XLOC_000632


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000632
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 50389319 ~ 50392789 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003155
ctttaatctgctttaatcaCTGTAAATACACAAGACATAACAGCACTgttaaaacagaaacaaataaagACTAAGCCAGGCCCATatggaaatctgatatatggctaTTTATGAACATATATATGAAACTGTAGCtaatatatatgaacacatatatacaaaatatgttgtaaatacccattttttgcaacattttgaaatatatatagatattttataTATGCGAAATACAAACATGTTTATTTAGCATATGTGATTTGCATATATTACCATATATCAAATTTCTACATGGCGGAAAGCAGACATTGAACACACATACAACATGAGCTCTGTGAAGGAACATGGcttgaaaataatttaatagaaataattctGCATGTGGATTTTCATATCTGCGctgtaaaaaactgaataaaacagaAAACACCATGCTATGACaagtaaaaaagtttaaaacaagtGTTTTATGCTACTTTATTCACGTCCCCCTCTGTTCTTTTTACCAATATATACATGATATACAACTTtttcttaaatacatttttgaaatttgttttttatttacaatataagagcttattagttttttttattttgtatttttttaatattctagCTAAAGCCGGTGTAGAGTTTTTACAGAGCAAAAGTATGGAGTATGATTCatgaagtcataaaagcatttGCACATTCACTGAACAGCATTCAATCTGTAAACAACTTTCCTCGATTATCAGAACTGATTTAGTATTTCTGATCTCATCTATGACTATTGCGCAAATCTAATGATCATATTCCTAACAAGAGGGTATCTTGAACATATATTCTTCGGTTTGGGTTTTATGCGTCACACAAGCAAACTCAAAAGTGCACTTTCAGAAGGGCAGATGTCTGAATTCTAGTCTACAaaaaccaaactaaaataaagGAAGTTAAAACGGCATTTTCATAACACGATGATAATGAACGAGACCCGATGTGTATTTATGCAGCAAAAATAAAACTTTGCTGtataaagcgattagttgactttaatcttaaaaaatgaattaaaaaatagcttttaaagtgataagttgactttactctaaaaaaaaaaaaaggagaaaacctgttgctttacaagcgattagttgagttaacATTATAAAAGAGAGTAATCTTGTTGCCTTAAAATGACTAGGGTTAACTGTCCATATTTACAAAAATTAAGCTTTCAAAAGTATTtcacttagatatgcttgacatttacagcaggtttggcatgctgtccagggagagaaccctgagcttggagatatttgagcccagggctcccgcccggtctagaagcatatcaggagatccgagatcaggtaggtctcgatcacTCCCCCTtcagaaggggagaaaaaggaggagatggggtggaaggggggattcttccaaaacgaagatagagcaataaggagaaagtgatctgTTTAtgttaagctaggatcattctgattggattattactgattacaaatgagTGGCCAgtggtgcacaatcatatcacgtgctccgctcgtaattagtttatgaaacttcacaagTCAACTCAACTTTTCCAAGATACTACAGatttttttagtgttttaaagCAATACGTTGACTTTATTCTAAAGAAAGTGAGAAAACCGGTTGCTTtaaaagccattagttgacttaacATAATAAAAGTGAGTAATCTCCATGCTTTAAAACGATGAAGTAAATAaagtgtgcataattataaagaTTAAGTTAAGCCAACTCAACTGTTCCAAGATATATTCGATTTTTTCACTTTATCTAAGAGATTTTGGCTAAAGAAAATGAGAAAACTTGTtgctttaaaataagaaaataagaaatcttattgctttaaaagtgatttgTCGACTTAACATATAAAAAGTGAGTAATCCAGTTGCATTAAAAAAGATTAGGTTCAATTAACTACgtgcatatttataaaaattaagtcaactgaTCTGATCTGTCCcaacagattttctttttttattcttatttaagtaaaatcaacttgtcgcttttaataaaaacagtttttcagttctttttttaaaataaagtaactaaTCGCTCTTGATATTAAAGTGgttatgtaataaaaaatgtgCATGGAATATTTTTcttgacaaaacaaaaacaaatcagagCATTCAGATCCGAGAAGACACTAAAACCATCAATCCCAGCCCTCTACCA
>TCONS_00003156
gttaaaacagaaacaaataaagACTAAGCCAGGCCCATatggaaatctgatatatggctaTTTATGAACATATATATGAAACTGTAGCtaatatatatgaacacatatatacaaaatatgttgtaaatacccattttttgcaacattttgaaatatatatagatattttataTATGCGAAATACAAACATGTTTATTTAGCATATGTGATTTGCATATATTACCATATATCAAATTTCTACATGGCGGAAAGCAGACATTGAACACACATACAACATGAGCTCTGTGAAGGAACATGGcttgaaaataatttaatagaaataattctGCATGTGGATTTTCATATCTGCGctgtaaaaaactgaataaaacagaAAACACCATGCTATGACaagtaaaaaagtttaaaacaagtGTTTTATGCTACTTTATTCACGTCCCCCTCTGTTCTTTTTACCAATATATACATGATATACAACTTtttcttaaatacatttttgaaatttgttttttatttacaatataagagcttattagttttttttattttgtatttttttaatattctagCTAAAGCCGGTGTAGAGTTTTTACAGAGCAAAAGTATGGAGTATGATTCatgaagtcataaaagcatttGCACATTCACTGAACAGCATTCAATCTGTAAACAACTTTCCTCGATTATCAGAACTGATTTAGTATTTCTGATCTCATCTATGACTATTGCGCAAATCTAATGATCATATTCCTAACAAGAGGGTATCTTGAACATATATTCTTCGGTTTGGGTTTTATGCGTCACACAAGCAAACTCAAAAGTGCACTTTCAGAAGGGCAGATGTCTGAATTCTAGTCTACAaaaaccaaactaaaataaagGAAGTTAAAACGGCATTTTCATAACACGATGATAATGAACGAGACCCGATGTGTATTTATGCAGCAAAAATAAAACTTTGCTGtataaagcgattagttgactttaatcttaaaaaatgaattaaaaaatagcttttaaagtgataagttgactttactctaaaaaaaaaaaaaggagaaaacctgttgctttacaagcgattagttgagttaacATTATAAAAGAGAGTAATCTTGTTGCCTTAAAATGACTAGGGTTAACTGTCCATATTTACAAAAATTAAGCTTTCAAAAGTATTtcacttagatatgcttgacatttacagcaggtttggcatgctgtccagggagagaaccctgagcttggagatatttgagcccagggctcccgcccggtctagaagcatatcaggagatccgagatcaggtaggtctcgatcacTCCCCCTtcagaaggggagaaaaaggaggagatggggtggaaggggggattcttccaaaacgaagatagagcaataaggagaaagtgatctgTTTAtgttaagctaggatcattctgattggattattactgattacaaatgagTGGCCAgtggtgcacaatcatatcacgtgctccgctcgtaattagtttatgaaacttcacaagTCAACTCAACTTTTCCAAGATACTACAGatttttttagtgttttaaagCAATACGTTGACTTTATTCTAAAGAAAGTGAGAAAACCGGTTGCTTtaaaagccattagttgacttaacATAATAAAAGTGAGTAATCTCCATGCTTTAAAACGATGAAGTAAATAATCTGTGCATATTTATAGaaattaagttaagtcaactcaactGTTTCAAGATACATCTAATTTTCTCACTTTTTTTAGCAGTAAGTTAAGTTTACTCTAAAGAAAGTgagcaaacctgttgctttaCAAGCGATTAGTTGAGTAATatAATAAAAGTGTGTAATTTTGTTGCATTAAAATAATTAGGTAAATAaagtgtgcataattataaagaTTAAGTTAAGCCAACTCAACTGTTCCAAGATATATTCGATTTTTTCACTTTATCTAAGAGATTTTGGCTAAAGAAAATGAGAAAACTTGTtgctttaaaataagaaaataagaaatcttattgctttaaaagtgatttgTCGACTTAACATATAAAAAGTGAGTAATCCAGTTGCATTAAAAAAGATTAGGTTCAATTAACTACgtgcatatttataaaaattaagtcaactgaTCTGATCTGTCCcaacagattttctttttttattcttatttaagtaaaatcaacttgtcgcttttaataaaaacagtttttcagttctttttttaaaataaagtaactaaTCGCTCTTGATATTAAAGTGgttatgtaataaaaaatgtgCATGGAATATTTTTcttgacaaaacaaaaacaaatcagagCATTCAGATCCGAGAAGACACTAAAACCATCAATCCCAGCCCTCTACCA

Function

GO:

id name namespace
GO:0043005 neuron projection cellular_component
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component
GO:0036477 somatodendritic compartment cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003155 False 2235 lncRNA 0.31 2 50389319 50392789
TCONS_00003156 True 2381 lncRNA 0.31 2 50389366 50392789

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000631 aimp1a coding upstream 69665 50293938 ~ 50319654 (+)
XLOC_000630 npnta coding upstream 201313 50085440 ~ 50188006 (+)
XLOC_000629 gstcd coding upstream 323716 49951707 ~ 50065603 (+)
XLOC_000628 NA coding upstream 466446 49920790 ~ 49922873 (+)
XLOC_000627 lef1 coding upstream 483962 49814461 ~ 49905357 (+)
XLOC_000633 NA coding downstream 135345 50528134 ~ 50531694 (+)
XLOC_000634 pkd2 coding downstream 146050 50538839 ~ 50557030 (+)
XLOC_000635 si:ch73-190m4.1 coding downstream 221079 50613868 ~ 50637221 (+)
XLOC_000636 herc3 coding downstream 246627 50639416 ~ 50691538 (+)
XLOC_000637 NA coding downstream 340367 50733156 ~ 50808448 (+)
XLOC_000626 NA non-coding upstream 614379 49699382 ~ 49774940 (+)
XLOC_000623 BX321880.1 non-coding upstream 798496 49590701 ~ 49590823 (+)
XLOC_000616 NA non-coding upstream 1136665 49244352 ~ 49252654 (+)
XLOC_000615 NA non-coding upstream 1237312 49134464 ~ 49152007 (+)
XLOC_000638 BX855617.1 non-coding downstream 461575 50854364 ~ 50854478 (+)
XLOC_000640 NA non-coding downstream 550803 50943592 ~ 50953558 (+)
XLOC_000643 NA non-coding downstream 623069 51015858 ~ 51018551 (+)

Expression


Co-expression Network