AMCG00020470


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00020470
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 22135368 ~ 22142198 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00020470
ATGGGGGACATAGAAGCTCCCGAGTCGACTGCCGCACCGCAGGCTGCTATCAGAGCTCTTCTCCCGGACAAAGCTTTCGTCACCTCTCGGAAAGGGCAGCTGCTTATAGCTGAAGtgGCTCTGTGTTTCATCACCTTCATCTGCTTTGTGGCGTCGTCAGCCGCAGCCTTTGTGACGGCTCCTCTGGTGGAATTTCTCATGGCCTTCTTCCTGCTCTTCGCCTATTCCACCAAGTTTAATGAGCGATTCAAGGGCTTCCACTGGCCACTCATGGTGTTTGGGTTTGTGGCCACTATAGTTTTTGCGTTAGACTTTTATGTCATCTTTAACGACCTGGCTAATTTTCTGAAGCAAGGGGGGGACTCCACAGAACCACCTCAGACAGATGAAGATTCGGACTCAGATTCTGACTGAATAAATGGGACCCCTGCTTATAACTGTTGACACCACTTGACAAGAACACACCAGACTGACCATCAAGATTGGAAACTCTCCAAAAGAAGCCTAAAAAGAGGTCCATAagtatttgacattttacatcGAATTGATATAAAAATCTGTTTCTAAGTACTGCTCTGATACTATGAAAGCATTCATAATAGGGCCATGAATCCATGCACAGAGgtagtaaaacattttataaaaggctttatgtttttttgttttaaatacatgcttGATTCATAAGCTCtttgaaattacttttgtttgGTTGTAAATCATGATATAGTATGTccatttttgtagttttgatttttatgtttaaagccATTGTGTGGGGGTTGGAAAAAACACTAATTTtcaaattgtatacatttgaatttttaGGAGAATCCTTTCATAGATTACAGTTTCTTGGGAGGTTTTTTTTCCAATGATAATGTTATAAAACAACAGTGCTTTAACCTCATGTCTGTGTGGGCATTTATTTGCCAGCCacattcataatatttttttttatgtacaaaataattatacttgTATCAAAGAAAAGGGCACCTATAATATTTTTGGACATATTGAAAGTtcaaatgtataacattttctaTTGTACAAAACTATGTGAAAATAAGAATGTATCCAGAAATAGTTTCAGAGGTTGTTTGgaagaaacatacatttttgctGTTGTATCTACATATTATACATACTCACTCACATTACATAACATAATGTACAGAATACCCACTTTTCACATTCGAAAGACTGCAGTGAATTTTAGAAtaacaaatgcacacatcttCTCATAGGATGTGGTGGTGTTGAGCtttgcagaataaataaatattgttaatagtAAACTAATTGAAATCTATACATggaaataaagtgtaaaaactGCCTCTGAACAGAATTCCTTTAGCAGCTGGTGTGCTGGTTTCACCATCTGCACATGATCAAGACTGGAATTTAACCCAGGCTTAAGAATTAATTAAACTTAGAATATTTGACAAATGTTTTAGCCTTTTAGCCTTAATGAATGCAGCTCTGTTAAGATTTATAGCTTGACTCATGcaattaattgctttatttctaGGCACAGTTTCTACTGCAAATGTATACACGGgttgttaaaatacatatttaacaactGACCTGCACTCAGTGTGCTGCCTTTAACTACCTGCTATACAGGTAGAGCCCTTaatattcaacatttatttccagATACAGCCTTTAAAGCTGTATTTCATGGTCATGTACTTTCTATACATACTTCATACTTTATCCATTCTCTGTAGACTATTTgactaaatgtaagaaatcatgCTGAAAATTAGGTGATTGTACACTGTGTTCACTTAAAATGGGTACAATTACCTTGATATaaacattaattgttttgtgGGCTGGGGCCATCACTAAAGGGACAGACAACTGCACTTGACTGACTGTGAATGACAACATTCTTACTTGTCAATTaagaaatgttgaaataaaaattgtttaaaggcaggcaggttttaaaaaaacaacaacaggattTTAGATGGTGGATATGAAGTAGTTTTGCCAATgctgatgtgtatatatatgcagattttttttttttttttttttttcctcgaTGGGAAAAGTACCACTAGTGATAATATATCATGTTTATACCTGCTAGGCTACACCTGTGGTTATAAGAGTGCATTCAAGTTCCACAGTAGGCTGGAAACAGAAAAGTGCTATatgttgtgatttattttcaagactACTTCTTCCAGACTGCCATCCTCAATTATGTTCTGTCCTGACTGTGCAGTATTTCTTCAAATCCATCATAAAACTGATTGTTAGAAAGAGTCTTGTCTTGTAATTTTTGTACATGATgtcaaaaataagtaaacaaatttcattttca
>TU79495
GCTCAGTTTGGCTGCATCCCTCCAACTTAACCGTCTCCAGATTTGCAGAATGCAGATGTTGCATTTCTTTTACGTTTCCGCAGTGTCACGATTTCCGTTTCCAGCTTAAATTCAGAAAAAACAGATTCATTTAAAGTTTGAAGTCGCTAgactacttttttttcttttaggaaAACTTTTTTGCAGTACATAAACTTCTGTTTTCCCTATTTTTAACCGGCGCGATGGGGGACATAGAAGCTCCCGAGTCGACTGCCGCACCGCAGGCTGCTATCAGAGCTCTTCTCCCGGACAAAGCTTTCGTCACCTCTCGGAAAGGGCAGCTGCTTATAGCTGAAGtgGCTCTGTGTTTCATCACCTTCATCTGCTTTGTGGCGTCGTCAGCCGCAGCCTTTGTGACGGCTCCTCTGGTGGAATTTCTCATGGCCTTCTTCCTGCTCTTCGCCTATTCCACCAAGTTTAATGAGCGATTCAAGGGCTTCCACTGGCCACTCATGTCTCCAGGTATACAGATGCGGCATCAAAGGCAGCTGGGGTGTTTGGGTTTGTGGCCACTATAGTTTTTGCGTTAGACTTTTATGTCATCTTTAACGACCTGGCTAATTTTCTGAAGCAAGGGGGGGACTCCACAGAACCACCTCAGACAGGTAGGCAAGATGAAGATTCGGACTCAGATTCTGACTGAATAAATGGGACCCCTGCTTATAACTGTTGACACCACTTGACAAGAACACACCAGACTGACCATCAAGATTGGAAACTCTCCAAAAGAAGCCTAAAAAGAGGTCCATAagtatttgacattttacatcGAATTGATATAAAAATCTGTTTCTAAGTACTGCTCTGATACTATGAAAGCATTCATAATAGGGCCATGAATCCATGCACAGAGgtagtaaaacattttataaaaggctttatgtttttttgttttaaatacatgcttGATTCATAAGCTCtttgaaattacttttgtttgGTTGTAAATCATGATATAGTATGTccatttttgtagttttgatttttatgtttaaagccATTGTGTGGGGGTTGGAAAAAACACTAATTTtcaaattgtatacatttgaatttttaGGAGAATCCTTTCATAGATTACAGTTTCTTGGGAGGTTTTTTTTCCAATGATAATGTTATAAAACAACAGTGCTTTAACCTCATGTCTGTGTGGGCATTTATTTGCCAGCCacattcataatatttttttttatgtacaaaataattatacttgTATCAAAGAAAAGGGCACCTATAATATTTTTGGACATATTGAAAGTtcaaatgtataacattttctaTTGTACAAAACTATGTGAAAATAAGAATGTATCCAGAAATAGTTTCAGAGGTTGTTTGgaagaaacatacatttttgctGTTGTATCTACATATTATACATACTCACTCACATTACATAACATAATGTACAGAATACCCACTTTTCACATTCGAAAGACTGCAGTGAATTTTAGAAtaacaaatgcacacatcttCTCATAGGATGTGGTGGTGTTGAGCtttgcagaataaataaatattgttaatagtAAACTAATTGAAATCTATACATggaaataaagtgtaaaaactGCCTCTGAACAGAATTCCTTTAGCAGCTGGTGTGCTGGTTTCACCATCTGCACATGATCAAGACTGGAATTTAACCCAGGCTTAAGAATTAATTAAACTTAGAATATTTGACAAATGTTTTAGCCTTTTAGCCTTAATGAATGCAGCTCTGTTAAGATTTATAGCTTGACTCATGcaattaattgctttatttctaGGCACAGTTTCTACTGCAAATGTATACACGGgttgttaaaatacatatttaacaactGACCTGCACTCAGTGTGCTGCCTTTAACTACCTGCTATACAGGTAGAGCCCTTaatattcaacatttatttccagATACAGCCTTTAAAGCTGTATTTCATGGTCATGTACTTTCTATACATACTTCATACTTTATCCATTCTCTGTAGACTATTTgactaaatgtaagaaatcatgCTGAAAATTAGGTGATTGTACACTGTGTTCACTTAAAATGGGTACAATTACCTTGATATaaacattaattgttttgtgGGCTGGGGCCATCACTAAAGGGACAGACAACTGCACTTGACTGACTGTGAATGACAACATTCTTACTTGTCAATTaagaaatgttgaaataaaaattgtttaaaggcaggcaggttttaaaaaaacaacaacaggattTTAGATGGTGGATATGAAGTAGTTTTGCCAATgctgatgtgtatatatatgcagattttttttttttttttttttttcctcgaTGGGAAAAGTACCACTAGTGATAATATATCATGTTTATACCTGCTAGGCTACACCTGTGGTTATAAGAGTGCATTCAAGTTCCACAGTAGGCTGGAAACAGAAAAGTGCTATatgttgtgatttattttcaagactACTTCTTCCAGACTGCCATCCTCAATTATGTTCTGTCCTGACTGTGCAGTATTTCTTCAAATCCATCATAAAACTGATTGTTAGAAAGAGTCTTGTCTTGTAATTTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00020470 False 2353 mRNA 0.36 4 22135592 22142198
TU79495 True 2583 TUCP 0.36 5 22135368 22142157

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00020467 NA coding upstream 14289 22117853 ~ 22121079 (+)
AMCG00020469 LOC106587286,LOC106561986,LOC107704827,LOC107681497 coding upstream 38328 22094318 ~ 22097040 (+)
AMCG00020468 NA coding upstream 88000 22031125 ~ 22047368 (+)
AMCG00020461 NA coding upstream 1463178 20661673 ~ 20672190 (+)
AMCG00020460 NA coding upstream 1477116 20634866 ~ 20658252 (+)
AMCG00020473 NA coding downstream 48389 22190587 ~ 22197292 (+)
AMCG00020474 ca7,LOC106561977 coding downstream 83703 22225901 ~ 22241448 (+)
AMCG00020479 NA coding downstream 108464 22250662 ~ 22252251 (+)
AMCG00020481 NA coding downstream 192526 22334724 ~ 22346329 (+)
AMCG00020480 NA coding downstream 204156 22346354 ~ 22350406 (+)
G63477 NA non-coding upstream 495712 21638996 ~ 21639656 (+)
G63448 NA non-coding upstream 1050830 21084117 ~ 21084538 (+)
G63433 NA non-coding upstream 1554935 20563817 ~ 20580433 (+)
G63360 NA non-coding upstream 1822096 20311699 ~ 20313272 (+)
G63334 vps35,LOC107659455,LOC107598694 non-coding upstream 1883411 20248832 ~ 20251957 (+)
G63562 NA non-coding downstream 65510 22207708 ~ 22208031 (+)
G63564 NA non-coding downstream 209975 22352173 ~ 22382491 (+)
G63589 fam96b,LOC106562058 non-coding downstream 211820 22354018 ~ 22354979 (+)
G63592 NA non-coding downstream 241319 22383517 ~ 22391241 (+)
G63772 NA non-coding downstream 831680 22973878 ~ 22974091 (+)
AMCG00020438 NA other upstream 2499147 19631325 ~ 19636221 (+)
AMCG00020439 LOC107696663,LOC107556242,LOC107746488,LOC107726063 other upstream 2533044 19597203 ~ 19602324 (+)
G63045 NA other upstream 3801336 18332569 ~ 18334032 (+)
AMCG00020407 NA other upstream 4063317 18067787 ~ 18072051 (+)
AMCG00020408 NA other upstream 4069579 18058558 ~ 18065789 (+)
AMCG00020487 NA other downstream 213976 22356174 ~ 22409493 (+)
AMCG00020505 NA other downstream 911600 23053798 ~ 23062149 (+)
G63786 znf821,LOC107747380 other downstream 928213 23070411 ~ 23074945 (+)
AMCG00020529 LOC107090538 other downstream 1890839 24033037 ~ 24068457 (+)
G63939 NA other downstream 1909791 24051989 ~ 24055592 (+)

Expression


Co-expression Network