G87993


Basic Information

Item Value
gene id G87993
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030130.1
NCBI id CM030130.1
chromosome length 39556810
location 26896725 ~ 26906365 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU109837
gGAGTGGCAGGTGTAGCTGTAACCAGTATGCACATGGATTCTACTGGAGGAGACCACCCTGGtgccagcacacacacacattctgcagGTGTAGTGGACCAACACAGTTCAGTCATTCATACGGAGTCACCCTTTACAGGAGATCCCCTGGTCAGCATGGCTCAGTCAGATTCTACTGTTACAGCAAATCCACGTGACATTCATGATCGTTTAAGCAATCCAGGAACTACTTCTGCTACAGAGCCAGCTGtttccgTCGGTGAACAGTACATCACCTCTGGTCAGGGTCCTGAAGGTACACAAAATGTGGAACTGGAGGATACCTGCTGATTTTCACATTAAACCTCGTGTCAAGATTTTGCGTTACAGCCTTGCATGTACAGACCAAACTGCCTGGAGGAAGAACAGCAGTGACCCAGCTTCTGAATAGTACAATGTTTTCttgaatgttgtttgttttatgtggttctttaacatatttaaaaacaaaatagtttcttTTCTGCATATGGACTTTCCTGCCAGGTCGTATGAGGTCCTTCATAAGAGGAAAAGGACAACAATATTACTAATTGATCAGCATACGTTTCAGTGGCAGAGGACAGGTGTTTCATTCAAAGCCTAAAGTTATCCtgcttttggggaaaaaactaaacaaaaacataatgctgtacaaatgcacaaattaataaaagttaaaaatatcaaagctttattgttttgcaatgtgTGCAAGTACTGTATTAATTTTGTTAGAACATATGTCAGTGATTCCAGTGTAacaaactgtaaatgtatgtccttttaaaacactttacaataaaattAACAGTATCTATTTTGAAtagaattgttattttttcacgTTAAAAAACATAAGGCACTActgcaacaaaaaatacatatgaaatgtaCAAGCATGGCCGAGCTTCCTAAGTAATATGCATTGTGGAAGAACTAGATTTGCtataaacattgaaaacaagcaTGTTCAGAATATGTTGTTGAATATGATTTAAGTAGctgctataaaataaaacaacaacaatcaattTACATATATAGCCATTTATTGACCAATCAATAGCAGCATATACAGTTTCTTTCTTATTGCAGAAGCCCTTCTCAACATATTTAGTAAAAGAAGagacatcaacaacaaaacctCTTCTTCAAAGACTTCACCAGGAATCCTGCATCTGTGGAATATTTATAGCTgccattatttatattgttgaaaaaacaaaatgaaggaaCAGAAAACAAGATTGCATACTGTTTTGCTACATAACACATCAACATGGAGCTATTGCTGACTGTTCTAGAACAGCGGTttccaaaccggtcctggacagccctgctgcttttttccccagctaaattgcttaatttaatccttaattgtactaacaatgcaatatatggttcaattaagtaattaagagctcggttggaacaaaactcagcagggcaggggcgactccaggaccggtttgggaacgcCTGTTCTAAAAGATTCTTTAGTAAAAGCCAAACTGTTTAAGGTAGGGTGAAATATAAAAGTTTGGTAATATTTATCtatatgttatttgtttatttgttttacaacaagattattttatttgtatttttaattaaaggggACCCCACCTACAAGCTTTGGCTATAGTcaaagtgtaaatatttatacattacacaaatataaaccTGACTGCAGACAAAACGTTGAACAGAATTTGttaattagtaaaaaaaaagcagtttcaTCCACATTCCTCACAAACAAGAATTAGCAACAGGATCGGCATTCTGAGAGGAATCGTGGCATGTTTACTGCAGAGAAGTGAATGTTTTTCCGAACAAGAGAGTAACTGGGACCAATGGACATACTTCCATACATGCACCTTCCACACCTCCTTGTTGTGGGTTGCTTGCACTGTTATAGTAACTATGTGCTATTCTGTGCATTATATCTTGTTTTTACTTTGAAGGATTCATATAGTTGCCTTACATACCATCTAGAGTATgcagcctttttatttttgacagattAATGCCTACTGAACTACATGGATTTTGTCTTAGTGTTTTAGCAGACcaatattgtgatttaattgatAGGAAACTGAtttttcagcaaaacaaaacaacaaaacaaagaaacaaaaaaataatcaagaaGGAAATATCTTAGGGCAGAGAATCGATTTGGAATATAAGAATGGGATTATACTAATATTTCTCTTTAAGTGGGAAACTATGCATGCACACTGAATATTACCTAAGTGTTTTAAACACCTCCCTAAAAATGTAATGAGTTGTTATCTATGATTTTCCAGATGCAGTTTTACAATAGTCTTTCATTCACTTGTACGTCAAGTGTATCTCAAACATCATTTTGGGAATAGAGGATGACATCAAAATATTTCAACCTCAGTATTTGGCCAagcaatagaaaacaaaacattagtgGTTGGGGCAATTTCCATTTTACAGCTGCAGGTGTTACTTTCTGGTCACCAAATTATCACCTGGTGTACAATCGGATCCAGATTTCCAAGCACAACAGCGTTTCAAATGAATACAGGGCCCCTGCTCAAAATGCATTGGGATAAAAATCAAGGCAATACAACTCTCCCATGTCTAGACCAGTAATCATACAAGCTCATCAATAAACACTGCCTTCTGAAATGCTGACTTTCCACATTCTAAAAGGTAGAGTAAGAGAATGCTAATATACACATGAGATTAGCCTGTTGCTCCGAAGCATGATGGGAAGGGCTTAGATATTTATCTGGGAAAATGCTGCCAGATGCTGGGAGTCACCTCTTCTCTTTTTTGGTAACAGATAATAGAAATTAaactatgtatataaacaaGAACATGGCTTCAGCTTGTGAACACCAAGATATAATGTAATATCTGAATATATCGAAGGCCTGTTGTGCTAAAATAAGTGTCCCATGAAGGACAATCGTCAAAGATCGTGCAACACTAACACTGACCTCCTATGCCATTCTGTAAGCTGACTGTGCTCTCTCTGATTCTTCATGTAATCTTTGGAAGTGAAGTTTTAGTTTTGAAGGAAACCtttgtgtcatttgttttttaaataatgtctaGGTTACATGGCTTTTACTTGCTAACATATATTCATTCAGTTTGGTTAAGGTTAAGGTTTCTGTATTTTACCCTAAATGATCAATCTCTTGCTGTATTCTCATAATCAGGCAAGCTCAAGTTATtctgaaataagaaatacaaataaacaaacttgaAAGAAATCAAGCGACACTAtctctgtataaaataaactttacttGAGATCTACATTAGATGTCAGATTTTTGTGTAACAAATCTAATACCacaaacaataaagtaaaaaactgtagtttgcagtttatttactttcatACCAACATAACTCTCCTGGATATGGCCGTTTAAGGCGTAACAAACTAAACTGATGTGGAGAGATCATGAAATTGATGATGCCTTCAACTACACGGGAGTGAAGACAAACGGGTGTCTAGCAAAGCTTGTTATACATGGCAGCAACCcacacagtatgtatataaatgtataaaatctcTCCTGCAAAACTATACATGATAAATACGTTTTTCTatttcctattaaaaaaaatcttaaccACAAAGTAATGTGCTTTTCTACATACTGCTTAGGCTATGAAATGTATTGCTTACTAACAACAGCCAAACACAACAATCTTTACATCCTAGAACTATTCATCGTACAAGGAATAGTTACACAGCAACTCTTattagaatatttaatttaaaattaaattacacacatataatgtgacttgttttgtgatttgtaaGTATAATCAGGCATTGGATACATATTTTACTAATGGTATAGCAGAgaaaaaggattttgtttttatgtagttATATTCTCAAGCTAGAAGTCTAGGACAAAAAGACTGTTGGTTTCAACATCCCAACTTCACCATGCGTcagattgtattgtttaattgtctGATTTCACTAAATAACAGAAAGACAGGCGAGTGCCAAAAAAAGTTTgcaatgtataatttgttttatgcttgaaaatgtttatggagatgattatattaaaaagacaaaacaaagactaaatgaaAAAGCACCACGACATTCTGCACTTCATCATTGAATTCATAGGCCGTTCCTGGTTTACCCTCGAGTGTTTCTGTGTCAAAGCCATTTTTAATTGATTCCAATTACCACAGCAGCCAGAACATATCTAGTGCACCACGCAGTGCCGTAAAATGCTTAAATTGACATCGCAGCTATAGAAGTTCAGcggtttgctttttgtttttagctaGAACTAGCAATACGAAATGCTTGTGCTTCCATCCACATGCTAAGTGCAATAATAAATCTCGTACTGGGTCTTTAGACAAGGTCTTGCGATTAACCCAAAATGTAAGCCTACATTCCACTATGTATTTTGACGTACAGCTCAGCTGGTTAAGGCCAGGTGCGGCCGAATCTAATTTACATTTGATCACTGGAATTCCACAATTACGAGAATACAGGACACATAACTAATTAGCTcgattctttttttcttctagattgtattacttttaaagcTCAGATGACAACCCTAGTGTCATGGTCTTTTATAGTGatttgcttaaaataaacacatttttctaaGATGGGTTCAATTTTTGAATTTACTTTATTGTAAATAGCATTTCTTTCCCCTCCAATTTACGCAATCacatgcataaaaaaataacaacaaacgTCTCATACTTTACTAAgggattaattaatttgtattttgcaaataattgtctacttttttttgtcttgtaatCGCTTGTCATATGAATCTACGTTTAACAAGGAGAGGGAGTCTCTCTTGTGCAGAGCTGCCTGCCCTGGCTGGCTATGTGAATTTATAATGTGTAGCTGGAAATGTGTTATAgtcaaacaaaaatagaaaagtcCTAGAACTATACCCTGTAGTGAGCTTTGTTACACCTGGAAATTGGCAGCAGTGGAAACTGggcattgaataaaaaaaaaaaaaaaagccttcaaatAGAATGAACCGAACAAtcaaaaaatgtgtgaaacacTTCAAGCGATGGGTTTGTAATTATTCAATGTAATGTGGCACTTTCTCTCAAAGTGAAATTGTACTTAAAAACAAGTTCCAAACACATaaccataagagagctcaaaaGTAAAGcagattacaaaaataaaacttctgaaCTACAGAAATCGATAAATATATTAAGTgggtattttatgtaaaaatttaaaatacaaattcactattaacattttaaatgtaaatatacaaataacatttgaaaatgataaaCCGCAGGAGTACAGTAAATTTAGATTATAGAAACCAAAACTTTAAACCTCAAACCAATAACAAGAAACtttattctcatttaaaaataatctacatAGCACAATATCAGAGCCAAGCGCTGTGCACAACACAAGTTTGCTAAAGATGAAGATGTCTGTGTGGGACCAGTTTTTGAATGACTGTTGGGTAATTCAATTTTGCCCCTGGACAAATAAAACCTAATAAATAGTTTCTTTGCTATGTATAAATGTTAAGAAAGCGACTCATTACAATGCCATGATAATACAAGTCAGGAACAATGACATTTtggggagaaagaaaataaaaataaaaaatcagagCTTATTTATCAACACTGAGCAGACACAGTTTAATAGCAATGAGATGGGATGAAGCTGATCTGCTCCCCCCCAGGTAAGCATCCctattattcaaataatattgaGACAGTATACACTGAGAAATGACTAAGAGTGAAATATTCTCTCCCGTGCCTCCCTTGTTTTCAAGATCCTACTTACAAAATATCCTTGTTCTGTGTGTAGatggtttaaaacaaacaaacctccTACGTAGTACAATAAAACCACCAGAAGACTAAACTAGTCCCATAActtatttttgcagtttgtgaatgtatgcatatatactatacatattTACACTGATGTAAAATTAGCAATACACAATTCTTTCATCTATGTACAAAACGGTAGCAAATGAGGCTATACTATAAAAGGCAGtgttagaaacaaacaaacaaacaaatcaaacttaTGACACTACAAACTGTTTTACCTTCGGTCAGGTTTGGTTTTGGGAGAACTGTTAGTTTGGGTTTTATGTAATTCACAACAAATTACATCAGATGACTTCAAACAAATATCTGAATCAGGGTTCTTAAACTGCAACTGGGTAATAAAATGATGCATTAAAACATAGCTACGCAATctaagaacatttattttccagagtCATTAGTAAGCACAGATTTATACCTACATATCACACATGGTGGTAACCGAAATGCATTCTTTGAGAACTTTCTTTGTCGTGGTTTTCCTCTCTATAAAGAGTATTGGAGAAAAAGAGCAGGTAAGATATACAAGTACAAGGCAGTGTTTCATGTAACCGTTGACATCGGAAGGACACGAGTCCAAAAACAGTAGAACAGTAAGACgtgctgctgtgatttattCCTTTATACTGTCAGCCGTTTGTGAAAATCAGCAACTTCCTAGAATATCCAAACAGAACATATTGCAATTTTACATGAATTTCATCCTTTAAGGAATTTTTGAATTCTGTGGTCAGATAGATGACACGTTGTTTCAAACCACAATACCTTATGGATGATTAAATGTTTATAGGTAAACTTTAAGCTAGAGTAATGAACAACTTCTATGTAATATTACTCGAGCATGGAGAAACAGCAGAGAGCAAGTGTGTAGTGAGATGAAACTGCCGATATACTAGTAATGTCTTAACTTGCGATGATCAGACATCCTGTCTCAGATATTGACAGGAGGCGCTGGCCTCACTGCATCTATAATAAAGCCTCCAAACAGTCTGCTGaagaaaaaccaacaaacacaaaatacaggtTGCGTATCcctttataaaaataacatttaagatAGAGCGGGGTCCTCTGATTTTTGTTGGTACTCGTTTGAAAGGAGGGAGATGGTGGGATCCTCTGCGTCTTCTTCAGTCCCGAAGTAAGAGTCGTCCTCCAGCTCAAAGAGATTAGGAAGATCCCCACTCGCACTTTCAGGATTGCTGGAGTCGACTAGAACCACAGGCTGGGATGTGTACTGAACCAACTGTTTCCCTGCAGAATACAtgatattaataaatgcataaacaaacattGATGAGGCTTCTGGCCATCTATGAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04950 Maturity onset diabetes of the young

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU109837 True 7263 lncRNA 0.35 8 26896725 26906365

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00021722 NA coding upstream 30848 26849878 ~ 26865877 (+)
AMCG00021721 NA coding upstream 51848 26836840 ~ 26844877 (+)
AMCG00021720 ptp4a3,LOC103029087,LOC108436585,LOC107587801,LOC107714615,LOC107552859,LOC107704902,LOC107724783 coding upstream 93740 26784119 ~ 26802985 (+)
AMCG00021718 NA coding upstream 145137 26750431 ~ 26751588 (+)
AMCG00021717 NA coding upstream 196484 26687100 ~ 26700241 (+)
AMCG00021726 bop1,LOC107693294,LOC107753474,LOC107669991 coding downstream 47792 26954157 ~ 26978899 (+)
AMCG00021729 NA coding downstream 94752 27001117 ~ 27002570 (+)
AMCG00021730 NA coding downstream 104504 27010869 ~ 27011910 (+)
AMCG00021728 LOC102788509,LOC106570431,LOC106588958 coding downstream 105557 27011922 ~ 27024907 (+)
AMCG00021727 NA coding downstream 119782 27026147 ~ 27054066 (+)
G87962 csk21,LOC107734013,LOC108425256,LOC105910791,LOC105902032,LOC105022821,LOC108267736 non-coding upstream 79443 26813030 ~ 26817282 (+)
G87961 NA non-coding upstream 85858 26808257 ~ 26810867 (+)
G87942 NA non-coding upstream 158842 26720909 ~ 26737883 (+)
G87939 NA non-coding upstream 183249 26710217 ~ 26713476 (+)
G87824 NA non-coding upstream 802529 26091176 ~ 26094196 (+)
G88024 NA non-coding downstream 151009 27057374 ~ 27057611 (+)
G88025 NA non-coding downstream 153817 27060182 ~ 27060389 (+)
G88026 NA non-coding downstream 155454 27061819 ~ 27062090 (+)
G88027 NA non-coding downstream 157198 27063563 ~ 27063951 (+)
G88043 NA non-coding downstream 232462 27138827 ~ 27139443 (+)
AMCG00021707 NA other upstream 327577 26535093 ~ 26569148 (+)
AMCG00021703 galnt12 other upstream 699649 26152068 ~ 26197076 (+)
AMCG00021693 NA other upstream 1026530 25843694 ~ 25870195 (+)
AMCG00021692 NA other upstream 1143472 25752357 ~ 25753253 (+)
AMCG00021682 NA other upstream 1524386 25276776 ~ 25372339 (+)
AMCG00021745 NA other downstream 726550 27632915 ~ 27637084 (+)
G88238 NA other downstream 1871950 28778315 ~ 28778733 (+)
G88276 NA other downstream 2154522 29060887 ~ 29065339 (+)
AMCG00021772 NA other downstream 2358462 29264827 ~ 29275347 (+)
AMCG00021779 LOC108438266,LOC105891906 other downstream 2472210 29378575 ~ 29385325 (+)

Expression


Co-expression Network