AMCG00021790


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00021790
gene name NA
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030130.1
NCBI id CM030130.1
chromosome length 39556810
location 30077372 ~ 30091490 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00021790
AAACATGTTGCAGGAGACTGAGCCACAAAGTACTTTTAATCGGTTGGAGTAACTTtctcttgtttctgttttccttcAGGAAGGGAGATCCTAAAGGTTATTCATTTGAAGGCATCGCCCTGTTGGCACAGCTGTAGAGCGCTCTCCACTGATGTCCGCGTTCTCCAGCAGTTTTCCTGCAAGTCTCTGATGGCTCCTCTCCTGAGTAATGTGATTGGAGCGGGCGCGGGGGTCCTGGGCATTGGGCATGTGGTGGCCGTGGGATTCATGACAGCAGTGTTTGCCGTCCTCCTCCTGTCTCTCCTAGTCCTCCTGTGTGCCAGCTGCCAGGGacaaaagaaaaacaatgggCCCGTTGGAGACCATGAAAATCTGATGAATGGGGTGTCCGAAAGAGAGAGACCTAGCAATTCTGCTGAAAGCCCGGGAACTGATATGGTAGCAAGTAGCTCCCATAATGGGCCATTAACCAGTGGGACCGTTCTTTCAGAAGACACTGAAGACAACAGTCCCCTGCCGTCTGAAGAAGGGGTGTCCGACCTGCCAGAGGCGCAGAACAGCCTGGGAAAGTCCCTGAAGTGCCATCAGGATCGAGAGCTTCCCAGGATTCCCCCTAACAGCACTCTCGAGGCCGCTGTGCCTGCGGGTACGACGGGCACGACCATGGACACCACGTACGAGGTGGTGAAAGAGAGCACCTCCCAGGATGCTAACATTGAGGACTCCTTGTACGAGACTGTGAAGGAGATCAAGGACCAGGGCCTGCTGAGTAACAAGTGTCCAGCCCCAAAAGATGATCCAACAACTCACCTGTCTCTGAGCCCTGGGATGCCCAACGGGGTCCCGGGGGCAGTGGCGGCAGAGTACGCCTCCATCGATCGCAACAGGAAGAGCCGCCACAGTCCCAATTCAGAGCATCTGTGCAGGACCGTAGAGCAGGTAGAGGAGCAGCCGCCACCCATCCCGGACaaggccttggatgaaaatgagAACCAGCAGGCGCCCGAGACAGAAGGTGCAGGACTGCAAAATGGAGAGCCAGACAAGATCTCGGCCATGTATTCAACTGTGGTAAAGCCTTCCATCAGGAGGAGTGATCCAGGATACAATTCTATTGGCGAGATTAACCGCTCAAGACCTTTGTCCATGTCCAGCGATCTATATGCTACAGTGAAGGATGTACATAAAGAGCCTGGTTCTGAAGATCCACCCGTCTCTGAAGATTCGGCTGCAGAAAATGTGGATCCGGCCTACGAAACTATAGGGATTTTAACACAAGGGGGCAAAAGGACAGAATCGGACGCGGAGGTATCTGCCGGTGCACAGAGGGAGCCGGACTACGAGAGCGTGGGGGACCTGCAGCTGAGTAGGCAGTGCTCAAGACTCTGACACTTTTACAGTTCGCATGTGTTGGCCTGCATTTGAAAGCGCGATTTCTGTGCATTCAGTTATTCATCTTTCTAAATTGTGCTTCAGAAACGAGAACTCTTTTCAAGGCTGATTGTGAGAAAACCAGAGAGTTACAAGACACATCACATATCAGTCCTTCATCACCGAGCTTAGAGGAACCAAGAACTCTAATTGCTTTCCCCATCAAACTCTACGTCGACTAAGAAAATGGTCAATCACACCATAGCACCAGTGAGAAAGATGTATAAAAAGTACAAAGTCAAATGCTGGGAAAACATAGTTTATAGGAACTAGTGTAAAcgttattttgtttggttttgaacCCTGAACAGTTACTTTAAACCACTTCTATTGCCCCAGACAGACAAGGAGGACTTAATAGCAAGAGACTTGTCCACTAAGAACAGAAATAAACTTTTGGTTAGTGCATttggaaagaaagaatgaacaGTCAGAAAGTGCATACTATGAAGAgctgaaaaaaacagcaaatgttatctatataaaaatgtgcCATTACTATCTTTGGATGGGAAAAGCTAGGGAAACTCTCCTGTTGAAACCAGGAGCAAAGAAACCTGAGGGCAATTGGTAAAGGAGTTATTTTGGCCACTCGGTGGGTACTGTATTGGAATCCCAGAGGTTTTGATGGAATTACCCCTGTATTTTGCTTGAGGGGTATGAAGAGAGTTCTAGTAGGGAACATGTTAGGTACgctagagaaaaaaaaaattggatatTATAATGAGCTTTTTTGCAATTGTTAGTGTACAGAAACCAGATTTGCCACCTCTTTTGAAAAAGTGTCACTGGAAAATATAAGAATACAGTATGCAAACATAAACAAGATGATTATGTTAAAAGATTTGTATATTCCGATTATAAAAAGAGGCCAATTCAAgcttgcatgtttttgtttatctaAGTTCTAGCATTTACTTGTTATGAAttgtatgatttttaaaatgcaaagctaTTTGGTTTGTATGGGTACAATTATTCCTCCTGTTGGACTGAACTCCATTAAACTACAGTAGTTGTGGTACTGTATAAATGCACTATTCTTAGTTTGCGATGGTCAAGTaatgacaatgaaaacaatctatatttttttattcttcaaatCTAAGCTGTGTGTACTGGGGAGGAATGTATATCTAGATAATGAAAACTGCAAATAGTatctttgttggtttgtttatccCAATCATTTCTGTGCTACACTGACTggctttgttgttttcttatctGGCCGTATGATTTAAAGGTGAAAACATAATGTCTTTCTTTGTAGAGCAGCCATtaactttgaaaatgttatcattattattagtttaaagttataatgtataataagtagatttaaaaacatatatttgtgagctttaaagtgtttaatttcACAGGACATAACCGCAACATTAGAGATGCActacttttctatttttactttGACAGGAAGCTGAAGAATGATTTTTTTTCGACTATTGTTTCATCTTGGCACACTGACCCAGGATATAATTGGATTTCCCTGCTACTATCACCCCTTTGTTTTATGTGACTTTGAATGTGTGGCAACATAAGACAAAACAACTCCTTTTGCCTGACTGCctctattttattgttttatttgtttcaatcACATCTTGGTACTTTGTGTTGTGGCAGTGGCCATCTTTAATTTATACTGCTGGAGAATTATTGTAATGTGAAGGTACtaaatgttgtattgtattattgttcatCCATTATCCGGTCTTGGTTTCTGGTGTTTTCAGATGAATGCCAAACTTGTTTGATAACGGTGTATTATATTATCTGTAACCCAAAACTCATCAATGGCAAATCTGTTTTTTACTGATGTAATTGTGTTACTTCTGCACACAATCAACTGGTCCATATCTCTGTGCCAGCAACTTTCAGAGCGTTCGATATACACCGTGAATGAAAGGTGTGGAATGAAAAAGGAAACtgaataaacaagaaaatagtCATTATTACATCTAATTTTCTTACTAAACATACAATTTTTGTGTTCCATTTTTAAAGGTAGGATTCCTTCTGATGATTCATAGCCATCGAAGGAGTGACCTTTTTGCAGTTTCCTTTTGCccctatatataaaaatgctacATGTTGATGTGACAATTTTCCATGGTAAAATTGATACCATGCCTTGGCTTTTAAATGGACTGTTAAAGCAGCGCCTATATTTTTTGGAGATAATCTCTGCTGAAAAATAGAAACCACTTGAGCTGTCTACATTAAGATCCTGGCGAGCAGAAGGTGAAATCGAAAAGCTCCCTGCATTGCAGAGTGCAGAGTAAGCGAGAGAGGACCTTTTAAACTGCAGAGTGAAGATCAAgtgtttcaatttaaaaatggggTCCATTTTTCTACCGTTGGCAAACTGCCTATCTAATTAATTTAGTATGAGGTCAATAGAGTGCCTTCAGTTTAATAAGTGAAAATAAGGCTATATGTTTATGTGAAATGTATAGACATAATAGGAAAATAGCTTATGAATTTAGGATATAAAATGTGTTcccattattaaaacaaatatgtattataagtAACGGAACTATTGACATATTAAAATGTCCGAATGACAGAGCCttggaaatgaaaacataaaataaaagaataacagTTGTGTGGAAATGTTGTTCTACTGAATCAGATGCCAAGTctacagtaaaatattaatcagaaaTGGGCTAGAAATGGCCCACTGGAATTACGATCacaaatttaatatttatacaagTAAAAATTATACTATTGACAACAAAACTACATTCAGCCTGTAGTTCATACATGTTTATGTtctatattgatttaaaattagtgtgtttatattgatctaataaagtaaaacacattGACTGGTCTTGAGAACAATAACCAAATCCAATGAGACTTGGCCGTTGAACAGGGTAGGAATCAAAAACAGTAACTAGATTTTAATTCCAggccaaaatatatatatttattaccattaatttcaaatttgaaatatatagccatttatttgtatttccccAAATGTCTGGAATTTACTCATATAGGCAAGTTAAATATATGTTCAGATTACAATTAATCTATTCTCAATGGGTTTGACACCTTAGatgattaaatattgtttttattatctatTTGAAAATGGTTTGATGGCATGCTTAAGCACAATGTTAATGCCTTTTCCAACACATGTATCCATATGACAACTGTATTGATGTGTTGTTGATCTTAAGATACATTAGTgaagtattaaatattaacaagtTCATGGAGATTGTAGATTTAATTCAAGTGCATATTTTAAGATTTTGGTAAGTCTGTGAAATGAGAaagtaattgattaatattgtgaaacaatatttaataaaatgagaGGTACAATGAAACTCtacattaaacttttttttaataacccatCCAGTACAGCAGTAAATGGACTGCATGCTTTGACATTTTCGCTATGGCTAAGATATGACGAACACAAACCACATGGCTATTGCCactgttaaaatgtgtatattagaCCTACAGCATGTGTAGAATGCATAACAGATTCAAAAAGgcat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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00021790 True 5793 mRNA 0.38 6 30077372 30091490

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00021785 gmpr,LOC108425204,LOC108257268,LOC103024228 coding upstream 246975 29815490 ~ 29830397 (+)
AMCG00021784 LOC107677448,LOC106606150 coding upstream 272625 29788734 ~ 29804747 (+)
AMCG00021782 NA coding upstream 294802 29753411 ~ 29782570 (+)
AMCG00021781 NA coding upstream 428689 29606140 ~ 29648683 (+)
AMCG00021769 NA coding upstream 854060 29210277 ~ 29223312 (+)
AMCG00021792 NA coding downstream 2379 30093869 ~ 30103130 (+)
AMCG00021791 znf704,LOC107696217,LOC107555575,LOC107702114,LOC107584255 coding downstream 27530 30119020 ~ 30126407 (+)
AMCG00021794 NA coding downstream 93830 30185320 ~ 30200518 (+)
AMCG00021795 hey1,LOC104947062,LOC107584259,LOC102780967 coding downstream 158593 30250083 ~ 30254353 (+)
AMCG00021799 si:dkeyp-120h9.1,LOC106570559,LOC105012503 coding downstream 199751 30291241 ~ 30299913 (+)
G88450 NA non-coding upstream 28484 30047128 ~ 30048888 (+)
G88440 NA non-coding upstream 98813 29975041 ~ 29978559 (+)
G88403 NA non-coding upstream 351410 29725159 ~ 29725962 (+)
G88352 NA non-coding upstream 688771 29376521 ~ 29388601 (+)
G88308 NA non-coding upstream 761813 29307879 ~ 29315559 (+)
G88454 NA non-coding downstream 46048 30137538 ~ 30139284 (+)
G88452 NA non-coding downstream 50705 30142195 ~ 30219496 (+)
G88485 NA non-coding downstream 164534 30256024 ~ 30258197 (+)
G88609 NA non-coding downstream 635794 30727284 ~ 30730868 (+)
G88655 NA non-coding downstream 956313 31047803 ~ 31048529 (+)
AMCG00021779 LOC108438266,LOC105891906 other upstream 692047 29378575 ~ 29385325 (+)
AMCG00021772 NA other upstream 802025 29264827 ~ 29275347 (+)
G88276 NA other upstream 1012033 29060887 ~ 29065339 (+)
G88238 NA other upstream 1298639 28778315 ~ 28778733 (+)
AMCG00021745 NA other upstream 2440288 27632915 ~ 27637084 (+)
AMCG00021803 clg22h6orf62,clg10h6orf62,c24h6orf62,LOC106515831,LOC101464686,LOC108240366,LOC104924567,LOC102228185,LOC103135136 other downstream 175912 30267402 ~ 30407772 (+)
AMCG00021802 kdm1b other downstream 358467 30449957 ~ 30468920 (+)
AMCG00021881 LOC107748698,LOC102792383,LOC101481807,LOC108256925,LOC106919167,LOC108434168 other downstream 4835063 34926553 ~ 35077090 (+)
G89142 NA other downstream 5119643 35211133 ~ 35263537 (+)
G89299 NA other downstream 5873081 35964571 ~ 35967384 (+)

Expression


Co-expression Network