaaaaaaaatgtagcttactgaaaaataaaaatttagGCACTGTTAAAGTATTCTCCtgtgtatttctcaaaatgatGTATGGTAGCCTGTAGTTAGCACTGCAGTTCTACCAGATACATGCTCTTTACTTTTCCTTGAAGTTtaggtatttttctttttaattttgtgtgtatattgtatgtgtaGTAAGGCCTGATCGTGTGCATTTATGCCCAACGATATCTGGTCATAGCATATGAACATTTTGAAGAACCTCATTGCTTCATAATCAGACCAAATATGAGCCTATGTAAAACAATAACCCAAACGATCAATTTTGAAGATGTTACTATGCTCATGTGAAAGTATCGTAGGTATGTGTTCAAATTATAAGAATCTTGGGACAGATGTGgcaattgtcattttttatggCAAAAAGACTTAAGTTTCCaaaatgggttttattttccaaaatggctattcatgtttttttcccccctaataTAAAGTTTGACATGAGAGTTCTGC
>TU45677
atacacacacgcacacctatatgtataatacatgcgtgtttgtatatatataatataaatatttccatCCAGTGTTTGAAAACttgaattttatttaaacttgaaaATGACTTTGCCTTaacttttatataaaacagCCTAGTGTTTATTGCTTTTCAAGTCCCCAAAGGGTTACCAAGAGTGGCACATAGGATTACTCTTATTATACCTACAGTCACTAGTCTTActagtaagaaaaaaaaaaaaaaaagtacaagaCTAGCAGCAAACTTGTTTTGTAATATAAGAAAGatcttatgatttttttttttttctttttccaatttGTTGGGGGGAGTGGGATAAATCCTGTAAATGCAGATAGtcaatactgtattaaatatgtgCACTTGGAAGTGTGTGCTTTGCTTGTACAGTTgtaaataatcagaaaatataaGAGGTAccttaaaatgattaaaaaaaatatatatattgatcttGTTGAAATATTAATGTTGCTGTTGAGCTGGATGTagattaaaactaaatgttgtggtttgatttttttgtttgtttttttccttttaggttttattttaattttttggtttGCTGAATTGAGTGTGCCTTCTCATAGCAGTATGGGGAGAAGGAAGTATGattgtaattaaatgtcatAGTCTCATTCCATTTTCGTATTGTCAGTGCACAAGGTCTGGATTATCGTAATGGTTAAGTGTCAAAGAAACACGATAACCCCTTTCActgtgtggaaagaaaaaaattaagcgGGAGGGAGTGGTAGAACTTCTCATTACTTTTGAAATTTTTGTaatccaaattaatttaaaaccgtTGCTGCAAGGTGCTGTGCTGAATTGATACTTAAGTGAAATCAATTTAACACCACTAAATGGTCCAACGAAGCACATAGTTTTGAAGCACAGGATACTCGAGTATTACAATAGACAGCCCAACACACTCCCAGCAGGAGTTTTAATAGCTTTACTGTGCAAAACCTTTTTACCTTTTATAGGACACTCATTAGTATATGTCATTGGTCCTTGTATCCAAGCCACCACTCCACCGCCTcccctccaaaaaaataaaaaatagtgaTCTTTGGAGACGCAACGACACTTAGATGAGTCCAGATCTCAGTTTGAAAGTGGAGCTACATAATTTCACTGATCATTACCAACAGAAAGGGGTTGTCTGCTAcagttaaagaaaacaaatctataaatgcatactgtttgtcttgtattgtgtaattaattatatgtgTGGACTGCAGTCAATGTGGCAAATTAACTGAGCTgtgccattttttattttttattttttccccactcctCCTTCAGTCTCTTACCCCCCCATTCTCCCCACCCCAATCAACTGTGGGTAATCAGTAGAGCTGCTGAAATGTGTAGCAAATCAACAGCTGCAACCCGGGACAGATGTGCCCTCAGTACCGGACAACTGGCACACTTGAGTTGGTCTACCAAGCCTAGGtcgtgtttttttcccccagtgcTGTTATGCCGATGTCAGTTGTGCTAAAAAGTGTAGCTTTTGCATTTGTCACAGTACATTTAAgtatgatgtttgtttttttgttattaatcaaGCTTGGCTCCTTactggtgtgtgttttgtgcgTGAGTCTCTTGGGGTTTGCTTTTGTATCTGCAATGGTGATAACAGAATTCAAAGAAAGGATCCCACACTAAATAAAtcgaaacaaaacatttgagaTATTGTATGgacacaaaatactttttgcTGTTAAAGGGAGCAAAGATTGCTTAGGTAAAAGGGGCAAGAGCTTTACACCTCTACCAGCCACTGCAGAGTAAGTATAATCCCAAATGCAAAAGGTTTgtgttttaagtagttttttttttttttttaattgttccatttgtatgttttgatcTCTTACTCTTGTTAGCTAGAACTTCATATCAAGGGTCCACCCAGCCCCACCTCCTTGCACACCTGAacctccctttccctccccacGTGCTGCTTCAACATCTCCCCATGTGTTGAGTGGACACAATGGTGTGTGTTAGGAGGGTTGCAGCTTGTTGTAAATCGACCATGTTTGTGAGTAATGCagtgtaaacaacaaaaaacaaatgcaccagTTGACTGTATTGATGCATACCATTTTCTCTTTCAACTCCCTGTggttaatatttttcttttcatatcaTAACACATTACACTAACAGCAGTGGACAATCgatgataacattttaaaaagaaagaaaaaaagctaaCCGCAGTTAAGTTGTTAATGGACGTTTCCTTATGagggcttttgtttttgtcttactCTTCCATTACGACTGGAATCAAGCATACATGTAAACTATTGATAATTTAAGTTTCTTTTTGTGTCATTATGTAAAACTGtctaatttgaaaaaaaaaaaaatgtagcttactgaaaaataaaaatttagGCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU45676 True 2927 lncRNA 0.35 1 39706602 39709528
TU45677 False 2459 lncRNA 0.36 1 39707070 39709528

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00019721 LOC106599479 coding downstream 336405 39363964 ~ 39370197 (-)
AMCG00019720 NA coding downstream 510769 39195494 ~ 39195833 (-)
AMCG00019719 NA coding downstream 609490 39082102 ~ 39097112 (-)
AMCG00019713 LOC106599471,LOC105920328 coding downstream 717471 38980110 ~ 38989131 (-)
AMCG00019714 NA coding downstream 753589 38929405 ~ 38953013 (-)
AMCG00019725 NA coding upstream 1459 39710987 ~ 39728290 (-)
AMCG00019727 larp4b,LOC106599484 coding upstream 23861 39733389 ~ 39740243 (-)
AMCG00019726 idi1,LOC107713854 coding upstream 116827 39826355 ~ 39830587 (-)
AMCG00019734 NA coding upstream 1020165 40729693 ~ 40766188 (-)
AMCG00019738 NA coding upstream 1838390 41547918 ~ 41563384 (-)
G36495 NA non-coding downstream 325894 39379808 ~ 39380708 (-)
G36470 NA non-coding downstream 413229 39245792 ~ 39293373 (-)
G36456 NA non-coding downstream 624623 39078503 ~ 39081979 (-)
G36386 vps41 non-coding downstream 1086945 38618841 ~ 38619657 (-)
G36349 NA non-coding downstream 1252293 38454024 ~ 38454309 (-)
G36539 gtpbp4 non-coding upstream 102782 39812310 ~ 39813571 (-)
G36557 NA non-coding upstream 188359 39897887 ~ 39901757 (-)
G36576 NA non-coding upstream 480292 40189820 ~ 40191361 (-)
G36582 NA non-coding upstream 625615 40335143 ~ 40335556 (-)
G36590 NA non-coding upstream 694723 40404251 ~ 40404583 (-)
AMCG00019724 dip2c,dip2ca,LOC106522911,LOC106532211 other downstream 201040 39416887 ~ 39505562 (-)
AMCG00019698 NA other downstream 1596378 37889444 ~ 38110224 (-)
AMCG00019665 NA other downstream 3725066 35934796 ~ 35981536 (-)
G35867 NA other downstream 4651158 35055019 ~ 35055444 (-)
AMCG00019645 NA other downstream 5184332 34510733 ~ 34522270 (-)
AMCG00019731 NA other upstream 260647 39970175 ~ 40123987 (-)
AMCG00019741 NA other upstream 2361534 42071062 ~ 42078932 (-)
G36817 NA other upstream 2834588 42544116 ~ 42544524 (-)
G36862 NA other upstream 2934796 42644324 ~ 42656393 (-)
G36982 NA other upstream 3588703 43298231 ~ 43360906 (-)

Expression


Co-expression Network