G62989


Basic Information

Item Value
gene id G62989
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 18197579 ~ 18200808 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU78859
TGCCACAGTTGACCTGCTGAGATTGAGCTGCACCTTCTATCAACCTCTCACATTGAAAGGCCACGATTTATCACATGATCAACACTAGTGGCACACGTCATTGGAAACATCACATTTCACAGGGAAATTAAAAGCAGTAAAcaagatttacatttatttcacagcttaaaaaagcaaaaaatcaATTGTTGAAAattacaagaaaagaaaatgtgtaaagtgtgagtttaaaaaaaatatacaaaagctTTTAACAAGATTGTTTTAACCATGAACATCAGATGAAAACACTGAATAGAACAAACTAACATGCAAAGCAACAGAAAATACTGGTCAagtgtagtttaaaaaaaaaaaaaaaaaggctgaaaaATTGAAAGGACTGTTGActgttgtaaaaaaacaatattcaaagaGACCATCAAAAATACAGTATCTTAAGAAACTGACAGTAATAACAGTCTAGCTTATTGTATCAACATCTAGAATGCATTCAAAACAGTCATTCAGGACAGGATTAATTTTGGATTAATCTGTGTAAAAACTGTGGAATTGTACAATTGTACGTAATCATGAAATGTTCAAGCTTTTCTGATGAGCATTCTCTACATcagtggtcctggagtaccccctgccctgctgatttttgttccaacagaggttttaattgcttaattgaatacttaattggcctaacaaagcaatataccattcaattaagtatttaagacctaggttggaacaaaaaccagtagggcagggggtactccaggactggtttgaaaactcCTGCTCTacatcaatataaatcaattaatttcagGTCAAAGGTGCCATTACTGAGGCAATTGAAATTACTTACTTTGAAAGCTATTCCATGTTGTTCAAGGACACAACATATGTTTAAACACATTGGACTGAATGGAAGCAAaagaacattgtaaaaatgatgGCTTTTCTCGTGCGATTTTTCTCCTCCATATagcaattttttaaaaatgtctctacaaaaaattaaaaagtgcatacacatAGGTACATTCTACACACAAATAAGAATCTGGCAATAGTACATAATTCCTATTTACATGCATGTAGTCAGacaataatttgaaatatttaatggtTTCACTCAgctacaatttacatttttccatgGTGGATAAAACAAACCTAAGAGAACAGATGCAAAGAACTTCATATTCCTTCTGCCAGTTTCTGATTTCTGTGCTTAGACATCTCTTGGATTGTTTCTACCTCCTGAGTTCACCTGCTCTAAACATGAATGGGCATGCAGAGCAGTCATGGTGAAATAAGGATTTTTGTCTTTACATTGAGAGTTCCTTGTTCACGTTTGGTAAAAATGTTctcacacaattaaataaaactaaacaaaattacTGCATAGGGAAGCAATTTGTTCTGTCACATTACACATGCTGCTTCTTACAAGTGTTCATATCTAAAATGATAAAAAGGGGCGAGAGTCAACCTCAATGTGCTTTATTCAGTGCTGGTCTAGTTCTGTTGAATGAATactctttaaaatgaattaataaagtaaaaaagaatataaactgaaaaacatagtaaaaaaaaaaaaaacatttaggtcTCATAGTAGACCAAATAAAGTGCATTTTGCCAATAAATACTGCATTTGGGGATCTTCCGTTCAAGATTCTTACATCGGCCTCAAACAAGTCAAAACTGAACAACCTGCATATTAcggctgtattttatttacacgcAACAGAAAGTGGCCTCTGACTTTAAAACAAATCGGCACTGAGTGCAAGTTTATAATTTGCGATTTGCATGCATTGTTAATGTCTTGATTTGGTTTAGGCcattgcaaaaaaaagaaagtacaacaggtaaaaaaaaaatatgcgGGATCTTCAGCGAGCTTGTTCTGGTCCCATCAAGGgcatcctaaaaaaaaaaatcattggaAGACAGAATTTGAGCTTCTTATCTCCGTGTTCAATCTATGCTGCGGGCGGACCTGAATTTTAACGGAGAATAACAGTGAACTCTGCTGAAGAAATCGCTCCACTGTGTCCGGCTGTTGTCACCTTGGAGAGTCACAAGGAGGAGCAGGAGTATTTAAAGGCAAGTTCATGTACTCTCTTCATAGAGTCAAAACAGCCAGACAAAATCCACAGAGAACGAAACTTCCTAAAACATCCACAGAACTcatgacaattttttttttttttttaaaagcttataGTGGAATAGAATTGGACTAATATAAATGAAGTCAGTTTCCCCAACCCTTGTTTCTGAGGTTAATTCATTGCTAGCGATCCAGTTTCAGAGTCAGGGTGCTGGAGGACACAGTCTGTAAAATCAATGCTAAAGCATCTATTGGCCCGTACCCAGCTGGCTGCTAGTCAAAGTACGACCTCGGGGATGGACATGGAATTCCACAGGCTGCACTGCTAGGTGGAAAGTTTTGCTTTTCctaggaagagagagaaataaagttTAGATTGTTTTCACCCCCTTCCCCCATGC
>TU78860
TGCCACAGTTGACCTGCTGAGATTGAGCTGCACCTTCTATCAACCTCTCACATTGAAAGGCCACGATTTATCACATGATCAACACTAGTGGCACACGTCATTGGAAACATCACATTTCACAGGGAAATTAAAAGCAGTAAAcaagatttacatttatttcacagcttaaaaaagcaaaaaatcaATTGTTGAAAattacaagaaaagaaaatgtgtaaagtgtgagtttaaaaaaaatatacaaaagctTTTAACAAGATTGTTTTAACCATGAACATCAGATGAAAACACTGAATAGAACAAACTAACATGCAAAGCAACAGAAAATACTGGTCAagtgtagtttaaaaaaaaaaaaaaaaaggctgaaaaATTGAAAGGACTGTTGActgttgtaaaaaaacaatattcaaagaGACCATCAAAAATACAGTATCTTAAGAAACTGACAGTAATAACAGTCTAGCTTATTGTATCAACATCTAGAATGCATTCAAAACAGTCATTCAGGACAGGATTAATTTTGGATTAATCTGTGTAAAAACTGTGGAATTGTACAATTGTACGTAATCATGAAATGTTCAAGCTTTTCTGATGAGCATTCTCTACATcagtggtcctggagtaccccctgccctgctgatttttgttccaacagaggttttaattgcttaattgaatacttaattggcctaacaaagcaatataccattcaattaagtatttaagacctaggttggaacaaaaaccagtagggcagggggtactccaggactggtttgaaaactcCTGCTCTacatcaatataaatcaattaatttcagGTCAAAGGTGCCATTACTGAGGCAATTGAAATTACTTACTTTGAAAGCTATTCCATGTTGTTCAAGGACACAACATATGTTTAAACACATTGGACTGAATGGAAGCAAaagaacattgtaaaaatgatgGCTTTTCTCGTGCGATTTTTCTCCTCCATATagcaattttttaaaaatgtctctacaaaaaattaaaaagtgcatacacatAGGTACATTCTACACACAAATAAGAATCTGGCAATAGTACATAATTCCTATTTACATGCATGTAGTCAGacaataatttgaaatatttaatggtTTCACTCAgctacaatttacatttttccatgGTGGATAAAACAAACCTAAGAGAACAGATGCAAAGAACTTCATATTCCTTCTGCCAGTTTCTGATTTCTGTGCTTAGACATCTCTTGGATTGTTTCTACCTCCTGAGTTCACCTGCTCTAAACATGAATGGGCATGCAGAGCAGTCATGGTGAAATAAGGATTTTTGTCTTTACATTGAGAGTTCCTTGTTCACGTTTGGTAAAAATGTTctcacacaattaaataaaactaaacaaaattacTGCATAGGGAAGCAATTTGTTCTGTCACATTACACATGCTGCTTCTTACAAGTGTTCATATCTAAAATGATAAAAAGGGGCGAGAGTCAACCTCAATGTGCTTTATTCAGTGCTGGTCTAGTTCTGTTGAATGAATactctttaaaatgaattaataaagtaaaaaagaatataaactgaaaaacatagtaaaaaaaaaaaaaacatttaggtcTCATAGTAGACCAAATAAAGTGCATTTTGCCAATAAATACTGCATTTGGGGATCTTCCGTTCAAGATTCTTACATCGGCCTCAAACAAGTCAAAACTGAACAACCTGCATATTAcggctgtattttatttacacgcAACAGAAAGTGGCCTCTGACTTTAAAACAAATCGGCACTGAGTGCAAGTTTATAATTTGCGATTTGCATGCATTGTTAATGTCTTGATTTGGTTTAGGCcattgcaaaaaaaagaaagtacaacaggtaaaaaaaaaatatgcgGGATCTTCAGCGAGCTTGTTCTGGTCCCATCAAGGgcatcctaaaaaaaaaaatcattggaAGACAGAATTTGAGCTTCTTATCTCCGTGTTCAATCTATGCTGCGGGCGGACCTGAATTTTAACGGAGAATAACAGTGAACTCTGCTGAAGAAATCGCTCCACTGTGTCCGGCTGTTGTCACCTTGGAGAGTCACAAGGAGGAGCAGGAGTATTTAAAGGCAAGTTCATGTACTCTCTTCATAGAGTCAAAACAGCCAGACAAAATCCACAGAGAACGAAACTTCCTAAAACATCCACAGAACTcatgacaattttttttttttttttaaaagcttataGTGGAATAGAATTGGACTAATATAAATGAAGTCAGTTTCCCCAACCCTTGTTTCTGAGGTTAATTCATTGCTAGCGATCCAGTTTCAGAGTCAGGGTGCTGGAGGACACAGTCTGTAAAATCAATGCTAAAGCATCTATTGGCCCGTACCCAGCTGGCTGCTAGTCAAAGTACGACCTCGGGGATGGACATGGAATTCCACAGGCTGCACTGCTAGGTGGAAAGTTTTGCTTTTCctaggaagagagagaaataaagttTAGATTGTTTTCACCCCCTTCCCCCATGCTAAATACAGAGTCTGCCCATACAGCTGCAGCCCAGTAATGCAGAGTGCCCAGTTAAGACCAGAGGCTGGAGTGTTAAAAGCATCTGCTTTAGGTCTGCAGGCACCATGCAATGCGGTTTCCATGCAAAGCCAGGAATCCGGGAAAAATCCGACCTACCTTTCCCCACCGAGACCTGAGCTGCACTTGCTAATTGTTACCCGACACTGCAAGCAAACCACAGGTTCAGAACAGTGACCGGAGAGgtcagtaaatacaataaactaaaTTGCCcttattataattcattttttgcaAATTTAGGTGACATACAAGTGAACTCCAGGGCAGTGTGATATATGATGTTATGAggcaatatttttatatatccaACATTAAAACCAAGCATCAATCGGCAAAAATAACTAGAAGGCTGGGAACAGAGACattataagtacataaataacGCACTGACGCTTTTAAATGATGGCGAGGGTGCTGCAGTGTGAGGTGCCTTCCTTGTTGAAAGGCTGGTTTTCCTCAGTGTTCAGAGCTCACAGAGAGCATACAAATCAAGCCCACCTTGCGTTTGCTGCTGTGCTTTCCTCCttgtgctgctggctgtgcgaGCGGTGGGCGTCTGGGTGGTGCTACCCACGCTGCCCCTGGGCGTGGCTGTGGGCACAGGGGTCAGAGGCGGAGAGTCCAGCTGCAACCAACACAACCTCAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU78859 False 2523 lncRNA 0.36 1 18197579 18200101
TU78860 True 3230 lncRNA 0.39 1 18197579 18200808

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00020413 LOC107596504,LOC108411466,LOC107753522 coding upstream 1949 18187199 ~ 18195630 (+)
AMCG00020412 LOC107707912 coding upstream 11531 18182076 ~ 18186048 (+)
AMCG00020405 elmo3,LOC106561448,LOC105018213,LOC107732817,LOC107665726 coding upstream 19459 18138887 ~ 18178120 (+)
AMCG00020406 e2f4,LOC106573204 coding upstream 62767 18119713 ~ 18134812 (+)
AMCG00020395 cnot1 coding upstream 217028 17956708 ~ 17980551 (+)
AMCG00020415 NA coding downstream 137629 18338437 ~ 18358845 (+)
AMCG00020420 NA coding downstream 181335 18382143 ~ 18389911 (+)
AMCG00020419 NA coding downstream 195049 18395857 ~ 18398731 (+)
AMCG00020425 ccdc102a,LOC106562045,LOC107594240,LOC107081377,LOC103376291 coding downstream 309655 18510463 ~ 18522856 (+)
AMCG00020426 ccdc102a,LOC106587147,LOC106562045,LOC107674431,LOC107754670 coding downstream 329370 18530178 ~ 18536093 (+)
G62975 NA non-coding upstream 59312 18134993 ~ 18138267 (+)
G62916 NA non-coding upstream 165440 17987848 ~ 18032139 (+)
G62912 NA non-coding upstream 214058 17981033 ~ 17983521 (+)
G62909 NA non-coding upstream 242305 17954323 ~ 17955274 (+)
G62781 NA non-coding upstream 694316 17404385 ~ 17503263 (+)
G62990 kifc3,LOC107670565 non-coding downstream 1036 18201844 ~ 18202070 (+)
G62991 NA non-coding downstream 4152 18204960 ~ 18205970 (+)
G62992 NA non-coding downstream 7603 18208411 ~ 18208650 (+)
G62993 NA non-coding downstream 9330 18210138 ~ 18210377 (+)
G62994 NA non-coding downstream 9961 18210769 ~ 18211029 (+)
AMCG00020407 NA other upstream 125528 18067787 ~ 18072051 (+)
AMCG00020408 NA other upstream 131790 18058558 ~ 18065789 (+)
G62895 NA other upstream 268675 17928328 ~ 17928904 (+)
AMCG00020371 nutf2 other upstream 725710 17459144 ~ 17471869 (+)
AMCG00020370 NA other upstream 754868 17433642 ~ 17442711 (+)
G63045 NA other downstream 131761 18332569 ~ 18334032 (+)
AMCG00020439 LOC107696663,LOC107556242,LOC107746488,LOC107726063 other downstream 1396395 19597203 ~ 19602324 (+)
AMCG00020438 NA other downstream 1430517 19631325 ~ 19636221 (+)
AMCG00020470 NA other downstream 3934560 22135368 ~ 22142198 (+)
AMCG00020487 NA other downstream 4155366 22356174 ~ 22409493 (+)

Expression


Co-expression Network