G66613


Basic Information

Item Value
gene id G66613
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 37013981 ~ 37019796 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU83275
TCCATTCCAGTTTACAGCAGGTATGAACCTAAATGCTGACAGTTCCAGTTTGGGCTGAGATTAACAAAATGAACTTTTCCCACCACCGAACCGAACCGGACGGGACAGTATTGGCGTCGGCACTTTGTACATGGAAGACTTTTAATGCTGGTGGAGTTGGGACCGTTCCCTGCCTCTGCTGGTTATATATAGGTaattttttcctgcttttacgCCATACTGTGAGCTGTGGTTTGCCTCAGAGCCCCTGTATTCTGCcagtatttgaatattttaaaatgcctcGCTGTTTATGCTGGGTCGTATATATATTGAAGCAGAAAGTGTGTTTCTGCCAACTCGTAGGTCACTCcaaatatctataaatattgtttatatgtacctcttttaaaaccattttgtgCAATTTTAACAGGAATACACTACATTTCAGATCACTAATTATGTGCATCTTTTACCTGGGggtgttgtttttaatcctcccctgacacattgttttaaaccCTTCCTTCACCTTGCAGAATCTGTTTTTACCTCTTCCTCTCCCATTGTCTAGTGTGACGTGTTTTTCTTGGCCATTTTTCTTGACtttgaaatactgaaatagTTTGATAcgtggtatttatttttcaaactgaaCTGTTACACGTCTGCATTTCAGTTGTGATTGTTTATCATCTTGGTAtgtaaaaggaaatgtaatgtattcattttaactgCGTATGAACCTGTCAATGTTTTTCACGTTAGAGGGATTGTAATATTGTTTACTTTCACGTTTTTGGTGGGTAGTAAGAACAGTTAGCTAGTGAAAATTGAATCTTAGAAGAATTGCATTGCATATCGAATTGTTTCCTGGTTTTGATTTGACTGTACATGCAATGACTTCTCTGAATTCTTTCAGAAGCATAGAATATAAACGCGTTTACTAAAACAATTGTACTTCTACCAGCCAGTTTTATTTGCCTTACTTCTTAACATCtatagtttttagttttctccAGTGTTGTTAGCAAATGCACTTTACTCATATTTCATCAACCGCAGAGGAAAATGGATAGAAGTAGGTGAGATTTAAGGAGTTTAGGAAATTAATTCTCtgtgtaatttaatgtatttgctcTGTCAGATCCTGTATTTATAGATTCACTCACAACGTGGTCGAAATGTAAGGTAGTAGTATAGGATGACCCTACCTTTCTTGCGTCCGCTCAGGTTTTGCACATACAGaagaaaatgtgacaaaatattactagaaacatttcaaagttaagaaagttaaagaaaaaaggtttaaCTCGCATAATGGACAGTGTGGGAGAAAAATATGCTGTAACCAAGCCAAGGTTGGAAGTGggatttaaaacagttttttgtttctgttatgtTTTACTCCCCTGTGAAATTGGGGGTATTTTTCCTTTGCTTGCTTTCTATCCTGATGAACTAAGAATTACTTAATATTCTACAGATATCTTTTTAACCAATAGTTGCTtcctgggaaaacaaaaaaacaagaccaaaacatgtttttataattttgtttttcaatgaaGTGTAAGAGCTTATTAGTTTCCCCCCTCATTTGTAATGAACTGAAAAGCATACTGGTCTCACTTGACCTCACATTTGATGTTCTCCTGGTGCTACGTTCCTCAGTTGATCATGTTATGTAATTTCAGTATTATCGCAGCATTCACAGCGTCTTTGATATTGCACATTTGAAGTAGTGGTCTGGGACAAGTATAATCAAGGACAATTCAATATCTGAAGCGTACACAACAACCCAAACATTGCTTTATAGTGCATATTTCAGActgtacagtttaaaaataactcGCATTGAAACGCTTGACAGAGaagtgtctttattttattattttttagttaaatgtaagaaaaatgtGTATCAGTTTTAATCAATGCATGcaaatctgtatttttgtttatttttgtttgttttttgtttgttttctgaaagcaCTAATCATTTCATTAGGTGCATATCATGAACTATGTTTTGCAAGTCTCCCGTTTTTTGTGCTGTTTGTTGGTCTGGGGGACTGTTAAAATAggataaagaaaaatgttttgaagagattatatctgtaaatattcaaatcatgtattatcttttatttaaaataatagttcaaattagttttaaaagaaaTCAATTTTAACACTAAAAGGCACATCACTCTTTCTTCTTCATCTCAAAAGGGTGATTTGATATGATGTGCGTTTAATATAGAAAATTGGACTCTGGTACTGTGCATTTCACAGAAATTGGTTTTACCATTTTCgttttctgtgcatttaatttaaaggttGGTGATTTTCGATTTAAATTTGTCAAAGAAAgggcatttctttttctttttacactaGGAAAATGTGATGTGACCGGAAACAAGTGTACTGTATCTCTCAGCAAATTAACCCAAAACCTTATTTTTGAGAGCCTAACTACCTTAAATGCTATACTATGATATATCCAGTCCTACATACTAGCTAGAGCACTGCCTACACACTCATTTGCTACCATTCGATAACTAATACAAGCTTGGATTTGCAAATTTTTTAGATGTTGCGCCTTTTCACTGCAATATTTGCTAATGCTCTTTATCGTTGAAACCAGGGCAGAGGGTTTCATGAAATATGACGGAGACATTTTTATCCAGTTCATTTATAAAACCGAGGGGCTTAAAATGCTAAACATTGGATGGGATTTTAATCTTTTCAGTACTGATGTTTCGGTTTGGATATAACCATAGGCATCGGTTTAAGGGAGAACACgtccccccaatgttgagagaacgttAAATTTCCCCACCAATATtgtatgcctggctccataggcGTAAGGGACATatccccccaatattgacagcgccccccccaattctgaaatgaaacttACACCTCTGGATGTAACTATACCttatttgttcttttctcaTAACATTTGTGTGTATCTgatgcttctttttttaaacctccATTACTGTTAGTCAAACTATGTAATGTGGAGTCTTTATTTTCTCGTGCTTTTTCTCGGTACACAGAGACTTCACAAATCTGAAATGACACTCCAACTGTATTTCAGTGCAAATATTAGGAAACCGTTGCACCCTTGAAAACTGTGTAAagatattcatacattttttgttaaaaaaacaaggaacagGAATATGAAtactctttcttttctctctttggaAAAAGGAtctgtacagaaacaaaaacgaCTTCTGTGAAAATTGGGGATTGAATTACAAATTGGAAAGAGGGATCGTTCCTGTCAATCAACCCTGTCCTAACATTCATAGCCGTCTCCTGAGGTTACCCCCGGGGGACGGAGGGTGCCCTGCCAATGCTTGTACTTTGTATAACTGCGTTCCTCTGAAACTCTTAATGGTACGGCTCCTGCAGATTGAGATGCCAACATTGTGTGTGCTTTAAAGGGATTCTTCACTGAAACATGTCTTTCTAGGCTGTTAGGCCTAACTTGAACAGTTACTTTCTCTTCAGTTAAAGTCTCTTCAAGACACTAAAACCAGTTAGTCAACCAAATAACAATATAGCACAGTTGCTGGTATAAAAACAGTCACTTTATTTGTGAGGAAAATCTGCCTAGCCTCCCCCGCAACCTAATGTATACTTGAATATCttatgttgttattgttgttttgaatcaattttatttataaataattttgtaCAACAGTGTCATATTAAGTAGATTAGCAGATTGTGTGCTATTTTAAACaccattcatttgtattttttgtatttgttggtgGGGGAGAGATGATTGAAAATGAGGGCAAGTGAAGCAGaatacaagtttgtttttagtgtttCGTTCCAAGCCATAGTGTCTTTCCAGGAAAATTGGAAAATGATATTGATCTCccctttaataataaaaataaaaactaaacaaaaaacatacacacaaaaaatagttatcaattgaaaaaatacaaaaagagacTTCAGATGTTTACACTCGTAcattcatgttgtttttctttttggcttAATTAGAATTCCCCCCATAGCTGTACCAATTTttgaataaatgtgtatgtgtgtgtatatatatatatataaaaaaccaATATGAACTAAAAACGATTATGCGCCTCCGGATATTTAGCGTCAAATCTTTCGATTTTTAATCatgatttgtctttgtgtgtgaatTGTCCTGTCCAAGCTCCAGGTGTTTCTGAACTCAAACCATCCCTTTCTTCTAGAAAAGCAGGACAAGGGCACTGTTTGGAGGGTTGATAACCAATAACCataaccagaaaaaaaaatacacgaGAATCCCAATGCAGTCTCTGATATACTCTGACATTCTCTGCCTACCAAACTGGTACTTATTTTGCTAGCCTGTACAGTTCTCAGAATTAATTAGTGtcgtcattttattttgtggtttgtttgtaaGTAACGTGTTTGAGAGAGATCCTGCTTGGCTGTCTCTCAGAGGTACTTGGGAGGTTTTCCTACAACAGGGATACCTCCAGATAGCTGTGTGCGTGCCCCGCTTTAGGCAGTAGATTATAGTTGCTTCTCTCCAAATGCTGCTTGATTCTAACtccagaaacaaatatatacttctgctgctgctgcctcaaatgtacttttatgttctttattttttccagcagTAAAATTGCACATAATCAACCTAGCCTGTAACAGACTTGGTTTGGACCTCAGGATTTTTCACTGTCTATACTTTTCATTCAATTCAAGACAACTATTGCTACAACGAAAACGCTTACTGTGCCCCCAATGAGAAACCGAGAGAGACGTAAAGGACGAATTGTTGTAAAAGATTGCGCATTATGTTACATGTTATTATTCTATCATGGCTGGTCAGTATTCTGTAAACCACAGAtgtatattctttaaaaaaaaaagaaatgaaaaaagaaaaatgaaaaaaaggaaagcgggcaaaaatgtttatatacatatcttGTACTGGTTATTCTTTGGAGTGTATTACATattgtttgtggtttattttttaacaaagtattaaaatgagGATAACTCCTGTACaagatgtaaaacaaaaatcgaacttttttttttttttttttttatgaacgTCATTTTAAAGGGATAATGCAGATGCTGTCATTATTTCCATGTGATCTTTACCTTTTAAAAGTTTGTTGGTTTTGTGAAATGTTGATTGTAATTGTTGACTATCCATTATGACATTGAAATAAAGTATACACTCAGAATAtttgaagacaaaaaaataacaaaacaaaaaaaattataatggcttggctagaataaaaaaaaaaaaaaagagaaaaatcatCTTCAAGACACTAAAGTAGTGATGCCTCCTTGCGATTTTTGCCAGGAGGATTTTAACTGTTAATTGATGTTGCTGTTTAGAATTAAAGAGAAAAcaccaattatttttgttttgtcgtTTAGCCTATGTTCTTGCATAGTGTAAAAGAATGATGCTTGTGTAATCCTGTATATAGTTAGCGAAACCAATTGTCATTAGTTGTAGTTCTTTAGAATGCTTGTAATATTTAGCTTCTGAATGTGTGCGACTGTAGGAACGTATaatttttttgtacattatattgactgaaatgtcctttttttatttgaactaTTTTGGAATTCAGATGTGTTTTGCTTCTGCCAGAATTCATTCTGAAaggtttttaaatgacattccACAGAGTTATCAGTTTCAGACTTTGCTTGAGGTTTGACTTCAATAAAAACTGTTCTGAATGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU83275 True 5796 lncRNA 0.35 2 37013981 37019796

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00020921 plpp5,LOC107553701,LOC107678050,LOC107720719 coding downstream 1746 37000425 ~ 37012235 (-)
AMCG00020924 NA coding downstream 15225 36974409 ~ 36998756 (-)
AMCG00020916 NA coding downstream 82353 36914487 ~ 36931628 (-)
AMCG00020918 NA coding downstream 100547 36909159 ~ 36913434 (-)
AMCG00020917 NA coding downstream 119854 36877475 ~ 36894127 (-)
AMCG00020920 NA coding upstream 49719 37069515 ~ 37074577 (-)
AMCG00020928 NA coding upstream 95747 37115543 ~ 37122859 (-)
AMCG00020927 NA coding upstream 128698 37148494 ~ 37155287 (-)
AMCG00020929 NA coding upstream 154044 37173840 ~ 37175240 (-)
AMCG00020932 NA coding upstream 221243 37241039 ~ 37282869 (-)
G66536 NA non-coding downstream 143826 36869417 ~ 36870155 (-)
G66535 NA non-coding downstream 162345 36851070 ~ 36851636 (-)
G66527 NA non-coding downstream 266238 36747515 ~ 36747743 (-)
G66499 NA non-coding downstream 777054 36235772 ~ 36236927 (-)
G66416 NA non-coding downstream 1076723 35926538 ~ 35937258 (-)
G66685 NA non-coding upstream 247986 37267782 ~ 37268223 (-)
G66740 NA non-coding upstream 475327 37495123 ~ 37495370 (-)
G66786 NA non-coding upstream 716967 37736763 ~ 37739197 (-)
G66817 NA non-coding upstream 879671 37899467 ~ 37899878 (-)
G66851 NA non-coding upstream 1161241 38181037 ~ 38181274 (-)
AMCG00020911 NA other downstream 731452 36260993 ~ 36282529 (-)
AMCG00020900 NA other downstream 1027269 35975764 ~ 35986712 (-)
AMCG00020887 tmem127 other downstream 1194151 35813873 ~ 35819830 (-)
AMCG00020876 NA other downstream 1317012 35694968 ~ 35696969 (-)
G66279 NA other downstream 1321521 35650980 ~ 35692460 (-)
AMCG00020923 whsc1l1,LOC107720716,LOC107687514,LOC107705078 other upstream 215 37020011 ~ 37045939 (-)
AMCG00020922 NA other upstream 41799 37061595 ~ 37067805 (-)
AMCG00020943 NA other upstream 611981 37631777 ~ 37632576 (-)
AMCG00020970 NA other upstream 2027908 39047704 ~ 39104867 (-)
AMCG00020997 atad1a,LOC106580455,LOC105890049,LOC105014378,LOC107656802,LOC108414574 other upstream 3537334 40557130 ~ 40640339 (-)

Expression


Co-expression Network