G62715


Basic Information

Item Value
gene id G62715
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 17120154 ~ 17175835 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU78513
CAGAAACTAAAGGAGTATTTTAgacaattttgcattaaaatgatgttcagtgttaaaattagggttagggttcgaGGCATGCCTAGTTTAACACCCACTGTATATGCAGCTCTGACAACATGTAGGTTTCTGATGGAAAAAgtgatagaaaaaaaataccacGCAGGTttataattcaaacattttattaaatggaaCCAAAGAACGATTGGCACTTAGTGTAATTAAACTTAAATCAGCCTGGCTCTCAAAGAGAAGTTACTGGAACCACAATAACGGCATTAAAAACTTGTTCAGTATAGTCGGAAGGCTTTGGACAGCAAGATTGAGGAGCAAAAAGACATTCTAATAAAGAAGCAGCGCAGCAGTTTGTTGAAGAGATGTTCTGTACTGAGCTGCAAAGGACCAACACAAATGGAGGATGGCTTCTCCAAAGGGCGCACTCCTGGAAACCCCAGGTGCCACACCATGGTCCTGGAGAGCAGTAGTCCCACCAGACCAGCCCAAGAGGTGTGCCATGACACATCAAGCTCACTTTAAGCTTGATGTCCAGAATTAAAGAGTGCGATATGAGGGACTATGAGGGACTACGTCAATctagaggggcaaggaggaagcctataagaactggcacatacaagatctgggggagctcaggatcccatgatgggacccacctccggggacggtcagttccccctgctggagcccgagtccaagatcttttaaccattttatgaatgattatattttaaaatgaattttaaaaatgaattttaattgtttttaaagatttagttgtttttaaaacattaattgtttagggtttttttggtttagttttgttctatttttttgtcaaatacattgtccgttttggatttaaattttaaatgcattggaccttttttgtttgttttttatttttttaattgtttttttaattttgtccagtgcattttcagttattatcaatgtatttgaccttttgtttaatcacgtttgttttgttgttttgtgcacttgtttatttaaagtgaagtattttgttttcgttaaatcacaaagatttaaattttttttaagtgatcttaagaattgatttaaaaaaagtttttaatcacaagtattaaagagtGCGATACTCTAACACCCGGGGTTGTCCAGGTGGGTCCTTGGGGGCCCCACTGTGCCGTCACTCCTGTCATAATTGGCTTAATTTTACATAGAAAAAATTTCAATAACGTATTTCCCCAACACTTGAAAGTAAGTAAAAAGCTATAATATTACAGCAGTCAAAAATGTTATGTACAGTGGGTGCCCCAGAACCAAGAATGAGACCCACTCTTCCCTAAACACCCAGGAATCCCCCAGGAGGATCTGGCCCAACTtgacaaacagacacaacatGACTAACTGattcaagaaaatacaatttaacaaaaagACACCTAACATTTGCTCCAAGTGTTTTAGAAATTGGTGGTTTAAGGCAGACATTTCTAACCCGGGTTAAACGCTGTTCTCCAGGGTTAACTGTGGCCATATACCGTCACCATCCAATTTCCTgccttctccccttcctccgACCCCCCTTACATGGGCTCACTGCATTGTGGGAGTGGAATGTTGTACTCTTCCCAGGAGCGTCAGAGGAACAGTGACTGTGCCGATGGTGTCACTCGTTTCGGACAGGTTAACATTTGACCCGGCTTCAGAGAATCGGATTATTAAACCGGAGCCTCCTGGTCACAAAGCCTGCACAGCAAAGATTGAACGATGGAAGATTATCCAGGTTTTGCACAACCAGCTTCTCTTTACAACTTaaactttttcaaaaatgtaagactctgcaggaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtgcaatgtttTGTAACCACcccaaacatacatacacaaaatatatatatcttttatgTGCAAAGATAATGATTTGTTTCAATTTCCTACACAAGGTTTACATTTAATATCTGACCAGGATACGGAGTAGAAACTGcttctctgttcctctgggtaaGACATGGGCCTACCATGATTGCCTGCTTCACTCTGCCGCTTCCTGCATGCTCTCCTTTCAGACCATCCACATTATAGGAAACAGGACTTGATTTGGGAGCAGACTTCGGTCATGCTCCAACAGAGGCAAGCTAACCTGGTGTGTGTATGGATTTCTCTTTGGTAAGGTTCTAGAGATTTAAAGATGATGTTAAGGagcatgttttacattatttgccAAAATGAACTGATTTCCAATGGACATATTTggcattcatttttgtttgtttgtgttgttaatgttttaaagaaagataTAATAAGGGTTTCTCTATTACAGTTAAGTAACAAAAGTCTTTCTATTAActcatttctttcttcttgcAAAATAAAACGAAGGCTCTAAGGATCACCAGGTCTTGCTTTTGACCTTTTGGTGTTCCACAGTTCACACATTTGAGAATGTCACCCGTTATAAAGTTTCTCTAATTTAGCGAAGGGCAACACTAACAGGAAAAGTCACAGACCCCAGGCTTGCAGAGACTTGGCAAGACTCTCGAGCCACATGAGACGCAAGAAATCTGTGTCTGTCCAGAGAGCCTGTGCGGTTCTTGTTCAGGGCAAAACTGCACTGCGTAGGCATCTTCCAAGAAGGGAAAACCTGGCTTGCCCAAGTGATCACTCGCCAGACTAAAGCCTGTGCAAGATAAATTTGTGCTGCATGACGGGGAGGCCCAACCGAAGTGAAGGCTGCTCTGGCCAGCAGTGTGGGTTGGCTGTTCTTCGGCTCAGCTAGGGAGAAACCAATAGCATGTAAGGAAAGAGAAAAGCCGATGTGCAGCTCAGTAAACCGGACAGAGGCGGCTTCAGGTGGCAGCCCTAGACCACTCTGCCACGGATAGACACAGAGCCAGCCAGGCTTGGGAATAAGGCCTCTTAAGGGACAGGTGCGTTTGCACGGGATGCCCCGATGGCTTGACAAGGGTTGTCTGTCCTGCAGCCCTCACTCGGTGCACATGTCCTAAGGCCCTGTCATGGCAGCTCGGCTCCTGCTCGCTCACTCCGCTATAGCGTCGCCAAGACCCTCAGGAAGGAGATGACCAGGACGCAGAACGACTGTCCCACTCCAAAAACAAGGGCTTCCAGTGAGatcatttttttccctgctgCTTTGTACACCCCAGCT
>TU78515
CAGAAACTAAAGGAGTATTTTAgacaattttgcattaaaatgatgttcagtgttaaaattagggttagggttcgaGGCATGCCTAGTTTAACACCCACTGTATATGCAGCTCTGACAACATGTAGGTTTCTGATGGAAAAAgtgatagaaaaaaaataccacGCAGGTttataattcaaacattttattaaatggaaCCAAAGAACGATTGGCACTTAGTGTAATTAAACTTAAATCAGCCTGGCTCTCAAAGAGAAGTTACTGGAACCACAATAACGGCATTAAAAACTTGTTCAGTATAGTCGGAAGGCTTTGGACAGCAAGATTGAGGAGCAAAAAGACATTCTAATAAAGAAGCAGCGCAGCAGTTTGTTGAAGAGATGTTCTGTACTGAGCTGCAAAGGACCAACACAAATGGAGGATGGCTTCTCCAAAGGGCGCACTCCTGGAAACCCCAGGTGCCACACCATGGTCCTGGAGAGCAGTAGTCCCACCAGACCAGCCCAAGAGGTGTGCCATGACACATCAAGCTCACTTTAAGCTTGATGTCCAGAATTAAAGAGTGCGATATGAGGGACTATGAGGGACTACGTCAATctagaggggcaaggaggaagcctataagaactggcacatacaagatctgggggagctcaggatcccatgatgggacccacctccggggacggtcagttccccctgctggagcccgagtccaagatcttttaaccattttatgaatgattatattttaaaatgaattttaaaaatgaattttaattgtttttaaagatttagttgtttttaaaacattaattgtttagggtttttttggtttagttttgttctatttttttgtcaaatacattgtccgttttggatttaaattttaaatgcattggaccttttttgtttgttttttatttttttaattgtttttttaattttgtccagtgcattttcagttattatcaatgtatttgaccttttgtttaatcacgtttgttttgttgttttgtgcacttgtttatttaaagtgaagtattttgttttcgttaaatcacaaagatttaaattttttttaagtgatcttaagaattgatttaaaaaaagtttttaatcacaagtattaaagagtGCGATACTCTAACACCCGGGGTTGTCCAGGTGGGTCCTTGGGGGCCCCACTGTGCCGTCACTCCTGTCATAATTGGCTTAATTTTACATAGAAAAAATTTCAATAACGTATTTCCCCAACACTTGAAAGTAAGTAAAAAGCTATAATATTACAGCAGTCAAAAATGTTATGTACAGTGGGTGCCCCAGAACCAAGAATGAGACCCACTCTTCCCTAAACACCCAGGAATCCCCCAGGAGGATCTGGCCCAACTtgacaaacagacacaacatGACTAACTGattcaagaaaatacaatttaacaaaaagACACCTAACATTTGCTCCAAGTGTTTTAGAAATTGGTGGTTTAAGGCAGACATTTCTAACCCGGGTTAAACGCTGTTCTCCAGGGTTAACTGTGGCCATATACCGTCACCATCCAATTTCCTgccttctccccttcctccgACCCCCCTTACATGGGCTCACTGCATTGTGGGAGTGGAATGTTGTACTCTTCCCAGGAGCGTCAGAGGAACAGTGACTGTGCCGATGGTGTCACTCGTTTCGGACAGGTTAACATTTGACCCGGCTTCAGAGAATCGGATTATTAAACCGGAGCCTCCTGGTCACAAAGCCTGCACAGCAAAGATTGAACGATGGAAGATTATCCAGGTTTTGCACAACCAGCTTCTCTTTACAACTTaaactttttcaaaaatgtaagactctgcaggaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU78513 True 3207 lncRNA 0.42 2 17172569 17175835
TU78515 False 1899 lncRNA 0.39 3 17120154 17175835

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00020359 NA coding downstream 45912 17072789 ~ 17074242 (-)
AMCG00020354 NA coding downstream 62912 17049350 ~ 17057242 (-)
AMCG00020355 nudt21,LOC107660760,LOC107690386,LOC107721012 coding downstream 88042 17028087 ~ 17032112 (-)
AMCG00020356 NA coding downstream 93487 17021852 ~ 17026667 (-)
AMCG00020357 NA coding downstream 120141 16994885 ~ 17000013 (-)
AMCG00020367 NA coding upstream 141262 17317097 ~ 17325531 (-)
AMCG00020372 NA coding upstream 216722 17392557 ~ 17402108 (-)
AMCG00020374 ranbp10,LOC106560827 coding upstream 232719 17408554 ~ 17415648 (-)
AMCG00020375 ranbp10,LOC107726299,LOC107694918,LOC107733562 coding upstream 249476 17425311 ~ 17432646 (-)
AMCG00020373 NA coding upstream 267650 17443485 ~ 17451798 (-)
G62675 NA non-coding downstream 100602 17018790 ~ 17019552 (-)
G62660 NA non-coding downstream 129440 16990267 ~ 16990714 (-)
G62659 NA non-coding downstream 130870 16987319 ~ 16989284 (-)
G62655 gnao1a,gnao1,LOC108264367,LOC108249535,LOC106925363,LOC103367675 non-coding downstream 196421 16896870 ~ 16923733 (-)
G62582 NA non-coding downstream 439530 16679856 ~ 16680624 (-)
G62770 pard6a,LOC108250860,LOC106523998,LOC107101591 non-coding upstream 188988 17364823 ~ 17370446 (-)
G62880 NA non-coding upstream 672323 17848158 ~ 17851113 (-)
G62951 cnot1 non-coding upstream 792398 17968233 ~ 17969691 (-)
G62981 NA non-coding upstream 961645 18137480 ~ 18138298 (-)
G63015 NA non-coding upstream 1008173 18184008 ~ 18186050 (-)
AMCG00020346 nup93,LOC103368977 other downstream 302387 16794996 ~ 16817767 (-)
G62618 NA other downstream 326987 16792866 ~ 16793167 (-)
AMCG00020336 NA other downstream 495184 16616323 ~ 16624970 (-)
G62421 LOC103138816,LOC103466733,LOC108251456 other downstream 844581 16272451 ~ 16275573 (-)
G62415 NA other downstream 865035 16252788 ~ 16255119 (-)
G62853 necab2 other upstream 434829 17610664 ~ 17626189 (-)
AMCG00020403 NA other upstream 811346 17987181 ~ 18015862 (-)
G62961 NA other upstream 830333 18006168 ~ 18039960 (-)
AMCG00020446 cssa11h16orf87,cunh16orf87,clg02h16orf87,zgc:92818,LOC106587296,LOC103043940,LOC107757775 other upstream 3112735 20288570 ~ 20299843 (-)
G63464 NA other upstream 4136367 21312202 ~ 21312605 (-)

Expression


Co-expression Network