XLOC_006526 (BX511166.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006526
gene name BX511166.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 15575137 ~ 15580152 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00012632
CCGCCACCTACTGGATAGGAGTGTGGAGCGCATAATGTAGGAGAAGCACGAGTACAAAAGATATATGATACGAATGGAGGGATGAGATTACCAAAGGGAAGAGAGAACAGGAAGAAGAGTAGGAGGGgaggaaaaaaaacagtttaatacgatataaatttttaatttcttATGTTATGTTAAGTTATTCTTAAATTCTATTAATCAATTTTGTTTcctttaagtaattaattaattgcattattattttaacttgatTTGAACCGTTTCCTAATAGGGTCTGAAATGGTAAATTTTTTATCCCATAAATGCTTAATCCTTGAACTAATTGACATCTCTGATTTTCATATGCCACACATTCTGTAATTACATGTTCTAATGTTTCTATTTTCCCGCATTTATCACAACATCATCCTGTCTTATGCTTCCCTATTCTAAATTTATACTGGTTTAGCAAACAATGACCCACACGCAACCTAGTTATCACCACATCATTCCTTCTATTACCAAACTTATTTCTAGTACCACCCACACATCCATGAATATTATGAATATGTCTGCCTTTTTCTCCATTATCCCACTCCCTCTGCCACATTCTACCTGTTTCTTTTGCAATTATGTTTTTTACCTCTgacttacttatttttatttttatttctatttgatTATGTTGTAATGCTTCCTTTGCAAGTTGGTCTGCCTCTTCATTACCTACTTCTCCCATATGACCAGGAATCCACAAGAAGCTTACAAAAAGTCCACCCTGTCTGATTCTAAATACATTTTGCATGATCTCATTCATTATGTCCTGTCTTGCCTTAGAAGTTCAAGTAATTGCAAcacgttctcactcccaactcgtcatatactgacgcttggtcaggaaccctcggcgtaggttattgacgcacagggtacccctttagcgtcatatttagacgtgcagggattccctatagaatatgtacctgagcctgaggcgtcatagggagacgctggaggctcgtataattaccaatagatgtcaacgtaatttttaaaacctgattttacgcctattatcgcagttttcttattttaaaaatatgtaatttttattttatttaattttatttattattttattattttatttataattttattatcatcccttcacggtgagtttaacgcctttctgctattggtcaaactgcatcagcgctgagttctcagatgagttcaactgtcaacattaaatagtgtgttaatgctgcataatgtattttattggagattagttggtgtttataaatatgttatcatttacttcaAATTTAATGAGTGAAATTATACTCGGTTGCccagtttagggtaactatgcctaataaaactttgattcattcatattattattatttattttttactttaaaaaatattacatttcaagtactaagtttaaaaaatgtttttggctgatttttttcattttaaatgatttattgatgttcgggtcattgtatgtggcgatctattttttacagtctatggtcgcgatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagatgcagaatcttttgacatatgaattcatcttgactaaggAACTCTTCACAGCACTGCATTTGAACAGTCACAACCCCACAGAGCAGCACAACCGCCCCACTCATGATCAGTGTTATGGTGCCATTTTAAAGCTGGAACCTCATCTTGTGTACAGCAAAGGCAGAGCTGAAAATTCACTGTTTGTCTTGTATTGTGTGTGGCAAGACCTGGAATAACACCtgggagccctccaggaattcctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcaGCATAAACACCTGGACTCACCAAGCACACTTTGGTTCTCAGTGTTTTTTGGTTctgtagtattttttaaaaacagcttttattgacttgatcagtatatatcagactattatatccaacattatttattgaacatagcataggtaatagtcttgctgatattctctcactcatttctcgtttgaaatgtgaatactttttccttttctacggggctctactcatcccctttgagtaaaagggcagttaacctatgtagatgtattatcttcaacatggacaagaaattgtattgtcacatgtacagttgtggtaaaaaaaaaataagctggAAAATAAGCTAAACATTAGTATCCTCTTTAATCACAAGTTATTAGCAATAGTAATCTATGTTCATCACAAATATTATGAGTTCAGAATTCTGGAAGTGTGTTTCATTAATGGTCATCATgtgatgtttaattgttttcactttatttgaaatatggacaaaagatcttttaaaatatgtaaatgtttataaatataaccTTTTTCAAGATGTATTTGTTTGACAACCACTCTTTATCTGActatttttactttctaaatcttcaactgtttgtgtaacaGTATGTTTTGATGACAAATGATGaacttgtgtttaataatgaccacataatgtctttgtcctgga
>TCONS_00013470
TAATTGATTATGCCCTTATTTCAGTAGTAAATTTACCCATTTCAAGTAAAAGTATTTGAAGCATAACAAAAGCTCAAGTGTAACTTAAGCTGATGTATGTCACATAATGAATATCATACACTATTACCAGTATAATTTGgcctttaccaatttatttaataaaagaaagaatctatcatctctaaattgtggtaaagaggcacaacaagctgtcttcattgtcaaatattatgtcaGTCATGATGGTAACGGTAAAACTCATGGATTACCTGGCACCTTCTCAGAAATTTACCATTGATCATATGTATTACAAGTGGctggattgtttttaacacaagcaacgtttttttaaatcattatcttaAACAGATTAAGGATCATTTTGGATTACACTTACATTACTTTACAACTGCTTAATGCAGTACTGATGTATCTAGTAGTTAAGTGGGTTTAACTaatgtcacatctgtttttattcatttcagatgcagaatcttttgacatatgaattcatcttgactaaggAACTCTTCACAGCACTGCATTTGAACAGTCACAACCCCACAGAGCAGCACAACCGCCCCACTCATGATCAGTGTTATGGTGCCATTTTAAAGCTGGAACCTCATCTTGTGTACAGCAAAGGCAGAGCTGAAAATTCACTGTTTGTCTTGTATTGTGTGGTAAgtcatagttttattaaaaaaaatatatatattttattgcaaCACTAAGTAGTCTATTCTGTGGTCAATATGATATAAAGGGCCTAAAATGGGACTGATGTGatcattgttttgatttctagataagtactcatggggctacacatgcagctgaagttagcttcattgagtaggacatttctttcagtatactcttaaaaagattcatccaaaaatgaaaattctgtcattaatgactcatacttcacttgttccaaatatgtctgagttgctttcttcagttaaacactaaaatatatattttaaagaaagatgaaaacctgcaaacattaacttccatagtatttgttttttcctactatataTGTCAATGGTTTCAGCTTTTCATCTTTTTTCAAAAAACCTATTTTATGTTCAACACAAAGTAActtggaagtttttaaaaaaggtttacaaccacttgagggagagtaaatagtgaactattcctttaacccaatctagttgactttactagaaaATTGTATAGAAACCCCTTACATTTTATACAAGGTACAACTTAACAGCCgtacttgaattaaaatattactgtaagtcCAAGAAGATTGTAAAGGTTCTAAGTTAATTTAAAGAGGGCTGTTTACTTtcactacattgtaaaaacaatgttttagttGATGAGGGCTGTTTTAGTTTAgttgtgtaaaaacataaagggtttaaggcaacaggtttctatgcagttttctaataaagtcaactagtttGGGTTAAGAGTGTAATGGGTTACAGTAATAGCAGTGAATCATGCAGGCATACAATAAATTTTTAGCCATGTAAAGCAATAAGCTTgttataatttagaaatatttttagggTGGAGCACAGTATGCTGTTGTAGTTTTCATATAATTAATGAGTCAAACATgagatgtgtgttttaaattgcaagaaGTAAATTAACAatgttcatcaagattcaaatcttgcatcttatattttttaaggttttggcccaataatacccatattctgctatttaaaaaacatgctggaatttgtGTCAGCATTCCCTTCAATGAAAACTACAGCAGTGGACATCAGTGGTGATAATAATGTTTGAGAAGGATAAATGTGTTCATAATGAGAAGTGCAGTCACTATCCTGATCTCTGAGTGTAGAACTGACAGATCTACTTGGAATACATGGAAACATGCTAGAAATGTTTaacctattattattaatgacactttacatatataaataaatatccctGAACTTTCTAAATGAAACCTAACCATCATTCTTTGTTCAGTAATGATATTGTGCACTTCTAATACTTTACAGTGGCAAGACCTGGAATAACACCtgggagccctccaggaattcctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcaGCATAAACACCTGGACTCACCAAGCACACTTTGGTTCTCAGTGTTTTTTGGTTctgtagtattttttaaaaacagcttttattgacttgatcagtatata

Function

GO:

id name namespace
GO:0043011 myeloid dendritic cell differentiation biological_process
GO:0036342 post-anal tail morphogenesis biological_process
GO:0001773 myeloid dendritic cell activation biological_process
GO:0009953 dorsal/ventral pattern formation biological_process
GO:0048646 anatomical structure formation involved in morphogenesis biological_process
GO:0003002 regionalization biological_process
GO:0007389 pattern specification process biological_process
GO:0009790 embryo development biological_process

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000104963

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00012632 False 2561 lncRNA 0.34 4 15575137 15580152
TCONS_00013470 True 2235 lncRNA 0.33 2 15575712 15578045

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006525 NA coding downstream 117513 15456676 ~ 15457624 (-)
XLOC_006524 rab11fip5a coding downstream 432857 15091264 ~ 15142280 (-)
XLOC_006523 sfxn5a coding downstream 493113 15020822 ~ 15082024 (-)
XLOC_006522 NA coding downstream 593557 14950795 ~ 14981580 (-)
XLOC_006521 cdc25b coding downstream 645901 14915344 ~ 14929236 (-)
XLOC_006527 ckba coding upstream 101923 15682075 ~ 15702736 (-)
XLOC_006528 bag5 coding upstream 182126 15762278 ~ 15799391 (-)
XLOC_006529 si:ch211-57f7.7 coding upstream 273525 15853677 ~ 15865335 (-)
XLOC_006530 ttl coding upstream 338297 15918449 ~ 15929402 (-)
XLOC_006531 ikzf1 coding upstream 377356 15957508 ~ 15994472 (-)
XLOC_006471 BX537274.2 misc downstream 5310232 10264741 ~ 10264905 (-)
XLOC_006338 rn7sk misc downstream 14748912 825904 ~ 826225 (-)
XLOC_006519 NA non-coding downstream 1041883 14532720 ~ 14533254 (-)
XLOC_006518 AL928929.1 non-coding downstream 1190599 14384421 ~ 14384538 (-)
XLOC_006516 NA non-coding downstream 1559957 14013185 ~ 14015180 (-)
XLOC_006536 NA non-coding upstream 680499 16260651 ~ 16261573 (-)
XLOC_006537 BX323467.1 non-coding upstream 727615 16307767 ~ 16307883 (-)
XLOC_006538 NA non-coding upstream 1288228 16868380 ~ 16879070 (-)
XLOC_006540 NA non-coding upstream 1914145 17494297 ~ 17530536 (-)
XLOC_006541 NA non-coding upstream 2106332 17686484 ~ 17693819 (-)

Expression


Co-expression Network