AMCG00021700


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00021700
gene name NA
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030130.1
NCBI id CM030130.1
chromosome length 39556810
location 26091227 ~ 26105391 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00021700
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>TU109647
tataACTGCAGTGcagacatattttttatattaattttaggAGATAAGGAAAGTGTAACCACGTGAGCCTTATTAGAGACGCGTTTACTTTGTGAATGTCATGCTTGATCACGCTCATGCTGGAAGTGTACCGCCAGCTGCAGTGCGCAATCTGAGGAGCGGAGTGTAAACCTGAGACAAATTGGCACGCTTGTGTTATGTTCCAAAACCGTCTCCAAATCCAGCTGTGTCCCTTTTGATCTTTGGAATTGTCAACTCCTGCTTATAGCAAATAGGCCTAATAGTTTGCTAGTCAGATTGTCAGATACAACCCCTTTCtctagtgttgtttttttcttccttcgcAAATGACATGGTATGCACTGGGAATGTCTACTTTACCATTGCTTTCCATTTGAACTGTCATTTGAGTTGGTCGTTCCTTGGAATTTCAACAAAAAGGTTCCTCTAAATACTTGTTCTATAAACTATCTCAGCATTCTAAAGTAACCATACACATCTGTAGTTGCATTgcaatgcttttttgtttttggtttgataCAGTAAAACACTTTTTAGACAGACCCTGTATAAAGACCTATGTATAATTACATGATTTGAattttgattgtatttcttaataatttttaagatttaaaataaaacaattgaaagttGCTTCATCAGATACAAGTAAGTAAATCGAGTCACaggtattaaataaaaatgatcccATCAACCATTAttgctatttttgtatttggttgCATCTGGTCATCTAAACCTTGTTATGACAGCTTTACTTGATCCACATTTCAAGACAGTGTATAGTAGATTTAATATCTAGGTGTGGTTTTGACAAGATCCAACCCCCTCTTAGGCAGCCCCTTCAAAACCAATTGATTCTAGTTGcagcatatttttatatttttctcctcCTGTCATGCTGGTTAATACTGGTTTCTCTATAGATTATTGCTTTGAGCAGTGCAATTGTATTTGTGACAACCCTTCCCAAAGGCAGAAGTACAGGGCTGAATTTTCCAGTTCCGCCTGGTGCGGATTGATTGGCTTGCAGCCGTGTAGCTGTGCTTTATAAAGGGAGACACGCACACTGCAGTCATTAAACAGTCTAGACGAGACCTTCCAGCTCGCTGTGTGCATCAGCCTCCCACCTGTTTATCATCATGGCAACCTTTGTTTCGCTGGTTACTTGCTACAACTGCAACAAAACCACAAGACACAGTGGTGTAAACCGAGATTTCTTAAATGCCTTTTCGAGGAGCCTCAGCACGCCCGCCAATATGAACAAACACAAGGCAGCCAGCAGGACCCCTCAGTCTGCTAACAAAGGAACTACACCGCTGCCAAAGTCTACCTCAAAAAACGCAAGCCCAGCTGGAACCCCGAGGTCGGTTTCCGCTGAGCCTGccagctcctcttcctccaaGTCAGCCAGTGCAAAGAAGTTTGCATTTTCTCGTCTCAAAAGGTTATTGatcattgaagaaaaacaaaagaacaagaagGGCGGCCTGCAGGACTTCCTCTCTTCTCTGTGAATGATATGAAGCTAAACTGTGGCAGTGGTTTGGGCATAAGAAGTGGAGTCTGATGCTCTGGGATTCAAATCCTCAAACTGAGATGAAATGGAAGGGTCTGTCATCTGCCAGTGAGCTTAACTCTAGATGTATGGGGAATGATCTGCAGTTCTTCTAAAGGTCTTTCCTCTGGTAGTTTAATGTCTTGATGGGGGGAAAATGATTCCTCCAGAGCATCTCGGGGCCCACGCAAAGAGTCTCTATCCCTTTGGTAATATTGGTGCCAGAGAACCGACTATCTTCACTGCCGAGTATCAGCCTGCTGTGTTGCACCAGAATAGGGCCGAACGCCTGCATACCGATATAAGGCTAGGAGActtagtgtgtttatttaattggggttcaataattgaaattgaaattgaattgaaaaatgtaggtgtaTGTTTAAGCAAGCTCTGTCTTTGAATGTTCAAATtctgatgttttcatttatgtaGCTTCTTTGAATTCAGAAGCCTTTAACCTCTTGATATTTACAAGTATAGATGTATTTTTGGATAGTTTTACATAAGGCCTTTTCAAAGAATGTGTACTTTGAAAGCCTCAAGGCTTCACACAGAAGTGGATTTGTGGCACACCTTATTTTTTGGATAATAGTCATTTGGGTACAGTGTTCAACTTGGCTTGTTGGTAATATGAAGATCGCCTTTATGGGCATTGAATTAATTAGctaacatatttacatttaaaataaaaaaaaaaactgtttggcCTTAACTTGTTGGGGGGCTTATTTGTGATGGGATAAGaccaaatatacatacaaaggCTATTACAATTCTTTCTTAAATGATTTTTGTTCATGCTGTTTACATTGTTTACCTAAAAGTTTTGGTGTTCTAAAGGAAAAGGtccttaattttatttttcccaatcAATTGAAATAGgttcactgtatgtttttttttttttttttactgttttttaaataccttgttaaaatattgaaagcataattaaatttcttaatacagtacattaacaggtcattttgcaataaataaatacatatactgttattttgttttatgattgtttaaatatttaacttagatctatcattcatatatataggttttttatttttatgagatatgcaatgtgttaaatattaaagtgaGTTTCATACATGCTCTAATTATAGACGGGTAGATTTGTGTTCCTGTTTCAATATTCTTAAAAAGACACCCATGTTCATTTTTAAGGATGTTACTATCTAGTTATGGTTCAACTGCATCATGCATTTTCCATAGTCATAAAAACGTCATACGatcttaaaatatgttgtttagTAGGGactttttatgtaatgtataatttgtgtttattacattAAGGGAGAAAACATTGCAATAATTTATATTAGCAGTACACGTCTATATTACCATTTAGACTACTACCAAGTATAACGGGATACTTTAGCAATTAGTTTGTATCTAGGCACATTATcgatttttttataatattgtatcAAAGTGAGTTATTAAAACATGCTATTCGTGTTTTAGTTTTCGCCATAATATTCTTTACAATTAGTGGTTTTGTTATCTGCTTAACTACAACCGTGTTTAATAAATTGGCACTTGTTTCCTCGCAGTCCTTGTGGGATGGTTAGCGCTGCTTTGGTTCTGTCAGACTGTCCAGTATGTGCGTCGtcgttgtttgtttgtttgtttgtgtatttgttctgtattgTCAGGAAATGCTGATGAGGACGGCTAAAAAGCGTTCAGGACTATTGTTccaacaactgaaaaaaataatccgTTTGTGCAAATGTCATCAGAAGCTATGTTAAGCGGGTGAAAACGTAAATCTAAATGTACTATTTCTGTGTTACTcaggaaatgtataataatgaatagatgtattgtattttggcaGCATTTCTAGTGGATATGCATTTACCGTCCTCGTCCCTGTGTGCAGTGTAGACGGTGCTGACCTCCAGCTGCAACACAGGCAGTGACGGCACTGCGAGCGCCTGCGTGGTGCAAGCGTGACGCGCAGGCTTGGTTTTTGTGACAAACCCGCATGGATCATTCTGTATGCTTTCCTATCTTGAGAAGTTTAATCTATTTTGGAAAAAGGTCTAATTGTACTCATATTCACGATCTCTGAGGCGAGACTCAAGCAAagctgtatttaatatatatgtatattggtAATAAAGACATGGCTTATTGAATTAGTTGTACGTAGAAATATGATcgatttacaatattatacctATCAATGggacatacatatattttttatcgtttattttatttctctcattcTGTAACCATTTGTTTAACCATTAGTGTACTAACTGTTGGAAATTACATTAGTTACCATATTGATACCACGTTTCACAGTTCGCATGAAGAAACAAGTAAATTGGGTTATGGGGCAGGGGGTTCTGTAAGGAATCTACAATAATCTTGTAAATAGTGGTTTTCTGTTAGTTTGAGAAAATTCCAGGGTGCCAAAAATTGATTTCAGTCTAATTTAGGTTATCCTATCTGAAACATGCATGCCCAGCAAACAAATGGTGCTTGCTCGTGATGAGTTGGTGGGATAGCCTGGCTGAGGTCCTCAGTTCTGCAGGATTATTTTtggttgtgtgtatgtgtaatgtGAATAAGCTGCTAATATAAGTCTGCCTAATAAAGCCATGTCTCTAAATA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04966 Collecting duct acid secretion

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00021700 False 3685 mRNA 0.38 5 26091227 26105391
TU109647 True 4255 TUCP 0.37 3 26091254 26096784

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00021701 NA coding downstream 1241 26083778 ~ 26089986 (-)
AMCG00021698 elmo1,LOC106570440,LOC106515744,LOC107702083 coding downstream 34370 26025398 ~ 26056857 (-)
AMCG00021699 elmo1,LOC107710279,LOC107556397 coding downstream 114891 25962914 ~ 25976336 (-)
AMCG00021695 NA coding downstream 206995 25873891 ~ 25884232 (-)
AMCG00021696 NA coding downstream 291563 25719357 ~ 25799664 (-)
AMCG00021710 NA coding upstream 335264 26440655 ~ 26472215 (-)
AMCG00021709 NA coding upstream 458815 26564206 ~ 26566938 (-)
AMCG00021716 NA coding upstream 538363 26643754 ~ 26656084 (-)
AMCG00021724 csk21,LOC105902032,LOC105022821,LOC107589440,LOC107693292,LOC107559708,LOC105910791,LOC107670008 coding upstream 699649 26805040 ~ 26824298 (-)
AMCG00021725 NA coding upstream 840781 26946172 ~ 26946690 (-)
G87803 NA non-coding downstream 193186 25896958 ~ 25898041 (-)
G87800 NA non-coding downstream 205250 25885334 ~ 25885977 (-)
G87767 NA non-coding downstream 282023 25803340 ~ 25809204 (-)
G87756 NA non-coding downstream 321331 25769396 ~ 25769896 (-)
G87720 NA non-coding downstream 410207 25678187 ~ 25681020 (-)
G87882 NA non-coding upstream 289560 26394951 ~ 26395179 (-)
G87883 gabbr2 non-coding upstream 313289 26418680 ~ 26418899 (-)
G87884 NA non-coding upstream 326753 26432144 ~ 26437893 (-)
G87980 NA non-coding upstream 692700 26798091 ~ 26800715 (-)
G87992 NA non-coding upstream 787085 26892476 ~ 26895336 (-)
G87806 NA other downstream 183222 25905444 ~ 25908005 (-)
G87674 NA other downstream 684689 25403650 ~ 25406538 (-)
AMCG00021668 NA other downstream 1727768 24342900 ~ 24363459 (-)
AMCG00021662 NA other downstream 1881022 24199536 ~ 24210205 (-)
AMCG00021634 NA other downstream 2592466 23495025 ~ 23498761 (-)
G87871 NA other upstream 46714 26152105 ~ 26154375 (-)
AMCG00021719 ndrg1a other upstream 568687 26674078 ~ 26718508 (-)
AMCG00021723 hsf1 other upstream 794572 26899963 ~ 26919844 (-)
G88242 LOC106595015,LOC106598893,LOC106597821 other upstream 2676411 28781802 ~ 28783281 (-)
G88288 ctdp1,LOC107745039,LOC107698650,LOC107748359,LOC107672848 other upstream 2963810 29069201 ~ 29071760 (-)

Expression


Co-expression Network